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细菌小rna的调控及在代谢工程中的应用

中国生物工程杂志 2017年第6期37卷 97-106页

作者：赵秀丽周丹丹闫晓光吴昊财音青格乐李艳妮乔建军天津大学化工学院系统生物工程教育部重点实验室天津化学化工协同创新中心合成生物学平台天津300072

细菌代谢工程需要优化基因的表达来平衡代谢物通量分布和减少有毒的中间体积累,从而提高产物生物合成。细菌小rna(small rna,srnas)与靶标mrna通过碱基互补配对结合来抑制或激活其靶标基因的表达。srna在细菌的生理过程中都起到了至关... 详细信息

细菌代谢工程需要优化基因的表达来平衡代谢物通量分布和减少有毒的中间体积累,从而提高产物生物合成。细菌小rna(small rna,srnas)与靶标mrna通过碱基互补配对结合来抑制或激活其靶标基因的表达。srna在细菌的生理过程中都起到了至关重要的调控作用,因此被认为是细菌代谢工程中调节靶标基因表达的有力工具。近年来,越来越多的人工合成srna在细菌代谢工程中得到应用,分别就细菌srna的靶标识别和其对靶标的调控及代谢工程中的应用做了总结概括。

关键词：细菌小rna 调控代谢工程

十字花科黑腐病菌中一个与抗逆有关的小rna的鉴定

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基因组学与应用生物学 2020年第2期39卷 614-620页

作者：张建玲赖洁玲何媛平唐东阶广西大学生命科学与技术学院南宁530004 亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室南宁530004

十字花科黑腐病菌(Xanthomonas campestris pathovar campestris,Xcc),是引起十字花科植物黑腐病的病原菌。Xcc要经历寄生、腐生等多种环境变化,为适应这些环境变化,需要调控相应基因的表达。除蛋白外,小rna在基因表达调控中也起到关键... 详细信息

十字花科黑腐病菌(Xanthomonas campestris pathovar campestris,Xcc),是引起十字花科植物黑腐病的病原菌。Xcc要经历寄生、腐生等多种环境变化,为适应这些环境变化,需要调控相应基因的表达。除蛋白外,小rna在基因表达调控中也起到关键作用。本实验室前期实验从Xcc 8004中鉴定出数百个小rna,但是绝大多数小rna的功能仍然未知。本研究通过构建一个小rna(srna3843)的过量表达株来研究其生物学功能。确定该小rna过量表达后,对其过量表达株OE3843进行了一系列的表型检测。结果发现,s rna3843过量表达株OE3843对金属离子Cu^2+、Zn^2+、Cd^2+及蛋白变性剂SDS的耐受能力明显下降,表明s rna3843与Xcc的抗逆有关。本研究的实验结果为深入研究小rna在Xcc抗逆中所起的作用及其作用机理打下基础。

关键词：十字花科黑腐病菌小rna 过量表达抗逆作用

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小rna高通量测序检测蜱传病毒的初步研究

小RNA高通量测序检测蜱传病毒的初步研究

作者：许肖枫中国农业科学院

学位级别：硕士

蜱是一种重要的人畜共患寄生虫,除叮咬吸血外,还携带病毒、细菌、立克次体、原虫等病原体,传播多种疾病。蜱传病毒种类丰富,组成复杂,且在蜱中普遍存在。随着经济发展与人类活动的增强,蜱媒病毒日益威胁人类与家畜健康。准确、快速、便... 详细信息

蜱是一种重要的人畜共患寄生虫,除叮咬吸血外,还携带病毒、细菌、立克次体、原虫等病原体,传播多种疾病。蜱传病毒种类丰富,组成复杂,且在蜱中普遍存在。随着经济发展与人类活动的增强,蜱媒病毒日益威胁人类与家畜健康。准确、快速、便捷的检测病毒对有效防控蜱传病毒病具有重要意义。随着高通量测序技术的飞速发展,许多研究利用宏基因组学来检测蜱传病原体。基于DNA测序的宏基因组学不能检测无DNA阶段的rna病毒,为此基于转录组测序的方法被用于检测蜱传病毒。然而方法得到大量冗余宿主序列。与转录组测序分析相比,小rna高通量测序检测病原的方法更灵敏。目前已成功用于检测蜱传立克次体与非洲猪瘟（ASFV）的DNA片段。该方法在检测rna病毒方面更有优势,为此本研究在构建无脊椎动物传播病毒的本地数据库基础上,探索用小rna高通量测序的方法检测蜱传病毒,并对部分检测结果进行了PCR验证。具体包括以下内容:1)通过整合NCBI病毒数据,建立了无脊椎动物传播的病毒本地数据库,为下一步提高小rna高通量测序检测蜱传病毒的高效性与准确性奠定了基础。2)对云南采集的龟形花蜱,新疆采集的草原革蜱和银盾革蜱分别进行小rna高通量测序。对测序产生的高通量原始数据进行处理与病毒检测。发现云南的龟形花蜱存在莫纳蜱病毒Mogiana tick virus和隐形病毒Stealth virus（AF191073）的小rna片段。从新疆采集的革蜱中检测到以下病毒的小rna片段:隐形病毒、蓝舌病病毒、非洲猪瘟病毒、科罗拉多蜱传热病毒、鹿流行性出血热病毒、非洲马瘟病毒、马脑炎病病毒、裂谷热病毒、水泡性口炎病毒、德黑兰病毒、Uukuniemi virus。3)通过PCR扩增并结合Sanger测序的方法验证了莫纳蜱病毒,证明小rna高通量测序检测蜱传病毒方法的可行性。然后,结合Sanger测序与小rna测序结果,获得莫纳蜱病毒的全长基因组数据,并将5′端和3′端非翻译区精准注释到1 bp。该结果在国际上首次证明了结合5′端和3′端小rna的注释方法可以获得rna病毒全长（full-length）的基因组完成图。4)采用PCR扩增与小rna序列的深入挖掘与分析,确认Genbank上报道的隐形病毒（AF191073）鉴定错误,应为细菌Ochrobactrum quorumnocens的23S rDNA的部分序列。云南龟形花蜱、新疆草原革蜱与银盾革蜱若蜱均携带Ochrobactrum quorumnocens。同时也证明小rna高通量测序除可检测病毒外,还可以检测到细菌的核糖体rna。以上研究表明基于小rna高通量测序的方法可用于蜱传病毒的检测,而且可以检测到多种病毒。此外,细菌等其他微生物也可以通过本方法检测。然而受测序深度的限制,是否能检测到全部病毒,或何种测序深度才能检测全面还需深入研究。

关键词：蜱病毒病毒数据库小rna 病毒检测

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植物小rna荧光原位杂交实验方法

植物学报 2021年第3期56卷 330-338页

作者：胡滨滨薛治慧张翠中国科学院植物研究所中国科学院植物分子生理学重点实验室北京100093 中国科学院大学北京100049

小rna是对植物生长发育十分重要的一类小分子核苷酸,在多种生命过程以及胁迫响应中发挥重要调控作用。对小rna的定位研究有助于揭示它们的功能,而小rna荧光原位杂交(srna-FISH)是一种通过荧光检测技术对生物体内小rna进行定性或半定量... 详细信息

小rna是对植物生长发育十分重要的一类小分子核苷酸,在多种生命过程以及胁迫响应中发挥重要调控作用。对小rna的定位研究有助于揭示它们的功能,而小rna荧光原位杂交(srna-FISH)是一种通过荧光检测技术对生物体内小rna进行定性或半定量分析的技术,目前该技术已经在动物体内被广泛应用,而在植物体内的应用还比较少。该文详细介绍了基于超高分辨率显微镜的srna-FISH的具体操作流程以及注意事项,该技术可用于探究植物组织内小rna的表达与定位。

关键词：荧光原位杂交小rna 植物

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水稻基因组中的小rna

中国科学（C辑） 2002年第6期32卷 494-499页

作者：王凯钟兰陈润生朱小蓬中国科学院基因组信息学中心暨华大基因研究中心北京101300 中国科学院生物物理研究所生物信息室北京100101

水稻是一种很重要的模式植物,其基因组框架图的完成将对植物生物学和遗传进化学等学科的研究做出巨大贡献.目前,水稻科研工作者们在绘制水稻完成图谱的同时,也正在对水稻中基因和非编码区序列进行着深入的研究.非编码rna在生物系统中有... 详细信息

水稻是一种很重要的模式植物,其基因组框架图的完成将对植物生物学和遗传进化学等学科的研究做出巨大贡献.目前,水稻科研工作者们在绘制水稻完成图谱的同时,也正在对水稻中基因和非编码区序列进行着深入的研究.非编码rna在生物系统中有着很重要的作用.小rna是非编码rna的一种,我们在水稻基因组中寻找已知小rna序列,并且在拟南芥、玉米、酵母、线虫、老鼠和猪这6个物种中一一进行比对,结果在552个小rna的数据库中找到160个小rna,它们存在于水稻的108个Scaffold中,其中绝大部分(99.41％)都位于基因预测的内含子区.19个小rna只存在于水稻基因组中.发现了两段U14小rna保守片段,一段是位于同系列的5个小rnaZMU14SNR9(s)中,它们只出现在3个植物物种上,其中86％序列都是和水稻、拟南芥、玉米重复的序列;另一段保守的小rna是XLHS7CU14,它出现在除猪以外的其他6个物种中.所有这些结果显示小rna在植物和动物之间并没有明显的界限.

关键词：水稻基因组非编码rna 小rna 保守序列植物特有小rna 基因测序

利用小rna深度测序技术检测分析小黄姜病毒

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基因组学与应用生物学 2018年第6期37卷 2417-2422页

作者：廖震赵德刚赵懿琛贵州大学农业生物工程研究院/生命科学学院、山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室贵阳550025 贵州大学药学院贵阳550025 贵州省农业科学院贵阳550006

对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小rna高通量测序技术结合生物信息学方法对小rna数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。... 详细信息

对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小rna高通量测序技术结合生物信息学方法对小rna数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。检测发现有3条拼接序列与DNA杆状病毒属（Badnavirus）中的薯蓣杆状病毒（Dioscorea bacillifrom virus,DBV）相似,氨基酸相似度均高于80%。并在小黄姜样品中扩增得到1 883 bp病毒序列。RT和rnase H基序核苷酸序列与来自古巴的Banana streak virus（Gen Bank登录号：KF386733）相似性最高,为74%。根据目前的国际病毒分类委员会（the international committee on taxonomy of viruses,ICTV）病毒分类方案,Badnavirus病毒中RT和rnase H核苷酸基序相似度低于80%的可划为不同病毒种,该病毒可能是Badnavirus中的一种新病毒,暂命名为小黄姜杆状病毒（Zingiber bacilliform virus）。小黄姜杆状病毒在30个田间小黄姜样品中存在且存在多态性,该病毒可能是一个古老的病毒,在小黄姜进化过程中将病毒基因组整合到小黄姜基因组中来防御杆状病毒属病毒的侵染。

关键词：小rna 小黄姜杆状DNA病毒属小黄姜杆状病毒

利用小rna深度测序技术从新疆葡萄上检出8种病毒

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植物保护学报 2018年第3期45卷 649-650页

作者：于翠乾义柯于子翔陆平陈仲兵易建平上海出入境检验检疫局上海200135 伊犁出入境检验检疫局新疆伊犁835000

Kreuze et al（.2009）发现病毒特异的小rna（small rna,srna）为多拷贝的重叠序列,推测可通过深度测序技术获得病毒的大量srna序列,经拼接和比对分析后能高效鉴定病毒种类。目前,利用srna深度测序技术已在作物和昆虫上发现多种病毒（Li... 详细信息

Kreuze et al（.2009）发现病毒特异的小rna（small rna,srna）为多拷贝的重叠序列,推测可通过深度测序技术获得病毒的大量srna序列,经拼接和比对分析后能高效鉴定病毒种类。目前,利用srna深度测序技术已在作物和昆虫上发现多种病毒（Liu et al.,2011;He et al.,2015）。2013年本课题组在葡萄病害调查过程中发现,伊犁州部分地区的葡萄在种植4-5年后,叶片黄化、变小,整个植株矮化.

关键词：病毒种类测序技术小rna 葡萄利用 rna序列新疆病害调查

肺癌小rna即时定量逆转录聚合酶链反应分析中内参照的选择

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中华病理学杂志 2012年第10期41卷 698-700页

作者：容敏华党裔武陈罡广西医科大学附属肿瘤医院实验研究部南宁530021 广西医科大学第一附属医院病理科

小rna（microrna，mirna）是一类体积微小的内源性非编码rna，可其通过翻译后水平调节靶基因的表达。mirna在肺脏的发育过程中发挥多种作用，其异常表达很可能是肺癌发生的原因之一，且在肺癌的发生与发展过程中呈不同的表达水平，可作... 详细信息

小rna（microrna，mirna）是一类体积微小的内源性非编码rna，可其通过翻译后水平调节靶基因的表达。mirna在肺脏的发育过程中发挥多种作用，其异常表达很可能是肺癌发生的原因之一，且在肺癌的发生与发展过程中呈不同的表达水平，可作为新型的临床生物标志物用于肺癌的诊断、预后评估及指导治疗方案的选择等”。

关键词：定量逆转录聚合酶链反应肺癌小rna 非编码rna 调节靶基因 mirna 生物标志物发育过程

鼠疫耶尔森菌外源获得性pPCP1质粒编码小rna的筛选、鉴定与功能的初步研究

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军事医学 2015年第9期39卷 672-676页

作者：王红朵刘子中王子迎杨瑞馥韩延平安徽大学生命科学学院合肥230601 军事医学科学院微生物流行病研究所北京100071

目的鉴定鼠疫耶尔森菌外源获得性p PCP1质粒编码的小rna,并评价其在生物膜、压力耐受性和毒力方面的功能。方法基于前期鼠疫菌转录组测序结果,分析获得外源性p PCP1质粒编码的高丰度小rna,提取鼠疫菌总rna,利用Northern印迹实验验证这些... 详细信息

目的鉴定鼠疫耶尔森菌外源获得性p PCP1质粒编码的小rna,并评价其在生物膜、压力耐受性和毒力方面的功能。方法基于前期鼠疫菌转录组测序结果,分析获得外源性p PCP1质粒编码的高丰度小rna,提取鼠疫菌总rna,利用Northern印迹实验验证这些小rna存在与否。利用λ-Red同源重组技术敲除p PCP1质粒上已证实的小rna,并对小rna缺失株在生物膜褶皱形成、高盐耐受性和致病性等方面进行初步的表型筛选。结果与结论 Northern印迹法鉴定了鼠疫菌p PCP1质粒上7个小rna的存在。在此基础上,获得5个小rna的缺失突变株,其中sR3446缺失后鼠疫菌生物膜褶皱形成能力减弱;sR3446、sR3457、sR4338和sR4340缺失后鼠疫菌对高盐环境的耐受能力减弱,而sR6143缺失后对高盐环境的耐受能力增强;sR4338和sR4340缺失后鼠疫菌毒力有所减弱。上述结果提示,鼠疫菌外源获得性p PCP1质粒上的小rna在鼠疫菌应激和致病过程中可能发挥重要作用。

关键词：鼠疫耶尔森菌 pPCP1质粒小rna 生物膜毒力