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经典名方当归四逆汤指纹图谱及功效关联物质预测分析

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中草药 2021年第15期52卷 4507-4518页

作者：许金国夏金鑫梅茜赵晓莉张科卫毛靖高红宁李鹏毛春芹陆兔林南京中医药大学药学院江苏南京210023 南京海陵中药制药工艺技术研究有限公司江苏南京210023

目的基于指纹图谱及网络药理学对当归四逆汤(Danggui Sini Decoction,DSD)进行全过程质量控制和温经散寒、养血通脉功效关联物质预测分析。方法建立DSD物质基准对应实物的指纹图谱,匹配共有峰,进行共有峰的归属分析;基于可测性和可追溯... 详细信息

目的基于指纹图谱及网络药理学对当归四逆汤(Danggui Sini Decoction,DSD)进行全过程质量控制和温经散寒、养血通脉功效关联物质预测分析。方法建立DSD物质基准对应实物的指纹图谱,匹配共有峰,进行共有峰的归属分析;基于可测性和可追溯性进行DSD活性成分的筛选,采用网络药理学构建"成分-靶点-通路"网络,预测DSD温经散寒、养血通脉功效关联物质。结果建立了DSD物质基准对应实物的指纹图谱,标定25个共有峰,指认了芍药内酯苷、芍药苷、阿魏酸、甘草苷、肉桂酸、邻甲氧基桂皮醛、甘草酸、藁本内酯、细辛脂素9个色谱峰,相似度均>0.90。根据各共有峰的归属分析,主要药效物质群可以从饮片到物质基准对应实物较为完整的传递,归属关系清晰明确;采用网络药理学对筛选出的9个活性成分进行"成分-靶点-通路"网络构建与分析,富集的通路中包括癌症信号通路、磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-hydroxykinase-proteinkinaseB,PI3K-Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路、瞬时受体电位(transient receptor potential,TRP)通道的炎性介质调节等,DSD的9个活性成分可能通过调节这些信号通路达到温经散寒、养血通脉的作用。结论建立了经典名方DSD的指纹图谱并对其进行归属分析,明确DSD的色谱峰归属,对经典名方DSD进行整体化、过程化的质量控制;并结合网络药理学发现DSD的9个活性成分具有传递性和溯源性,且与DSD温经散寒、养血通脉功效属性密切相关,可作为其潜在的功效关联物质,为DSD的进一步研究提供依据。

关键词：经典名方当归四逆汤指纹图谱网络药理学功效关联物质质量控制成分-靶点-通路温经散寒养血通脉芍药内酯苷、芍药苷、阿魏酸、甘草苷、肉桂酸、邻甲氧基桂皮醛、甘草酸、藁本内酯、细辛脂素癌症信号通路 PI3K-Akt信号通路 MAPK信号通路 TRP通道的炎性介质调节传递性溯源性

基于多元统计分析和网络药理学的炒酸枣仁饮片质量标志物预测分析

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中草药 2021年第16期52卷 4811-4824页

作者：李泽杜鹤解玉军衡依然段慧竹裴香萍闫艳杜晨晖山西中医药大学中药与食品工程学院山西太原030619 山西大学中医药现代研究中心山西太原030006

目的基于多元统计分析和网络药理学分析预测炒酸枣仁饮片潜在的质量标志物(Q-Marker)。方法利用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱质谱联用(ultra performance liquid chromatography-quadrupole-electrostatic field orbital trap mass spectrometry,UHPLC-Q-Orbitrap-MS)解析生、炒酸枣仁饮片的主要成分,运用多元统计分析结合VIP>1和P成分。结合网络药理学筛选核心靶点构建"成分-靶点-通路"网络关系,预测炒酸枣仁潜在的Q-Marker,以潜在Q-Marker为指标对市售样品进行含量测定,验证Q-Marker的科学性。结果生、炒酸枣仁共鉴定54个化学成分,包括斯皮诺素、当药黄素等黄酮类成分,酸枣仁皂苷A、酸枣仁皂苷B等皂苷类成分,以及木兰花碱、乌药碱等生物碱类成分;结合多元统计分析共找到木兰花碱、6"’-阿魏酰斯皮诺素、酸枣仁皂苷A、白桦脂酸等28个差异性成分;经网络药理学分析筛选出包括17个差异成分的Q-Marker库,分别为酸枣仁皂苷A、酸枣仁皂苷B、美洲茶酸、白桦脂酸、木兰花碱、乌药碱、去甲荷叶碱、巴婆碱、斯皮诺素、当药黄素、维采宁Ⅱ、6"’-对-香豆酰斯皮诺素、6"’-阿魏酰斯皮诺素、芹菜素、桦木酮酸、牡荆素、异牡荆素;结合课题组前期研究及市售样品测定结果,最终确定木兰花碱、乌药碱、斯皮诺素、6"’-阿魏酰斯皮诺素、酸枣仁皂苷A和B作为炒酸枣仁的Q-Marker。结论分析预测的Q-Marker为炒酸枣仁的整体质量控制及临床应用提供科学依据,同时也为其功效关联物质的研究及作用机制的阐释奠定基础。

关键词：多元统计分析网络药理学酸枣仁炒酸枣仁质量标志物 UHPLC-Q-Orbitrap-MS 成分-靶点-通路木兰花碱乌药碱斯皮诺素 6’’’-阿魏酰斯皮诺素酸枣仁皂苷整体质量控制

基于网络药理学和分子对接技术探讨生脉注射液抗新型冠状病毒肺炎的作用机制

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中草药 2020年第11期51卷 2977-2987页

作者：王梁凤李慧婷王堯柳小莉陈青垚徐杰杨明张小飞王芳江西中医药大学现代中药制剂教育部重点实验室江西南昌330004 陕西中医药大学药学院陕西咸阳712046 成都中医药大学药学院四川成都610075

目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscap... 详细信息

目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscape3.7.1构建活性成分-作用靶点网络图;在GeneCards及OMIM数据库中以"coronavirus pneumonia"为关键词搜索冠状病毒肺炎相关疾病靶点,与生脉注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点,将共同靶点导入STRING数据库获取数据后在Cytoscape 3.7.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用R语言进行GO(gene ontology)功能、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,预测其作用机制,并构建"成分-靶点-通路"网络图;通过DiscoveryStudio 2.5软件对关键靶点进行分子对接分析。结果生脉注射液筛选得到22个活性化合物,分别为邻苯二甲酸二辛酯、β-谷甾醇、当归酰基戈米辛O、戈米辛A、戈米辛R、五味子丙素、内南五味子酯乙、长南酸、南五味子内酯、香蒲木脂素B、新杜松烷酸A、新杜松烷酸B、新杜松烷酸C、新南五味子木脂宁、五味子内酯A、五味子内酯E、五味子酸、尿苷、薯蓣皂苷元、鸟嘌呤核苷、N-反式阿魏酰酪胺、豆甾醇。相应作用靶点224个,与COVID-19的共同靶点16个,分别为CASP3、CASP8、PTGS2、BCL2、BAX、PRKCA、PTGS1、PIK3CG、F10、NOS3、DPP4、NOS2、TLR9、ACE、ICAM1、PRKCE,关键靶点涉及CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3、ICAM1。GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目771个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目79个。KEGG通路富集分析筛选得到67条(P通路,主要涉及糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、凋亡通路、P53信号通路、小细胞肺癌通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺。结论生脉注射液中的活性化合物五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺等能作用于CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3等靶点调节多条信号通路发挥抗炎、免疫调节、抗休克、增加血氧饱和度等作用,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。

关键词：生脉注射液新型冠状病毒肺炎网络药理学分子对接 KEGG通路富集分析成分-靶点-通路 CASP3 PTGS2 NOS2 NOS3 ICAM1 五味子内酯E 豆甾醇 N-反式阿魏酰酪胺抗炎免疫调节抗休克增加血氧饱和度

基于中医药整合药理学平台、GEO数据库芯片及分子对接探讨大黄抗肝癌的作用机制

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中草药 2020年第20期51卷 5207-5219页

作者：王玉杨雪靳晓杰杨飞霞王玉霞王菲樊秦张建武晓玉夏鹏飞赵磊甘肃中医药大学药学院甘肃兰州730000 甘肃中医药大学甘肃省高校中藏药化学与质量研究省级重点实验室甘肃兰州730000 甘肃省道地药材质量标准化技术研究与推广工程实验室甘肃兰州730000 北京中医药大学药学院北京102488

目的采用GEO数据库、整合药理学平台v2.0和分子对接技术探讨大黄抗肝癌的活性成分及其分子机制。方法利用中医药整合药理学平台(TCMIP)筛选中药大黄的活性成分,借助TCMIP及Swisstarget在线数据库预测作用靶点;从GEO数据库下载肝癌基因... 详细信息

目的采用GEO数据库、整合药理学平台v2.0和分子对接技术探讨大黄抗肝癌的活性成分及其分子机制。方法利用中医药整合药理学平台(TCMIP)筛选中药大黄的活性成分,借助TCMIP及Swisstarget在线数据库预测作用靶点;从GEO数据库下载肝癌基因芯片数据库,利用GEO2R分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因。基于大黄潜在靶点与肝癌靶点的匹配结果筛选大黄抗肝癌的关键靶点,并对关键靶点进行基因本体论(GO)功能、基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络及中药-成分-靶点-通路网络,分析并筛选大黄抗肝癌的主要成分和核心靶点。进一步采用Schrodinger-Maestro软件对核心靶点与主要活性成分进行分子对接,以虚拟验证其结合能力并分析其结合模式。结果筛选得到大黄抗肝癌活性成分20个,作用靶点86个,涉及CDK1、AKR1C3、PTGS2、AR、CCNB1等。GO功能富集主要集中在细胞周期、有丝分裂、氧化还原过程、药物反应、类固醇代谢过程等。KEGG通路富集主要涉及细胞周期、细胞衰老、补体系统、花生四烯酸代谢、胆汁代谢等,且这些代谢通路与细胞凋亡、转移、炎症和免疫相关。分子对接结果显示92.2%的活性成分与10个核心靶蛋白均具有较好的结合力,且结合形式多以氢键、疏水键、π-π键和阳离子-π键为主。结论大黄中的大黄酸、大黄素、大黄酚-8-O-β-D-吡喃葡萄糖苷、大黄酚-1-O-β-D-葡萄糖苷、丹叶大黄素等活性成分能够作用于CDK1、CCNB1、CYP2C9、MMP9、PTGS2等多个靶点,通过调节与细胞凋亡、转移、炎症、免疫相关的信号通路进而发挥抗肝癌作用。

关键词：整合药理学平台 GEO数据库分子对接大黄肝癌成分-靶点-通路大黄酸大黄素大黄酚-8-O-β-D-葡萄糖苷大黄酚-1-O-β-D-葡萄糖苷丹叶大黄素

基于多元统计分析和网络药理学的五味子醋制前后质量标志物预测分析

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中草药 2019年第19期50卷 4643-4653页

作者：苏联麟李昱徐祯王吓长郝敏黄紫炎陆兔林季德童黄锦毛春芹南京中医药大学药学院江苏南京210023 浙江中医药大学药学院浙江杭州310053 南京中医药大学附属江苏省中西医结合医院江苏南京210028

目的基于多元统计分析和网络药理学分析预测五味子醋制前后潜在的质量标志物。方法采用UPLC-Q/TOF-MS解析生、醋五味子饮片中主要的木脂素类成分,并运用多元统计方法筛选出炮制前后潜在的差异化学成分,即化学标记物。进一步通过网络... 详细信息

目的基于多元统计分析和网络药理学分析预测五味子醋制前后潜在的质量标志物。方法采用UPLC-Q/TOF-MS解析生、醋五味子饮片中主要的木脂素类成分,并运用多元统计方法筛选出炮制前后潜在的差异化学成分,即化学标记物。进一步通过网络药理学以及生物信息学分析显著差异成分相关的主要作用靶点和通路,构建“成分-靶点-通路”网络关系,预测生、醋五味子潜在的质量标志物。结果筛选了五味子醋制前后差异性成分40个,其中8个为生、醋五味子之间显著性差异成分(即化学标记物)。鉴定并确认了其中的5个化学成分,分别是5-羟甲基糠醛、五味子甲素及其同分异构体、五味子乙素和五味子酯丁。而其余3个化学标记物通过解析一级、二级质谱信息,推测它们很可能也属于木脂素类成分。网络药理学分析结果表明,鉴定并确认的5个潜在质量标志物与五味子的主要药理作用密切相关。最终五味子乙素和5-羟甲基糠醛被确定为最具代表性的潜在质量标志物。结论五味子醋制前后其化学成分发生了一系列复杂的变化,经研究分析确定五味子乙素和5-羟甲基糠醛可作为五味子醋制前后代表性的潜在质量标志物,并推测木脂素类成分可能为五味子醋制保肝的重要效应物质基础。

关键词：五味子醋制质量标志物 UPLC-Q/TOF-MS 多元统计分析网络药理学木脂素生物信息学成分-靶点-通路 5-羟甲基糠醛五味子甲素五味子乙素五味子酯丁

基于网络药理学与分子对接预测的制路路通质量标准研究

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人参研究 2024年第3期36卷 23-31页

作者：许世辉王洪强朱雪艳卜其涛张成中海军军医大学药学系上海200433 阜阳市食品药品检验检测中心阜阳236015 暨南大学药学院广州510632

目的基于网络药理学分子对接预测制路路通质量标志物,制定制路路通质量标准。方法通过网络药理学的方法构建“制路路通-成分-靶点-通路”网络关系,结合分子对接,预测制路路通潜在的质量标志物。依据《中国药典》2020年版四部通用检测方... 详细信息

目的基于网络药理学分子对接预测制路路通质量标志物,制定制路路通质量标准。方法通过网络药理学的方法构建“制路路通-成分-靶点-通路”网络关系,结合分子对接,预测制路路通潜在的质量标志物。依据《中国药典》2020年版四部通用检测方法分别测定制路路通的水分、总灰分、酸不溶性灰分、TLC定性鉴别、HPLC定量路路通酸。结果通过网络药理学及分子对接预测发现路路通酸、路路通内酯、枫香脂诺维酸、松柏苷等成分具有较好的药理活性,与ABCB1、SHBG、TERT、NR1H3、CSF1R、G6PD等关键靶点相关,可作用于PI3K-Akt等信号通路,发挥抗癌、抗炎等多种药理活性,是制路路通潜在的质量标志物。结论基于网络药理学与分子对接预测制路路通中的药理活性物质,建立制路路通质量标准。制路路通所含路路通酸,按干燥品计算不得少于0.15%。

关键词：制路路通质量标准质量标志物网络药理学成分-靶点-通路

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半夏-附子药对拮抗冠心病分子机制研究

现代中医药 2022年第2期42卷 54-62页

作者：杨杰彭启伦郭步伐丁维俊毕节医学高等专科学校基础医学系贵州毕节551700 成都中医药大学基础医学院四川成都610075

目的通过网络药理学与分子对接方法探讨半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的分子机制。方法基于TCMSP、DisGeNET和OMIM等多个数据库查询半夏-附子药对活性成分和冠心病相关靶点。采用STRING数据库构建半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病相关靶... 详细信息

目的通过网络药理学与分子对接方法探讨半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的分子机制。方法基于TCMSP、DisGeNET和OMIM等多个数据库查询半夏-附子药对活性成分和冠心病相关靶点。采用STRING数据库构建半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病相关靶点PPI网络,运用Cytoscape3.7.1软件构建“半夏-附子药对活性成分-冠心病-靶点-通络”网络,随后使用R语言脚本进行GO和KEGG通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果半夏-附子药对活性成分16个,与半夏-附子同方配伍拮抗冠心病的相关靶点有35个,35个靶点富集在57个GO term上,同时富集在75条KEGG信号转导通路上;KEGG富集P值最显著的信号转导通路为Lipid and atherosclerosis;进一步分析提示了,半夏-附子药对活性成分拮抗冠心病的核心靶点可能为AKT1、FOS、MMP9和PTGS2,其关键有效成分为baicalein、cavidine和deltoin。结论本研究初步揭示了半夏-附子药对活性成分通过调控Lipid and atherosclerosis信号转导通路而拮抗冠心病,为半夏-附子药对抗冠心病的物质基础及分子机制的进一步研究奠定了理论基础。

关键词：网络药理学半夏-附子药对冠心病成分-靶点-通路分子机制

基于网络药理学和分子对接技术探讨三七治疗心房颤动的分子生物学机制

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中西医结合心脑血管病杂志 2021年第22期19卷 3853-3862页

作者：陶诗怡于林童朱春临张瑾张兰鑫黄力北京中医药大学北京100029 中国中医科学院广安门医院中日友好医院北京100029

目的通过网络药理学和分子对接技术探讨三七治疗心房颤动的分子机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选三七活性成分及靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-预测靶点网络。通过OMIM、DrugBank、GeneCards、DisGeNET数... 详细信息

目的通过网络药理学和分子对接技术探讨三七治疗心房颤动的分子机制。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选三七活性成分及靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-预测靶点网络。通过OMIM、DrugBank、GeneCards、DisGeNET数据库检索心房颤动相关靶点,利用STRING 11.0构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.2软件进行可视化分析。利用Metascape平台对交集靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,借助Cytoscape 3.7.2软件构建三七活性成分-靶点-信号通路网络图,利用AutoDock软件进行分子对接并通过Pymol对结果进行可视化处理。结果筛选出三七活性成分9个,三七-心房颤动交集靶点102个。GO分析主要得到6个生物学过程、4种分子功能和4条细胞组分表达过程,KEGG分析得到显著相关信号通路20条(P通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路等。分子对接得分均小于-6.0。结论初步揭示三七可从细胞、组织、器官、代谢、免疫、炎症、凋亡、氧化应激、离子通道等多方面治疗心房颤动,为后续进一步开展三七治疗心房颤动的作用机制和临床应用研究提供科学依据。

关键词：心房颤动三七网络药理学分子对接作用机制成分-靶点-通路