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标记密度对标记辅助导入效率的影响

黑龙江畜牧兽医 2015年第4期 84-87页

作者：白俊艳杨又兵黄勇祁艳霞李广录河南科技大学动物科技学院河南洛阳471003

为了分析不同标记密度对标记辅助导入一个数量性状基因座(QTL)有利等位基因效率的影响,试验采用两阶段选择策略,前景选择是利用与导入QTL紧密连锁的两侧标记进行间接选择,并将标记辅助最佳线性无偏预测(MBLUP)用于背景选择。结果表明:... 详细信息

为了分析不同标记密度对标记辅助导入一个数量性状基因座(QTL)有利等位基因效率的影响,试验采用两阶段选择策略,前景选择是利用与导入QTL紧密连锁的两侧标记进行间接选择,并将标记辅助最佳线性无偏预测(MBLUP)用于背景选择。结果表明:在回交阶段,不同标记间图距对导入QTL有利等位基因的频率和前景性状的遗传进展影响很小;而在横交阶段,缩小标记间图距可以提高导入QTL有利等位基因的频率和前景性状的遗传进展,但当标记间图距由10 cm缩小到2 cm时,导入QTL有利等位基因频率的变化幅度很小。背景QTL有利等位基因的频率和背景性状的遗传进展在不同标记密度之间基本没有差异,说明当标记间图距小于10 cm时标记辅助导入效率比较高,而且将MBLUP应用于背景选择是可行的。

关键词：标记辅助导入前景选择背景选择标记辅助最佳线性无偏预测(MBLUP) 标记密度

孙女设计中标记密度对QTL定位精确性的影响

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Acta Genetica Sinica 2000年第7期27卷 590-598页

作者：王青张勤张沅中国农业大学动物科技学院北京100094

采用蒙特卡罗方法分析了在孙女设计中不同的群体结构、性状遗传力、QTL效应大小和QTL在染色体上的位置等各个因素不同水平组合下4种标记密度（标记间隔5cM，10cM，20cM和50cM）对QTL定位精确性（以均方误MSE为衡量指标）的影响，并从经... 详细信息

采用蒙特卡罗方法分析了在孙女设计中不同的群体结构、性状遗传力、QTL效应大小和QTL在染色体上的位置等各个因素不同水平组合下4种标记密度（标记间隔5cM，10cM，20cM和50cM）对QTL定位精确性（以均方误MSE为衡量指标）的影响，并从经济学角度探讨了应用于标记辅助选择（MAS）的QTL定位的最佳标记密度。结果表明，一般说来，在各因素水平都较低时，MSE随标记密度加大而下降的相对幅度也较小；反之，在各因素的水平都较高时，MSE随标记密度加大而下降的相对幅度也较大。当样本含量达到一定水平时（如40个家系，每个家系100个儿子），或当QTL效应达到一个较高水平时（如QTL方差占加性遗传方差的50％），MSE随标记密度加大而下降的幅度几乎不受其他因素的影响，始终保持一个较高的水平（95％左右）。对于MAS可获得的最佳经济效益来说，在不同的各因素水平组合下QTL定位的最佳标记间隔分别为5cM（小样本、大QTL，或中等样本、中等遗传力和QTL，或大样本、小QTL）、10cM（中等样本、高遗传力或大QTL，或大样本、中等遗传力和QTL）和20cM（大样本、高遗传力或大QTL）。

关键词：标记密度 QTL定位最小二乘法孙女设计精确性

不同遗传力和标记密度下QTL区间定位的效果

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云南农业大学学报（自然科学版） 2009年第5期24卷 690-694页

作者：李明丽鲁绍雄连林生苟潇严达伟李国治云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201

采用计算机模拟方法系统比较了目标数量性状的遗传力和标记密度对F2设计下单个性状数量性状座位（QTL）区间定位效果的影响。研究结果表明：随着性状遗传力的升高，QTL的检测效率以及QTL位置估计的准确性和精确性也提高，但对QTL加性效... 详细信息

采用计算机模拟方法系统比较了目标数量性状的遗传力和标记密度对F2设计下单个性状数量性状座位（QTL）区间定位效果的影响。研究结果表明：随着性状遗传力的升高，QTL的检测效率以及QTL位置估计的准确性和精确性也提高，但对QTL加性效应和显性效应估计的效果则无明显影响；在一定范围内提高遗传图谱上的标记密度对保证QTL的定位效果具有积极的意义，但当相邻标记间的图距缩小到一定程度（5-10cM）时，进一步增加标记密度并不能改进QTL定位的效果。同时，对遗传力过低的性状实施QTL定位，单纯增加标记密度无益于改进QTL定位的效果。

关键词：遗传力标记密度数量性状座位区间定位

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BC_1设计下标记密度对QTL定位精确性的影响

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河南科技学院学报（自然科学版） 2012年第1期40卷 32-36页

作者：王鲜萍鲁绍雄河南大学生命科学学院河南开封475001 云南农业大学动物科技学院云南昆明650201

通过计算机模拟分析BC1设计中标记密度(标记间隔分别为5、10、20、50 cM)对数量性状基因座(QTL)定位精确性的影响,以均方误(MSE)为衡量指标.结果表明:当遗传图谱上相邻标记间的图距在5 cM以上时,提高标记密度,对于提高QTL定位的准确性... 详细信息

通过计算机模拟分析BC1设计中标记密度(标记间隔分别为5、10、20、50 cM)对数量性状基因座(QTL)定位精确性的影响,以均方误(MSE)为衡量指标.结果表明:当遗传图谱上相邻标记间的图距在5 cM以上时,提高标记密度,对于提高QTL定位的准确性和精确性具有积极的效应,但当标记密度达到某一程度(相邻标记间图距为2 cM)时,由于方法本身的局限,继续增加标记密度,对标记-QTL连锁分析法定位QTL的效果则没有实际意义,标记密度对检验统计量LOD值的影响不明显.

关键词： BC1设计标记密度 QTL定位最大似然法

BC1设计下标记密度对QTL定位精确性的影响

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BC1设计下标记密度对QTL定位精确性的影响

不同密度SNP和低密度填充面板对凡纳滨对虾收获体重基因组预测准确性的影响

中国畜牧兽医学会家畜生态学分会第七届全国代表大会暨学术研讨会

作者：王鲜萍河南大学生命科学学院

本文通过计算机模拟分析BC1设计中标记密度(标记间隔5cM、10cM、20cM、50cM)对QTL定位精确性的影响,以均方误(MSE)为衡量指标。结果表明,当遗传图谱上相邻标记间的图距在5cM以上时,提高标记密度,对于提高QTL定位的准确性和精确性具有积... 详细信息

本文通过计算机模拟分析BC1设计中标记密度(标记间隔5cM、10cM、20cM、50cM)对QTL定位精确性的影响,以均方误(MSE)为衡量指标。结果表明,当遗传图谱上相邻标记间的图距在5cM以上时,提高标记密度,对于提高QTL定位的准确性和精确性具有积极的效应,但当标记密度达到某一程度(相邻标记间图距为2cM)时,由于方法本身的局限,继续增加标记密度,对标记-QTL连锁分析法定位QTL的效果则没有实际意义。标记密度对检验统计量LOD值的影响则不明显。

关键词： BC1设计标记密度 QTL定位最大似然法

来源： cnki会议评论

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不同密度SNP和低密度填充面板对凡纳滨对虾收获体重基因组预测准...

作者：陈美佳上海海洋大学

学位级别：硕士

凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）具有生长速度快和抗逆性强等优势,是世界三大优良养殖虾种之一。我国凡纳滨对虾养殖国内自主新品种市场份额少,多数种源依赖国外。对育种基础群体进行遗传评估时,由于多数奠基者群体的遗传背景不清楚... 详细信息

凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）具有生长速度快和抗逆性强等优势,是世界三大优良养殖虾种之一。我国凡纳滨对虾养殖国内自主新品种市场份额少,多数种源依赖国外。对育种基础群体进行遗传评估时,由于多数奠基者群体的遗传背景不清楚,忽略其遗传性能差异,加性遗传方差可能被高估。因此,需要找到准确评估基础群体的模型。在传统的遗传评估方法中,通常基于系谱信息估计育种值,同胞选择、家系间选择等准确性不高。基因组选择利用覆盖全基因组的高密度分子遗传标记开展辅助选择,可进一步提高选择的准确性。但在实际应用中,由于单尾对虾的经济价值较低,对个体进行高密度基因型鉴定的相对成本仍然非常高,大大限制了其应用空间。因此,需要探究降低基因组选择成本的方法。本研究的主要目的:（1）通过构建pBLUP、pBLUP-GG、GBLUP模型、ssGBLUP和ssGBLUP-MF模型,为准确地评估凡纳滨对虾育种基础群体提供可借鉴的育种分析模型和评估方法。（2）构建GBLUP模型和ssGBLUP模型,利用不同密度SNP面板对体收获重进行基因组预测,期望找到开展基因组选择的低密度阈值。（3）构建GBLUP模型和ssGBLUP模型,根据目标面板密度和参考群体规模设置不同填充场景,利用填充的SNP面板进行基因组预测,进一步降低基因组选择成本。本研究的主要内容及结果如下:1.基于重测序SNP信息的凡纳滨对虾收获体重性状遗传评估本研究收集生长速度和养殖存活率差异较大的三个凡纳滨对虾种质资源群体作为奠基者群体,利用不完全双列杂交方法生产家系,组建育种基础群体,并对家系部分个体进行全基因组重测序,获得4653383个SNPs。通过构建pBLUP模型、包含遗传组的pBLUP-GG模型、GBLUP模型、ssGBLUP模型和包含Metafounders的ssGBLUP-MF模型,比较了利用不同模型对凡纳滨对虾育种基础群体体重性状进行育种值估计的精度。结果显示:（1）与利用pBLUP模型相比,基于全基因组重测序SNP数据,利用ssGBLUP模型对凡纳滨对虾体重性状进行基因组预测的准确性增加了10.53%,GBLUP模型的预测准确性降低了38.24%。（2）与pBLUP模型相比,利用pBLUP-GG模型、ssGBLUP模型和ssGBLUP-MF模型获得的遗传力降低了35.16%-68.13%,基因组预测准确性提高了9.33%-10.53%。结果表明,针对由遗传性能差异大的奠基者群体构建的核心育种群体收获体重性状,复合全基因组重测序SNP和系谱信息的一步基因组BLUP（ssGBLUP）模型能够有效的处理未知亲本组效应,预测能力（0.76）高于基因组BLUP（GBLUP）模型（0.42）和传统的系谱BLUP（pBLUP）模型（0.68）,可以更为准确的估计加性遗传方差。2.基于不同密度SNP信息的凡纳滨对虾收获体重性状遗传评估本研究构建GBLUP模型和ssGBLUP模型,探究了在两种SNP面板构建方式下,利用不同密度SNP面板对凡纳滨对虾体重性状进行基因组预测的效果。设置了22个SNP面板密度,范围为0.1K-500K。同时设置了两种面板构建方式,第一种是在全基因组范围内随机抽取SNP位点,第二种是在窗口内随机抽取SNP位点。结果表明,将SNP标记密度降低至8K-10K,ssGBLUP与GBLUP模型的预测能力与基于重测序数据的预测结果没有明显差异,利用该密度可对收获体重进行有效的基因组评估,降低基因型鉴定成本。3.基于基因型填充SNP信息的凡纳滨对虾收获体重性状遗传评估本研究通过构建GBLUP模型和ssGBLUP模型,探究了在不同参考群体规模下,利用基因型填充技术,将不同密度目标面板填充至10K,利用填充SNP面板对凡纳滨对虾体重性状进行基因组预测的效果。设置了参考群体和目标群体间不同的亲缘关系,共两种。第一种是参考群体和目标群体间的亲缘关系是随机的,同时设置4个填充参考群体大小,分别为25%、50%、75%和90%;第二种是参考群体和目标群体间的亲缘关系为全同胞,参考群体大小为90%。同时设置了9个填充目标个体密度,为1K-9K,间隔1K。结果表明,增加参考群体规模、提高目标SNP面板的密度,可以增加基因型填充的准确性（0.76-0.79）,但基于填充SNP面板的GBLUP模型的预测能力（0.15-0.34）低于基于10K真实基因型面板的预测结果（0.44-0.72）,ssGBLUP模型的预测精度与基于10K真实基因型SNP面板基本一致。需进一步设计低密度目标面板,优化填充方案,以提高低密度填充面板的基因组预测准确性。

关键词：凡纳滨对虾未知亲本组效应标记密度基因型填充

回交育种中供体基因组成分的分布及其应用(英文)

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Acta Genetica Sinica 2001年第7期28卷 655-655页

作者：姜长鉴莫惠栋扬州大学数量遗传研究室扬州225009

推导了回交群体中供体基因组成分的条件概率分布，并用平均数预测各个体的供体染色体片段的大小。预测的精确度则用有关方差的公式，以供体的实际片断大小（ｙ）与根据标记基因型预测的供体片断大小（ｙｐ）的相关表示，并表达为标记密... 详细信息

推导了回交群体中供体基因组成分的条件概率分布，并用平均数预测各个体的供体染色体片段的大小。预测的精确度则用有关方差的公式，以供体的实际片断大小（ｙ）与根据标记基因型预测的供体片断大小（ｙｐ）的相关表示，并表达为标记密度的函数。结果表明：虽然在标记密度中等（例如４０ＣＭ／标记）时即能获得ｙ和ｙｐ的高度相关，但对一个大群体，仍必须通过高密度的标记图（例如１０— ２０ｃＭ／标记）才可能鉴别出其中的最佳个体。因此，为了在标记辅助回交育种中充分利用标记信息，应当分步骤鉴定标记基因型和选择个体。这就是：先根据少数标记对所有个体作初步选择，再根据较多标记对少数个体作精细选择。这样，在基因渐渗实验中，就可以既提高对大群体的选择强度又只要鉴定有限数目的标记基因型。这是一种非常有效的方法。

关键词：标记辅助回交育种基因渐渗标记密度供体染色体片段长度

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戊唑醇对小麦赤霉菌侵染影响的细胞学研究

植物保护学报 2005年第1期32卷 57-62页

作者：韩青梅康振生黄丽丽赵杰西北农林科技大学植物保护学院

采用电镜技术研究了三唑类杀菌剂戊唑醇(tebuconazole)对赤霉病菌 Fusarium gra-mineaum 侵染小麦穗部过程的影响。结果表明:人工接种前2天施药,可推迟外稃内表皮、内稃及子房上分生孢子的萌发,但不能完全抑制其萌发,可引起芽管和菌丝... 详细信息

采用电镜技术研究了三唑类杀菌剂戊唑醇(tebuconazole)对赤霉病菌 Fusarium gra-mineaum 侵染小麦穗部过程的影响。结果表明:人工接种前2天施药,可推迟外稃内表皮、内稃及子房上分生孢子的萌发,但不能完全抑制其萌发,可引起芽管和菌丝严重畸形,不能形成侵染菌丝侵入寄主。而人工接种后2天施药,戊唑醇则严重抑制了病菌菌丝的生长,使寄主体表和寄主组织内的菌丝形态、结构发生了一系列异常变化,并最终塌陷死亡,使菌丝不能扩展到穗轴部位。接种后4天施药,病菌虽已扩展到穗轴,但戊唑醇仍对穗轴中菌丝生长具有明显的抑制作用。对赤霉毒素的免疫细胞化学标记结果表明,药剂处理与未处理的寄主和菌丝细胞中都存在有毒素,但标记密度在药剂处理的寄主和菌丝细胞中明显低于未处理对照。

关键词：戊唑醇细胞学研究侵染小麦赤霉菌三唑类杀菌剂免疫细胞化学人工接种药剂处理赤霉病菌电镜技术分生孢子菌丝形态异常变化抑制作用菌丝生长标记密度寄主施药穗轴霉毒素萌发扩展穗部外稃子房畸形

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肉用绵羊基因组选择方法的模拟研究

肉用绵羊基因组选择方法的模拟研究

作者：王景霖山西农业大学

学位级别：硕士

随着全基因组高密度和低密度SNP芯片在科研和生产实践中的应用以及计算机技术的发展,基因组选择（genomic selection, GS）已成为家畜育种方法研究的热门领域。本研究以肉用绵羊日增重（h2=0.21）和瘦肉量（h2=0.34）为例,模拟了两... 详细信息

随着全基因组高密度和低密度SNP芯片在科研和生产实践中的应用以及计算机技术的发展,基因组选择（genomic selection, GS）已成为家畜育种方法研究的热门领域。本研究以肉用绵羊日增重（h2=0.21）和瘦肉量（h2=0.34）为例,模拟了两个不同的群体。根据NCBI公布的绵羊全基因组信息,模拟了40000个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）标记。从中随机抽取500、1000、3000、5000和10000个SNPs以及全部SNPs共6个标记密度作为SNP芯片的密度。用GBLUP、BayesCPi和Bayesian LASSO三种基因组育种值估计方法对这两个性状在不同的标记密度及不同群体规模下基因组育种值（genomic estimated breeding value, GEBV）的准确度和基因组选择的持续性进行了模拟研究。结果表明： 1.使用全基因组遗传标记估计的加性遗传关系具有较高的准确度。全基因组遗传标记密度从40000到500都适合构建全基因组关系矩阵（genomic relationship matrix, GRM）。 2.标记密度为40000时,BayesCPi估计的标记效应最大值和大效标记数量多于Bayesian LASSO。这两种方法估计的最大效应的标记基因座的位置基本一致。增加参考群体的规模,可以提高SNP效应的估计值,增加大效SNPs的数量。 3.标记密度在40000、10000、5000和3000时,BayesCPi估计的GEBV的准确度稍微高于Bayesian LASSO和GBLUP方法。标记密度为1000和500时,用BayesCPi估计的GEBV的准确度稍低于其他两种方法。从真实育种值对估计育种值的简单线性回归可知,BayesCPi受标记密度的影响大于其他两种方法。对于不同的标记密度,用Bayesian LASSO估计的GEBV的准确度较高且变化很小,此方法比较稳健。在低密度时GBLUP估计的GEBV准确度有时会很低,不够稳健。 4.增大参考群规模,GEBV的准确度提高。如果利用参考群的SNP效应估计参考群本身的GEBV,那么,群体内的变异较大时,GEBV的准确度提高。群体内的变异程度对准确度的影响大于群体规模对准确度的影响。如果利用参考群的SNP效应估计候选群个体的GEBV,提高参考群规模,可以提高GEBV的准确度和基因组选择的持续性。 5.参考群规模较小（348或355）时,遗传力中等的日增重的GEBV准确度高于高遗传力的瘦肉量的GEBV准确度。参考群规模较大（700～1700）时,日增重GEBV的准确度反而低于瘦肉量的GEBV准确度。本研究的有关结果可以为实际利用基因组选择对肉用绵羊进行遗传改良提供科学依据。

关键词：肉用绵羊基因组选择日增重瘦肉量群体规模标记密度 GBLUP 贝叶斯方法