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大黄鱼野生和养殖群体的COI序列变异分析

广西科学 2023年第4期30卷 794-803页

作者：雷凤玲陈敏芳蒙扬鑫牛素芳吴仁协潘滢广东海洋大学水产学院广东湛江524088 宁德市富发水产有限公司大黄鱼育种国家重点实验室福建宁德352103

为阐明大黄鱼Larimichthys crocea野生和养殖群体的遗传变异特性,本研究采用COI基因序列对徐闻东岸野生群体(XWD)、硇洲岛野生群体(NZD)、闽粤东野生群体(MYD)、象山养殖群体(XSYZ)和宁德养殖群体(NDYZ)等5个大黄鱼群体的遗传多样性水... 详细信息

为阐明大黄鱼Larimichthys crocea野生和养殖群体的遗传变异特性,本研究采用COI基因序列对徐闻东岸野生群体(XWD)、硇洲岛野生群体(NZD)、闽粤东野生群体(MYD)、象山养殖群体(XSYZ)和宁德养殖群体(NDYZ)等5个大黄鱼群体的遗传多样性水平、单倍型分布、遗传分化、历史动态等进行比较分析。结果显示,3个野生群体的遗传多样性水平(h=0.757 6-0.877 5、π=0.002 6-0.003 1)明显高于2个养殖群体(h=0.194 7-0.495 2、π=0.000 8-0.001 0),二者的单倍型分布频率差异明显;XSYZ与NDYZ、MYD群体间存在显著的遗传分化(F_(st)=0.128 5、0.086 0,P0.05)。历史动态分析支持野生大黄鱼经历了晚更新世的群体数量扩张,但不支持养殖大黄鱼发生群体扩张。研究表明群体间遗传多样性的差异反映了不同进化力量在大黄鱼野生和养殖群体遗传中的作用机制。养殖实践和人工选育对东海区大黄鱼群体间的遗传分化起到了重要作用,而群体扩张、养殖逃逸、人工放流以及物种的扩散能力等因素可能促使粤西海域和东海区大黄鱼群体间具有遗传同质性。本研究揭示了粤西海域和东海区大黄鱼群体种质资源状况以及野生群体与养殖群体间的遗传特性差异,可为大黄鱼种质资源保护和利用提供科学依据。

关键词：大黄鱼 COI基因序列变异遗传分化种质资源

山羊Wnt5A基因序列变异及其组织表达特征

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农业生物技术学报 2022年第7期30卷 1321-1328页

作者：李少斌张瑞国何兆华赵鹏飞赵芳芳王继卿刘秀胡江罗玉柱甘肃农业大学动物科学技术学院/甘肃省草食动物生物技术重点实验室

羊绒的质量和产量决定着绒山羊(Capra hircus)的经济价值，而毛囊是调控羊绒生长和性状的直接组织，通过调控毛囊发育可实现羊绒性状的改良。无翅型鼠乳腺肿瘤病毒整合位点家族成员5A(wingless-type mouse mammary tumor virus integrat... 详细信息

羊绒的质量和产量决定着绒山羊(Capra hircus)的经济价值，而毛囊是调控羊绒生长和性状的直接组织，通过调控毛囊发育可实现羊绒性状的改良。无翅型鼠乳腺肿瘤病毒整合位点家族成员5A(wingless-type mouse mammary tumor virus integration site family member 5A,Wnt5A)基因是毛囊发育信号通路中的关键因子，在毛囊的发育过程中起着关键作用，但其在山羊中的研究还非常有限。为全面掌握山羊Wnt5A的分子遗传特征，本研究利用PCR-单链构象多态性(PCR-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)结合测序，检测分析该基因在中卫山羊、柴达木绒山羊和陇东绒山羊群体中的变异特征；利用qPCR技术，分析Wnt5A在辽宁绒山羊和陇东绒山羊组织表达特征。结果显示：在陇东绒山羊、柴达木绒山羊和中卫山羊群体中，Wnt5A的exon 4扩增区存在2个突变位点，分别为c.334C>A和c.213A>G，形成A、B和C 3个等位基因并表现为AA、AB、AC、BB和BC 5种基因型。A和AB分别为柴达木绒山羊和陇东绒山羊中的优势等位基因和优势基因型，而中卫山羊中分别为B和BB。在该基因exon 6扩增区检测到由D和E 2个等位基因构成的DD、DE和EE 3种基因型，序列比对发现c.685-5C>T和c.685-55G>A 2个SNPs。3个群体中E均为优势等位基因，DE均为优势基因型。2个扩增区构成H1～H6 6种单倍型，其中频率最高的为H2。Wnt5A基因在辽宁绒山羊和陇东绒山羊的7种组织中均表达，品种间具有差异性，同时在皮肤中的表达差异显著，推测是由于Wnt5A基因的表达与羊绒性状相关造成的。该研究通过比较不同品种山羊Wnt5A基因的变异和表达特征，分析了该基因的分子遗传特征，为丰富山羊基因组内容及该基因的开发利用提供了基础资料。

关键词： Wnt5A 绒山羊序列变异特异性表达

粳稻超亲变异系籽粒谷氨酰胺合成酶基因表达特性及序列变异分析

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中国水稻科学 2016年第3期30卷 304-312页

作者：徐振华曲莹刘海英朱立楠张忠臣金正勋东北农业大学农学院哈尔滨150030 黑龙江省农业科学院五常水稻研究所黑龙江五常150229

选用籽粒蛋白质含量有显著差异的亲本和杂种后代超亲变异系,比较分析灌浆过程中籽粒蛋白质积累特性、谷氨酰胺合成酶（GS）活性变化、GS基因mRNA表达量变化和基因碱基序列.结果表明,杂交后代通过籽粒蛋白质含量的连续定向选可获得超亲... 详细信息

选用籽粒蛋白质含量有显著差异的亲本和杂种后代超亲变异系,比较分析灌浆过程中籽粒蛋白质积累特性、谷氨酰胺合成酶（GS）活性变化、GS基因mRNA表达量变化和基因碱基序列.结果表明,杂交后代通过籽粒蛋白质含量的连续定向选可获得超亲变异系,籽粒蛋白质积累量与基因型紧密相关;灌浆过程中籽粒GS活性呈单峰曲线变化,籽粒蛋白质含量与籽粒GS活性密切相关,而且籽粒GS活性也能产生超亲变异;在灌浆过程中籽粒蛋白质含量不同的亲本及超亲变异系籽粒GS1.3 和GS2 基因的mRNA表达量变化趋势基本一致,即随灌浆进程mRNA表达量逐渐增加,到抽穗后15-20d表达量最高,随后逐渐下降,呈单峰曲线变化;GS1.3 和GS2 基因mRNA表达量与籽粒蛋白质含量关系密切,GS基因mRNA表达量高的基因型籽粒蛋白质含量也高,而且超亲表达;尽管不同品种GS1.3 和GS2 基因碱基序列保守性很高,但不同品种水稻GS1.3 和GS2 基因的碱基序列和蛋白质氨基酸序列并不完全一致,存在着个别碱基不同的基因多态性,品种间有性杂交后代在基因分离和稳定过程中通过碱基的替换仍然能发生碱基的随机性变化及三联体密码和氨基酸的变化.

关键词：粳稻超亲变异系籽粒 GS基因表达序列变异

四种■属鱼类线粒体Cyt b基因的序列变异及系统发育研究

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浙江农业学报 2020年第1期32卷 35-42页

作者：袁冬皓杨天燕孟玮郑瑶郑德育浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022 浙江省海洋水产研究所浙江省海洋渔业资源可持续利用技术研究重点实验室农业农村部重点渔场渔业资源科学观测实验站浙江舟山316021

测定和分析了4种[鱼喜]属(Sillago)鱼类:斑[鱼喜](Sillago aeolus)、亚洲[鱼喜](S.asiatica)、多鳞[鱼喜](S.sihama)和少鳞[鱼喜](S.japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同[鱼喜]属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育... 详细信息

测定和分析了4种[鱼喜]属(Sillago)鱼类:斑[鱼喜](Sillago aeolus)、亚洲[鱼喜](S.asiatica)、多鳞[鱼喜](S.sihama)和少鳞[鱼喜](S.japonica)线粒体细胞色素b基因序列片段,比较了不同[鱼喜]属鱼类种间的序列差异,探讨了彼此间系统发育关系和分类地位。结果显示,4种鱼类平均核苷酸组成为T 29.9%、C 29.2%、A 21.5%、G 19.3%,种间平均净遗传距离在0.157到0.280之间。最大似然法构建的系统树显示,少鳞[鱼喜]和亚洲[鱼喜]首先聚类、再与多鳞[鱼喜]和斑[鱼喜]相聚,斑[鱼喜]是最晚分化出的鱼类。基于Cyt b基因序列核苷酸分歧速率计算得出4种鱼类发生遗传分化时间在距今785-1400年前的第三纪中新世(Miocene)。

关键词：属 Cyt b 序列变异系统发育分化时间

秀丽白虾3个地理种群mtDNA 16S rRNA基因序列变异及遗传分化

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大连海洋大学学报 2018年第3期33卷 323-328页

作者：张敏莹徐东坡方弟安周彦锋刘凯中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业部长江下游渔业资源环境科学观测实验站江苏无锡214081

为探究秀丽白虾Exopalaemon modestus不同地理种群的遗传变异,采用PCR产物纯化测序的方法,分别测定了太湖、鄱阳湖和兴凯湖3个种群共计129个秀丽白虾样品的mtDNA 16S rRNA基因序列。结果表明:在486 bp序列中,检测到10个变异位点,占所测... 详细信息

为探究秀丽白虾Exopalaemon modestus不同地理种群的遗传变异,采用PCR产物纯化测序的方法,分别测定了太湖、鄱阳湖和兴凯湖3个种群共计129个秀丽白虾样品的mtDNA 16S rRNA基因序列。结果表明:在486 bp序列中,检测到10个变异位点,占所测序列的2.06%;共发现8种单倍型,其中太湖种群5种,鄱阳湖种群4种,兴凯湖种群1种;单倍型Ⅰ为太湖和鄱阳湖种群共有,单倍型Ⅳ为鄱阳湖和兴凯湖种群共有,3个种群未有共享单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.691 00和0.002 46,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,3个种群间的遗传变异为29.58%,种群内的遗传变异为70.42%,遗传分化系数(Gst)为0.295 8,基因流(Nm)为0.595 2,3个种群间遗传分化存在极显著性差异(P<0.01)。本研究结果可为秀利白虾种质资源保护提供基础数据。

关键词：秀丽白虾地理种群 16S rRNA基因序列变异遗传分化

辽宁沿海日本海马线粒体控制区序列变异及其在海龙科鱼类系统分析中的应用

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水产学报 2017年第7期41卷 1073-1082页

作者：李玉龙王彬王爱勇于旭光李轶平韩振华付杰董婧辽宁省海洋水产科学研究院辽宁省海洋生物资源与生态学重点实验室

为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区... 详细信息

为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区序列片段长度为557~558 bp,其A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为34.3%,29.7%,14.1%,21.9%。在控制区序列片段中,共检测到16个多态性核苷酸位点,定义了16种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(π=0.0032±0.0021,h=0.70±0.02)。利用GenBank数据库中已有的海马控制区同源序列,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建了分子系统树。结果显示,采用最大似然法和贝叶斯法构建的分子系统树拓扑结构与邻接法构建的分子系统树拓扑结构不完全相同但基本一致,系统进化分析结果与形态分类学的观点一致。研究表明,线粒体DNA控制区序列在海龙科不同阶元间变异较大,适合于海龙科鱼类种间、群体水平的研究以及作为系统进化分析的分子标记。

关键词：日本海马海龙科线粒体DNA 控制区序列序列变异系统分析

玉米MADS-box基因的序列变异及其与产量相关性状的关联分析

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玉米MADS-box基因的序列变异及其与产量相关性状的关联分析

作者：葛珍珍扬州大学

学位级别：硕士

玉米是我国粮食生产中的高产作物,同时也是饲料和生物能源原料的重要来源,在促进国民经济发展与保障粮食安全中起着关键作用。MADS-box是一个数量庞大的基因家族,最早对MADS-box家族基因功能的研究主要是在花器官上,近年来的研究发现,大... 详细信息

玉米是我国粮食生产中的高产作物,同时也是饲料和生物能源原料的重要来源,在促进国民经济发展与保障粮食安全中起着关键作用。MADS-box是一个数量庞大的基因家族,最早对MADS-box家族基因功能的研究主要是在花器官上,近年来的研究发现,大量MADS-box基因都与果实的发育和成熟有关,而果实又是人类赖以生存和发展的重要食品源,因此研究MADS-Box基因对果实的作用有着重要的意义。本研究以32份大刍草、68份玉米地方品种以及285份玉米自交系为试验群体,对MADS-box基因进行目标序列定点捕获和重测序,分析MADS-box基因在三个群体中的序列多态性,并探究其在玉米演化过程中的演变模式。以此为依据,结合3个环境下测定的15个玉米产量相关性状数据,采用候选基因关联分析方法,挖掘影响玉米产量相关性状的关键变异位点。主要研究结果如下:1.在385份材料中成功地捕获到玉米MADS-box基因家族的10个成员,对其进行多序列比对后的序列变异分析。结果发现,MADS-box基因在起始密码子上游、内含子、终止密码子下游的核苷酸多态性较高,而编码区（CDS）的核苷酸多态性则相对较低。从驯化的角度来看,MADS-box基因各区段的核苷酸多态性由大刍草、地方品种、自交系依次降低。LD模式分析表明,mads41、zmm27、zap1、zmm31这4个基因受到的选择痕迹比较明显。2.序列变异分析的结果表明:在285份玉米自交系中,MADS-box基因中的zmm31变异位点数最多,为639（221个SNP和418个InDel）个,mads55的变异位点数最少,为340（323个SNP和17个InDel）个。mads55的变异位点频率最高,平均每7.63bp就存在一个变异位点。zap1的变异位点频率最低,平均每28.76bp存在一个变异位点。3.候选基因关联分析结果表明,9个MADS-box基因和产量相关性状存在显著关联。mads65、mads41和IDP1944的遗传变异与雄穗分枝数显著关联,zmm27的遗传变异与穗行数显著关联,mads 73的遗传变异与雄穗长显著关联。在mads65中定位到7个显著位点,其中,SNP1943位点的变异造成了脯氨酸的同义突变,InDel-1127位点的贡献率最大,可以解释4.2%的表型变异,其不同等位变异之间的雄穗分枝数存在显著差异;在mads41中定位到10个显著位点,其中,SNP-2898位点的不同等位变异之间的雄穗分枝数差异最大,贡献率为4.44%,SNP-2627位点的不同等位变异之间的雄穗分枝数差异显著,贡献率最大,为4.49%;在IDP1944中定位到17个显著位点,其中,SNP1812位点的变异造成了苏氨酸的同义突变,而SNP1927位点的变异造成了氨基酸的非同义突变。在zmm27中定位到15个显著位点,其中,SNP-667位点位于启动子区域,其不同等位变异之间的穗行数差异显著,InDel8891位点的不同等位变异之间的穗行数差异最大,贡献率为5.25%。在mads73中定位到6个显著位点,其中,SNP4024的不同等位变异之间雄穗长差异最大,贡献率为4.71%,InDe15868的不同等位变异之间雄穗长差异也十分显著,贡献率为4.27%。本研究结果将有助于阐明MADS-box基因家族在驯化过程中的序列变异情况和遗传演化规律,鉴定出的优异等位变异可用于分子标记辅助选择进行玉米种质的改良。

关键词：玉米 MADS-box基因演化产量相关性状序列变异

自噬-溶酶体标记基因LC3B和LAMP2调控序列变异与退行性心脏瓣膜病的关联性

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济宁医学院学报 2022年第5期45卷 321-327页

作者：逄淑超闫波济宁医学院附属医院中美转化医学合作研究中心济宁272029 济宁医学院精准医学研究院济宁272067

目的探索自噬-溶酶体标记基因LC3B和LAMP2调控序列变异与退行性心脏瓣膜病(DHVD)的关联性。方法对212例DHVD患者组与390例健康对照组的自噬-溶酶体系统标记基因LC3B和LAMP2调控序列(启动子)进行统计分析。采集研究对象的外周静脉血白细... 详细信息

目的探索自噬-溶酶体标记基因LC3B和LAMP2调控序列变异与退行性心脏瓣膜病(DHVD)的关联性。方法对212例DHVD患者组与390例健康对照组的自噬-溶酶体系统标记基因LC3B和LAMP2调控序列(启动子)进行统计分析。采集研究对象的外周静脉血白细胞,提取基因组DNA,应用聚合酶链反应(PCR)扩增基因LC3B和LAMP2的启动子序列,Sanger测序法直接检测序列变异。运用卡方检验对单核苷酸多态性(SNPs)进行分析,TRANSFAC数据库预测序列变异改变与启动子相结合的转录因子。结果共发现29个序列变异,包含13个SNPs。其中,6个LC3B基因启动子序列变异仅发现于DHVD患者,1个LAMP2基因启动子序列变异只存在于DHVD女性患者,其他序列变异在健康对照组和患者组共有。对SNPs的基因型和等位基因进行卡方检验和logistic回归分析显示,rs35227715的等位基因G与DHVD相关联,是DHVD的独立危险因素,致病风险是1.36倍;rs42900基因型CC和等位基因C与DHVD存在关联,两者的致病风险均为0.56倍,具有保护性作用。利用TRANSFAC数据库预测仅在DHVD患者中发现的序列变异位点相结合的转录因子,结果表明序列变异可改变与之结合的转录因子。结论自噬-溶酶体系统标记基因LC3B和LAMP2启动子序列变异可能影响与之结合的转录因子,改变其表达水平,引起自噬-溶酶体系统的功能失调,从而导致DHVD的发病。

关键词：自噬-溶酶体退行性心脏瓣膜病 LC3B基因 LAMP2基因序列变异

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春谷子Waxy基因序列变异及其SNP分析

分子植物育种 2015年第7期13卷 1494-1501页

作者：孙宇燕陈晓敏王丹丹郭世华内蒙古农业大学农学院呼和浩特010019

为了明确春谷子Waxy基因序列变异和为品质育种提供实验依据,本研究以引进的15份春谷子为材料,利用特异PCR标记和序列比对,研究了Waxy基因序列单核苷酸多态性。结果表明:引物ex1/TSI2R、M5/M9和ex2int2/ex4在供试15份材料中分别扩增出约3... 详细信息

为了明确春谷子Waxy基因序列变异和为品质育种提供实验依据,本研究以引进的15份春谷子为材料,利用特异PCR标记和序列比对,研究了Waxy基因序列单核苷酸多态性。结果表明:引物ex1/TSI2R、M5/M9和ex2int2/ex4在供试15份材料中分别扩增出约380 bp、1 800 bp和1 000 bp的谱带;引物ex1/ex2在利谷21、赤谷4号、A2不育度低和A2-1不育系等4份材料中均未扩增出谱带,在其余11份材料中均扩增出约1 200 bp的谱带;M2/R4在丰田501和金丰谷中未扩增出条带,在其余13份材料中均扩增出约1 500 bp的谱带。与Gen Bank粳谷KF372879的Waxy基因序列比对,共检测到419个SNPs位点和2 082个氨基酸变异。不同材料之间,总SNPs最多的为赤谷16、赤谷6号和公矮5号,分别为38、37和37,SNPs较少的有赤谷4号和利谷21,均为16;SNP多态性最多的引物为ex1/TSI2R,为159个,最少的为M5/M9,为40个;外显子共检测到47个SNPs,大白毛、A2-1不育系、丰田501、公矮5号和赤谷5号较多,分别为6、5、5、5和5个。非糯、低直链淀粉含量和糯质类型在外显子上的SNP分别为17、22和8个。

关键词：春谷子 Waxy基因序列变异 SNP