少量细胞模板下多重置换扩增技术的保真度评估

作     者：凌家炜 方丛 徐艳文 庄广伦 曹宝强 LING Jia-wei;FANG Cong;XU Yan-wen;ZHUANG Guang-lun;CAO Bao-qiang

作者机构：中山大学附属第一医院生殖中心广州510080 The Institute for Computational Engineering and Sciences the University of Texas at Austin TX 78712 USA 

出 版 物：《中华医学遗传学杂志》 (Chinese Journal of Medical Genetics)

年 卷 期：2010年第27卷第1期

页      面：42-46页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 07[理学] 071007[理学-遗传学] 

基　　金：国家自然科学基金(30200301) 广东省自然科学基金(5001672,06021276) 广东省医学科学技术研究基金(B2006027) 

主　　题：单核苷酸多态性 单细胞 多重置换扩增 微阵列芯片 保真度 

摘      要：目的应用单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）芯片，检测以少量细胞（1～10个）为模板的多重置换扩增（multiple displacement amplification，MDA）产物的保真度。方法结合10K2．0SNP芯片平台与MDA，以纤维母细胞系GM02732（47，XY，＋18）作为模板，共分6组进行实验，其中A组与B组分别为阳性对照组（细胞gDNA）与阴性对照组（无模板MDA）；C-F组为实验组，分别以1、2、5和10个细胞为模板进行MDA扩增，产物与芯片杂交，检测并比较各组产物的基因组覆盖率、等位基因杂合性缺失（loss of heterozygosity，LOH）率以及等位基因脱扣（allele dropout，ADO）率。结果阴性对照组的MDA产物与gDNA序列有3．2％的重叠。随着起始模板从单细胞提升至10细胞，MDA产物的基因组覆盖率从86．4％逐步上升至96．4％，平均LOH率和ADO率则逐渐下降，各组之间比较差异均有统计学意义（P〈0．05）。结论多重置换扩增技术是一种高效而可靠的全基因组扩增方法，随着模板细胞的增加，MDA产物的保真度可获得明显的改善。10K 2．0SNP芯片可快速准确地在全基因组水平对DNA扩增产物进行保真度分析，但应注意区分LOH中的ADO和等位基因优势扩增，以避免产生误差。