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山东医药 2016年第24期56卷 5-8,I0001页

作者：李智王硕侯科佐臧丹郑春雷车晓芳曲秀娟刘云鹏中国医科大学附属第一医院沈阳110001

目的观察胃癌组织ATP酶α2亚基(ATP1A2)表达情况,探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载并预处理胃癌RNASeq V2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)... 详细信息

目的观察胃癌组织ATP酶α2亚基(ATP1A2)表达情况,探讨其与黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子通路、细胞外基质相关信号通路的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载并预处理胃癌RNASeq V2数据、从人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,通过TCGA数据集纳入胃癌患者293例,通过GEO数据集纳入胃癌患者300例。根据表达谱数据,将胃癌组织ATP1A2表达由低到高排序,按33%、67%者将数据三等分,低于33%者为低表达,高于67%者为高表达,两者之间为中表达。分析不同ATP1A2表达与胃癌患者临床病理参数的关系,比较低、中、高表达者中位生存时间,利用基因集富集分析方法预测ATP1A2相关的基因通路。结果 TCGA数据集纳入的293例胃癌患者中,ATP1A2低、中、高表达者分别为95、99、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄无关(P均>0.05),与T分期、N分期、p TNM分期及组织分化程度有关(P均表达者中位生存时间分别为70、36.9和26个月,三者间比较P表达者分别为99、102、99例;不同ATP1A2表达与胃癌患者性别、年龄、T分期、N分期、p TNM分期及Lauren分型均有关(P均表达者的中位生存时间为31个月,较低表达和中表达者中位生存时间明显延长(P表达富集了黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等相关的基因通路(P表达,其高表达预示患者预后不良;ATP1A2高表达导致黏着斑通路、细胞黏附分子、钙离子信号通路、细胞外基质等基因通路异常可能是其作用机制。

关键词：胃癌癌症基因组图谱人类肿瘤相关基因表达汇编 ATP酶α2亚基

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利用GEO数据集分析USP51在胃癌中的表达及临床意义

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现代肿瘤医学 2018年第20期26卷 3252-3256页

作者：臧丹曲秀娟王硕郭天舒杨子长徐璐李智刘云鹏中国医科大学附属第一医院肿瘤内科辽宁沈阳110001

目的:研究USP51在胃癌中的表达情况,探讨USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性并预测USP51表达对胃癌预后评估的临床价值。方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series mat... 详细信息

目的:研究USP51在胃癌中的表达情况,探讨USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性并预测USP51表达对胃癌预后评估的临床价值。方法:从人类肿瘤相关基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载胃癌样本数据集GSE62254的series matrix数据,只保留临床资料和生存信息完整的患者病例,共收录胃癌患者295例。分析不同USP51表达与胃癌临床病理参数的相关性,以及对胃癌预后的影响。采用基因集富集分析方法分析和预测受USP51调控的相关基因。结果:USP51表达水平与胃癌患者年龄、T分期、p TNM分期及Lauren分型均有关(P均 0. 05)。随着USP51表达程度的增加,胃癌患者总生存时间(overall survival,OS)明显缩短(P 表达富集了黏着斑通路、钙离子信号通路、细胞黏附分子和细胞外基质等相关的基因通路(P 表达是一种预后不良因素,推测其可以作为判断胃癌患者预后的有效生物标志物以及治疗靶点。

关键词：胃癌人类肿瘤相关基因表达汇编 USP51 预后

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高通量数据分析DNA损伤诱导转录样蛋白4在脑多形性胶质母细胞瘤中表达及临床意义

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临床军医杂志 2017年第10期45卷 1018-1021页

作者：张少校吴瑛辽宁省盘锦市中心医院VIP病房辽宁盘锦124010 中国医科大学附属第一医院全科医学科辽宁沈阳110001

目的探讨DNA损伤诱导转录样蛋白4(DDIT4L)在人脑多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达与患者预后的关系及相关机制。方法分别从癌症基因组图谱(TCGA)和人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载GBM的RNASeq V2数据,以及GBM样本数据集GSE769... 详细信息

目的探讨DNA损伤诱导转录样蛋白4(DDIT4L)在人脑多形性胶质母细胞瘤(GBM)中的表达与患者预后的关系及相关机制。方法分别从癌症基因组图谱(TCGA)和人类肿瘤相关基因表达汇编(GEO)数据库下载GBM的RNASeq V2数据,以及GBM样本数据集GSE7696的系列矩阵数据。应用Kaplan-Meier和多因素COX逐步回归分析方法确定DDIT4L的预后价值,采用基因集富集分析方法分析DDIT4L相关的信号通路。结果 DDIT4L高表达是提示GBM术后患者预后不良的独立因素,其高表达与烟酸-烟酰胺代谢、组氨酸代谢、氮代谢、苯丙氨酸代谢相关通路增强有关。结论 DDIT4L高表达的GBM患者预后不良,可能通过对GBM中的烟酸-烟酰胺、组氨酸、氮或苯丙氨酸代谢的调节而发挥促肿瘤作用。

关键词：人类肿瘤相关基因表达汇编多形性胶质母细胞瘤 DNA损伤诱导转录样蛋白4 癌症基因组图谱

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