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柯乐猪CRISP3基因SNP鉴定及其对繁殖性状的影响

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浙江农业学报 2024年

作者：向进王春源吴燕谭元成杨酸张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/香猪研究所

为分析富半胱氨酸的分泌蛋白3(cysteine rich secretory protein 3，CRISP3)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism， SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响，采用Sanger测序法检测250头健康经产柯乐猪母猪CRISP3基因的SNP突变... 详细信息

为分析富半胱氨酸的分泌蛋白3(cysteine rich secretory protein 3，CRISP3)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism， SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的影响，采用Sanger测序法检测250头健康经产柯乐猪母猪CRISP3基因的SNP突变位点，利用SPSS 22.0软件分析SNP位点与柯乐猪产活仔猪数、初生窝重、初生均重、断奶窝重、断奶仔猪数和断奶均重等6个指标的关联性。结果显示，在柯乐猪CRISP3基因第4内含子共发现3个SNPs突变位点，即g.43796318T＞C、g.43796424T＞A和g.43796425G＞T，均存在3种基因型。g.43796318T＞C和g.43796424T＞A位点的优势基因型为TT，优势等位基因为T；g.43796425G＞T位点的优势基因型为GG，优势等位基因为G。χ2检验显示，g.43796318T＞C位点基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)；g.43796424T＞A和g.43796425G＞T位点基因型分布均极显著(P猪数、初生窝重和断奶仔猪数均显著(P猪数、初生窝重和断奶仔猪数均显著(P猪数、初生窝重、断奶仔猪数和断奶窝重显著(P柯乐猪的6个繁殖指标均存在显著关联，可作为柯乐猪繁殖性状选择的候选分子标记。

关键词：柯乐猪 CRISP3基因单核苷酸多态性繁殖性状

柯乐猪XDH基因多态性鉴定及其对繁殖性状的影响

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南方农业学报 2024年

作者：向进熊力李维谢婷婷杨齐心杨红文王春源吴燕张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所贵州省动物疫病预防控制中心贵州省畜禽遗传资源管理站

【目的】分析黄嘌呤脱氢酶(Xanthine dehydrogenase，XDH)基因遗传变异对柯乐猪繁殖性状的影响。【方法】采用Sanger测序法对87头健康经产柯乐猪XDH基因SNPs位点进行筛查，利用SPSS 22.0的GLM分析SNP位点与柯乐猪产活仔猪数、初生窝重... 详细信息

【目的】分析黄嘌呤脱氢酶(Xanthine dehydrogenase，XDH)基因遗传变异对柯乐猪繁殖性状的影响。【方法】采用Sanger测序法对87头健康经产柯乐猪XDH基因SNPs位点进行筛查，利用SPSS 22.0的GLM分析SNP位点与柯乐猪产活仔猪数、初生窝重、初生平均重、断奶仔猪数、断奶窝重和断奶平均重等6个指标的关联性。【结果】在柯乐猪XDH基因第33内含子区存在2个SNPs位点：g.108047658C＞G和g.108047680C＞A；第34内含子区存在9个SNPs位点：g.108048009C＞T、g.108048044T＞C、g.108048046T＞C、g.108048047C＞T、g.108048054C＞T、g.108048153A＞T、g.108048208A＞G、g.108048212T＞C和g.108048242C＞T；第34外显子区存在导致谷氨酸(E)突变为赖氨(K)的g.108047915G＞A错义突变。12个SNPs位点均存在3种基因型，均属于中度多态位点，g.108048047C>T、g.108048208A>G、g.108048242C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C和g.108048212T>C 6个SNPs位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)，其余6个SNPs位点的基因型分布均显著偏离平衡状态(PG与g.108047680C>A、g.108048044T>C与g.108048046T>C、g.108048046T>C与g.108048047C>T间均存在强连锁不平衡关系。关联分析显示：g.108047658C＞G和g.108047915G＞A位点均对柯乐猪产活仔数的影响达显著水平(P柯乐猪XDH基因外显子34的g.108047915G>A位点导致mRNA二级结构发生变化，最小自由能由-1508.90 kcal/mol升高到 -1507.80 kcal/mol，其蛋白理论分子式、分子量、等电点、不稳定指数、三级结构发生了改变。【结论】柯乐猪XDH基因中g.108047658C＞G和g.108047915G＞A突变位点可作为柯乐猪产活仔数选择的分子标记。

关键词：柯乐猪 XDH基因 SNP位点生物信息学分析繁殖性状

柯乐猪TAC3R基因SNP位点鉴定及其对繁殖性状的影响

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南方农业学报 2024年

作者：曾辅琴谭元成黄雯王春源向进吴燕蒙炳盛孟忠名魏婷张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所

【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的遗传效应，以确定柯乐猪繁殖性状的标记位点。【方法】选取195头健康的经产母猪为研究对象，运用Sanger直接测序法鉴定TAC3R基因SNP位点，然后使用SPSS 2... 详细信息

【目的】探究速激肽受体3基因(TAC3R)单核苷酸多态性(SNP)位点对柯乐猪繁殖性状的遗传效应，以确定柯乐猪繁殖性状的标记位点。【方法】选取195头健康的经产母猪为研究对象，运用Sanger直接测序法鉴定TAC3R基因SNP位点，然后使用SPSS 22.0分析这些SNP位点与柯乐猪的总产仔数、产活仔数、初生个体重、断奶仔猪数和断奶个体重等繁殖性状间的相关性。【结果】在TAC3R基因中共发现2个SNP突变位点：g.117686266 T＞C、g.117686381 A＞G、g.117686384 A＞G(内含子1)、g.117688503 T＞C和g.117688518 T＞C(内含子2)。其中，g.117686381 A＞G和g.117686384 A＞G间呈现完全连锁，而其他位点间存在较强的连锁不平衡。关联分析结果显示，g.117688503 T>C位点显著影响窝均总产仔数和断奶仔猪数(PC位点对断奶仔猪数也有显著影响，TT基因型个体显著优于CC基因型。双倍型与柯乐猪的繁殖性状关联分析显示，双倍型H2H4为窝均总产仔数、窝均产活仔数和窝断奶仔猪数等3个指标的最佳双倍型，而双倍型H1H3在断奶平均重指标方面表现最优。【结论】TAC3R基因可作为柯乐猪繁殖性状的潜在候选基因，且双倍型H2H4可作为分子标记辅助选择的参考，为柯乐猪选种选育提供理论支撑。

关键词：柯乐猪 TAC3R基因 SNPs 繁殖性状关联性

柯乐猪BMP7基因SNP位点与繁殖性能的关联分析

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南方农业学报 2024年

作者：向进吴燕王春源赵永付红梅丁义杰张依裕贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室/贵州大学香猪研究所

【目的】分析骨形态发生蛋白7(Bone Morphogenetic Protein 7，BMP7)基因单核苷酸SNP位点的遗传效应对繁殖性状的影响。【方法】以150头健康的经产柯乐猪母猪为研究对象，采用Sanger测序法对BMP7基因SNP位点进行筛选鉴定，并利用SPSS 2... 详细信息

【目的】分析骨形态发生蛋白7(Bone Morphogenetic Protein 7，BMP7)基因单核苷酸SNP位点的遗传效应对繁殖性状的影响。【方法】以150头健康的经产柯乐猪母猪为研究对象，采用Sanger测序法对BMP7基因SNP位点进行筛选鉴定，并利用SPSS 22.0分析SNP位点与柯乐猪的窝均总产仔数、初生窝均重、初生均重、断奶仔猪数、断奶窝均重和断奶均重6个繁殖性状指标的关联性。【结果】在柯乐猪BMP7基因共发现5个SNPs位点：g.57602289C＞T、g.57602334C＞T、g.57602404C＞T、g.57602418C＞T和g.57602561G＞T，均存在3种基因型。5个SNPs位点的优势基因型分别为CT、CT、CT、CT和GT，优势等位基因均为T；多态信息含量分别为0.358、0.358、0.375、0.358和0.375，均表现为中度多态(0.25猪数极著高于CC和CT基因型(P猪数和断奶窝均重均显著高于H1H1和H1H2双倍型等。【结论】在柯乐猪BMP7基因发现的5个SNPs位点对柯乐猪的繁殖性能均有显著影响，双倍型H2H2在产仔数和初生窝重方面均可作为分子标记辅助选择的参考，BMP7基因能作为柯乐猪的繁殖性状的候选基因。

关键词：柯乐猪 BMP7基因 SNPs 繁殖性能关联分析

柯乐猪PRLR基因多态性与繁殖性状的关联性

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浙江农业学报 2023年第3期35卷 556-564页

作者：杨酸郭小江杨红文熊力李晨谭元成王春源张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省农业农村厅贵州贵阳550001

本研究旨在探究催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因的单核苷酸突变位点(single nucleotide polymorphism,SNP)及其对柯乐猪繁殖性状的遗传效应,以期为提高柯乐猪的繁殖性能研究提供基因标记。采用PCR产物直接测序法对204头柯乐猪P... 详细信息

本研究旨在探究催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因的单核苷酸突变位点(single nucleotide polymorphism,SNP)及其对柯乐猪繁殖性状的遗传效应,以期为提高柯乐猪的繁殖性能研究提供基因标记。采用PCR产物直接测序法对204头柯乐猪PRLR基因外显子区的SNP位点进行筛查鉴定,同时利用SPSS软件中单因子方差法分析各SNPs不同基因型和双倍型与7个繁殖性状的相关性,并通过在线软件分析碱基变异对mRNA二级结构的影响。结果显示,在柯乐猪PRLR基因第8外显子检测到g.20655220 C>T突变,其导致丝氨酸变成脯氨酸,为错义突变;在第4内含子检测到2个同义突变位点g.20648859 C>T和g.20648931 C>T,3个SNPs均存在3种基因型,g.20648931 C>T属于低度多态,其余2个位点属于中度多态;经卡方χ^(2)检验,g.20655220 C>T位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),g.20648859 C>T和g.20648931 C>T位点的基因型分布极显著(PT位点导致PRLR基因mRNA序列二级结构发生改变,致使mRNA二级结构稳定性降低;3个SNPs共组成5种单倍型和9种双倍型,优势单倍型H1(CCC)频率为0.610,优势双倍型H1H1(CCCCCC)频率为0.382。关联性分析结果显示,g.20655220 C>T位点CC基因型母猪的初生个体重、断奶窝重和断奶个体重均显著(PT位点CT基因型母猪的初生个体重、初生窝重和断奶窝重均显著(P柯乐猪繁殖性状的分子标记辅助选择。

关键词： PRLR基因柯乐猪多态性繁殖性状

柯乐猪DSP基因SNP鉴定及其与繁殖性状的关联分析

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中国畜牧杂志 2023年第8期59卷 95-102页

作者：向进王春源吴燕谭元成杨酸张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025

本研究旨在分析柯乐猪桥粒斑蛋白(Desmoplakin,DSP)基因单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)与繁殖性状的相关性。选择86头柯乐猪母猪,利用DNA混合池结合Sanger测序筛选DSP基因SNP位点,并采用SPSS 22.0软件中的一般线... 详细信息

本研究旨在分析柯乐猪桥粒斑蛋白(Desmoplakin,DSP)基因单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)与繁殖性状的相关性。选择86头柯乐猪母猪,利用DNA混合池结合Sanger测序筛选DSP基因SNP位点,并采用SPSS 22.0软件中的一般线性模型(GLM)对DSP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状进行关联分析。结果表明,在柯乐猪DSP基因中共发现了9个SNP位点,在第14外显子发现3个SNP位点:g.4897767G>A、g.4897776C>T和g.4897824G>A,在第14内含子发现6个SNP位点:g.4897943G>T、g.4897954C>T、g.4897991T>C、g.4897997T>G、g.4897999C>G和g.4898004C>T。连锁不平衡分析发现g.4897767G>A、g.4897999C>G和g.4898004C>T位点之间、g.4897824G>A与g.4897999C>G、g.4898004C>T位点之间以及g.4897776C>T与g.4897943G>T、g.4897991T>C位点之间均存在强连锁不平衡。统计分析显示,g.4897943G>T位点对断奶均重的影响达到显著水平。对外显子的SNP位点进行单倍型分析,发现单倍型5种、双倍型10种,其中双倍型个体H1H2(AGCCAG)总产仔数、断奶仔猪数和断奶窝重均显著大于H2H4(AGCCAA)个体;H1H5(AGCCGG)的初生窝重显著大于H2H4(AGCCAA)个体;H4H4(GGCCAA)的初生均重显著大于H1H2(AGCCAG)个体。通过分析单倍型mRNA二级结构发现,单倍型H2(ACA)、H4(GCA)、H5(ACG)均引起了DSP基因mRNA二级结构改变,可能会影响转录和翻译效率,进而影响猪繁殖性能。综上,DSP基因可以作为柯乐猪繁殖性状选择的分子标记。

关键词：柯乐猪 DSP基因单核苷酸多态性繁殖性状关联分析

柯乐猪和大白猪胎盘发育与繁殖性能的相关性分析

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畜牧与兽医 2023年第6期55卷 1-10页

作者：胡光玲申涛伍治敏谭元成张依裕敖政贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

旨在探讨柯乐猪与大白猪胎盘组织形态及营养转运、血管生成、抗氧化应激和细胞凋亡与其繁殖性能差异的相关性。比较大白猪与柯乐猪窝均产仔数、产活仔率、初生重、胎盘绒毛数量、血管数量,以及胎盘营养转运、血管生成、抗氧化应激、细... 详细信息

旨在探讨柯乐猪与大白猪胎盘组织形态及营养转运、血管生成、抗氧化应激和细胞凋亡与其繁殖性能差异的相关性。比较大白猪与柯乐猪窝均产仔数、产活仔率、初生重、胎盘绒毛数量、血管数量,以及胎盘营养转运、血管生成、抗氧化应激、细胞凋亡相关基因的mRNA表达水平。结果显示:柯乐猪的窝均产仔数、产活仔率和平均初生重均显著低于大白猪(P柯乐猪胎盘相较于大白猪表现为绒毛数量不足和发育不良;实时荧光定量PCR显示,柯乐猪胎盘中葡萄糖转运基因溶质载体家族2成员1(SLC2A1)和氨基酸转运基因溶质载体家族38成员10(SLC38A10),抗氧化应激相关基因铜锌超氧化物歧化酶(CuZn-SOD)、锰超氧化物歧化酶(Mn-SOD)和过氧化氢酶(CAT),抗细胞凋亡基因B淋巴细胞瘤-2基因(BCL-2)的转录水平显著低于大白猪胎盘(P猪胎盘(P柯乐猪胎盘中超氧化物歧化酶(SOD)、CAT酶活性显著低于大白猪胎盘(P猪胎盘(P柯乐猪胎盘组织的细胞凋亡水平极显著高于大白猪胎盘(P柯乐猪胎儿数量少和初生重低的重要原因,这可为探究柯乐猪繁殖性能的调控机制提供重要依据。

关键词：柯乐猪初生重胎盘营养转运抗氧化应激

基于RNA-Seq对柯乐猪正常和异常乳腺差异基因的挖掘研究

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中国畜牧杂志 2023年第12期59卷 166-175页

作者：王春源向进吴燕谭元成杨酸张依裕贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州大学香猪研究所贵州贵阳550025

本研究旨在获取母猪异常和正常乳腺组织的差异表达基因。选择乳腺发育正常和异常的经产柯乐猪各3头,利用RNA-seq对正常和异常乳腺组织的差异基因进行筛选和生物信息学分析,结果显示:正常与异常乳腺相比较共筛选出1847个差异基因,其中上... 详细信息

本研究旨在获取母猪异常和正常乳腺组织的差异表达基因。选择乳腺发育正常和异常的经产柯乐猪各3头,利用RNA-seq对正常和异常乳腺组织的差异基因进行筛选和生物信息学分析,结果显示:正常与异常乳腺相比较共筛选出1847个差异基因,其中上调基因767个,下调基因1080个;GO富集分析显示,生物学过程(Biological Process)差异表达基因主要富集在细胞过程(Cellular Process)和生物调节(Biological Regulation),细胞组分(CellularComponent)差异表达基因主要富集在细胞(Cell)、细胞部分(Cell Part)和膜(Membrane),分子功能(MolecularFunction)差异基因主要集中在粘合剂(Binding)和催化活性(Catalytic Activity)方面;KEGG富集分析显示,差异表达基因主要富集在神经活性配体-受体相互作用通路,其次为细胞因子与细胞因子受体的相互作用以及PI3K-Akt信号通路;上调的差异表达基因主要富集在细胞因子与细胞因子受体的相互作用,其次为神经活性配体-受体相互作用通路;下调的差异表达基因主要富集在人乳头瘤病毒感染和神经活性配体-受体相互作用信号通路,其次为PI3K-Akt信号通路和细胞周期等通路。在可变剪接分析中,正常发育乳腺组织的所有可变剪接事件多于发育不良的,A3SS和RI差异可变剪接事件都是上调,而SE、A5SS和MXE差异可变剪接事件中大部分下调。本研究通过对差异基因及其信号通路的功能注释分析,发现乳腺发育显著相关的193个差异基因,主要富集在细胞周期、Th1和Th2细胞的分化、PI3K-Akt信号通路和焦点粘连等信号通路,绘制了193个差异基因的网络互作图,筛选出关联度前10位的差异基因为CDC6、F2、E2F1、DRD2、KNG1、GHRL、LEP、IFNG、FN1、PPARG,且关联度最高的CDC6可调节多个信号通路。研究结果为进一步阐述哺乳动物乳腺发育的调控机制提供了一定的科学依据。

关键词：柯乐猪 RNA-seq技术乳腺发育差异基因

柯乐猪与大白猪胴体性状、肉质性状研究及相关性分析

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现代畜牧科技 2023年第7期 1-6页

作者：齐婧谭娅张静张雄赵春萍杜春林王婧周思旋史开志贵州省农业科学院畜牧兽医研究所贵州贵阳550005 贵州省地方猪保护与繁育工程研究中心贵州贵阳550005

为探究地方品种柯乐猪与引进品种大白猪的种质特性,试验从2个品种中分别选择19头和12头进行胴体及肉质性状等相关指标的测定,并进行性状间相关性分析。相关性分析表明,柯乐猪和大白猪的宰前活重与胴体重均极显著正相关(P<0.01),瘦肉率... 详细信息

为探究地方品种柯乐猪与引进品种大白猪的种质特性,试验从2个品种中分别选择19头和12头进行胴体及肉质性状等相关指标的测定,并进行性状间相关性分析。相关性分析表明,柯乐猪和大白猪的宰前活重与胴体重均极显著正相关(P柯乐猪眼肌的L_(45min*)与b_(45min*)呈极显著正相关(r=0.701,P猪眼肌的L_(45min*)与b_(45min*)呈显著正相关(r=0.671,P猪的胴体性能优于柯乐猪,但柯乐猪肉质优于大白猪,性状间也存在一定的相关性。

关键词：柯乐猪大白猪胴体性状肉质性状相关性分析