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基于EF1-a基因对常见禾本科作物的聚类分析

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郑州大学学报（理学版） 2012年第2期44卷 108-113页

作者：押辉远李卫涛王卫东焦贞洛阳师范学院生命科学系河南洛阳471022 郑州大学河南省离子束生物工程重点实验室河南郑州450052

基于EF1-a基因核苷酸序列和氨基酸序列,利用分子进化遗传分析软件MEGA 5.0构建常见禾本科植物的最小进化法(ME)、邻接法(NJ)和算术平均数的非加权成组配对法(UPGMA)分子系统进化树.研究结果表明,EF1-a cDNA序列和氨基酸序列的聚类分析... 详细信息

基于EF1-a基因核苷酸序列和氨基酸序列,利用分子进化遗传分析软件MEGA 5.0构建常见禾本科植物的最小进化法(ME)、邻接法(NJ)和算术平均数的非加权成组配对法(UPGMA)分子系统进化树.研究结果表明,EF1-a cDNA序列和氨基酸序列的聚类分析都能够反映所列禾本科植物的属间关系,3种进化树的聚类分析分支情况基本一致.基于EF1-a基因的cDNA序列和氨基酸序列构建的ME、NJ树适合用来研究禾本科作物种间或种内的遗传关系,而构建的氨基酸序列UPGMA树有待更多的数据研究.

关键词：延伸因子EF1-a 禾本科作物分子系统进化树

鲤CYR61基因的克隆、表达及系统进化树的构建

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上海海洋大学学报 2012年第3期21卷 321-330页

作者：孙婷刘伟徐鹏孙效文中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心北京100141 上海海洋大学水产与生命学院上海201306 大连海洋大学生命科学与技术学院辽宁大连116023

通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR61 A和CYR61 C得到完整编码区,都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码385、368个氨基酸,其理论等电点值分别是7.83、8.54,分子量(Mw值)分别为42.55 ku、40.83 ku。鲤3个CYR61基因具有高度同源性,并且均含IB、vWC、TSP1、CT 4个模块。分子系统学分析表明鲤CYR61基因与其他物种CYR61基因具有高度同源性,且CYR61 C与其他高等物种的CYR61同源性更高,利用MEGA 5.0计算出CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C的分化时间早于鲤和斑马鱼的物种分化。CYR61 C在13个组织中均有表达,在卵巢中表达最高,肠、脑、鳃次之,在其他组织中表达较低且在心脏中表达最低。CYR61 A在精巢、肠、鳃中表达较高。CYR61 B在精巢和脑中表达最高,肠、肌肉、卵巢次之。实时荧光定量PCR分析CYR61 3个复制在鲤胚胎发育时期的表达,都是在0 h相对表达量最高,显著降低至18 h或24 h,随后逐渐升高并在6 d时下降。

关键词：鲤 CYR61 克隆分子系统进化树半定量RT-PCR 实时荧光定量PCR 基因表达

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线粒体基因组(mtDNA)的研究进展

安徽农业科学 2006年第10期34卷 2068-2068,2071页

作者：汪泰初刘朝良肖林珍安徽农业大学生命科学学院安徽合肥230036 安徽省农业科学院蚕桑研究所安徽合肥230031

就线粒体DNA的结构特点和功能,以及线粒体DNA在遗传学上的特点和进化研究作简要综述。

关键词：线粒体基因组分子系统进化树

蜜环菌属真菌CPCC 400891中倍半萜合成酶多样性与功能研究

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生物资源 2023年第4期45卷 355-364页

作者：李岩冯健举李君李鑫鑫王浩余利岩李健张涛中国医学科学院医药生物技术研究所北京100050 北京工商大学食品与健康学院北京100048

本论文以蜜环菌属(Armillaria mellea)真菌CPCC 400891为研究对象,基因组挖掘分析发现该菌株基因组中含有18个倍半萜合成酶编码基因,但其功能却鲜有报道。采用色氨酸营养缺陷型表达载体pYET,并以酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)BJ5... 详细信息

本论文以蜜环菌属(Armillaria mellea)真菌CPCC 400891为研究对象,基因组挖掘分析发现该菌株基因组中含有18个倍半萜合成酶编码基因,但其功能却鲜有报道。采用色氨酸营养缺陷型表达载体pYET,并以酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)BJ5464为宿主菌分别表达蜜环菌来源的18个倍半萜合成酶编码基因(Arm_STS1-Arm_STS16)。结合气相色谱-质谱联用仪(gas chromatography-mass spectrometer,GC-MS)分析平台,对构建的重组菌(BJ-Arm_STS1-BJ-Arm_STS16)发酵产物进行采集分析。结果显示,蜜环菌CPCC 400891来源的12个倍半萜合成酶归属于新的类群:亚家族Ⅳ。同时,10个倍半萜合成酶在酿酒酵母中确定表达。根据美国国家标准与技术研究院(NIST)的标准参考数据库(https://***/)检索比对,共鉴定17个倍半萜(醇)分子,包括α-雪松烯、β-雪松烯、罗汉柏烯、杜松萜烯、β-花柏烯和毕橙茄醇等。GC-MS检测分析发现,亚家族Ⅳ类群倍半萜合成酶均能合成多个(种)倍半萜分子。综上所述,本研究为后续改造并优化特定倍半萜合成酶,从而为深入开展STSs的催化机制研究奠定基础,也为从蘑菇类大型真菌中发现更多新颖的倍半萜合成酶提供依据和思考。

关键词：蜜环菌属基因组挖掘倍半萜合成酶异源表达分子系统进化树功能鉴定

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8种新型HPV的分型及特异型引物设计

实用预防医学 2016年第1期23卷 111-114页

作者：王启广谌芳曹友德湖南省人民医院检验科湖南长沙410005

目的本文主要研究近几年来NCBI数据库最新释放出来的8种新型HPV即HPV(126,135,136,137,140,144,154,166),对其进行分子进化树分析,进行分类并设计特异型引物。方法 NCBI检索8种新型HPV的基因组序列,然后用Blast相似性比较得到与其L1高... 详细信息

目的本文主要研究近几年来NCBI数据库最新释放出来的8种新型HPV即HPV(126,135,136,137,140,144,154,166),对其进行分子进化树分析,进行分类并设计特异型引物。方法 NCBI检索8种新型HPV的基因组序列,然后用Blast相似性比较得到与其L1高度相似的HPV,其次选择HPVαβγ各属具代表性的HPV,最后用Clustal W对以上所有58种HPV L1区氨基酸序列进行比较分析,构建分子进化树;进一步用Primer-Blast对8种新型HPV进行特异型引物设计。结果系统进化树分析得出8种HPV均属于γ属,利用Primer-Blast分析得到这8种HPV特异型引物。结论 HPV126、HPV135、HPV136、HPV137、HPV140、HPV144、HPV154、HPV166均为γ属。

关键词：人乳头瘤病毒氨基酸序列核苷酸序列分子系统进化树