检索结果-南通市图书馆

酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析

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生物化学与生物物理进展 2003年第2期30卷 231-238页

作者：张静石秀凡云南大学应用统计中心昆明650091 中国科学院昆明动物研究所

大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基... 详细信息

大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基因内含子一般都比较短 .这提示高效转录基因的较长内含子中可能含有某些增强基因转录的特征性结构 .于是选取两组酵母基因的内含子进行详细研究 ,第一组的基因具有较高的转录频率 (>30 ) ,第二组的基因转录频率较低 (≤ 10 ) .对寡核苷酸 (主要是四核苷酸、五核苷酸 )的出现频率进行统计比较分析 ,探测到一批寡核苷酸 ,它们在第一组内含子中出现的频率显著高于在第二组内含子中出现的频率 ,同时也显著高于与第一组内含子相邻的外显子中的出现频率 .其中一些寡核苷酸与实验研究得到的转录调控元件相同 .从这批寡核苷酸在内含子和外显子序列中的分布看。

关键词：酵母基因转录正调控内含子序列特征基因转录频率寡核苷酸出现频率

基于综合DNA序列特征的支持向量机方法识别核小体定位

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生物医学工程学杂志 2020年第3期37卷 496-501页

作者：崔颖徐泽龙李建中黑龙江大学电子工程学院哈尔滨150080 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150081 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院哈尔滨150001

本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计... 详细信息

本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计算候选核小体序列和连接序列到模型CSeqFM的欧氏距离作为特征集,投入到支持向量机(SVM)中训练和检验,通过十折交叉验证进行性能评估。结果显示,酵母核小体定位的敏感性、特异性、准确率和Matthews相关系数(MCC)分别为97.1%、96.9%、94.2%和0.89,受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)达到0.980 1。与其他相关Z曲线方法比较,CSeqFM方法在各项评估指标中均表现出优势,具有更好的识别效果。同时,将CSeqFM方法推广到线虫、人类和果蝇的核小体定位识别中,AUC均高于0.90,与iNuc-STNC和iNuc-PseKNC方法比较,CSeqFM方法也表现出较好的稳定性和有效性,进一步表明该方法具有较好的可靠性和识别效能。

关键词：序列特征支持向量机核小体 Z曲线位置权重矩阵欧氏距离

白及苯丙氨酸解氨酶基因的克隆、序列特征及激素响应表达分析

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中草药 2019年第3期50卷 694-701页

作者：罗才林李林陈立邓琴张俊马璇徐德林钱刚遵义医学院细胞生物学教研室贵州遵义563003 遵义医学院第一临床学院贵州遵义563003

目的苯丙氨酸解氨酶(PAL)是植物次生代谢与抗逆反应的关键酶类之一,研究PAL基因的序列信息与逆境胁迫响应模式,揭示其蛋白结构与功能及抗逆信号网络。方法采用RT-PCR、RACE技术获得白及PAL基因c DNA全长;Protparam、SOPMA、SWISS-MODEL... 详细信息

目的苯丙氨酸解氨酶(PAL)是植物次生代谢与抗逆反应的关键酶类之一,研究PAL基因的序列信息与逆境胁迫响应模式,揭示其蛋白结构与功能及抗逆信号网络。方法采用RT-PCR、RACE技术获得白及PAL基因c DNA全长;Protparam、SOPMA、SWISS-MODEL等生物信息学软件分析其编码蛋白的理化特性、结构域等特征;DNAMAN、MEGA软件分别进行氨基酸多序列比对与系统进化分析;实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术进行PAL基因时空表达特异性与外源激素胁迫下响应检测。结果克隆得到的Bs PAL基因c DNA全长为2 708 bp,编码1条797个氨基酸组成的多肽,预测蛋白质相对分子质量为86 216.94,等电点6.24,具有植物PAL酶的典型结构域和活性中心,不具有跨膜结构域,与铁皮石斛、蝴蝶兰的PAL基因亲缘关系最近。q RT-PCR结果表明白及根中PAL表达量显著高于叶与茎。在Me JA处理下,PAL表达量呈逐渐上升再下降的趋势;SA处理下,则是先下降再上升的趋势。结论白及PAL基因的克隆与序列特征分析、表达检测及响应Me JA和SA胁迫后的表达变化为阐明白及苯丙烷代谢途径与激素信号通路研究提供实验基础。

关键词：白及苯丙氨酸解氨酶基因克隆序列特征表达分析激素响应

锈毛钝果寄生叶绿体基因组的序列特征和系统发育分析

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中草药 2023年第10期54卷 3273-3280页

作者：蒋明王军峰吴丹朱晏汤紫依何海叶张慧娟台州学院生命科学学院浙江椒江318000 华东药用植物园科研管理中心浙江丽水323000 台州恩泽医疗中心(集团)路桥医院浙江路桥318050

目的以药用植物锈毛钝果寄生Taxilluslevinei为材料,在高通量测序、组装的基础上,明确叶绿体因组的结构、序列特征和系统发育关系。方法利用SDS法提取基因组DNA,采用Illumina HiSeq X Ten进行高通量测序,用Novo Plasty组装叶绿体基因... 详细信息

目的以药用植物锈毛钝果寄生Taxilluslevinei为材料,在高通量测序、组装的基础上,明确叶绿体因组的结构、序列特征和系统发育关系。方法利用SDS法提取基因组DNA,采用Illumina HiSeq X Ten进行高通量测序,用Novo Plasty组装叶绿体基因组,借助PhyML生成系统发育树。结果锈毛钝果寄生的叶绿体基因组全长为122 208 bp,GC值为37.3%,大单拷贝区(large single copy region,LSC)、小单拷贝区(small single copy region,SSC)和反向重复区(inverted repeat region,IR)的长度分别为70 522、6084和22 801 bp;锈毛钝果寄生的叶绿体基因组共有基因108个,其中的编码蛋白基因、t RNA与r RNA分别为66、29和8个,另有5个假基因;inf A基因、所有的ndh基因及6个t RNA发生丢失。序列比对结果表明,锈毛钝果寄生与桑寄生T. sutchuenensis (Lecomte) Danser叶绿体基因组之间的相似性最高,达96.7%。系统发育分析结果表明,7种植物在发育树上分成5组,其中,锈毛钝果寄生与桑寄生和广寄生聚于一组。结论锈毛钝果寄生叶绿体基因组的组装、序列分析和系统发育分析,为后续开展遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础,并为桑寄生科植物的进化和系统发育研究提供了依据。

关键词：锈毛钝果寄生桑寄生广寄生叶绿体基因组序列特征系统发育分析

杀虫晶体蛋白的序列特征与其杀小菜蛾活性间关系的定量模型

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生物工程学报 2008年第8期24卷 1395-1400页

作者：林毅蔡福营张光亚华侨大学生物工程与技术系工业生物技术福建省高校重点实验室泉州362021

采用定点突变技术改造杀虫晶体蛋白,是提高其杀虫活性的有效途径,但目前在突变位点和氨基酸种类的选取上还存在很大的盲目性。以杀小菜蛾活性明确的23个杀虫晶体蛋白上的4个关键结构域为研究对象,用主成分分析法处理20种氨基酸1369种性... 详细信息

采用定点突变技术改造杀虫晶体蛋白,是提高其杀虫活性的有效途径,但目前在突变位点和氨基酸种类的选取上还存在很大的盲目性。以杀小菜蛾活性明确的23个杀虫晶体蛋白上的4个关键结构域为研究对象,用主成分分析法处理20种氨基酸1369种性质参数后的第一个主成分的得分向量来表征氨基酸差异,实现序列数据化。通过逐步回归找到了6个关键氨基酸位点:X3、X9、X12、X13、X14和X19,并进一步通过偏最小二乘二次多项式回归寻根最优氨基酸残基L/X3、S/X9、S/X12、T/X13、A/X14和G/X19,从而建立了杀虫晶体蛋白的序列特征与其杀小菜蛾活性间关系的定量模型。这有助于快速地预测出有利于提高杀小菜蛾活性的氨基酸位点和种类,从而提高定点突变改造杀虫晶体蛋白的效率。

关键词：杀虫晶体蛋白小菜蛾序列特征定量模型理性设计

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远志叶绿体基因组序列特征与系统发育分析

中草药 2023年第11期54卷 3655-3665页

作者：王星璐李慧娟赵伟李彦青秦雪梅张福生山西大学中医药现代研究中心山西太原030006 山西中医药大学基础医学院山西晋中030619

目的解析远志Polygalatenuifolia叶绿体基因组信息序列特征和确定其在远志属的系统位置。方法获得远志叶绿体基因组序列,借助Ge Seq、Chloroplot、MISA、REPute、Tandem repeats finder、CodonW、Geneious、IRscope、MAFFT7和IQtree2.0.5等生物信息学工具进行序列分析、密码子偏好分析、远志属基因组比较分析和系统发育研究。结果远志的叶绿体基因组全长165423 bp,为典型的环状四段式结构;包括1个大单拷贝区(large single copy,LSC;83699 bp),1个小单拷贝区(small single copy,SSC;8044 bp)和1对反向重复区(inverted repeats,IRs;36840 bp),该基因组共注释到135个基因,包括8个rRNA基因、38个tRNA基因和89个蛋白编码基因。该基因组中共检测到161个SSR位点,223条散在重复序列,90条串联重复序列;亮氨酸(Leu)是远志叶绿体基因组中使用次数最高的氨基酸(10.21%),同义密码子相对使用频次(RSCU)>1的密码子有35种且均以A/U结尾;序列长度、基因组成以及GC含量等方面相对保守。IR边界分析除了西南远志Polygala crotalarioides和密花远志Polygala karensium外,其余远志属边界高度保守;基于远志科9个物种的叶绿体基因组数据同时选择远志属的近缘类鸦胆子Brucea javanica和九里香Murraya exotica作为外类群,采用最大似然法和邻接法分别构建系统发育树,支持率均为100,显示远志***与卵叶远志Polygala sibirica、瓜子金Polygala japonica和香港远志Polygalahongkongensis聚类到一起,能够反映远志属的亲缘关系。结论远志与卵叶远志、瓜子金和香港远志的亲缘关系最近。首次采用生物信息学分析方法对远志叶绿体基因组进行了全面、深度解析,结果将为远志属药用植物的遗传多样性分析以及新品系的遗传育种研究等提供理论依据。

关键词：远志叶绿体基因组序列特征密码子偏好性系统发育分析

白鼠尾草叶绿体基因组序列特征与系统进化分析

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药学学报 2024年第5期59卷 1484-1493页

作者：房振西季倩胡佳栋陈万生李卿上海中医药大学中药研究所中药资源与生物技术中心上海201203 中国人民解放军海军军医大学第二附属医院药剂科上海200003

白鼠尾草(Salvia apiana Jepson)是唇形科鼠尾草属多年生亚灌木植物,具有悠久的药用历史。本研究采用PacBio HiFi三代测序技术对白鼠尾草叶绿体基因组进行了测序,完成了物理图谱绘制,对其基因组序列结构特征、密码子偏好性和重复序列进... 详细信息

白鼠尾草(Salvia apiana Jepson)是唇形科鼠尾草属多年生亚灌木植物,具有悠久的药用历史。本研究采用PacBio HiFi三代测序技术对白鼠尾草叶绿体基因组进行了测序,完成了物理图谱绘制,对其基因组序列结构特征、密码子偏好性和重复序列进行了分析,并与同属近缘物种进行了系统进化和叶绿体基因组比较分析。白鼠尾草叶绿体基因组序列长度为151701 bp(GenBank登录号:OR389048),包含典型的四分体结构,GC含量为38.06%。共注释得到132个基因,包括87个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因,其中17个基因含有内含子,18个基因为双拷贝基因。密码子偏好性分析显示,白鼠尾草密码子偏好使用A或U结尾的密码子。白鼠尾草叶绿体重复结构分析共检测得到170个简单重复序列(SSR)位点和65条散在重复序列,大部分SSR位点由A和T碱基组成。与同属21个药用植物的叶绿体全基因组系统进化分析显示,白鼠尾草与西班牙鼠尾草(Salvia hispanica *** Willk.&Lange)、墨西哥鼠尾草(Salvia leucantha Cav.)和椴叶鼠尾草(Salvia tiliifolia Vahl)亲缘关系最近。叶绿体基因组比较分析显示,白鼠尾草的反向重复区域(IR)边界存在轻微的收缩和扩张情况,且叶绿体基因组序列中存在多处高遗传变异区。本研究建立了一种适用于利用三代测序数据组装白鼠尾草叶绿体基因组的方法,首次对白鼠尾草叶绿体基因组进行了较为全面和深入的解析,为白鼠尾草叶绿体基因工程、遗传多样性分析、分子育种及物种鉴定等研究提供了理论依据。

关键词：白鼠尾草叶绿体基因组序列特征密码子偏好性系统进化

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籽粒苋AhNAD-ME的序列特征与表达

作物学报 2014年第12期40卷 2192-2197页

作者：白云凤聂江婷张忠梁李平张维锋闫建俊冯瑞云张耀山西省农业科学院作物科学研究所山西太原030032 农业部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室山西太原030006 山西大学生物工程学院山西太原030006

NAD(P)-苹果酸酶催化苹果酸氧化脱羧,产生丙酮酸和CO2,伴随NAD(P)的还原。在C4植物中,苹果酸酶参与了C4光合作用。本研究对克隆的双子叶C4植物籽粒苋NAD-苹果酸酶基因(AhNAD-ME)编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,结果表明,AhNAD-M... 详细信息

NAD(P)-苹果酸酶催化苹果酸氧化脱羧,产生丙酮酸和CO2,伴随NAD(P)的还原。在C4植物中,苹果酸酶参与了C4光合作用。本研究对克隆的双子叶C4植物籽粒苋NAD-苹果酸酶基因(AhNAD-ME)编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,结果表明,AhNAD-ME具有苹果酸酶的完整功能域,包括苹果酸N端结构域和苹果酸酶的NAD结合结构域;进化树表明,该序列属于NAD-ME的α亚基,该亚基定位于线粒体基质中。半定量RT-PCR分析表明,该基因主要在叶片和茎中表达,表达量随光照时间延长而增加。将AhNAD-ME基因重组到原核表达载体pEASY-E1中,电击法转化到大肠杆菌Transette(DE3)菌株中,IPTG诱导其高效表达,表达的融合蛋白的分子量与预期相符,主要以包涵体形式存在。

关键词：籽粒苋 AhNAD-ME 序列特征表达模式原核表达

单叶铁线莲叶绿体基因组的序列特征与系统发育分析

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中草药 2022年第12期53卷 3766-3773页

作者：韦海忠潘丽芹田盛野汤紫依何海叶张慧娟蒋明台州科技职业学院浙江黄岩318020 台州学院生命科学学院浙江椒江318000

目的以药用植物单叶铁线莲Clematishenryi叶片为材料,在高通量测序、组装和序列分析的基础上,明确叶绿体因组的序列特征和系统发育关系。方法利用CTAB法提取叶片基因组DNA,通过NovaSeq6000平台测序,再用NovoPlasty组装叶绿体基因组,借... 详细信息

目的以药用植物单叶铁线莲Clematishenryi叶片为材料,在高通量测序、组装和序列分析的基础上,明确叶绿体因组的序列特征和系统发育关系。方法利用CTAB法提取叶片基因组DNA,通过NovaSeq6000平台测序,再用NovoPlasty组装叶绿体基因组,借助PhyML生成系统发育树。结果单叶铁线莲的叶绿体基因组全长159707bp,GC值为38.0%,大单拷贝区、小单拷贝区和反向重复序列的长度分别为79 449、18 100、31 079 bp;单叶铁线莲的叶绿体基因组总共有基因137个,其中蛋白质编码基因、tRNA、rRNA的数量分别为91、36、8,另有2个假基因,分别为Ψycf1和ΨinfA。序列比对结果表明,单叶铁线莲与牯牛铁线莲叶绿体基因组的相似性最高,达99.6%;共检测到41个SSR,其中40个为单核苷酸重复,1个为三核苷酸重复。系统发育分析结果表明,单叶铁线莲与牯牛铁线莲和大叶铁线莲聚于一组,支持率达100%。结论单叶铁线莲叶绿体基因组的组装、序列分析和系统发育分析,为该药用植物的遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础。

关键词：单叶铁线莲牯牛铁线莲大叶铁线莲叶绿体基因组序列特征系统发育分析