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Correlation of p53 over-expression and alteration in p53 gene detected by polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism in adenocarcinoma of gastric cancer patients from India

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World Journal of Gastroenterology 2009年第11期15卷 1381-1387页

作者： Sajjad Karim Arif Ali Department of Bio-technology Jamia Millia IslamiaNew Delhi 110025India Center of Excellence in Genomic Medicine Research King Abdulaziz UniversityPO Box 80216 Jaddah-21589Kingdom of Saudi Arabia

AIM:To study the alterations in p53 gene among Indian gastric cancer patients and to correlate them with the various clinicopathological parameters. METHODS:A total of 103 gastric cancer patients were included in this study.The p53 alterations were studied by both immunohistochemical method as well as polymerase chain reaction(PCR)-single strand conformation polymorphism(SSCP)analysis.We only studied four(exon 5,6,7,and 8)of the 11 p53 exons.The alterations in p53 were also correlated with respect to various clinicopathological parameters. RESULTS:Among 103 cases,p53 over-expression and alteration were detected in 37(35.92%)and 19(18.44%)cases,respectively.Most of the p53 alterations were found at exon 5(31.54%),followed by exon 6(26.31%),exon 7(21.04%)and exon 8(21.04%).A significant correlation of p53 over- expression was found with p53 alteration(P=0.000). Concordance between p53 alteration(as detected by SSCP)and over-expression[as detected by immunohistochemistry(IHC)]was found in 75%cases. We found that IHC-positive/SSCP-negative cases accounted for 21%of cases and IHC-negative/SSCP- positive cases accounted for remaining 4%cases. CONCLUSION:Our results show that p53 genemutations are significantly correlated with p53 protein overxpression,with 75%concordance in overexpression and alteration in the p53 gene,but 25% disconcordance also cautions against the assumption that p53 over-expression is always associated with a gene mutation.There may be other mechanisms responsible for stabilization and accumulation of p53 protein with no evidence of gene mutation that reflect an accumulation of a non-mutated protein,or a false negative SSCP result.

关键词： p53过度表达单链构象多态性免疫组化法检测聚合酶链反应胃癌患者基因改变 p53基因外显子印度

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单链构象多态性-毛细管电泳分析中样品纯化研究

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分析科学学报 2004年第4期20卷 361-363页

作者：石先哲许国旺赵春霞杨青中国科学院大连化学物理研究所国家色谱研究分析中心辽宁大连116011

聚合酶链反应(PCR)样品中的Cl^-、引物等小分子对单链构象多态性-毛细管电泳分析有重要影响。本文用毛细管电泳-间接紫外法测定了PCR样品中的Cl^-浓度,并对乙醇沉淀法和试剂盒纯化法用于PCR样品的纯化效果进行比较,在此基础上研究了Cl^... 详细信息

聚合酶链反应(PCR)样品中的Cl^-、引物等小分子对单链构象多态性-毛细管电泳分析有重要影响。本文用毛细管电泳-间接紫外法测定了PCR样品中的Cl^-浓度,并对乙醇沉淀法和试剂盒纯化法用于PCR样品的纯化效果进行比较,在此基础上研究了Cl^-浓度、引物及其二聚体在SSCP-CE分析中的影响。结果表明,它们主要影响DNA进样量而对分离效率影响不大。

关键词：单链构象多态性毛细管电泳 PCR样品纯化

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单链构象多态性毛细管电泳分析研究进展

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生命科学研究 2006年第S1期10卷 10-14页

作者：陈巧云王荣贾正平贾海谢华兰州军区兰州总医院全军临床药理基地

基因突变的检测在临床疾病诊断中起十分重要的作用.单链构象多态性(Single Strand Conform ationPolym orphism,SSCP)分析是检测突变最流行的方法之一.SSCP分析与毛细管电泳(Capillary Electrophoresis,CE)相结合的技术更是具有灵敏度... 详细信息

基因突变的检测在临床疾病诊断中起十分重要的作用.单链构象多态性(Single Strand Conform ationPolym orphism,SSCP)分析是检测突变最流行的方法之一.SSCP分析与毛细管电泳(Capillary Electrophoresis,CE)相结合的技术更是具有灵敏度高、花费低、简单、快速的优点.目前,这项技术已应用于人类原癌基因、抑癌基因以及其它致病基因的突变检测.主要综述了各种参数对CES-SCP分析的影响以及CES-SCP分析技术将来的发展方向.

关键词：毛细管电泳单链构象多态性荧光标记筛分介质毛细管涂层

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26S rDNA单链构象多态性分析在临床酵母菌菌种鉴定中的应用

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微生物学报 2009年第8期49卷 1011-1017页

作者：李娟白逢彦中国疾病控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 中国科学院微生物研究所真菌地衣系统学重点实验室北京100101

【目的】探讨酵母菌临床分离株26S rDNA D1/D2区序列种内相似性和种间差异性的快速检测方法,为临床酵母菌菌种鉴定方法的改进奠定基础。调查北京地区临床酵母菌的种群多样性,为国内酵母菌感染的流行病学研究提供新的基础数据。【方法】... 详细信息

【目的】探讨酵母菌临床分离株26S rDNA D1/D2区序列种内相似性和种间差异性的快速检测方法,为临床酵母菌菌种鉴定方法的改进奠定基础。调查北京地区临床酵母菌的种群多样性,为国内酵母菌感染的流行病学研究提供新的基础数据。【方法】用5种常见临床酵母菌种的模式和权威菌株作为标准参考菌株,从北京四家综合性医院收集临床酵母菌260余株,PCR扩增其26SrDNAD1/D2区,对扩增产物进行单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism,SSCP)分析和序列测定分析。【结果】常见病原酵母菌26SrDNAD1/D2区的SSCP图谱具有明显的种间差异性和种内相似性,可以通过该方法对菌株进行初步的菌种鉴定。D1/D2-SSCP和序列分析相结合,对260余株临床酵母菌进行了菌种鉴定,共鉴定有10个属20个种,优势属为念珠菌属(Candida),优势种及其所占比例分别是:C.albicans(57.7%),C.parapsilosis(10.0%),C.tropicalis(9.2%),C.glabrata(6.7%)和C.krusei(5.8%),并发现过去从未或很少报道致病的酵母菌种,愈来愈多地出现在临床分离菌株中。【结论】26S rDNA D1/D2区的SSCP图谱分析为临床酵母菌株的快速鉴定提供了新的方法;北京地区酵母菌临床分离株呈种群多样性分布,C.albicans虽然仍占优势,但其它念珠菌种的比例已达42%。

关键词：病原酵母菌菌种鉴定单链构象多态性 26SrDNAD1/D2

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单链构象多态性(SSCP)及其在昆虫学中的应用

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遗传 2002年第4期24卷 483-485页

作者：王少丽乔传令盛承发中国科学院动物研究所农业虫鼠害综合治理研究国家重点实验室北京100080

单链构象多态性（SSCP）能够快速、灵敏地检测基因的点突变,其应用范围日益扩大。本文重点综述了其在昆虫学研究中的作用。

关键词：单链构象多态性 SSCP 昆虫学应用分子分类点突变

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利用单链构象多态性检测牛白细胞黏附缺陷症方法的建立

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遗传 2007年第12期29卷 1471-1474页

作者：李艳华张胜利韩广文薛建华赵鹏北京奶牛中心北京100085

牛白细胞黏附缺陷症(BLAD)是由常染色体上CD18基因单碱基突变(A→G)引起的隐性遗传疾病,隐性基因纯合时导致白细胞表面的β2整合素表达明显减少或缺乏而引起临床发病,患病牛的主要特征是机体免疫力降低、易患病从而影响其生产性能的表现... 详细信息

牛白细胞黏附缺陷症(BLAD)是由常染色体上CD18基因单碱基突变(A→G)引起的隐性遗传疾病,隐性基因纯合时导致白细胞表面的β2整合素表达明显减少或缺乏而引起临床发病,患病牛的主要特征是机体免疫力降低、易患病从而影响其生产性能的表现,严重影响了奶牛场的经济效益。该工作利用自行设计的特异性PCR引物,通过对PCR、PCR-SSCP条件的筛选和优化,并结合DNA序列测定,建立了PCR-SSCP检测BLAD有害基因的新方法,该方法简便快捷、准确率高,使用样品宽泛,适合大样本筛选,为奶牛BLAD有害基因的分型和筛选提供了新的方法和思路,为我国奶牛的分子选育提供了可靠的理论依据。

关键词：奶牛牛白细胞黏附缺陷症单链构象多态性

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通用引物单链构象多态性技术检测呼吸道常见病原菌的研究

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中国病原生物学杂志 2012年第10期7卷 756-758页

作者：杨帆李淑梅王艳华邓保国新乡医学院微生物学教研室河南新乡453003 河南科技学院

目的探讨通用引物单链构象多态性技术用于呼吸道常见病原菌检测的可行性。方法选取7种常见呼吸道感染细菌,采用通用引物对细菌的16SrRNA基因进行扩增,对扩增产物进行单链构象多态性分析。结果经过扩增,7种常见病原菌均在300bp处有清晰条... 详细信息

目的探讨通用引物单链构象多态性技术用于呼吸道常见病原菌检测的可行性。方法选取7种常见呼吸道感染细菌,采用通用引物对细菌的16SrRNA基因进行扩增,对扩增产物进行单链构象多态性分析。结果经过扩增,7种常见病原菌均在300bp处有清晰条带,扩增产物的单链构象多态性图谱条带数为2～4条,相对迁移率及条带间距也存在明显不同,各细菌间可相互区分。结论通用引物SSCP技术能快速简便地鉴定呼吸道常见病原菌。

关键词：通用引物单链构象多态性呼吸道病原菌

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单链构象多态性技术在微生物群落动态监测中的应用

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生物技术 2005年第1期15卷 87-89页

作者：赵阳国任南琪王爱杰刘广民王旭哈尔滨工业大学市政环境工程学院黑龙江哈尔滨150090

详述了单链构象多态性技术实现的基本过程和关键步骤 ,以及在微生物群落结构和动态分析中的应用。还针对SSCP技术存在的问题 ,根据实践经验提出了一些改进建议 ,认为在进行复杂微生物群落分析时 ,应采用低pH值 (pH7.7)的TBE电泳缓冲液 ... 详细信息

详述了单链构象多态性技术实现的基本过程和关键步骤 ,以及在微生物群落结构和动态分析中的应用。还针对SSCP技术存在的问题 ,根据实践经验提出了一些改进建议 ,认为在进行复杂微生物群落分析时 ,应采用低pH值 (pH7.7)的TBE电泳缓冲液 ,并以λ核酸外切酶将PCR产物中的反意义链去掉 ,从而减少大量非特异的异源双链带的出现 ,提高技术的分辨率。采用该技术能够很好地监测到群落中优势种群的动态变化。

关键词：单链构象多态性微生物群落动态监测

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基于毛细管电泳-单链构象多态性技术的血液感染病原菌检测方法研究

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中华医院感染学杂志 2012年第20期22卷 4445-4448页

作者：刘春江夏涵府伟灵黄君富袁慧欣李建珍第三军医大学第一附属医院检验科重庆400038 武警山西省总队医院检验科山西太原030006

目的探讨建立一种基于毛细管电泳-单链构象多态性(CE-SSCP)技术的血液感染病原菌快速检测方法。方法选取常见血液感染病原菌,查询其基因组序列,在其保守区域设计通用引物进行PCR扩增,然后进行CE-SSCP分析,测定不同病原菌所对应的出峰时... 详细信息

目的探讨建立一种基于毛细管电泳-单链构象多态性(CE-SSCP)技术的血液感染病原菌快速检测方法。方法选取常见血液感染病原菌,查询其基因组序列,在其保守区域设计通用引物进行PCR扩增,然后进行CE-SSCP分析,测定不同病原菌所对应的出峰时间及不同浓度的PCR产物所对应的峰面积;用标准菌株建立各菌的CE-SSCP特异图谱,用临床菌株进行验证;以大肠埃希菌为研究对象,挑取浓度为10～108 CFU/ml的菌液,研究该方法的最低检出浓度。结果所设计引物能够成功扩增所研究的6种病原菌,电泳中未见明显引物二聚体和非特性条带;CE-SSCP分析显示,6种菌的出峰时间各不相同,金黄色葡萄球菌为4082、大肠埃希菌为3999、铜绿假单胞菌为3958、表皮葡萄球菌为4063、肺炎克雷伯菌为3980、粪肠球菌为4166、肺炎链球菌为4055;不同浓度的PCR产物对应不同大小的峰面积,浓度>10ng/L是两者呈良好的线性关系;CE-SSCP法最低可检测18CFU/ml的菌液。结论利用CE-SSCP技术检测血液感染病原菌快速、灵敏,而且不受抗菌药物影响,尤其适合对难培养菌的检测,可以与传统方法互补。

关键词：毛细管电泳单链构象多态性血液感染病原菌检测

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单链构象多态性技术在胰岛素受体基因突变检测中的应用

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临床检验杂志 1998年第5期16卷 259-261页

作者：牛文彦刘德敏石建党王家驰汤新之天津医科大学

建立聚合酶链反应－单链构象多态性和银染技术筛查胰岛素受体基因突变方法。选择８９例非胰岛素依赖性糖尿病（ＮＩＤＤＭ）患者，扩增胰岛素受体基因的外显子１７－２１，ＳＳＣＰ电泳，银染色后，对突变样品进行序列分析。结果发现８... 详细信息

建立聚合酶链反应－单链构象多态性和银染技术筛查胰岛素受体基因突变方法。选择８９例非胰岛素依赖性糖尿病（ＮＩＤＤＭ）患者，扩增胰岛素受体基因的外显子１７－２１，ＳＳＣＰ电泳，银染色后，对突变样品进行序列分析。结果发现８例外显子１７和１例外显子２０的异常电泳条带，外显子１７的突变经顺序分析为ｃｏｄｏｎ１０５８（ＣＡＣ→ＣＡＴ）的纯合和杂合无意义突变。

关键词：单链构象多态性糖尿病胰岛素受体突变 PCR

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