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撒坝猪SPDEF基因克隆及其生物信息学分析

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中国畜牧兽医 2019年第5期46卷 1263-1272页

作者：袁荷梅李明丽马黎兰国湘崔艺佳周晓霞曾韦植严达伟鲁绍雄董新星云南农业大学动物科学技术学院昆明650201 云南农业职业技术学院昆明650212

为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析。采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接。采用生物信息学软件分... 详细信息

为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析。采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接。采用生物信息学软件分析撒坝猪SPDEF基因开放阅读框及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构、功能结构域,并构建系统进化树。结果表明,各猪种SPDEF基因编码区仅在外显子1、2分别检测到1个同义突变(C13971T、C16541T),表明该基因编码区在所检测的猪群中高度保守。生物信息学分析发现,该基因有1个长1 092 bp的完整开放阅读框;SPDEF蛋白中丝氨酸(Ser)含量最高(10.7%),体外理论半衰期为30 h,属于不稳定的亲水性蛋白;该蛋白不存在信号肽及跨膜结构,存在39个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,亚细胞定位于细胞质;二级结构预测中,参与无规则卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能结构域预测发现,该蛋白存在1个ETS功能结构域和1个SAM-PNT功能结构域。系统进化树结果显示,撒坝猪与牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近。本研究为进一步分析撒坝猪SPDEF基因的功能奠定了一定的理论基础。

关键词：撒坝猪 SPDEF基因克隆生物信息学分析

撒坝猪ESR和FSH-β基因多态性及其与产仔数的关联分析

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云南农业大学学报（自然科学版） 2009年第3期24卷 389-393,424页

作者：鲁绍雄胡晓湘连林生吴常信严达伟李宁任文辉赵中保云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201 中国农业大学农业生物技术国家重点实验室北京100193 中国农业大学动物科学技术学院北京100193 云南省楚雄州种猪场云南楚雄675000

在对762头撒坝猪的ESR和FSH-β基因多态性进行检测的基础上,系统地分析了两个基因座位的基因型及其合并基因型产仔数的影响。结果表明,撒坝猪ESR基因座位的BB基因型和B等位基因的频率最高,FSH-β基因座位的AA基因型和A等位基因的频率最... 详细信息

在对762头撒坝猪的ESR和FSH-β基因多态性进行检测的基础上,系统地分析了两个基因座位的基因型及其合并基因型产仔数的影响。结果表明,撒坝猪ESR基因座位的BB基因型和B等位基因的频率最高,FSH-β基因座位的AA基因型和A等位基因的频率最高。在初产胎次的产仔数上,ESR基因以AA型最多(P0.05)。ESR与FSH-β合并基因型为AABB型的母猪,其初产总仔数及活仔数最多(P猪的经产总仔数与活仔数也明显高于其他基因型(P猪产仔数存在一定关联,但ESR基因对产仔数的效应与前人关于ESR BB型为猪产仔数增效基因型的结果明显不同。

关键词：撒坝猪 ESR基因 FSH-β基因产仔数关联分析

撒坝猪TNS3基因CDS序列生物信息分析及组织表达检测

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黑龙江畜牧兽医 2019年第23期 5-10,167页

作者：肖莹李明丽马黎兰国湘严达伟王孝义鲁绍雄董新星云南农业大学动物科学技术学院昆明650201 云南农业职业技术学院昆明650201

为了研究撒坝猪张力蛋白3(tensin3,TNS3)基因的结构和功能,以及在不同组织中的表达情况,试验对撒坝猪TNS3基因外显子区域进行了PCR扩增,所得序列与NCBI中序列进行比较分析,利用生物信息学软件对撒坝猪TNS3基因的结构、理化性质及其编码... 详细信息

为了研究撒坝猪张力蛋白3(tensin3,TNS3)基因的结构和功能,以及在不同组织中的表达情况,试验对撒坝猪TNS3基因外显子区域进行了PCR扩增,所得序列与NCBI中序列进行比较分析,利用生物信息学软件对撒坝猪TNS3基因的结构、理化性质及其编码蛋白信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构和CpG岛等进行了分析,并讨论撒坝猪TNS3基因与其他物种氨基酸序列的进化关系;采用实时荧光定量PCR法检测TNS3基因在不同组织中的表达情况。结果表明:撒坝猪TNS3基因序列与NCBI上公布的野猪TNS3基因序列中的CDS区相比存在4个碱基突变;撒坝猪TNS3蛋白是疏水蛋白,也是不稳定蛋白;该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,主要在细胞外膜上发挥生物学作用,存在磷酸化位点和糖基化位点;该蛋白的三级结构由α-螺旋(17.87%)、β-转角(4.62%)、延伸链(14.22%)和无规则卷曲(63.29%)构成;TNS3基因在不同物种进化过程中分化明显;撒坝猪TNS3基因有6个CpG岛和3种高度保守的结构功能域;撒坝猪TNS3基因在肝脏中的表达量最高,其次为大脑、背脂、肾脏脏、脾脏、肺脏,而在大白猪背最长肌中的表达量比撒坝猪高(P猪生长性状相关.

关键词：撒坝猪 TNS3基因生物信息预测组织表达生长发育

撒坝猪与大白猪背脂差异circRNA筛选与调控网络分析

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中国畜牧杂志 2023年第5期59卷 116-123页

作者：董新星刘金桥李明丽严达伟王孝义陈强鲁绍雄云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201

为探究撒坝猪背脂中circRNAs的表达模式与背脂沉积的关系,本研究采用RNA-seq和生物信息学方法筛选撒坝猪和大白猪背部皮下脂肪组织差异表达circRNA,使用MiRanda预测circRNA与miRNA的靶向关系,TargetScan和miRDB预测miRNA的靶基因,对靶... 详细信息

为探究撒坝猪背脂中circRNAs的表达模式与背脂沉积的关系,本研究采用RNA-seq和生物信息学方法筛选撒坝猪和大白猪背部皮下脂肪组织差异表达circRNA,使用MiRanda预测circRNA与miRNA的靶向关系,TargetScan和miRDB预测miRNA的靶基因,对靶基因进行GO和KEGG富集分析,构建与脂质代谢相关的circRNA-miRNA-mRNA互作网络。结果显示:以|log2fold change|≥1且Padj撒坝猪中上调7个,下调20个;GO和KEGG富集分析显示,靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路等与脂质代谢相关的过程;circRNA-miRNA-mRNA互作网络显示,novel_circ_0003253上调,靶向miR-148a-3p和miR-182下调,靶基因ROCK1和SNAP23表达上调,促进脂肪生成相关基因表达,可能导致脂肪沉积速率增加,脂肪生成增多,脂滴和脂肪细胞直径增大;novel_circ_0002314下调,靶向miR-29b上调,靶基因SPARC下调,可能促进皮下脂肪细胞增殖。随机挑选了novel_circ_0003253和novel_circ_0014367进行qRT-PCR验证,定量验证结果与转录组测序结果一致。综上,本研究利用RNA-seq技术筛选到2个撒坝猪与大白猪背脂差异circRNA,为解析地方猪种脂肪沉积的调控机制、撒坝猪的遗传改良提供了参考信息。

关键词：撒坝猪背脂脂质代谢 circRNA 调控网络

撒坝猪胰岛素样生长因子-Ⅰ基因多态性及其与部分生长性状的关联分析

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中国畜牧兽医 2012年第10期39卷 181-184页

作者：丁艳鲁绍雄连林生云南省沾益县畜牧兽医局云南沾益655331 云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201

胰岛素样生长因子-Ⅰ(insulin-like growth factor-Ⅰ,IGF-Ⅰ)基因的表达产物对猪肌肉的生长有着重要的调控作用。以IGF-Ⅰ基因作为撒坝猪生长性状的候选基因,运用PCR-RFLP技术对其HhaⅠ位点的多态性进行了检测,并对IGF-Ⅰ基因的多态性... 详细信息

胰岛素样生长因子-Ⅰ(insulin-like growth factor-Ⅰ,IGF-Ⅰ)基因的表达产物对猪肌肉的生长有着重要的调控作用。以IGF-Ⅰ基因作为撒坝猪生长性状的候选基因,运用PCR-RFLP技术对其HhaⅠ位点的多态性进行了检测,并对IGF-Ⅰ基因的多态性与12个阶段体重、日增重和体尺性状的关系进行了分析。结果表明,撒坝猪IGF-Ⅰ基因的多态性较为丰富,产生AA、AB和BB 3种基因型,其基因型频率分别是0.3473、0.5149、0.1378,等位基因A和B的频率分别是0.6048、0.3952,且该基因座位处于Hardy-Weinberg平衡状态,撒坝猪IGF-Ⅰ基因的遗传变异对其生长性状有着显著的影响(P猪生长性状的一个主效基因或是一个与影响猪生长性状的数量性状座位(quantiative trait locus,QTL)连锁的基因。

关键词：撒坝猪 IGF-Ⅰ基因多态性生长性状

撒坝猪SLA-DQA基因多态性与生长性状的相关性分析

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畜牧与兽医 2014年第5期46卷 59-61页

作者：钱锦花连林生云南省玉溪农业职业技术学院动科系云南玉溪653106 云南农业大学动科科学技术学院云南昆明650201

应用PCR-RFLPs方法检测撒坝猪SLA-DQA基因突变位点多态性,通过最小二乘分析进行基因型与生长性状表型值的相关分析,结果表明SLA-DQA基因3种基因型在所分析的几个阶段体重和6月龄体尺性状上差异均未达到显著水平,且而在0~45日龄日增重和7... 详细信息

应用PCR-RFLPs方法检测撒坝猪SLA-DQA基因突变位点多态性,通过最小二乘分析进行基因型与生长性状表型值的相关分析,结果表明SLA-DQA基因3种基因型在所分析的几个阶段体重和6月龄体尺性状上差异均未达到显著水平,且而在0~45日龄日增重和70日龄~4月龄日增重上AA基因型与AB基因型间的差异达到显著水平,大多数生长性状都以BB型的较高。

关键词：撒坝猪 SLA-DQA 生长性状 PCR-RFLP 基因多态性

撒坝猪及长撒二元杂猪SLA-DQB基因PCR-RFLP多态性分析

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中国畜牧杂志 2007年第13期43卷 6-8页

作者：钱锦花连林生云南省玉溪农业职业技术学院动科系云南玉溪653106 云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201

采用限制性内切酶RsaⅠ对云南地方品种撒坝猪及其长撒二元杂猪SLA-DQB基因外显子2的273bp扩增产物进行多态性分析,结果在2种猪中均发现B、C、G3种等位基因,在撒坝猪中发现6种基因型:132bp/84bp/30bp/27bp(BB)、246bp/27bp(CC)、132bp/11... 详细信息

采用限制性内切酶RsaⅠ对云南地方品种撒坝猪及其长撒二元杂猪SLA-DQB基因外显子2的273bp扩增产物进行多态性分析,结果在2种猪中均发现B、C、G3种等位基因,在撒坝猪中发现6种基因型:132bp/84bp/30bp/27bp(BB)、246bp/27bp(CC)、132bp/114bp/27bp(GG)、246bp/132bp/84bp/30bp/27bp(BC)、132bp/114bp/84bp/30bp/27bp(BG)、246bp/132bp/114bp/27bp(CG);长撒二元杂猪中发现5种基因型:BB、CC、BC、BG、CG。经χ2适合性检验,撒坝猪和长撒二元杂猪SLA-DQB基因外显子2在RsaⅠ酶切位点处于Hardy-Weinberg遗传不平衡状态。

关键词： SLA-DQB PCR-RFLP 撒坝猪长撒二元杂猪

撒坝猪胴体瘦肉率与活体性状间的灰色关联度分析

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甘肃畜牧兽医 2000年第1期30卷 18-19页

作者：唐爱发连林生田允波云南农业大学动物科技学院昆明650201

应用灰色关联度分析法对撒坝猪胴体瘦肉率与几个活体性状间的关系进行了分析。结果表明,瘦肉率与各性状间的关联度大小顺序为:胸围>活膘>体长>体重≥体高>腹围>管围。根据关联度分析原则,以胸围、活膘、体长与瘦肉率关系较为密切,在猪... 详细信息

应用灰色关联度分析法对撒坝猪胴体瘦肉率与几个活体性状间的关系进行了分析。结果表明,瘦肉率与各性状间的关联度大小顺序为:胸围>活膘>体长>体重≥体高>腹围>管围。根据关联度分析原则,以胸围、活膘、体长与瘦肉率关系较为密切,在猪瘦肉型品系选育中应予以足够重视。并提出了该法在种猪个体的综合评比、新品系鉴定和杂交组合的筛选上运用的可能性。

关键词：撒坝猪瘦肉率灰色关联度活体性状

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撒坝猪专门化母系繁殖性状的相关与通径分析

畜牧与兽医 2003年第11期35卷 1-3页

作者：鲁绍雄连林生严达伟王开荣赵中保任文辉王鹤云云南农业大学动物科技学院云南昆明650201 云南省楚雄州农业局云南楚雄675000 云南省楚雄州种猪场云南楚雄675000

利用撒坝猪专门化母系 7个世代共 576头母猪的繁殖性能数据 ,对总产仔数 (x1 )、活产仔数 (x2 )、初生窝重 (x3)、 2 0日龄窝重 (x4 )、断奶窝重 (x5)、育成率 (x6 )和断奶仔数 (y) 7个繁殖性状进行了相关和通径分析 ,并在此基础上建立... 详细信息

利用撒坝猪专门化母系 7个世代共 576头母猪的繁殖性能数据 ,对总产仔数 (x1 )、活产仔数 (x2 )、初生窝重 (x3)、 2 0日龄窝重 (x4 )、断奶窝重 (x5)、育成率 (x6 )和断奶仔数 (y) 7个繁殖性状进行了相关和通径分析 ,并在此基础上建立了估计断奶仔数的最优回归方程。结果表明 ,撒坝猪专门化母系的繁殖性能在经过 7个世代的选育后 ,获得了明显提高。各繁殖性状间在表型值上都存在不同程度的相关 ,其中以总产仔数与活产仔数的相关程度最高 (r=0 92 0 1 ) ,其次为 2 0日龄窝重与断奶仔数 (r=0 82 88) ,而初生窝重与育成率间的相关系数最低 (r=0 0 381 )。在所分析的 7个性状中 ,除了总产仔数和活产仔数与育成率间为负相关外 ,其余性状间均为正相关。所建立的估计断奶仔数的多元回归方程为 :y=- 6 1 1 90 +0 6986x2 +0 0 33 7x4 +0 0 0 4 8x5+0 0 71 8x6 。

关键词：撒坝猪专门化母系繁殖性状相关分析通径分析