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微阵列芯片分析成牙骨质细胞矿化过程中microRNA表达谱的差异

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口腔医学研究 2017年第2期33卷 135-139页

作者：王川廖海清曹正国武汉大学口腔医学院口腔基础医学省部共建国家重点实验室培训基地和口腔生物医学教育部重点实验室湖北武汉430079 武汉大学口腔医院牙周科湖北武汉430079

目的:诱导小鼠成牙骨质细胞矿化,研究在成牙骨质细胞矿化过程中microRNA表达谱的变化。方法:体外培养小鼠成牙骨质细胞系OCCM30,使用抗坏血酸、β-甘油磷酸钠和地塞米松诱导成牙骨质细胞矿化。实时荧光定量PCR(qPCR)检测碱性磷酸酶和骨... 详细信息

目的:诱导小鼠成牙骨质细胞矿化,研究在成牙骨质细胞矿化过程中microRNA表达谱的变化。方法:体外培养小鼠成牙骨质细胞系OCCM30,使用抗坏血酸、β-甘油磷酸钠和地塞米松诱导成牙骨质细胞矿化。实时荧光定量PCR(qPCR)检测碱性磷酸酶和骨钙蛋白表达量变化来验证矿化情况。应用miRNA microarray芯片技术,分析成牙骨质细胞矿化过程中miRNA表达谱的变化。QPCR对芯片结果进行验证。结果:成功诱导了成牙骨质细胞的矿化。MiRNA microarray芯片检测发现成牙骨质细胞矿化过程中miRNA表达谱出现明显改变,其中上调的有4个,下调的有39个。QPCR证明芯片结果准确可靠。结论:建立了小鼠成牙骨质细胞矿化的细胞模型,应用miRNA芯片发现小鼠成牙骨质细胞矿化过程中差异表达的miRNA,提示这些miRNA可能参与成牙骨质细胞矿化过程的调控。

关键词：成牙骨质细胞矿化 microRNA 微阵列芯片

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微阵列芯片点样微喷系统研制

机械研究与应用 2018年第3期31卷 94-97页

作者：郑敏捷谢洋赵启焱尤晖中国科学院合肥智能机械研究所安徽合肥230031 中国科学技术大学安微合肥230026

介绍了一种非接触式点样微喷系统。该系统采用传统精密数控方法加工而成,具有精度高、价格低、易于清洗等特点。采用的阶梯型管道构型,解决了管道进样中可能存在的气泡问题,并且采用疏水化处理的工艺方法解决了液滴在微喷口下聚集的问... 详细信息

介绍了一种非接触式点样微喷系统。该系统采用传统精密数控方法加工而成,具有精度高、价格低、易于清洗等特点。采用的阶梯型管道构型,解决了管道进样中可能存在的气泡问题,并且采用疏水化处理的工艺方法解决了液滴在微喷口下聚集的问题。实验结果表明,液滴的大小可以通过改变电磁铁的驱动电压来调节,微液滴尺寸最小可以达2 n L。此外,还采用了组合式微喷结构,使得该微喷系统便于组装、拆卸和清洗,可多次循环使用。是一种极具商业化前景的微喷系统。

关键词：点样微阵列芯片数控加工阶梯型管道疏水化微喷口

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基于微阵列芯片的开放式多孔微组织构建

中华整形外科杂志 2019年第4期35卷 355-360页

作者：杨昌罗超汪振星孙家明华中科技大学同济医学院附属协和医院整形外科武汉430022

目的探讨一种适合大鼠骨髓间充质干细胞生长的、具有开放式多孔结构的微组织及其最佳尺寸。方法采用激光打孔的方法构建1 500 μm和800 μm 2种孔径的聚甲基丙烯酸甲酯微阵列芯片。将明胶溶液经化学交联后均匀涂抹在微阵列芯片中,冷冻干... 详细信息

目的探讨一种适合大鼠骨髓间充质干细胞生长的、具有开放式多孔结构的微组织及其最佳尺寸。方法采用激光打孔的方法构建1 500 μm和800 μm 2种孔径的聚甲基丙烯酸甲酯微阵列芯片。将明胶溶液经化学交联后均匀涂抹在微阵列芯片中,冷冻干燥16 h后,利用对应的顶针阵列顶出微阵列芯片中的微凝胶。扫描电镜观察微观结构,并对2种直径的微凝胶进行孔径和孔隙率的检测。随后,将第3代大鼠骨髓间充质干细胞以5×106/ml浓度接种至微凝胶上,体外培养7 d后,得到微组织,进行活/死细胞染色检测微组织上细胞存活状况,并用扫描电镜观察微组织上细胞生长状况和细胞外基质分泌状况。结果扫描电镜显示微阵列芯片能够成功制备表面具有开放式多孔结构的微凝胶,1 500 μm微凝胶的孔径和孔隙率是800 μm微凝胶的1.5倍左右。接种BMSCs 7 d后,活/死细胞染色显示1 500 μm微组织上细胞数量更多,荧光定量分析显示1 500 μm微组织上细胞活性约为800 μm明胶微组织的4倍左右;扫描电镜显示1 500 μm微组织上细胞形态良好,且周边有分泌的细胞外基质。结论通过设计并制作的微阵列芯片成功构建了开放式多孔微凝胶,并且利用此微凝胶成功构建出开放式多孔微组织;相比于800 μm微组织,1 500 μm微组织上细胞活性更好。

关键词：微阵列芯片微组织明胶组织工程

基于微阵列芯片对三子养亲汤治疗过敏性哮喘的分子作用研究

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世界中医药 2022年第7期17卷 953-958页

作者：李欣容陈鲁刁翰林吴金勇山东中医药大学济南250014 山东中医药大学附属医院济南250014

目的:研究三子养亲汤治疗过敏性哮喘的作用机制。方法:使用GEO2R找到GSE40889芯片的差异基因,利用GCBI数据库制作差异基因热图,借助DAVID6.8对差异基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,使用Cytoscap... 详细信息

目的:研究三子养亲汤治疗过敏性哮喘的作用机制。方法:使用GEO2R找到GSE40889芯片的差异基因,利用GCBI数据库制作差异基因热图,借助DAVID6.8对差异基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,使用Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选核心基因,分析网络,再进一步利用Cytoscape的MCODE插件对差异表达基因进行模块分析。结果:共查询有效成分21个,对应靶点268个;筛选出213个差异基因,差异表达基因主要富集在膜组织、RNA结合及转录翻译方面等,涉及通过TNF-α、B细胞受体、TGF-β、PI3K/AKT信号通路。得到一个重要模块,功能主要集中在基因沉默的调控、蛋白质异构化、细胞-细胞黏附、病毒过程等方面及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、p53介导的内源性凋亡信号通路对DNA损伤的响应、DNA模板、宿主对病毒转录的正调控等,涉及Notch信号通路、FoxO信号通路、PI3K-AKT信号通路等信号通路。结论:三子养亲汤可能通过TNF-α、B细胞受体、TGF-β、PI3K/AKT信号通路,调控基因沉默、使蛋白质异构化,影响转录翻译等途径发挥作用。

关键词：微阵列芯片三子养亲汤过敏性哮喘分子作用作用通路网络药理学

生命分析化学的重要领域——电化学微阵列芯片

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化学进展 2009年第11期21卷 2379-2387页

作者：许丹科陈洪渊生命分析化学教育部重点实验室南京大学化学化工学院南京210093

生命分析化学是研究与生命活动相关的化学分子检测原理与方法的新兴交叉学科领域。其中将电化学分析方法与生物芯片相结合形成的电化学生物芯片正在向集成化、通量化、微型化和自动化等方向迅速发展。本文介绍近年来电化学检测在DNA芯... 详细信息

生命分析化学是研究与生命活动相关的化学分子检测原理与方法的新兴交叉学科领域。其中将电化学分析方法与生物芯片相结合形成的电化学生物芯片正在向集成化、通量化、微型化和自动化等方向迅速发展。本文介绍近年来电化学检测在DNA芯片、蛋白质芯片以及适配体芯片等方面有代表性的研究进展。文中阐述了高、低密度电化学DNA芯片的制备与多种伏安检测方法;讨论了多酶电极芯片结构与测定干扰之间的关系,介绍了伏安法、阻抗法等电化学方法在蛋白质芯片中的应用进展。此外,还简要介绍了电化学适配体芯片的制备及检测方法,并展望了电化学生物芯片的发展前景。

关键词：电化学检测微阵列芯片 DNA芯片蛋白质芯片

应用微阵列芯片分析结肠癌组织中miRNA差异性表达

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四川大学学报（医学版） 2011年第3期42卷 344-348页

作者：马钦杨烈王存于永扬周斌周总光四川大学华西医院胃肠外科器官微循环与消化外科研究室成都610041

目的分析结肠癌与正常结肠黏膜的微小RNA(miRNA)表达谱差异。方法收集结肠癌组织和癌旁正常结肠黏膜共12对,抽提、纯化RNA,加入荧光标记后与miRNA寡核甘酸基因芯片(Affymetrix公司)杂交,应用SAM软件进行数据分析,对有显著差异的miRNA进... 详细信息

目的分析结肠癌与正常结肠黏膜的微小RNA(miRNA)表达谱差异。方法收集结肠癌组织和癌旁正常结肠黏膜共12对,抽提、纯化RNA,加入荧光标记后与miRNA寡核甘酸基因芯片(Affymetrix公司)杂交,应用SAM软件进行数据分析,对有显著差异的miRNA进行实时荧光定量PCR验证,采用靶基因分析软件分析miRNA功能。结果 has-miR-182、has-miR-17、has-miR-106a、has-miR-93、has-miR-200c、has-miR-92a、has-let-7a、has-miR-20a等8个miRNA在肿瘤组织中显著上调〔中位假基因验出率(FDR)<5%〕,has-miR-195、has-miR-143、has-miR-145等3个miRNA显著下调(FDR<5%)。结论结肠癌与正常结肠黏膜之间存在明显的miRNA差异表达,这些miRNA的差异性表达可能与结肠癌的发病、侵袭、转移相关。

关键词：结肠癌 miRNA 微阵列芯片

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利用微阵列芯片技术探究脊髓损伤的分子机制

中国组织工程研究 2013年第24期17卷 4529-4538页

作者：席悦北京航空航天大学生物与医学工程学院北京市100191

脊髓损伤后一系列生物过程变化的分子机制尚不明确。目的:分析利用微阵列芯片技术观察脊髓损伤后的基因表达变化的国际研究进展。方法:应用计算机检索Elsevier数据库和Web of Knowledge数据库中1972年1月至2012年11月关于微阵列芯片技... 详细信息

脊髓损伤后一系列生物过程变化的分子机制尚不明确。目的:分析利用微阵列芯片技术观察脊髓损伤后的基因表达变化的国际研究进展。方法:应用计算机检索Elsevier数据库和Web of Knowledge数据库中1972年1月至2012年11月关于微阵列芯片技术和脊髓损伤方面的文章,在标题和摘要中以"microarray,spinal cord injury,geneexpression"为检索词进行检索。选择文章内容与利用微阵列技术探究脊髓损伤分子机制相关,同一领域文献则选择近期发表在较高水平杂志中的文章。根据纳入标准选择56篇文献进行综述,同时参考了两部中文著作。结果与结论:利用在分子研究基础上建立起来的微阵列芯片技术能够很好的检测从急性损伤期到后期胶质瘢痕形成过程中的基因表达变化,进而能够寻找相关的信号通路及转录因子。该技术不仅对今后的分子研究起到指导作用,而且可从基因层面为脊髓损伤的治疗寻找合适的靶点。文章分析了脊髓损伤的病理生理学过程,提出了实验设计及微阵列芯片检测技术上的革新、数据分析方法上的改进,并评价了微阵列芯片帮助寻找有效治疗靶点的能力。

关键词：组织构建组织构建综述脊髓损伤微阵列芯片基因表达信号通路白细胞介素胰岛素样生长因子转录因子细胞因子肿瘤坏死因子

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表面等离子共振成像非标记微阵列芯片检测

光电子．激光 2009年第3期20卷 366-368页

作者：邓橙徐书宽朱疆黄国亮清华大学医学院清华大学生物科学与技术系生物芯片北京国家工程研究中心北京102206

采用表面化学修饰的镀金玻片作为芯片基质,结合微阵列点样分配技术,设计制作了1种非标记寡核苷酸检测芯片和1种非标记蛋白检测芯片,使用自行构建的表面等离子共振成像(SPRI)检测仪器,成功实现了对寡核苷酸靶标和抗体靶标的非标记、高通... 详细信息

采用表面化学修饰的镀金玻片作为芯片基质,结合微阵列点样分配技术,设计制作了1种非标记寡核苷酸检测芯片和1种非标记蛋白检测芯片,使用自行构建的表面等离子共振成像(SPRI)检测仪器,成功实现了对寡核苷酸靶标和抗体靶标的非标记、高通量检测分析,研究了核酸和蛋白分子的特异性相互作用,并使用微珠有效增强了芯片的检测信号。

关键词：表面等离子共振成像(SPRI) 微阵列芯片非标记高通量

基于微阵列芯片鉴别缺血性脑卒中长链非编码RNA及mRNA表达谱

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基于微阵列芯片鉴别缺血性脑卒中长链非编码RNA及mRNA表达谱

作者：凌维俊广西医科大学

学位级别：硕士

目的:本研究旨在通过微阵列芯片技术,鉴别缺血性脑卒中的长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱,丰富缺血性脑卒中外周血lncRNA和mRNA的表达谱数据,为进一步进行缺血性脑卒中的lncRNA功能机制研究打下基础,从而促进缺血性脑卒中的早期诊断... 详细信息

目的:本研究旨在通过微阵列芯片技术,鉴别缺血性脑卒中的长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱,丰富缺血性脑卒中外周血lncRNA和mRNA的表达谱数据,为进一步进行缺血性脑卒中的lncRNA功能机制研究打下基础,从而促进缺血性脑卒中的早期诊断与防控。方法:采用病例-对照研究,在10例缺血性脑卒中患者、10例健康对照中,进行lncRNA和mRNA表达谱微阵列芯片检测。所用芯片为Human LncRNA Expression Microarray V4.0(8*60K),能够同时检测lncRNA和mRNA的表达量变化。使用Gene Spring GX v12.1软件对芯片数据进行分析,运用通路富集分析和基因本体论(GO)分析方法,分析与缺血性脑卒中发生相关的信号通路以及可能参与的生物学过程、细胞成分和分子功能。采用qRT-PCR实验,在78例缺血性脑卒中患者、80例健康对照中,检测lncRNA SERPINB9P1的相对表达量。采用SPSS软件18.0进行统计学分析,使用GraphPad Prism 5软件进行lncRNA相对表达量作图。结果:1.LncRNA芯片检测结果:共有5067个lncRNAs在缺血性脑卒中与对照组之间的表达差异具有统计学意义(P芯片检测结果:共有3302个mrnas在缺血性脑卒中与对照组之间的表达差异具有统计学意义(p<0.05,fdr<0.05),包括1568个表达上调mrnas、1734个表达下调mrnas。其中,fc≥1.5的有2331个,包括1119个表达上调、1212个表达下调;fc≥2的有733个,包括249个表达上调、484个表达下调。3.通路分析结果:1568个上调差异表达mrnas富集得到4条相关信号通路(p<0.05);1734个下调差异表达mrnas共富集得到34条相关信号通路(p<0.05)。4.go分析结果:1568个上调差异表达mrnas富集程度最高的生物学过程、细胞成分和分子功能分别是proteinmodificationbysmallproteinconjugation、membrane-boundedorganelle和rnabinding;1734个下调差异表达mrnas富集程度最高的生物学过程、细胞成分和分子功能分别是multicellularorganismdevelopment、nuclearlumen和tubulinbinding。5.本研究共鉴别出92个缺血性脑卒中差异表达的反义lncrnas与相对应的mrnas(p<0.05,fdr<0.05,fc≥1.5)。差异表达倍数最大的10个反义lncrnas分别是rp11-445f12.2、hhip-as1、jmjd1c-as1、erich6-as1、loc101928069、ctb-187m2.2、rp5-955m13.4、hoxb-as3、sh3bp5-as1、g001868;分别对应的10个mRNAs为LHX1、HHIP、JMJD1C、FAM194A、PELI3、RNF112、KCNG1、HOXB5、SH3BP5、MFSD2A。6.qRT-PCR验证结果:SERPINB9P1在78例缺血性脑卒中患者、80例对照样本之间差异表达有统计学意义(Z=-5.410,P=6.31×10-8),SERPINB9P1在病例组中相对表达量低于对照组。结论:1.本研究鉴别出了缺血性脑卒中相关的lncRNA和mRNA表达谱。2.可能与缺血性脑卒中相关的上调信号通路有:Protein processing in endoplasmic reticulum通路和Ubiquitin mediated proteolysis通路;可能与缺血性脑卒中相关的下调信号通路有:PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、ErbB信号通路、Neurotrophin通路、Focal adhesion通路、Estrogen信号通路。蛋白质修饰在缺血性脑卒中的发生发展进程可能起到较为关键的作用。3.本研究共鉴别出缺血性脑卒中差异表达倍数最大的10对反义lncRNAs与相对应的mRNAs。其中,LHX1、HHIP、PELI3、HOXB5、RNF112、MFSD2A、SH3BP5、KCNG1等mRNAs可能参与调控缺血性脑卒中或者中枢神经系统相关的病理生理过程。4.LncRNA SERPINB9P1可能可以作为缺血性脑卒中的一个新型生物标志物。

关键词：缺血性脑卒中长链非编码RNA mRNA 微阵列芯片表达谱