检索结果-南通市图书馆

稳定表达HBx的人肝细胞株L02长链非编码RNA表达谱分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华肝脏病杂志 2016年第6期24卷 417-421页

作者：匡栩源李宁傅永明李佳范学工中南大学湘雅医院感染科病毒性肝炎湖南省重点实验室长沙410008 中南大学湘雅医院输血科长沙410008

目的建立稳定表达HBx基因的人肝细胞株L02 （L02/HBx）长链非编码RNA（lncRNA）差异表达谱,筛选出可能在HBV相关肝癌中发挥重要作用的lncRNAs. 方法用微阵列基因芯片技术建立lncRNAs差异表达谱,通过散点图和聚类等分析获得HBx相关差... 详细信息

目的建立稳定表达HBx基因的人肝细胞株L02 （L02/HBx）长链非编码RNA（lncRNA）差异表达谱,筛选出可能在HBV相关肝癌中发挥重要作用的lncRNAs. 方法用微阵列基因芯片技术建立lncRNAs差异表达谱,通过散点图和聚类等分析获得HBx相关差异表达的lncRNAs.采用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）对部分差异表达的lncRNA进行验证.比较两个芯片组lncRNA的表达值用t检验;对差异表达lncRNA的原始数据进行分层聚类分析. 结果与转染空白质粒的对照组（L02/pcDNA3.0）相比,L02/HBx细胞有323个lncRNAs表达上调2倍以上,421个lncRNAs表达降低50％以上,差异有统计学意义（P＜0.05）.RT-PCR验证表达上调的4个lncRNAs（TCONS_00006195、ENST00000557524、NR_037597、ENST00000539975）,与表达降低的3个lncRNAs（ENST00000508424、ENST00000447433、uc001 lva.4）,结果与芯片检测结果相一致. 结论成功筛选出HBx相关lncRNAs,为下一步探讨lncRNAs在肝癌发病机制中的作用研究奠定了基础.

关键词：癌,肝细胞肝炎病毒,乙型 HBx基因长链非编码RNA 微阵列芯片

外泌体has_circ_0000615预测曲妥珠单抗治疗转移性Her2(+)乳腺癌疗效的临床价值

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

四川医学 2023年第11期44卷 1191-1196页

作者：李璐李长江位臻河南省直第三人民医院甲状腺乳腺外科河南郑州450000

目的分析血清外泌体环状RNA 0000615(has_circ_0000615)与转移性人表皮生长因子受体2阳性[Her2(+)]乳腺癌(BC)患者曲妥珠单抗治疗疗效的相关性。方法纳入我院2020年1月至2021年1月期间肿瘤科47例转移性Her2(+)BC女性患者,通过微阵列芯... 详细信息

目的分析血清外泌体环状RNA 0000615(has_circ_0000615)与转移性人表皮生长因子受体2阳性[Her2(+)]乳腺癌(BC)患者曲妥珠单抗治疗疗效的相关性。方法纳入我院2020年1月至2021年1月期间肿瘤科47例转移性Her2(+)BC女性患者,通过微阵列芯片分析活检组织标本中circRNAs差异性表达谱,并采用实时荧光定量PCR法检测血清外泌体has_circ_0000615表达水平。所有患者接受曲妥珠单抗一线治疗,每8周通过影像学检查进行一次疗效评价,将获得完全缓解(CR)和部分缓解(PR)的患者纳入敏感组,否则纳入耐药组。若CR+PR+疾病稳定(SD)≥6个月则视为临床获益。结果经微阵列芯片分析确定has_circ_0000615在Her2(+)BC组织中显著上调。所有患者中,敏感组患者血清外泌体has_circ_0000615表达水平逐渐降低(P<0.05),经受试者工作特征曲线分析,治疗前基线血清外泌体has_circ_0000615表达水平预测曲妥珠单抗一线治疗的临床获益的曲线下面积为0.666(95%CI 0.466~0.866)。基线血清外泌体has_circ_0000615高水平组患者骨转移发生率更高(P<0.05)。经Spearman相关性分析,0 d至30 d has_circ_0000615水平变化率与sHer2及癌胚抗原(CEA)水平变化率均呈显著正相关(r=0.584,0.291,P<0.05)。结论检测血清外泌体has_circ_0000615水平对于Her2(+)BC患者曲妥珠单抗的短期治疗结局能够提供一定的预测信息。

关键词：外泌体曲妥珠单抗转移性乳腺癌微阵列芯片 has_circ_0000615

少量细胞模板下多重置换扩增技术的保真度评估

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华医学遗传学杂志 2010年第1期27卷 42-46页

作者：凌家炜方丛徐艳文庄广伦曹宝强中山大学附属第一医院生殖中心广州510080 The Institute for Computational Engineering and Sciences the University of Texas at Austin TX 78712 USA

目的应用单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）芯片，检测以少量细胞（1～10个）为模板的多重置换扩增（multiple displacement amplification，MDA）产物的保真度。方法结合10K2．0SNP芯片平台与MDA，以纤维母细胞系... 详细信息

目的应用单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）芯片，检测以少量细胞（1～10个）为模板的多重置换扩增（multiple displacement amplification，MDA）产物的保真度。方法结合10K2．0SNP芯片平台与MDA，以纤维母细胞系GM02732（47，XY，＋18）作为模板，共分6组进行实验，其中A组与B组分别为阳性对照组（细胞gDNA）与阴性对照组（无模板MDA）；C-F组为实验组，分别以1、2、5和10个细胞为模板进行MDA扩增，产物与芯片杂交，检测并比较各组产物的基因组覆盖率、等位基因杂合性缺失（loss of heterozygosity，LOH）率以及等位基因脱扣（allele dropout，ADO）率。结果阴性对照组的MDA产物与gDNA序列有3．2％的重叠。随着起始模板从单细胞提升至10细胞，MDA产物的基因组覆盖率从86．4％逐步上升至96．4％，平均LOH率和ADO率则逐渐下降，各组之间比较差异均有统计学意义（P〈0．05）。结论多重置换扩增技术是一种高效而可靠的全基因组扩增方法，随着模板细胞的增加，MDA产物的保真度可获得明显的改善。10K 2．0SNP芯片可快速准确地在全基因组水平对DNA扩增产物进行保真度分析，但应注意区分LOH中的ADO和等位基因优势扩增，以避免产生误差。

关键词：单核苷酸多态性单细胞多重置换扩增微阵列芯片保真度

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

单分子免疫检测技术的研究进展

医学信息 2022年第18期35卷 176-179页

作者：张杏羡天津华兴医院检验科

单分子免疫检测技术是近年来重点开发的数字免疫分析方式，该方式可将待测分子限制于极小空间内，通过对检测信号的绝对计数，实现痕量标志物的高灵敏度检测。目前，基于微阵列芯片技术的Simoa检测系统已成为单分子免疫检测的金标准，... 详细信息

单分子免疫检测技术是近年来重点开发的数字免疫分析方式，该方式可将待测分子限制于极小空间内，通过对检测信号的绝对计数，实现痕量标志物的高灵敏度检测。目前，基于微阵列芯片技术的Simoa检测系统已成为单分子免疫检测的金标准，广泛应用于多种生物标记物的检测中，在神经退行性疾病、传染性疾病及肿瘤等领域均具有显著的应用优势。本文结合Simoa等技术原理，对单分子免疫检测技术的临床研究做一综述，以供临床参考。

关键词：单分子免疫检测微阵列芯片微液滴酶联免疫吸附法 Simoa技术

泪腺良性淋巴上皮病变与眼眶海绵状血管瘤患者病变标本中差异表达基因的检测

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中华实验眼科杂志 2016年第10期34卷 878-882页

作者：李静葛心马建民王霄娜刘骁首都医科大学附属北京同仁医院北京同仁眼科中心北京市眼科研究所北京市眼科学与视觉科学重点实验室北京100730

背景泪腺良性淋巴上皮病变是临床较少见的眼眶病,主要表现为双侧泪腺的对称性、无痛性肿大,其病因和发病机制至今尚未阐明. 目的筛选泪腺良性淋巴上皮病变组织与眼眶海绵状血管瘤患者病变组织中的差异表达基因,从分子水平探讨泪腺良... 详细信息

背景泪腺良性淋巴上皮病变是临床较少见的眼眶病,主要表现为双侧泪腺的对称性、无痛性肿大,其病因和发病机制至今尚未阐明. 目的筛选泪腺良性淋巴上皮病变组织与眼眶海绵状血管瘤患者病变组织中的差异表达基因,从分子水平探讨泪腺良性淋巴上皮病变的发病机制.方法收集2010年9月至2013年4月在首都医科大学附属北京同仁医院经病理学检查证实的泪腺良性淋巴上皮病变患者9例的病变标本,并收集同期眼眶海绵状血管瘤患者9例的组织标本作为对照.利用全基因组表达谱芯片技术和limma算法检测2个组患者组织标本中的差异表达基因,并采用实时荧光定量PCR法验证差异基因的表达,采用Fisher法和基因本体（GO）功能富集分析法对差异表达基因进行功能分析和信号通路分析,找到主要差异表达基因的功能群和信号通路. 结果泪腺良性淋巴上皮病变患者与眼眶海绵状血管瘤患者中共筛选出5 260个差异基因,Fisher差异表达基因的功能显著性分析和信号通路分析显示,109个GO条目中的差异表达基因显著上调,101个GO条目中的差异表达基因显著下调,其中32个功能基因相关的信号通路显著上调,25个信号通路显著下调.GO分析显示,差异表达基因中补体受体介导的信号通路表达丰度最高,其次为T细胞信号通路和B细胞信号通路上调以及丝裂原激活蛋白激酶（MAPK）信号通路和转化生长因子-β（TGF-β）信号通路下调.实时荧光定量PCR结果显示,泪腺良性淋巴上皮病变组患者标本中TIPRL、TLR7和TLR10基因的相对表达量明显高于眼眶海绵状血管病组,差异均有统计学意义（Z=-2.03、-2.32、-2.32,均P＜0.05）,与基因芯片检测结果一致.结论人泪腺良性淋巴上皮病变组织与眼眶海绵状血管瘤病变组织中基因表达谱明显不同,这些差异表达基因除参与T细胞和B细胞信号通路的上调以及MAPK信号通路和TGF-β信号通路的下调外,还涉及补体系统的变化.泪腺良性淋巴上皮病变的发生和发展是多种基因和通路共同作用的结果.

关键词：泪腺良性淋巴上皮病变眼眶海绵状血管瘤微阵列芯片基因表达谱发病机制聚合酶链反应

综合评估胎盘植入性疾病中CD200R1的表达水平

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

人人健康 2022年第27期 66-68页

作者：尹春月黄志广何融泉陈罡龙禹广西医科大学第一附属医院

目的：基于计算生物学综合评估胎盘植入性疾病CD200R1的表达水平。方法：本课题组收集到3例穿透型胎盘植入（PAS组）和5例正常孕妇（对照组）胎盘组织，并利用高通量m RNA测序技术比较两组之间CD200R1表达量。整合本课题组的m RNA测序... 详细信息

目的：基于计算生物学综合评估胎盘植入性疾病CD200R1的表达水平。方法：本课题组收集到3例穿透型胎盘植入（PAS组）和5例正常孕妇（对照组）胎盘组织，并利用高通量m RNA测序技术比较两组之间CD200R1表达量。整合本课题组的m RNA测序数据与公共数据库的PAS测序数据后，通过Stata14.0软件获取CD200R1在PAS中的综合表达值。利用Cluster Profiler包分析CD200R1共表达基因的功能和通路富集，Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络（PPI）。结果：本课题组的m RNA测序数据中，与正常胎盘组织相比，PAS胎盘组织的CD200R1表达水平显著上调，P=0.0276。将整合后的14个PAS样本与13个非PAS样本进行比较，CD200R1在PAS样本中的综合表达水平高于非PAS样本。功能通路富集结果提示CD200R1共表达基因参与细胞-基板连接组件、血小板激活和精氨酸和脯氨酸代谢等。结论：CD200R1在PAS中表达上调，这可能促进PAS发生、发展。

关键词： CD200R1 胎盘植入性疾病 mRNA测序微阵列芯片信号通路

环状RNA的筛选及其表达在儿童脑性瘫痪诊治中的意义

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中华神经外科杂志 2021年第9期37卷 933-937页

作者：闫宝锋阿力木·苏来曼木塔力甫·努热合买提艾克拜尔·哈里克童凌霄新疆医科大学第二附属医院神经外科乌鲁木齐830063

目的分析环状RNA在脑性瘫痪(简称脑瘫)患儿中的差异表达情况,从而探讨其成为脑瘫早期诊断标志物的可能性。方法回顾性分析2017年6月至2018年10月在新疆医科大学第二附属医院神经外科确诊的5例脑瘫患儿的临床资料。同时选取性别、年龄、... 详细信息

目的分析环状RNA在脑性瘫痪(简称脑瘫)患儿中的差异表达情况,从而探讨其成为脑瘫早期诊断标志物的可能性。方法回顾性分析2017年6月至2018年10月在新疆医科大学第二附属医院神经外科确诊的5例脑瘫患儿的临床资料。同时选取性别、年龄、民族匹配的5名健康儿童,收集其外周血,采用芯片技术检测环状RNA在脑瘫患儿中的表达谱,两组间环状RNA的差异表达水平比较采用独立样本t检验。通过基因本体富集分析法和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析法对差异表达的环状RNA进行分析,探讨环状RNA的生物学功能与基因功能改变和细胞通路的关系。同期随机选择20例脑瘫患儿(脑瘫组)和20名健康儿童(健康组),并收集其外周血,对表达具有明显差异的环状RNA采用定量实时聚合酶链反应(qRTPCR)技术进一步验证。结果在5例脑瘫患儿和5名健康儿童中共发现53586个不同表达的环状RNA,共筛选出45个差异表达的环状RNA,其中表达上调的43个,表达下调的2个(差异倍数≥2.0,P<0.05)。基因本体富集分析发现,环状RNA的生物学功能与神经发生、神经元分化发育过程的调节、细胞周期调控等有关。KEGG富集分析发现,环状RNA可能与cAMP信号通路、内质网蛋白质加工、调节干细胞多能性的信号通路等相关。筛选并验证3个环状RNA的结果表明,hsa_circ_0062733(差异倍数=3.20,P=0.010)在qRT-PCR验证时具有良好的特异性。结论脑瘫患儿较健康儿童存在大量差异表达的环状RNA,经验证hsa_circ_006273在脑瘫患儿中差异表达显著且表达上调,hsa_circ_006273可能成为脑瘫早期诊断的潜在生物学标志物。

关键词：脑性瘫痪基因表达环状RNA 微阵列芯片

应用16S rDNA结合膜芯片检测3种产黑色素牙周可疑致病菌

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

上海口腔医学 2006年第3期15卷 290-293页

作者：唐子圣曹慧敏刘正赵淑娟王蓓梁景平赵建龙上海交通大学医学院附属第九人民医院.口腔医学院口腔内科上海200011 中国科学院上海微系统与信息技术研究所生物芯片实验室上海200050

目的:探讨采用16SrDNA结合膜芯片检测牙龈卟啉菌Pg、中间普氏菌Pi和变黑普氏菌Pn的价值。方法:利用Genebank中细菌16SrDNA保守区序列,设计一对通用引物,通过已知Pg、Pi和Pn的16SrDNA序列,设计合成对应的特异性寡核苷酸探针。先用通用引... 详细信息

目的:探讨采用16SrDNA结合膜芯片检测牙龈卟啉菌Pg、中间普氏菌Pi和变黑普氏菌Pn的价值。方法:利用Genebank中细菌16SrDNA保守区序列,设计一对通用引物,通过已知Pg、Pi和Pn的16SrDNA序列,设计合成对应的特异性寡核苷酸探针。先用通用引物PCR扩增所有标准菌株的DNA,PCR产物和已点样有Pg、Pi和Pn的3种探针的膜芯片杂交,进行分析。结果:膜芯片上的Pg、Pi和Pn3种探针只能与相对应的Pg、Pi和Pn的PCR产物反应,而与其他标准菌株的PCR产物无反应。结论:用16SrDNA结合膜芯片,可准确检测Pg、Pi和Pn,具有很高的特异性,有望成为一种有效的临床检测方法。

关键词： 16S rDNA 微阵列芯片牙周致病菌

有吸烟史的口腔白斑病患者microRNA异常表达及癌变相关生物信息学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

北京口腔医学 2023年第6期31卷 405-409页

作者：任倩谢小燕何昕李多首都医科大学口腔医学院黏膜科北京100050 中南大学湘雅二医院口腔医学中心安徽医科大学附属口腔医院牙周黏膜科宁波牙科医院口腔黏膜科

目的研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析。方法利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异... 详细信息

目的研究有吸烟史的口腔白斑病(oral leukoplakia,OLK)患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析。方法利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组(n=6)和非吸烟组(n=4)OLK石蜡标本间差异表达的miRNA,并运用生物信息学方法从中筛选出与OLK癌变密切相关的目标miRNA,随后对目标miRNA的靶基因进行基因本体数据库(gene ontology,GO)富集分析和KEGG通路分析以预测其可能的作用机制。结果吸烟组与非吸烟组OLK组织中共检出174个差异表达的miRNAs(P<0.05),其中,39个miRNAs在吸烟组表达上调(log2(FC)≥0.585),135个miRNAs表达下调(log2(FC)≤-0.585)。运用生物信息学方法从中筛选出8个与OLK癌变密切相关的目标miRNAs,包括:hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6745、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-363-5p、hsa-miR-6867-3p、hsa-miR-95-3p、hsa-miR-3607-5p、hsa-miR-9500。对上述目标miRNAs的靶基因行GO富集分析,结果显示大部分基因参与调控细胞增殖、凋亡、刺激反应等生物学活动。KEGG通路分析发现上述基因高度相关的作用通路为癌信号通路、PI3K-Akt及FoxO信号通路。结论吸烟可通过改变OLK组织miRNA表达水平进而改变特定基因功能促进白斑癌变进程。

关键词：口腔白斑吸烟 microRNA 微阵列芯片生物信息学分析