多种方法研究6-吡咯脱氧胞苷的发夹结构

作     者：孙凌志 张旭 SUN Lingzhi;ZHANG Xu

作者机构：盐城师范学院药学院江苏盐城224051 

出 版 物：《重庆师范大学学报（自然科学版）》 (Journal of Chongqing Normal University:Natural Science)

年 卷 期：2016年第33卷第6期

页      面：120-126页

学科分类：0710[理学-生物学] 071011[理学-生物物理学] 07[理学] 

基　　金：江苏省六大人才高峰资助项目(No.swyy-030) 江苏省盐土生物资源研究重点实验室开放课题(No.JKLBS2012024) 

主　　题：发夹结构 时间分辨荧光光谱 2D-NOE核磁共振 7-氨基放线菌素D 分子动力学模拟计算 6-吡咯脱氧胞苷 

摘      要：为更好地了解DNA发卡结构在生物学上的功能,利用时间分辨荧光光谱和2D-NOE NMR谱确定6-吡咯脱氧胞苷(6PdC)的二级结构,用滴定曲线测定7-氨基放线菌素D(7AAMD)滴定DNA的Kd值,并用Z-DOCK方法计算7AAMD与DNA的绑定位置。结果显示,6PdC的表观时间分辨寿命为1.44ns,而7-吡咯脱氧胞苷(7PdC)的该寿命为2.81ns;在2D-NOE NMR谱中处于H8/H6区域的交叉峰,除了处于7,8,9,10位上的脱氧胞苷(dC)的NOE很弱甚至难以观察到外,其他的dC的NOE交叉峰很强,并且可以很好地归属;滴定曲线显示AACC4,7PdC,6PdC,AACC4-comp等与7AAMD的Kd值分别是0.1,0.31,0.46,0.57;Z-DOCK计算结果显示7AAMD的平面多环插入发夹环。研究结果说明DNA的结构决定7AAMD与自身亲和力的强弱,而吡咯脱氧胞苷(PdC)的空间位阻的影响有限;揭示7AAMD可能通过与启动子或增强子的发夹部位结合抑制或减弱原癌基因的转录水平,达到抗癌作用。