春谷子Waxy基因序列变异及其SNP分析

作     者：孙宇燕 陈晓敏 王丹丹 郭世华 Sun Yuyan;Chen Xiaomin;Wang Dandan;Guo Shihua

作者机构：内蒙古农业大学农学院呼和浩特010019 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2015年第13卷第7期

页      面：1494-1501页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0901[农学-作物学] 

基　　金：国家自然科学基金项目(31260328) 内蒙古自治区自然科学基金项目(2014MS0321) 内蒙古自治区科技计划项目(20140165)共同资助 

主　　题：春谷子 Waxy基因 序列变异 SNP 

摘      要：为了明确春谷子Waxy基因序列变异和为品质育种提供实验依据,本研究以引进的15份春谷子为材料,利用特异PCR标记和序列比对,研究了Waxy基因序列单核苷酸多态性。结果表明:引物ex1/TSI2R、M5/M9和ex2int2/ex4在供试15份材料中分别扩增出约380 bp、1 800 bp和1 000 bp的谱带;引物ex1/ex2在利谷21、赤谷4号、A2不育度低和A2-1不育系等4份材料中均未扩增出谱带,在其余11份材料中均扩增出约1 200 bp的谱带;M2/R4在丰田501和金丰谷中未扩增出条带,在其余13份材料中均扩增出约1 500 bp的谱带。与Gen Bank粳谷KF372879的Waxy基因序列比对,共检测到419个SNPs位点和2 082个氨基酸变异。不同材料之间,总SNPs最多的为赤谷16、赤谷6号和公矮5号,分别为38、37和37,SNPs较少的有赤谷4号和利谷21,均为16;SNP多态性最多的引物为ex1/TSI2R,为159个,最少的为M5/M9,为40个;外显子共检测到47个SNPs,大白毛、A2-1不育系、丰田501、公矮5号和赤谷5号较多,分别为6、5、5、5和5个。非糯、低直链淀粉含量和糯质类型在外显子上的SNP分别为17、22和8个。