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基因组学与应用生物学 2010年第6期29卷 1039-1046页

作者：郑维豪杜红丽林志强闪莹王小宁华南理工大学生物科学与工程学院广州510006

猪呼吸和繁殖综合症病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染猪后会引起妊娠母猪严重繁殖障碍和仔猪呼吸困难及高死亡率,给养猪产业造成了巨大经济损失,因此挖掘PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞进程中差异表达的... 详细信息

猪呼吸和繁殖综合症病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染猪后会引起妊娠母猪严重繁殖障碍和仔猪呼吸困难及高死亡率,给养猪产业造成了巨大经济损失,因此挖掘PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞进程中差异表达的基因及机理有重要意义。本研究对来自GEO数据库的PRRSV感染猪肺泡巨噬细胞sage表达谱数据GSE10346进行后续挖掘。先用sage软件处理,经sagemap注释得到上调已知基因49个,下调已知基因41个。利用AgBase网站上的GORetriever工具和GOSlim Viewer工具进行细胞组分(cellular component)、分子功能(molecular function)及参与的生物过程(biological process)分类后发现有4个基因与病毒的复制相关:其中IL8已有报道认为与抗PRRSV相关;TNF-α能够抑制PRRSV复制;PPIA可能与GP5蛋白胞外区中和决定簇与抗体发生作用的24位脯氨酸有关;ICAM-1在嗜中性粒细胞的产生中起关键作用,与病毒吸附相关。这4个基因与PRRSV的致病机制相关,可望用于抗PRRSV研究。进一步利用David在线工具进行基因功能富集分析后,发现几个免疫通路,如趋化因子通路,Toll-like受体信号通路和NOD-like受体信号通路具有检验显著性,这些免疫通路在PRRSV感染过程中起着一定作用,有望成为抗PRRSV的靶通路。

关键词：猪呼吸和繁殖综合症病毒基因功能富集靶基因靶通路

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肝癌癌前疾病恶性转换的潜在机制

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中文科技期刊数据库（引文版）医药卫生 2022年第3期 46-48页

作者：綦灵宇山东大学山东济南250000

肝癌是全球范围内最常见的恶性肿瘤之一,是目前全球最常见的第二肿瘤的死因。由于肝癌的早期症状不是很明显,很多患者在诊断肝癌时已经处于肝癌晚期的阶段,尽早诊断肝癌对肝癌治疗和疾病预后非常的重要。肝癌癌前疾病具有转化为肝癌的风... 详细信息

肝癌是全球范围内最常见的恶性肿瘤之一,是目前全球最常见的第二肿瘤的死因。由于肝癌的早期症状不是很明显,很多患者在诊断肝癌时已经处于肝癌晚期的阶段,尽早诊断肝癌对肝癌治疗和疾病预后非常的重要。肝癌癌前疾病具有转化为肝癌的风险,因此,肝癌癌前疾病的研究对肝癌的早期诊断至关重要,有助于完善肝癌的诊治模式。

关键词：肝癌癌前疾病肝癌生物信息学基因功能富集分子信号通路

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MiRNA联合标记物对肾透明细胞癌发展及不良预后的评价分析

MiRNA联合标记物对肾透明细胞癌发展及不良预后的评价分析

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作者：王金龙中国医科大学

学位级别：硕士

目的:肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一,约占成人恶性肿瘤发病率的3%。肾透明细胞癌是肾细胞癌的主要表型,大约占到80%。MiRNA是由大约22个核苷酸构成的单链、内源性非编码小分子RNA,相对稳定,miRNA... 详细信息

目的:肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是泌尿系统最常见的恶性肿瘤之一,约占成人恶性肿瘤发病率的3%。肾透明细胞癌是肾细胞癌的主要表型,大约占到80%。MiRNA是由大约22个核苷酸构成的单链、内源性非编码小分子RNA,相对稳定,miRNA参与了众多的生物学过程。目前虽已发现一些miRNA与肾透明细胞癌密切相关,但多为单个的miRNA的标记物的研究,因单个miRNA标记物往往特异性不高,所以本研究旨在寻找多个miRNA联合标记物去准确预测肾透明细胞癌患者的预后。方法:本研究从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载与肾透明细胞癌相关数据集,分析癌与癌旁组间miRNA的表达差异。并从其中获取了539例肾透明细胞癌患者的miRNA表达谱和临床资料表,通过Kaplan-Meier曲线法对肾透明细胞癌患者进行生存分析,以此来筛选出具有潜在生物标记物特性的miRNA。通过在线的miRNA数据库:miRWalk、miRDB、DIANA TOOL和miRDIP来预测差异miRNA的靶基因。然后,利用共同的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)基因富集分析来探究靶基因参与或者相关的生物过程和信号通路。差异表达的miRNAs同时也经过了RT-qPCR在肾透明细胞癌细胞系的验证。同时,差异表达miRNA与临床病理特征等也通过卡方分析、COX单因素和多因素分析等进行分析。结果:1、TCGA肾透明细胞癌数据中筛选得到72例癌旁组织和537例肾透明细胞癌组织样本纳入到研究,进行差异表达miRNA分析。筛选出在肾透明细胞癌癌与癌旁组织中263个差异表达miRNA,其中包括164个上调的miRNA和99个下调的miRNA(P1)。2、根据TCGA数据库提供的肾透明细胞癌表达谱芯片和临床资料,将上一步得到的差异表达miRNA通过Klan-Meier法进行生存分析,发现了miR-612、miR-616-5p、miR-760高表达的肾透明细胞癌患者具有较短的总生存时间,即预后不良。在卡方分析分析中,miR-612的表达与组织学分级相关;miR-616-5p的表达与T分期、组织学分级和病理分期相关;miR-760的表达与T分期、N分期、组织学分级和病理分期相关。3、Cox单因素和多因素分析显示这三个联合的miRNA标记物有潜力成为肾透明细胞癌重要的预后标记物。Cox单因素分析中,根据联合miRNA的风险评分,分为高低风险表达组,生存曲线显示其与患者预后生存时间相关。Cox单因素分析的结果显示:病理分期(HR=3.784,P基因,进行基因功能富集分析。生物过程和分子功能分析显示靶基因与基因沉默、细胞蛋白代谢、低氧、核酸结合,转录因子丝氨酸/苏氨酸激酶受体信号活性等有关。细胞成分分析显示靶基因参与核小体、核质、细胞质基质、核染色质、蛋白复合体、转录因子复合体、胞外外泌体、细胞-细胞粘附链接等。KEGG通路分析显示靶基因参与了p53、低氧诱导因子1、AMPK、肾细胞癌、肿瘤中转录失调等信号通路。5、实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)结果显示三个miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)在肾透明细胞癌细胞系中高表达。结论:1、MiR-612、miR-616-5p、miR-760与肾透明细胞癌患者预后总生存以及TNM分期、病理分期等临床特征相关。联合三个miRNA的高风险组患者预后不良。2、三个联合的miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)共同靶基因参与了与肾透明细胞癌的发展相关的生物学进程与信号通路。3、三个联合的miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)标记物可作为肾透明细胞癌发生发展及预后评价的潜在标志物。

关键词：微小RNA 肾透明细胞癌预后肿瘤基因组图谱生物信息学分析基因功能富集

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