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发夹结构在建立DNA计算机中的应用

计算机工程与应用 2005年第5期41卷 40-41,134页

作者：陈瑞林兆骥华中科技大学控制科学与工程系生物分子计算机研究所武汉430074

文章在分子信标作为底物的情况下,用含有发夹茎环结构的核酶建构非门、与门和异或门。

关键词：发夹结构分子信标 DNA计算机逻辑门

细菌介导的发夹结构双链RNA对秀丽小杆线虫中par-1基因的RNA干扰

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动物学报 2007年第3期53卷 545-551页

作者：高雅君杨玉荣细胞生物学与肿瘤细胞工程教育部重点实验室厦门大学生命科学学院福建厦门361005

秀丽小杆线虫(Caenorhabditis elegans)是一种重要的模式生物,目前在C.elegans中发现的许多基因在序列和功能上与哺乳动物的基因有很高的同源性,对其基因功能的研究有助于阐明哺乳动物的基因功能。为检测细菌介导的通过发夹结构表达双链... 详细信息

秀丽小杆线虫(Caenorhabditis elegans)是一种重要的模式生物,目前在C.elegans中发现的许多基因在序列和功能上与哺乳动物的基因有很高的同源性,对其基因功能的研究有助于阐明哺乳动物的基因功能。为检测细菌介导的通过发夹结构表达双链RNA(dsRNA)的RNA干扰(RNAi)在C.elegans中的作用效果,我们设计并构建了可以转录表达母源极性基因par-1的发夹dsRNA的RNAi载体,并转入E.coli HT115中,经过IPTG诱导后浓缩。浓缩菌液在25℃下喂食C.elegans48h后,观察C.elegans胚胎发育情况,同时以含有空载体的菌液作为对照,并与par-1突变体及野生型比较。结果显示:发夹结构表达的dsRNA对par-1基因进行RNAi后,虫体内par-1 mRNA几乎消失,C.elegans早期胚胎分裂不对称性丧失,par-1(RNAi)干扰率在95%以上。

关键词：秀丽小杆线虫 par-1 发夹结构 RNAi 克隆构建

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发夹结构、分子信标在DNA计算中的应用

发夹结构、分子信标在DNA计算中的应用

作者：陈瑞华中科技大学

学位级别：硕士

从1994 年至今,关于DNA 计算的研究已经取得了不少结果。众多学者在DNA计算领域做出了不懈的努力,但是随着进一步的发展,DNA 计算面临着越来越大的挑战。这种挑战来自于生化技术落后于DNA 算法的实现要求。在DNA 计算领域,如果DNA 计算... 详细信息

从1994 年至今,关于DNA 计算的研究已经取得了不少结果。众多学者在DNA计算领域做出了不懈的努力,但是随着进一步的发展,DNA 计算面临着越来越大的挑战。这种挑战来自于生化技术落后于DNA 算法的实现要求。在DNA 计算领域,如果DNA 计算所要处理的问题越来越复杂的时候,操作和处理的过程也越来越复杂,并且DNA 计算解的结果也越来越难于检测出来。所以,DNA 计算如果要进一步的发展,必须解决这个问题。由于发夹构型和分子信标的特异性,它们有效地解决了这个困难,因此可以作为DNA 计算的有效载体。本文主要给出发夹结构及分子信标在几个NP 完全问题中的应用。本文首先介绍了DNA 计算的基本思想,然后介绍发夹结构在解决SAT 问题上的应用,再介绍发夹结构的一种特殊形式-分子信标的原理和设计方法。在之后以分子信标为DNA 计算的载体,尝试解决SAT 问题、MAX-SAT 问题、子集和问题等NP 完全问题,建立了解决这些问题的模型。在解决这些问题的基础上,又总结了以往0-1 规划问题的DNA 计算,再结合分子信标的光学特性,提出光、电、机(计算机)一体的DNA 计算模型;这种尝试利用分子信标的光学特性,部分的解决了DNA 计算中结果不易检测的问题,也让DNA 计算实现部分的自动化。最后,总结了全文,讨论了目前DNA 计算面临的问题以及进一步的研究方向。

关键词：发夹结构分子信标 DNA 计算 SAT MAX-SAT 子集和

利用发夹结构分子实现栈式结构的DNA计算模型

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吉林大学学报（信息科学版） 2014年第5期32卷 545-549页

作者：姚庆安郑虹王涛长春工业大学计算机科学与工程学院长春130012

为使DNA计算机能像电子计算机一样解决数据的组织与存储问题,提出了一种利用发夹结构分子实现栈式数据结构的DNA计算模型,描述了数据的存储和组织方式以及元素入栈、出栈等操作的生物操作过程。经验证,DNA计算模型求解数据的组织问题是... 详细信息

为使DNA计算机能像电子计算机一样解决数据的组织与存储问题,提出了一种利用发夹结构分子实现栈式数据结构的DNA计算模型,描述了数据的存储和组织方式以及元素入栈、出栈等操作的生物操作过程。经验证,DNA计算模型求解数据的组织问题是可行的,有助于DNA计算机走向实际应用。

关键词： DNA计算数据结构栈发夹结构

稳定的RNA发夹结构在人类88个mRNA编码区中的分布

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自然科学进展 2004年第7期14卷 749-754页

作者：潘珉王传铭刘次全云南大学现代生物学中心中国科学院昆明动物研究所昆明650223 北京大学理论生物学中心北京100871

以UNCG ,GNRA ,CUUG (N =A ,U ,C或G ;R =G或A)为端环能够形成稳定的、保守的发夹结构 .它们具有特殊的结构特征 ,并在体内发挥着重要的生物学功能 .这些稳定的发夹广泛分布于体内rRNA ,催化RNA和非编码mRNA中 .但对人类 88个编码区mRN... 详细信息

以UNCG ,GNRA ,CUUG (N =A ,U ,C或G ;R =G或A)为端环能够形成稳定的、保守的发夹结构 .它们具有特殊的结构特征 ,并在体内发挥着重要的生物学功能 .这些稳定的发夹广泛分布于体内rRNA ,催化RNA和非编码mRNA中 .但对人类 88个编码区mRNA二级结构的研究当中 ,却没有发现C(UUCG)G发夹 .而且 ,与rRNA不同 ,这些编码区mRNA四环序列的分布没有明显的偏好性 .

关键词：热力学稳定发夹结构 UNCG环 GNRA环RNA结构 mRNA 生物学功能

基于发夹结构求解0-1规划问题的DNA算法

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电脑知识与技术 2010年第12期6卷 9795-9796页

作者：高大鹏郑虹长春工业大学计算机科学与工程学院吉林长春130012

DNA计算是通过DNA分子之间的生化反应来进行计算的一种计算模式,在解决一类困难问题,特别是NP-完全问题上具有一定的优势。0-1规划问题是运筹学中的一个重要问题,具有很广泛的应用背景。设计了一种基于发夹结构来求解0-1规划问题的计算... 详细信息

DNA计算是通过DNA分子之间的生化反应来进行计算的一种计算模式,在解决一类困难问题,特别是NP-完全问题上具有一定的优势。0-1规划问题是运筹学中的一个重要问题,具有很广泛的应用背景。设计了一种基于发夹结构来求解0-1规划问题的计算模型,并且描述了问题求解算法。

关键词： DNA计算 0-1规划问题发夹结构

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稳定的RNA发夹结构及其生物学功能

生物信息学 2004年第1期2卷 35-40页

作者：潘珉王传铭云南大学现代生物学中心云南昆明650091

以UNCG、GNRA、CUUG(N=A、U、C或G,R=G或A)为端环能够形成稳定的、保守的发夹结构。高分辨率的溶液结构、晶体结构和计算机模拟等方法从原子水平上解析了这些发夹特殊的结构特征。在体内,它们发挥着重要的生物学功能:在折叠过程中作为... 详细信息

以UNCG、GNRA、CUUG(N=A、U、C或G,R=G或A)为端环能够形成稳定的、保守的发夹结构。高分辨率的溶液结构、晶体结构和计算机模拟等方法从原子水平上解析了这些发夹特殊的结构特征。在体内,它们发挥着重要的生物学功能:在折叠过程中作为折叠的起始位置帮助组织RNA分子正确折叠;与核酸受体结合参与三级相互作用;与蛋白质发生相互作用;阻止逆转录酶的延伸等等。另外,由于C(UUCG)G发夹极其稳定的特征,在体外RNA分子的实验测定中它还是稳定核酸结构的理想工具。这些稳定的发夹广泛分布于体内rRNA、催化RNA和非编码mRNA中。但在对人类编码区mRNA结构特征的研究当中,却未发现C(UUCG)G发夹。

关键词：热力学稳定发夹结构 UNCG环 GNRA环

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短发夹结构RNA干扰新城疫病毒的增殖

中国家禽 2007年第8期29卷 59-59页

作者：岳华汤承李定霏

以新城疫病毒（NDV）NP基因为标靶，构建3个细胞内表达发夹样结构小干扰RNA（shRNA）的质粒载体，在鸡胚成纤维细胞（CEF）和鸡胚上进行了RNAi试验，筛选出一个有效抑制病毒复制的小分子ndv1。用阳离子脂质体转染试剂Silent-fect将ndvl... 详细信息

以新城疫病毒（NDV）NP基因为标靶，构建3个细胞内表达发夹样结构小干扰RNA（shRNA）的质粒载体，在鸡胚成纤维细胞（CEF）和鸡胚上进行了RNAi试验，筛选出一个有效抑制病毒复制的小分子ndv1。用阳离子脂质体转染试剂Silent-fect将ndvl转染CEF，以不相关shRNA质粒载体HK为阴性对照，4h后接种NDV，与对照相比，干涉组在病毒感染后3hNP基因的表达量降低2．3倍，

关键词：新城疫病毒 RNA干扰发夹结构鸡胚成纤维细胞增殖阳离子脂质体 NP基因质粒载体

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催化发夹自组装（CHA）优化的研究进展

沈阳药科大学学报 2023年

作者：马克廖栩捷徐景辉陈梓豪赵国杰中国医科大学生命科学学院

核酸早已不仅仅只是遗传信息库，在纳米技术和生物分析应用领域有着极为广阔的前景，催化发夹自组装（catalytic hairpin assembly，CHA）有着极高的灵敏度、恒温扩增、无酶、简单操作等优点且能结合各种技术并对多种物质进行检测，自... 详细信息

核酸早已不仅仅只是遗传信息库，在纳米技术和生物分析应用领域有着极为广阔的前景，催化发夹自组装（catalytic hairpin assembly，CHA）有着极高的灵敏度、恒温扩增、无酶、简单操作等优点且能结合各种技术并对多种物质进行检测，自问世以来备受青睐。近些年通过对于发夹结构的特殊设计、与其他核酸扩增技术的结合、启动方式等多方面进行研究以提高CHA环路性能的文献已有很多，但相关综述类文献较少，因此本文将从CHA环路启动、进行两方面整理CHA环路优化的相关文献，对CHA环路进行介绍和解析，并对CHA环路优化的前景、挑战表达自己的看法。希望本文能够对未来构建性能更加优秀的CHA环路有所帮助。

关键词：催化发夹自组装环路优化发夹结构核酸扩增