撒坝猪与大白猪背脂差异circRNA筛选与调控网络分析

作     者：董新星 刘金桥 李明丽 严达伟 王孝义 陈强 鲁绍雄 

作者机构：云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201 

出 版 物：《中国畜牧杂志》 (Chinese Journal of Animal Science)

年 卷 期：2023年第59卷第5期

页      面：116-123页

学科分类：0905[农学-畜牧学] 09[农学] 090501[农学-动物遗传育种与繁殖] 

基　　金：云南省产业技术领军人才专项(YNWR-CYJS-2018-056) 云南省高校科技创新团队云南省高校高原山地畜禽抗逆性基因发掘与利用科技创新团队(2020TD05) 

主　　题：撒坝猪 背脂 脂质代谢 circRNA 调控网络 

摘      要：为探究撒坝猪背脂中circRNAs的表达模式与背脂沉积的关系,本研究采用RNA-seq和生物信息学方法筛选撒坝猪和大白猪背部皮下脂肪组织差异表达circRNA,使用MiRanda预测circRNA与miRNA的靶向关系,TargetScan和miRDB预测miRNA的靶基因,对靶基因进行GO和KEGG富集分析,构建与脂质代谢相关的circRNA-miRNA-mRNA互作网络。结果显示:以|log2fold change|≥1且Padj0.05筛选到27个差异表达circRNA,在撒坝猪中上调7个,下调20个;GO和KEGG富集分析显示,靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路等与脂质代谢相关的过程;circRNA-miRNA-mRNA互作网络显示,novel_circ_0003253上调,靶向miR-148a-3p和miR-182下调,靶基因ROCK1和SNAP23表达上调,促进脂肪生成相关基因表达,可能导致脂肪沉积速率增加,脂肪生成增多,脂滴和脂肪细胞直径增大;novel_circ_0002314下调,靶向miR-29b上调,靶基因SPARC下调,可能促进皮下脂肪细胞增殖。随机挑选了novel_circ_0003253和novel_circ_0014367进行qRT-PCR验证,定量验证结果与转录组测序结果一致。综上,本研究利用RNA-seq技术筛选到2个撒坝猪与大白猪背脂差异circRNA,为解析地方猪种脂肪沉积的调控机制、撒坝猪的遗传改良提供了参考信息。