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新型冠状病毒奥密克戎变异株感染患儿呼吸道病毒核酸载量的循环阈值变化及其影响因素

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中华传染病杂志 2023年第2期41卷 111-115页

作者：陈乡周建国卢燕鸣陈轶维张婷俞蕙王立波周文浩复旦大学附属儿科医院新生儿科上海201102 上海交通大学医学院附属仁济医院儿科上海201112 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心心内科上海200127 上海交通大学医学院附属上海儿童医院消化感染科上海200127 复旦大学附属儿科医院感染传染科上海201102 复旦大学附属儿科医院呼吸科上海201102

目的探究新型冠状病毒奥密克戎变异株感染儿童病例的特点及影响病毒核酸循环阈值(Ct值)达≥35所需时间的因素。方法纳入2022年4月7日至6月2日上海市新型冠状病毒感染者定点收治医院(上海交通大学医学院附属仁济医院南部院区)收治的0~14... 详细信息

目的探究新型冠状病毒奥密克戎变异株感染儿童病例的特点及影响病毒核酸循环阈值(Ct值)达≥35所需时间的因素。方法纳入2022年4月7日至6月2日上海市新型冠状病毒感染者定点收治医院(上海交通大学医学院附属仁济医院南部院区)收治的0~14岁奥密克戎变异株感染且有临床症状的患儿。通过聚合酶链反应,每日检测鼻咽拭子新型冠状病毒核酸,结果以Ct值表示。将症状起始或核酸检测首次阳性(以较早时间为准)至开放阅读框1ab基因Ct值≥特定数值(x)定义为"Ct值达x所需时间",即T_(Ct≥x)。收集患儿年龄、性别、疫苗接种情况、基础疾病等资料。采用Cox模型分析TCt≥35的相关影响因素。结果共收治儿童病例871例,中位年龄为2岁,范围为1月龄至14岁,其中474例(54.4%)为男童,89例(10.2%)合并基础疾病,主要包括先天性心脏病、实体肿瘤和癫痫等。轻型病例572例(65.7%),普通型298例(34.2%),重型1例(0.1%),无危重型病例和死亡病例。T_(Ct≥35)为12(10,14)d。Cox模型分析示,与1~12月龄组患儿相比,37~84月龄和85~168月龄患儿的T_(Ct≥35)均较短[风险比(HR)=1.55、1.84,均P<0.001]。矫正年龄后,与未接种疫苗患儿相比,接种1或2剂疫苗患儿的T_(Ct≥35)缩短[矫正后的风险比(aHR)=1.49,P=0.011];与轻型患儿相比,普通型患儿T_(Ct≥35)延长(aHR=0.78,P=0.002);有基础疾病患儿较无基础疾病患儿的T_(Ct≥35)延长(aHR=0.38,P<0.001)。无基础疾病的患儿T_(Ct≥28)、T_(Ct≥30)、T_(Ct≥33)、T_(Ct≥35)分别为7(6,9)d、9(7,10)d、10(8,11)d和12(10,14)d。结论年龄、疫苗接种、疾病临床分型、是否合并基础疾病是奥密克戎变异株感染儿童病例核酸转阴(Ct值≥35)所需时间的影响因素。

关键词：新型冠状病毒儿童病毒载量循环阈值

新型冠状病毒奥密克戎株核酸检测循环阈值与感染患者转阴周期的相关性及影响因素分析

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诊断学理论与实践 2022年第2期21卷 169-173页

作者：丁宁陈诗恺孟俊戴菁金佩佩上海交通大学医学院附属瑞金医院检验科上海201801

目的:探讨入院首次新型冠状病毒(新冠)奥秘克戎株(Omicron)核酸检测ORF1ab基因、N基因的循环阈值(cycle threshold,Ct)与新冠感染患者转阴周期之间的相关性及其影响因素。方法:选取2022年3月到4月期间,上海交通大学医学院附属瑞金医院... 详细信息

目的:探讨入院首次新型冠状病毒(新冠)奥秘克戎株(Omicron)核酸检测ORF1ab基因、N基因的循环阈值(cycle threshold,Ct)与新冠感染患者转阴周期之间的相关性及其影响因素。方法:选取2022年3月到4月期间,上海交通大学医学院附属瑞金医院北部院区收治的5212例新冠奥密克戎变异株感染者,依据患者既往史及入院后相关指标检验,将其分为无基础疾病组(2746例)及合并基础疾病组(2466例)。检测所有研究对象ORF1ab基因和N基因的Ct值,分析入院首次检测不同Ct值下无基础疾病组与合并基础疾病组的ORF1ab基因、N基因的转阴周期之间的差异。采用Pearson线性相关性分析,评估ORF1ab基因、N基因检测的Ct值与转阴周期的相关性,并采用多元线性回归分析转阴周期的影响因素。结果:新冠患者ORF1ab基因、N基因的Ct值与转阴周期均呈负相关(rORF1ab=-0.4622,P循环次数,转阴周期缩短0.21 d,N基因的Ct值每升高一个循环次数,转阴周期缩短0.26 d;年龄合并基础疾病为危险因素。结论:入院首次检测的新冠奥密克戎株ORF1ab基因、N基因的Ct值与新冠患者转阴周期有关,年龄、基础疾病为转阴周期长的危险因子,该值可作为新冠患者转阴周期的预测因子,可今后指导新冠患者减少核酸检测频次及评估疾病进程具有一定价值。

关键词：新型冠状病毒 ORF1ab基因 N基因循环阈值转阴周期

血液筛查室间质评中聚合酶链式反应循环阈值差异的分析

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中国输血杂志 2022年第9期35卷 933-936页

作者：刘李栋伍晓菲贾尧黄宇闻莫琴刘鸿马荣钠徐忠王迅上海市血液中心上海200051

目的分析血站实验室在室间质评中聚合酶链式反应(PCR)循环阈值(Ct值)的差异,对参评实验室提出质量改进建议。方法以2018~2021年血站实验室参加CITIC核酸检测血液筛查室间质评罗氏诊断试剂组的数据为来源,以HBV A亚型(400 IU/mL)、HCV 1... 详细信息

目的分析血站实验室在室间质评中聚合酶链式反应(PCR)循环阈值(Ct值)的差异,对参评实验室提出质量改进建议。方法以2018~2021年血站实验室参加CITIC核酸检测血液筛查室间质评罗氏诊断试剂组的数据为来源,以HBV A亚型(400 IU/mL)、HCV 1b亚型(400 IU/mL)和HIV B基因型(500 IU/mL)3组质评标本的检测Ct值为对象,将数据先后按质评(标本)批次、试剂批次和不同实验室分组,利用方差分析的统计方法(P<0.05为差异有统计学意义),对各分组检测Ct值进行分析。结果3个项目(HBV/HCV/HIV依次按序)共有42个质评批次(13/12/17),28个试剂批次(11/8/9)和57个实验室(19/19/19)分组数据入选。质评批次分组分析表明,HBV和HCV各质评批次间无显著性差异,而除了2021年发布的2批次HIV质评标本与之前的批次存在显著性差异以外,其他HIV批次间也无显著性差异。各试剂批次分组分析表明,HCV和HIV检测各试剂批次间无显著性差异;而HBV有2批次试剂间存在显著性差异,其他试剂批次间均无显著性差异。在剔除质评批次标本分组和试剂批次标本分组中有显著性差异的数据组后,各实验室分组在HBV、HCV和HIV 3个项目中均存在极显著性差异,通过配对分析,发现有4家实验室在3个项目上与其他大多数实验室都存在显著性差异,主要表现为Ct均值偏高。结论对于质评标本检测结果正确的血站实验室,其PCR检测Ct值总体上存在差异,这种差异主要可能是由参评实验室检测能力造成。

关键词：中国国际输血感染预防与控制项目室间质评核酸检测聚合酶链式反应循环阈值

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新型冠状病毒核酸检测循环阈值变化规律浅析

临床检验杂志 2020年第4期38卷 241-243页

作者：石玉如常文娇岳莉刘婷刘佳星刘杨谷妍王云戚应杰中国科学技术大学附属第一医院感染病院检验科合肥230000 中国科学技术大学附属第一医院检验科合肥230001

目的初步探讨新型冠状病毒感染者呼吸道标本核酸扩增循环阈值(cycle threshold,Ct值)变化规律。方法筛选2020年1月21日至2020年3月2日间安徽省某定点医院收治的45例新型冠状病毒感染确诊患者,用实时荧光逆转录聚合酶链反应技术对患者的... 详细信息

目的初步探讨新型冠状病毒感染者呼吸道标本核酸扩增循环阈值(cycle threshold,Ct值)变化规律。方法筛选2020年1月21日至2020年3月2日间安徽省某定点医院收治的45例新型冠状病毒感染确诊患者,用实时荧光逆转录聚合酶链反应技术对患者的痰液与咽拭子混合液进行检测,观察Ct值与发病天数、性别、年龄、疾病分型的变化规律。结果随着发病天数的增加,ORF1ab基因、N基因及E基因Ct值均不断升高,E基因首先消失,其次是ORF1ab基因,最后是N基因。出现症状后1~6 d男性与女性核酸Ct值均为最低值,差异无统计学意义(P>0.05);7~12 d Ct值逐渐升高,男性低于女性Ct值,两者差异有统计学意义(P0.05)。不同病情分型间Ct值差异无统计学意义(P>0.05)。结论Ct值与患者出现症状的天数、性别有关,与年龄、疾病分型无关。

关键词：新型冠状病毒核酸检测循环阈值

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一种基于循环阈值的海上固定目标清洗方法

海军航空工程学院学报 2019年第3期34卷 266-272页

作者：李雪腾王海鹏林雪原黄友澎柳华林海军航空大学山东烟台264001 武汉数字工程研究所武汉430074

针对海上电磁环境复杂、数据量巨大等问题,在进行态势分析时,将目标海域内对态势分析影响较小的固定目标进行清洗,可有效缩短数据处理的时间、降低复杂度,提高态势分析的效率和直观性。现有的固定目标清洗方法鲁棒性较低,不能排除异常... 详细信息

针对海上电磁环境复杂、数据量巨大等问题,在进行态势分析时,将目标海域内对态势分析影响较小的固定目标进行清洗,可有效缩短数据处理的时间、降低复杂度,提高态势分析的效率和直观性。现有的固定目标清洗方法鲁棒性较低,不能排除异常跳变数据的干扰,对数据集中信息的准确性要求较高,不适用于海上复杂环境的数据处理。因此,文章提出了一种基于循环阈值的海上固定目标清洗方法,并在仿真军事场景上进行了实验分析,所提方法通过循环阈值过程能够排除自然因素、量测误差和异常跳变数据的干扰,有效检测出样本数据集中的固定目标。

关键词：海上固定目标清洗循环阈值态势分析

新型冠状病毒肺炎大流行中的无症状传播:系统综述和Meta分析

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中华疾病控制杂志 2021年第4期25卷 445-453页

作者：李子帅林剑生蒲蕊赵岳陈一凡曹广文海军军医大学海医系流行病学教研室上海200433 暨南大学基础医学院广州510632

目的确定SARS-CoV-2无症状感染者与COVID-19患者流行病学特征差异。方法提取PubMed、Web of Science、中国知网、维普网、万方数据知识服务平台内SARS-CoV-2无症状传播文献相关数据,截止日期为2020年8月1日。根据预先制定的纳入排除标... 详细信息

目的确定SARS-CoV-2无症状感染者与COVID-19患者流行病学特征差异。方法提取PubMed、Web of Science、中国知网、维普网、万方数据知识服务平台内SARS-CoV-2无症状传播文献相关数据,截止日期为2020年8月1日。根据预先制定的纳入排除标准筛选和提取流行病学信息。对无症状传播者的年龄、性别、病毒RNA脱落时间及病毒载量等情况进行汇总和分析。结果共38篇文献符合标准,其中17篇文献为无症状感染病毒RNA脱落时间相关病例报告。与有症状感染者相比,无症状感染者更加年轻[加权均数差(weighted mean difference,WMD),WMD=-5.27,95%CI:-9.78~-0.76,P<0.001]、病毒RNA脱落时间(中位数:11 d)较有症状感染者缩短(中位数:16 d)(P<0.001)、上呼吸道拭子核酸载量较低(WMD=2.36,95%CI:0.65~4.07,P=0.007),二者性别组成无统计学差异。结论与COVID-19患者相比,SARS-CoV-2无症状感染者较年轻,病毒载量较低,病毒RNA脱落时间较短。

关键词：新型冠状病毒新型冠状病毒肺炎无症状传播病毒RNA脱落时间循环阈值

引物3’端不同碱基错配情况下实时荧光定量PCR非特异性扩增的发生规律

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食品科学 2017年第10期38卷 277-283页

作者：李金春李家鹏周彤乔晓玲许随根戚彪米瑞芳曲超许典中国肉类食品综合研究中心肉类加工技术北京市重点实验室北京100068

以错配反应与正常反应之间的ΔCt值为指示,研究不同碱基错配类型、位置与个数条件下引物3′端与模板之间非特异性扩增的发生规律,并构建ΔCt值的二次多项式回归模型。结果表明,碱基错配种类、位置、个数对实时荧光定量聚合酶链式反应(qu... 详细信息

以错配反应与正常反应之间的ΔCt值为指示,研究不同碱基错配类型、位置与个数条件下引物3′端与模板之间非特异性扩增的发生规律,并构建ΔCt值的二次多项式回归模型。结果表明,碱基错配种类、位置、个数对实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,RT-q PCR)的非特异性扩增都有显著影响,并呈现出较强的规律性。碱基类型上,研究的各个位置上异型错配较易发生非特异性扩增,而同型错配则较难发生,并且两种错配类型之间有显著性差异(P<0.05);错配位置上,相同条件下引物3’端第1位碱基错配对ΔCt值影响最大,错配位置远离3’端时对ΔCt值的影响逐渐减小,非特异性扩增也更容易发生;错配个数上,随着错配碱基个数的增加对ΔCt值得影响程度不断增大,非特异性扩增较难发生。构建ΔCt值预测模型R2达到0.837 1,根据此模型可以预测出不同位置、不同错配类型条件下ΔCt值,从而可以判断RT-q PCR非特异性扩增的发生的难易程度。

关键词：肉类掺假循环阈值碱基错配非特异性扩增引物特异性

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SARS-CoV-2病毒载量及其临床意义

中国人兽共患病学报 2021年第8期37卷 728-733页

作者：陈爱平李天萍凌华张拥军重庆医药高等专科学校重庆401331 高致病性病原微生物重庆市重点实验室重庆400042 重庆市妇幼保健院重庆400013 重庆市疾病预防控制中心重庆400042

在应对全球大流行的2019年冠状病毒病(COVID-19)疫情过程中,对患者、疑似感染者或接触者进行SARS-CoV-2病毒核酸检测是确认感染、管理感染者、预防病毒扩散的重要措施。核酸检测不仅反映了检测对象的病毒感染状态,大部分检测结果还能够... 详细信息

在应对全球大流行的2019年冠状病毒病(COVID-19)疫情过程中,对患者、疑似感染者或接触者进行SARS-CoV-2病毒核酸检测是确认感染、管理感染者、预防病毒扩散的重要措施。核酸检测不仅反映了检测对象的病毒感染状态,大部分检测结果还能够对阳性样品进行定量。理论上多种病毒疾病中,病毒载量与患者潜在感染性、疾病转归等密切相关。本文拟简要介绍实时荧光RT-PCR和数字PCR测定SARS-CoV-2病毒载量的原理及特点,探讨病毒载量在宿主体内分布及其动态变化,分析病毒载量与疾病严重程度、患者感染性以及与疾病预后的相关性,以便深入认识COVID-19特征,指导感染控制、患者治疗与管理,更加精准地抗击大流行疫情。

关键词： 2019年冠状病毒病 SARS-CoV-2 病毒载量数字PCR 循环阈值

2019冠状病毒病患者与无症状感染者不同暴露时间咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果分析

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病毒学报 2020年第6期36卷 989-996页

作者：鲁丽娜华春秀张昱闫一杰南阳市疾病预防控制中心南阳473000 南阳医学高等专科学校基础医学部南阳473061

2019冠状病毒病(COVID-19)感染暴发流行已成为全球公共卫生事件,准确识别病毒携带者及感染人群,对疫情防控具有重要意义。病毒核酸检测是目前对2019新型冠状病毒感染(SARS-CoV-2)的病原体确诊主要标准之一,咽拭子标本和粪便标本均具有... 详细信息

2019冠状病毒病(COVID-19)感染暴发流行已成为全球公共卫生事件,准确识别病毒携带者及感染人群,对疫情防控具有重要意义。病毒核酸检测是目前对2019新型冠状病毒感染(SARS-CoV-2)的病原体确诊主要标准之一,咽拭子标本和粪便标本均具有较高的阳性检出率。对COVID-19患者和无症状感染者不同暴露时期的咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果差异尚未见报道。本研究对2020年2月2日至2月17日南阳市确诊为COVID-19的46例患者以及通过流行病学史筛查出的27例无症状感染者不同暴露时间点的咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果进行分析。结果显示,COVID-19患者与无症状感染者暴露第2周咽拭子核酸检测阳性率最高,第3周粪便核酸检测阳性率最高;同时期比较咽拭子标本核酸阳性率明显高于粪便标本(P0.05)。粪便核酸检测阳性时间均较咽拭子核酸检测阳性时间滞后(P>0.05),且无症状感染者咽拭子和粪便平均核酸检测阳性时间较COVID-19患者滞后(P>0.05)。COVID-19患者与无症状感染者各暴露时间点咽拭子和粪便标本病毒ORF1ab基因和N基因平均Ct值比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。COVID-19患者临床分型越重,咽拭子和粪便核酸检测阳性率越高,平均核酸检测阳性时间越短(P<0.05)。无症状感染者复阳率为14.81%(4/27),高于COVID-19患者的6.52%(3/46),差异有统计学意义(χ^2=8.193,P=0.016)。本研究提示,SARS-CoV-2存在粪口传播途径,粪便核酸检测阳性时间较咽拭子核酸检测阳性时间滞后,且阳性率较低,临床应根据不同暴露时间科学选择病毒核酸检测标本,以提高核酸检测阳性率;同时,年轻无症状感染者粪便病毒携带时间更长,复阳风险更高,临床应加以重视。

关键词：新型冠状病毒(SARS-CoV-2) COVID-19 咽拭子粪便核酸检测循环阈值