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玉米褪绿斑驳病毒RT-PCR检测引物的筛选

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中国植保导刊 2024年第4期44卷 82-88页

作者：李献锋于璇冯黎霞丁钿魏霜龙阳刘海军广州海关技术中心广东广州510623 广州白云机场海关综合技术服务中心广东广州510470 湛江海关技术中心广东湛江524022

收集18对已报道的玉米褪绿斑驳病毒(MCMV)RT-PCR检测引物,利用MCMV阳性样品和健康样品进行测试,对实际表现较优的引物进一步分析其特异性和灵敏度,再以220份玉米种子样品进行验证。结果显示,在测试的18对引物中,有2对引物MCMV PF7/MCMV ... 详细信息

收集18对已报道的玉米褪绿斑驳病毒(MCMV)RT-PCR检测引物,利用MCMV阳性样品和健康样品进行测试,对实际表现较优的引物进一步分析其特异性和灵敏度,再以220份玉米种子样品进行验证。结果显示,在测试的18对引物中,有2对引物MCMV PF7/MCMV PR7和M-PCR-F/M-PCR-R对MCMV的检测效果较优,其对7种其他玉米病毒均无交叉反应,检测灵敏度可达到200 pg/μL;实际样品检测中,应用上述2对引物检测的结果一致,均检出6份阳性样品。根据测试结果,推荐使用引物MCMV PF7/MCMV PR7和M-PCR-F/M-PCR-R用于玉米种子携带MCMV的检测。

关键词：玉米褪绿斑驳病毒 RT-PCR 引物筛选玉米种子检测

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鸡血藤ISSR体系优化及引物筛选

湖北农业科学 2024年第1期63卷 206-211页

作者：李金梅王一婷潘丽梅黄晓东谭勇汝梅刘雯广西中医药大学药学院/第一附属医院南宁530200

以鸡血藤的入药部位藤茎为试验材料,采用改良CTAB法进行DNA提取,利用正交试验和单因素试验对ISSR-PCR反应体系进行优化和构建。结果表明,鸡血藤最佳ISSR-PCR反应体系为DNA模板60 ng,Taq酶2.00 U,Mg2+浓度1.75 mmol/L,dNTP浓度0.25 mmol... 详细信息

以鸡血藤的入药部位藤茎为试验材料,采用改良CTAB法进行DNA提取,利用正交试验和单因素试验对ISSR-PCR反应体系进行优化和构建。结果表明,鸡血藤最佳ISSR-PCR反应体系为DNA模板60 ng,Taq酶2.00 U,Mg2+浓度1.75 mmol/L,dNTP浓度0.25 mmol/L,引物浓度0.20 μmol/L,最佳退火温度44.6℃。从100条ISSR引物筛选出20条适合鸡血藤的ISSR引物。

关键词：鸡血藤 ISSR 分子标记引物筛选正交设计体系优化

基于微流控芯片技术的创伤弧菌特异性引物的筛选及验证

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检验医学与临床 2024年第11期21卷 1579-1585,1594页

作者：张小红禹乐朱启淦孟加榕第九〇九医院/厦门大学附属东南医院病理科福建漳州363000

目的探讨适用于创伤弧菌的特异性引物,通过微流控芯片技术进行一站式检测,为快速检测出病原体奠定基础。方法通过NCBI网站获取靶基因序列,采用MEGA7.0软件对齐后设计出19对引物,BLAST确定引物的特异度,再通过引物性能、灵敏度、快速变... 详细信息

目的探讨适用于创伤弧菌的特异性引物,通过微流控芯片技术进行一站式检测,为快速检测出病原体奠定基础。方法通过NCBI网站获取靶基因序列,采用MEGA7.0软件对齐后设计出19对引物,BLAST确定引物的特异度,再通过引物性能、灵敏度、快速变温实验筛选适用于微流控的引物,最后对引物的特异度与灵敏度进行评价。结果成功筛选出1对适用于微流控的引物vvhA10,微流控检测结果发现其特异度与灵敏度较高。结论筛选出适用于微流控芯片的引物,用于全自动微流控检测可以满足应急检测或现场快速检测等方面的使用需求。

关键词：微流控芯片创伤弧菌引物筛选荧光定量聚合酶链反应即时检测

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广西假蒌ISSR-PCR反应体系优化与引物筛选

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分子植物育种 2022年

作者：杨丹谢鲜丽黎艳茵谭勇黄鼎杜沛霖广西中医药大学药学院广西中医药大学广西壮瑶药重点实验室

为了确定广西假蒌ISSR-PCR最佳反应体系，本研究采用单因素和正交实验相结合的方法对影响广西假蒌ISSR-PCR反应体系的dNTPs、Mg;、引物、DNA模板、Taq聚合酶五个因素的浓度进行优化。研究结果表明各因素对广西假蒌ISSR-PCR反应体系影响... 详细信息

为了确定广西假蒌ISSR-PCR最佳反应体系，本研究采用单因素和正交实验相结合的方法对影响广西假蒌ISSR-PCR反应体系的dNTPs、Mg;、引物、DNA模板、Taq聚合酶五个因素的浓度进行优化。研究结果表明各因素对广西假蒌ISSR-PCR反应体系影响大小依次为：Mg;> 模板DNA >Taq聚合酶 >引物 > dNTPs。最佳反应体系为总体系20 μL，其中10×Buffer 2 μL、dNTPs 0.25 mmol/L、Mg;2.0 mmol/L、引物 0.5 μmol/L、模板DNA 80 ng、Taq聚合酶1 U，双蒸水11.6 μL。在建立的最优体系基础上，从100条UBC引物中筛选出10条条带清晰、多态性好的引物并确定其最佳退火温度。本研究为后续进行广西假蒌遗传多样性、分子育种、种质资源鉴定等研究提供理论依据。

关键词：广西假蒌 ISSR 正交设计引物筛选

独脚金SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

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分子植物育种 2022年第22期20卷 7534-7539页

作者：胡小虎陈柯欣郭艺鹏刘秦耿晓珊方振名卢恩科周碧莹姚贤秋黄龙娣刘强玉林师范学院生物与制药学院玉林537000

为建立适用于独脚金的SRAP-PCR反应体系并筛选扩增条带丰富的引物组合,本研究以独脚金基因组DNA为模板,采用单因素分析法对影响SRAP-PCR反应的5个主要因素dNTP浓度、Taq酶浓度、Mg^(2+)浓度、引物浓度、DNA浓度进行优化;并利用优化的反... 详细信息

为建立适用于独脚金的SRAP-PCR反应体系并筛选扩增条带丰富的引物组合,本研究以独脚金基因组DNA为模板,采用单因素分析法对影响SRAP-PCR反应的5个主要因素dNTP浓度、Taq酶浓度、Mg^(2+)浓度、引物浓度、DNA浓度进行优化;并利用优化的反应体系对引物进行筛选。结果表明,独脚金SRAP-PCR最优反应体系为10μL,其中dNTP 0.06 mmol/L,Taq酶0.3 U,Mg^(2+)2.0 mmol/L,引物1.0μmol/L,DNA 25 ng,10×PCR Buffer 1μL;利用该体系从95对引物中共筛选出扩增条带清晰、稳定、丰富引物组合39对。本研究所优化的反应体系和筛选的引物组合为后续独脚金种质资源遗传多样性研究奠定有力基础。

关键词：独脚金(Striga asiatica) SRAP-PCR 体系优化引物筛选

朝鲜淫羊藿ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

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分子植物育种 2023年第7期21卷 2318-2324页

作者：吴望蕊王英哲国坤容路生孟芳芳孙云龙肖井雷姜大成长春中医药大学药学院长春130117

本研究采用L16(43)正交试验设计,优化了朝鲜淫羊藿ISSR-PCR反应体系中的模板DNA加入量、引物加入量、2×Taq Master Mix加入量3个参数,建立了最佳反应体系。采用优化后的反应体系,从100条ISSR引物中筛选出7条多态性引物,并对每条引物的... 详细信息

本研究采用L16(43)正交试验设计,优化了朝鲜淫羊藿ISSR-PCR反应体系中的模板DNA加入量、引物加入量、2×Taq Master Mix加入量3个参数,建立了最佳反应体系。采用优化后的反应体系,从100条ISSR引物中筛选出7条多态性引物,并对每条引物的退火温度逐个优化。试验结果表明朝鲜淫羊藿ISSR-PCR最佳反应体系为:3μL模板DNA(8.7 ng/μL),3.5μL引物(2.5μmol/L),12μL 2×Taq Master Mix,双蒸水补足至体积为20μL。PCR扩增步骤:在94℃条件下先预变性4 min,后变性1 min,于57℃退火,72℃延伸均进行40 s,共循环35次,然后于72℃下补齐5 min,产物保存在4℃冰箱。经验证表明该反应体系稳定,引物条带清晰且多态性良好,该研究为朝鲜淫羊藿的群体遗传学研究奠定了前期基础。

关键词：朝鲜淫羊藿 ISSR-PCR 分子标记体系优化引物筛选

五味子EST-SSR反应体系建立及多态性引物筛选

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分子植物育种 2023年

作者：朱滨红石广丽孙丹王振兴于淼艾军吉林农业大学园艺学院

为建立并优化五味子SSR-PCR反应体系，进一步筛选具有多态性的EST-SSR引物。本研究以19份五味子种质资源为试验材料，利用L16(45)正交试验设计，对反应体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及Mg2+5个因素进行优化。利用优化后... 详细信息

为建立并优化五味子SSR-PCR反应体系，进一步筛选具有多态性的EST-SSR引物。本研究以19份五味子种质资源为试验材料，利用L16(45)正交试验设计，对反应体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及Mg2+5个因素进行优化。利用优化后的体系对自主挖掘的EST-SSR多态性引物进行PCR反应并筛选最适退火温度。结果表明，五味子SSR 最佳反应体系为16 μL，包括 DNA 20ng，SSR正反向引物各0.2 μmol/L，dNTP 0.3 mmol/L，Taq DNA聚合酶2U，Mg2+4mmol/L。该体系在100对引物中成功扩增出72对，扩增效率为72%，其中41对具有多态性，多态性比率为41%。试验所获得的优化体系及多态性引物为五味子种质资源鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等奠定了重要基础。

关键词：五味子 SSR-PCR反应体系正交试验设计体系优化引物筛选

枫香ISSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

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分子植物育种 2023年第9期21卷 2991-2998页

作者：黄敏黄旭萍李斌奇张毅智林龙陈发兴福建农林大学园艺学院福州350002 福建省林业科技试验中心南靖363600

为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Master... 详细信息

为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Master Mix用量引物浓度)正交试验构建并优化枫香的ISSR-PCR反应体系;对100条ISSR引物进行筛选及其退火温度优化。结果表明:改良CTAB方法提取的DNA浓度高,且电泳条带清晰无污染;SDS和试剂盒方法提取DNA的浓度低,电泳条带亮度低;高盐低pH值法提取的DNA的电泳条带模糊且降解拖尾现象严重。DNA模板浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH2O为7.8μL时扩增程序的条带最清晰、多态性最好。筛选出17条重复性强、条带清晰明亮、多态性高的ISSR引物及其最适退火温度,其中扩增位点数最多的为引物UBC-834、UBC-836和UBC-853,扩增位点均为13个,以UBC-878为ISSR引物时的扩增反应中,当退火温度在46.9℃的时候能够扩增出较多明亮且清晰的条带。枫香叶片DNA最适提取方法为改良CTAB法;ISSR-PCR扩增程序的最优反应体系为20μL:模板DNA浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH2O 7.8μL;筛选出17条最适枫香的ISSR候选引物及其最适退火温度。该枫香ISSR-PCR优化体系和候选引物适用于分子标记为枫香遗传多样性与亲缘关系作分析。

关键词：枫香改良CTAB法 DNA提取 ISSR-PCR 引物筛选

野生玫瑰多态性cpDNA和ITS引物的筛选与验证

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浙江农业学报 2022年第5期34卷 1032-1038页

作者：许建军马燕吴其超王宝盛臧德奎黄河下游国家林业局林业重点实验室山东农业大学林学院山东泰安271018

为了筛选出具有高多态性的cpDNA和ITS序列引物,用于研究野生玫瑰自然种群的分子谱系地理,以野生玫瑰8个种群为试材,通过12对叶绿体基因组引物和4对核基因组ITS引物的PCR扩增和PCR产物测序,筛选出trnL-trnF、rpl20-rps12、rbcl、ITS1四... 详细信息

为了筛选出具有高多态性的cpDNA和ITS序列引物,用于研究野生玫瑰自然种群的分子谱系地理,以野生玫瑰8个种群为试材,通过12对叶绿体基因组引物和4对核基因组ITS引物的PCR扩增和PCR产物测序,筛选出trnL-trnF、rpl20-rps12、rbcl、ITS1四对具有高多态性的引物。序列变异计算与系统发育树结果显示,8个野生玫瑰种群变异较低,可划分为2支。筛选出高多态性的cpDNA引物3对和ITS引物1对,适用于研究野生玫瑰系统发育和谱系地理结构,能够进一步探究濒危物种野生玫瑰的谱系地理。

关键词：野生玫瑰 ITS序列引物筛选系统发育树