引物3’端不同碱基错配情况下实时荧光定量PCR非特异性扩增的发生规律

作     者：李金春 李家鹏 周彤 乔晓玲 许随根 戚彪 米瑞芳 曲超 许典 LI Jinchun;LI Jiapeng;ZHOU Tong;QIAO Xiaoling;XU Suigen;QI Biao;MI Ruifang;QU Chao;XU Dian

作者机构：中国肉类食品综合研究中心肉类加工技术北京市重点实验室北京100068 

出 版 物：《食品科学》 (Food Science)

年 卷 期：2017年第38卷第10期

页      面：277-283页

核心收录：

学科分类：0710[理学-生物学] 09[农学] 0903[农学-农业资源与环境] 0703[理学-化学] 

基　　金：国家自然科学基金面上项目(31271877) “十三五”国家重点研发计划重点专项(2016YFD0401203) 

主　　题：肉类掺假 循环阈值 碱基错配 非特异性扩增 引物特异性 

摘      要：以错配反应与正常反应之间的ΔCt值为指示,研究不同碱基错配类型、位置与个数条件下引物3′端与模板之间非特异性扩增的发生规律,并构建ΔCt值的二次多项式回归模型。结果表明,碱基错配种类、位置、个数对实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,RT-q PCR)的非特异性扩增都有显著影响,并呈现出较强的规律性。碱基类型上,研究的各个位置上异型错配较易发生非特异性扩增,而同型错配则较难发生,并且两种错配类型之间有显著性差异(P0.05);错配位置上,相同条件下引物3’端第1位碱基错配对ΔCt值影响最大,错配位置远离3’端时对ΔCt值的影响逐渐减小,非特异性扩增也更容易发生;错配个数上,随着错配碱基个数的增加对ΔCt值得影响程度不断增大,非特异性扩增较难发生。构建ΔCt值预测模型R2达到0.837 1,根据此模型可以预测出不同位置、不同错配类型条件下ΔCt值,从而可以判断RT-q PCR非特异性扩增的发生的难易程度。