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性状鉴别联合InDel标记检测快速鉴定柑桔品种

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中国南方果树 2024年第1期53卷 1-8页

作者：刘小丰王洪刘梦雨朱世平江东曹立余歆西南大学柑桔研究所/国家柑桔工程技术研究中心重庆400712 西部(重庆)科学城种质创制大科学中心重庆401329

品种鉴定是植物品种保护的前提。基于表型性状的DUS测试是受国际认可和具有法律依据的鉴定方法,但对果树开展完整的DUS测试,往往面临测试周期长和近似品种选择困难的挑战。基于分子标记的检测能准确揭示品种的遗传特征,但很难成功鉴定... 详细信息

品种鉴定是植物品种保护的前提。基于表型性状的DUS测试是受国际认可和具有法律依据的鉴定方法,但对果树开展完整的DUS测试,往往面临测试周期长和近似品种选择困难的挑战。基于分子标记的检测能准确揭示品种的遗传特征,但很难成功鉴定部分芽变、回交、高世代分离选种等育种方式获得的品种。根据《植物新品种特异性、一致性和稳定性测试指南柑桔(NY/T 2435—2013)》的柑桔性状表,对5个测试材料(未知柑桔品种)进行部分(101个)性状鉴别,结果表明它们之间无明显性状差异。与国家柑桔种质资源圃(重庆)1900份柑桔种质资源的性状数据进行比对,发现测试材料与无核金诺(Citrus reticulata Blanco‘KinnowLS’)在1个性状(果实质量)上有1个代码值的差异,与091无核沃柑(C.reticulata Blanco‘091 Seedless Orah’)在4个性状(果实质量、果面主色、果面油胞凹凸、果汁含酸量)上分别有1~2个代码值的差异,由此确认091无核沃柑和无核金诺为测试材料的近似品种。进一步利用33个适用于琼脂糖凝胶电泳检测InDel标记进行分子检测,结果表明5个测试材料之间无位点差异,测试材料与无核金诺有0个位点的差异,与091无核沃柑有12个位点的差异。综合两种方法所得结果,5个测试材料被鉴定为无核金诺。性状鉴别联合InDel标记检测是准确、快速鉴定未知柑桔品种的有效方案。

关键词：柑桔性状鉴别 InDel标记品种鉴定

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SNPs分子标记在地方品种鸭鉴定中的应用

中国家禽 2024年

作者：朱春红刘宏祥王志成徐文娟宋卫涛陶志云章双杰李慧芳江苏省家禽科学研究所

为建立利用分子标记鉴定高邮鸭等优异地方品种资源的方法，研究在全基因组范围内比较分析高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭、北京鸭等多个地方品种鸭遗传变异信息，筛选高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记组合，基于贝叶斯定理计算SNP... 详细信息

为建立利用分子标记鉴定高邮鸭等优异地方品种资源的方法，研究在全基因组范围内比较分析高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭、北京鸭等多个地方品种鸭遗传变异信息，筛选高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记组合，基于贝叶斯定理计算SNPs分子标记组合鉴定概率，建立地方鸭品种鉴定方法。结果显示：获得高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记数分别为7个、8个和6个，针对上述SNPs位点分别设计引物，共21对引物，选用不同引物组合，经PCR反应和测序鉴别鸭品种，鉴定准确率100%，利用贝叶斯公式计算品种内任意基因型及其组合的鉴定准确概率，其中任意对基因型鉴定准确概率最低为71.94%。综上所述，研究成功筛选到高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭特异性分子标记，并建立操作简便、准确性高的品种鉴定方法，为地方鸭种质资源鉴定提供可靠的分子鉴定手段。

关键词：地方鸭品种分子标记 SNPs 品种鉴定

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乌骨鸡遗传多样性与品种鉴定研究进展

中国中药杂志 2022年第8期47卷 2021-2027页

作者：刘姣张恬付璐李慧黄璐琦袁媛中国中医科学院中药资源中心北京100700 中国中医科学院中医药健康产业研究所江西南昌330029

乌骨鸡是我国家禽品种基因库中具有特殊经济价值的宝贵禽类之一,药用、食用历史悠久。味甘、辛,性热,具有补肝肾、益气血、养阴清热、调经健脾、补肾固精等功效,在增强体力、补血、治疗糖尿病和妇科疾病等方面效果显著。由于我国各地环... 详细信息

乌骨鸡是我国家禽品种基因库中具有特殊经济价值的宝贵禽类之一,药用、食用历史悠久。味甘、辛,性热,具有补肝肾、益气血、养阴清热、调经健脾、补肾固精等功效,在增强体力、补血、治疗糖尿病和妇科疾病等方面效果显著。由于我国各地环境条件、选种条件、饲养条件的不同,形成了不同类型地方乌骨鸡品种,主要集中在江西省泰和、万安、吉安等地和福建省莆田、晋江、永春等沿海一带地区。我国地方鸡种早期体型、外貌、毛色等不一,血缘紊乱,遗传性状极不稳定。且我国乌骨鸡种类繁多、外观性状相似,导致市场乌骨鸡品种混乱。近年来随着分子生物学技术的迅猛发展,对乌骨鸡遗传学进行了大量研究。该文从形态学、染色体、蛋白质和DNA水平对目前我国乌骨鸡种质资源、遗传多样性及品种鉴定的相关研究进展进行总结和分析,介绍了线粒体DNA、微卫星标记、单碱基核苷酸多态性标记等DNA水平标记的原理、应用现状、局限性等,为乌骨鸡的优异性状基因发掘、我国地方乌骨鸡种质资源保护和利用提供理论依据。

关键词：乌骨鸡品种鉴定遗传多样性

基于表型和SSR标记的陇南油橄榄品种鉴定与遗传多样性分析

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林业科学研究 2022年第4期35卷 33-43页

作者：徐悦黄兰李金花邓煜张建国曾艳飞国家林业和草原局林木培育重点实验室中国林业科学研究院林业研究所北京100091 甘肃省陇南市经济林研究院油橄榄研究所甘肃陇南746000

[目的]该研究对我国油橄榄主产区甘肃省陇南市现有品种进行了的准确鉴定和遗传多样性计算,为我国油橄榄种质资源引种和驯化、育种及利用提供参考。[方法]利用13个SSR标记对来自83个油橄榄品种的110棵单株进行品种鉴定和遗传多样性分析,... 详细信息

[目的]该研究对我国油橄榄主产区甘肃省陇南市现有品种进行了的准确鉴定和遗传多样性计算,为我国油橄榄种质资源引种和驯化、育种及利用提供参考。[方法]利用13个SSR标记对来自83个油橄榄品种的110棵单株进行品种鉴定和遗传多样性分析,并对其中属于68个品种的90棵单株进行叶片、果实和果核形态性状的测定和分析,最后开展了基于表型性状和SSR标记的单株聚类和结果比较。[结果]陇南油橄榄表型数量性状和质量性状多样性指数分别为1.83和0.79;SSR分析发现83个品种包括78个不同的基因型,观测杂合度和期望杂合度分别为0.683和0.754;这些基因型可分为3大组,基因型所属分组与其起源地有一定相关性;我国选育品种的基因型大多与起源意大利的品种分组更近;与基于表型的聚类树相比,基于SSR基因型的聚类树更倾向于将同一品种的不同单株聚在同一支。[结论]陇南共有78种不同基因型的品种,SSR标记比表型鉴定品种更具准确性,且能反映亲缘关系。该地区油橄榄表型多样性和遗传多样性较高,引种品种主要是来自地中海西部和中部国家,国内选育品种与意大利起源的品种相似;为更多样化可考虑引种或选育更多起源国的品种。

关键词：油橄榄表型多样性质量性状数量性状品种鉴定遗传多样性

菜薹KASP-SNP指纹图谱构建及品种鉴定

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园艺学报 2023年第2期50卷 307-318页

作者：任海龙许东林张晶邹集文李光光周贤玉肖婉钰孙艺嘉广州市农业科学研究院广州510308

利用前人已开发的200个芸薹种KASP-SNP分子标记对89份菜薹品种进行基因分型,共有131个标记分型成功,转化率为65.50%,缺失率为0.06,次要等位基因频率(MAF)为0.21,观测杂合度为0.21,多态性信息含量(PIC)为0.27,并将这些标记用于系统进化... 详细信息

利用前人已开发的200个芸薹种KASP-SNP分子标记对89份菜薹品种进行基因分型,共有131个标记分型成功,转化率为65.50%,缺失率为0.06,次要等位基因频率(MAF)为0.21,观测杂合度为0.21,多态性信息含量(PIC)为0.27,并将这些标记用于系统进化树构建及群体结构分析。进一步基于次要等位基因频率大于0.25,多态性信息含量大于0.35,缺失率小于0.03,杂合率小于0.6等参数,筛选出18个核心KASP-SNP分子标记,并构建了89份菜薹品种的SNP指纹图谱,证明了KASP技术在菜薹品种鉴定中的可行性。

关键词：菜薹 KASP 指纹图谱品种鉴定

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木薯MNP标记在品种鉴定中的应用

热带作物学报 2023年第12期44卷 2417-2423页

作者：万人静李琼周新成李论李甜甜周俊飞李莎彭海章伟雄方治伟江汉大学生命科学学院湖北武汉430056 江汉大学系统生物学研究院湖北武汉430056 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所海南海口571101 中国热带农业科学院热带生物技术研究所海南海口571101 三峡工程鱼类资源保护湖北省重点实验室湖北宜昌443100 中国长江三峡集团有限公司中华鲟研究所湖北宜昌443100 香港理工大学医疗科技及资讯学系中国香港100872

MNP(multiple nucleotide polymorphism,MNP)是随着分子标记技术的发展而产生的一种新型分子标记技术。靶向测序基因型技术(genotyping by target sequencing,GBTS)在一个扩增子内仅扩增一个SNP位点,MNP基于GBTS可在一个扩增子内同时扩... 详细信息

MNP(multiple nucleotide polymorphism,MNP)是随着分子标记技术的发展而产生的一种新型分子标记技术。靶向测序基因型技术(genotyping by target sequencing,GBTS)在一个扩增子内仅扩增一个SNP位点,MNP基于GBTS可在一个扩增子内同时扩增多个SNP位点。该技术具有成本低、检测效率高、应用灵活、适应性广等特点,MNP标记可用于育种过程的鉴定。为了建立快速、精准、高效的木薯品种鉴定方法,筛选适用于木薯品种鉴定的MNP分子标记,本研究在全基因组范围内筛选高多态性区域并设计引物,最终在全基因范围内获得623个木薯MNP标记位点,并利用28个木薯品种对木薯MNP标记进行评价。结果表明,MNP标记分型重现性高达100%。MNP标记位点在28个木薯品种中检出(4.07±1.68)种等位基因型,最多具有12种等位基因型。对所有木薯品种进行两两比较时,99.47%(376/378)的品种对间的差异大于46%,比例在0.3%~81.0%之间,均值为71.78%。相较于SNP,MNP具有更好的品种区分能力。综上所述,本研究所开发的木薯MNP分子标记具有较高的重现性、多态性和品种区分能力,可广泛用于木薯的种质资源多样性、新品种培育及品种鉴定等研究。

关键词：木薯分子标记 MNP 品种鉴定

甘薯近缘野生种ISBP分子标记的开发及其在遗传多样性分析和品种鉴定中的应用

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浙江农业学报 2023年第3期35卷 489-498页

作者：孟羽莎王寅赖齐贤刘雷项超吴永华郑嫣然顾兴国方豪苗苗吴列洪汤勇浙江省农业科学院农村发展研究所浙江杭州310021 农业农村部创意农业重点实验室浙江杭州310021 浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所浙江杭州310021

从甘薯近缘野生种Ipomoea triloba和Ipomoea trifida的基因组测序序列中鉴定出2360条长末端重复反转座子(long terminal repeat retrotransposons,LTR-RT)序列,在此基础上开发了100对基于插入位点的多态性(insertion-site-based polymorphisms,ISBP)引物,并利用4份甘薯种质资源对开发的ISBP引物进行多态性评估,发现24对ISBP引物具有较高的多态性,随后将其应用于浙江省收集的56份甘薯种质资源的遗传多样性分析和品种鉴定。结果显示,24对ISBP引物在56份种质资源中共产生182条多态性条带,且每份种质资源都有独特的指纹信息。NTsys遗传分析结果显示,群体内不同种质资源之间的遗传距离从0.0275至0.6538,平均为0.3732,引物多态性信息含量(polymorphic information content,PIC)平均为0.2896,UPGMA和PCA结果显示,这些群体共被分为两个大群,分别包含11和45份种质资源。以上研究表明,该群体的遗传变异较小,不同种质资源之间的遗传背景狭窄。本研究开发的ISBP引物一方面增加了甘薯中逆转座子分子标记的数量,填补了ISBP标记在甘薯遗传分析中应用的空白,另一方面为甘薯品种资源鉴定、保护与利用提供了有力工具。

关键词：甘薯 ISBP LTR 分子标记遗传多样性品种鉴定

基于SSR标记检测与重测序技术的3个李品种鉴定与遗传背景简析

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中国南方果树 2023年第3期52卷 94-101页

作者：宋海岩孙淑霞李靖涂美艳王玲利徐子鸿陈栋江国良四川省农业科学院园艺研究所/农业农村部西南地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室成都610066 四川农业大学园艺学院成都611130

“玉带李”“青脆李”“蜂糖李”是熟期或外观相近的四川省主栽青皮李品种。为探索快速区分这3个青皮李品种的方法,对其果实成熟期与外观特征进行比较,采用前人公布的李属种质资源77对SSR标记进行分型,并使用基因组重测序技术简析其遗... 详细信息

“玉带李”“青脆李”“蜂糖李”是熟期或外观相近的四川省主栽青皮李品种。为探索快速区分这3个青皮李品种的方法,对其果实成熟期与外观特征进行比较,采用前人公布的李属种质资源77对SSR标记进行分型,并使用基因组重测序技术简析其遗传背景。结果表明,29号引物和UDP98-021可以作为区分“蜂糖李”的分子标记,ASS R71可以作为区分“青脆李”的分子标记,再结合“玉带李”果实成熟期更晚和具水渍带状缝合线的特点,可以成功区分出这3个李品种。基于重测序技术的SNP、InDel变异检测及可视化分析结果表明,“玉带李”与其他两个品种的遗传背景差异较大,“青脆李”“蜂糖李”遗传背景高度相似。“玉带李”可以作为“青脆李”“蜂糖李”的配套授粉品种,是李品种改良的优良亲本。

关键词：李 SSR标记重测序技术遗传背景品种鉴定

分子标记技术在花椰菜品种鉴定上的应用研究进展

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中国蔬菜 2022年第12期 30-37页

作者：宋晓玉甘德芳杨琳宋顺华孟淑春安徽农业大学园艺学院安徽合肥230036 北京市农林科学院蔬菜研究所农业农村部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室农业农村部都市农业(北方)重点实验室北京100097 中国农业科学院蔬菜花卉研究所北京100081

开展花椰菜品种鉴定可以有效防止同名异物、同物异名等现象产生,同时也是花椰菜种质资源保存以及新品种选育的基础。本文综述了几种主要分子标记技术在花椰菜品种鉴定中的应用与研究进展,并进行了横向对比,以期为花椰菜品种鉴定、遗传... 详细信息

开展花椰菜品种鉴定可以有效防止同名异物、同物异名等现象产生,同时也是花椰菜种质资源保存以及新品种选育的基础。本文综述了几种主要分子标记技术在花椰菜品种鉴定中的应用与研究进展,并进行了横向对比,以期为花椰菜品种鉴定、遗传亲缘关系研究、良种繁育等提供参考依据。

关键词：花椰菜品种鉴定分子标记 SSR 研究进展