利用小RNA深度测序技术检测分析小黄姜病毒

作     者：廖震 赵德刚 赵懿琛 Liao Zhen;Zhao Degang;Zhao Yichen

作者机构：贵州大学农业生物工程研究院/生命科学学院、山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室贵阳550025 贵州大学药学院贵阳550025 贵州省农业科学院贵阳550006 

出 版 物：《基因组学与应用生物学》 (Genomics and Applied Biology)

年 卷 期：2018年第37卷第6期

页      面：2417-2422页

核心收录：

学科分类：09[农学] 0904[农学-植物保护] 090401[农学-植物病理学] 090402[农学-农业昆虫与害虫防治] 

基　　金：贵州省科技计划项目:小黄姜脱菌脱毒种苗快速繁殖技术研究(黔科合LH字(2014)7678)资助 

主　　题：小RNA 小黄姜 杆状DNA病毒属 小黄姜杆状病毒 

摘      要：对贵州省六盘水市田间发病小黄姜进行病毒检测,分析小黄姜病毒种类。采用小RNA高通量测序技术结合生物信息学方法对小RNA数据库进行拼接组装,预测小黄姜病毒种类。设计特异性引物,采用反向PCR及分段克隆测序方法验证小黄姜病毒的存在。检测发现有3条拼接序列与DNA杆状病毒属（Badnavirus）中的薯蓣杆状病毒（Dioscorea bacillifrom virus,DBV）相似,氨基酸相似度均高于80%。并在小黄姜样品中扩增得到1 883 bp病毒序列。RT和RNase H基序核苷酸序列与来自古巴的Banana streak virus（Gen Bank登录号：KF386733）相似性最高,为74%。根据目前的国际病毒分类委员会（the international committee on taxonomy of viruses,ICTV）病毒分类方案,Badnavirus病毒中RT和RNase H核苷酸基序相似度低于80%的可划为不同病毒种,该病毒可能是Badnavirus中的一种新病毒,暂命名为小黄姜杆状病毒（Zingiber bacilliform virus）。小黄姜杆状病毒在30个田间小黄姜样品中存在且存在多态性,该病毒可能是一个古老的病毒,在小黄姜进化过程中将病毒基因组整合到小黄姜基因组中来防御杆状病毒属病毒的侵染。