检索结果-南通市图书馆

面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究

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计算机学报 2006年第2期29卷 233-238页

作者：徐琳李晓民谭光明刘新春卜东波冯圣中孙凝晖中国科学院计算技术研究所国家智能中心

动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空... 详细信息

动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空泡率、存储访问带宽等问题的模拟结果,确定了FPGA PE阵列设计中的基本参数,为FPGA成功实现奠定了基础.

关键词： RNA 二级结构预测 FPGA 并行流水

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基于残基位置特异性改进二级结构预测精度

华中科技大学学报（自然科学版） 2010年第2期38卷 129-132页

作者：段谟杰朱伟黄慧艳华中科技大学生命科学与技术学院湖北武汉430074

利用二级结构端点附近残基的特异性分布特征,应用支持向量机(SVM)预测二级结构端点并得出蛋白质上各位置为端点的可能性分值.根据预测出的端点可能性分值对目前的二级结构预测工具进行端点校正.对psiSVM和PSIPRED这两种工具进行了校正... 详细信息

利用二级结构端点附近残基的特异性分布特征,应用支持向量机(SVM)预测二级结构端点并得出蛋白质上各位置为端点的可能性分值.根据预测出的端点可能性分值对目前的二级结构预测工具进行端点校正.对psiSVM和PSIPRED这两种工具进行了校正和测试,结果表明校正后端点预测精度相对于psiSVM提高约10%,相对于PSIPRED提高近5%,同时整体预测精度也有一定程度的提高.

关键词：蛋白质二级结构预测预测精度残基位置特异性端点结果校正

两类藻毒素聚酮合成酶遗传相似性及其二级结构预测分析

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环境科学学报 2006年第4期26卷 640-645页

作者：司纪亮吴学森山东大学环境科学与工程学院济南250071 复旦大学生命科学院理论系统生物实验室上海200433

研究微囊藻毒素聚酮合成酶、节球藻毒素聚酮合成酶之间的遗传关联性,并对其二级结构进行预测分析.应用聚合酶链反应得到2株蓝绿藻的毒素聚酮合成酶(PKS)基因,并进行基因序列分析.从GenBank中提取产微囊藻毒素、产节球藻毒素藻株的相应... 详细信息

研究微囊藻毒素聚酮合成酶、节球藻毒素聚酮合成酶之间的遗传关联性,并对其二级结构进行预测分析.应用聚合酶链反应得到2株蓝绿藻的毒素聚酮合成酶(PKS)基因,并进行基因序列分析.从GenBank中提取产微囊藻毒素、产节球藻毒素藻株的相应基因序列,利用DNAStar和phylip软件分析目的基因一致性及2类藻毒素PKS的进化情况.采用Garnier-Robson法、Karplus-Schulz法预测项圈藻株202A1/35、节球藻株NSOR10PKS蛋白片段的二级结构,Kyte-doolittle法分析蛋白的亲水性,Emini法预测蛋白质的表面可能性.结果表明,2类藻毒素PKS目的基因的相似性非常高;项圈藻属、念珠藻属的微囊藻毒素PKS与节球藻毒素PKS的进化关系较近;2种藻毒素PKS分析片段二级结构具有较大的相似性,其亲水性与表面可能性区域等特征也极为相似.

关键词：微囊藻毒素节球藻毒素聚酮合成酶遗传相似性二级结构预测

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基于改进的BRNN网络的二级结构预测

仪器仪表学报 2006年第Z1期27卷 859-860页

作者：林丽玉翁祖茂福建师范大学软件学院福建350007

针对双向反馈神经网络(BRNN)的结构复杂、收敛速度慢的特点,本文提出了一种改进的BRNN网络。将BRNN左、右子网络的隐层删除,直接将输入连接到状态层,并且采用BP改进算法中的弹性算法进行训练。以90条序列共15377个氨基酸进行交叉验证。... 详细信息

针对双向反馈神经网络(BRNN)的结构复杂、收敛速度慢的特点,本文提出了一种改进的BRNN网络。将BRNN左、右子网络的隐层删除,直接将输入连接到状态层,并且采用BP改进算法中的弹性算法进行训练。以90条序列共15377个氨基酸进行交叉验证。仿真结果表明,改进网络以及采用的弹性算法可以有效地缩短网络收敛时间。

关键词： BRNN 神经网络二级结构预测

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蛋白质二级结构预测方法研究

计算机工程与应用 2009年第36期45卷 44-46页

作者：王艳春青岛农业大学信息科学与工程学院山东青岛266109 西北农林科技大学机械与电子工程学院陕西杨陵712100

为提高蛋白质二级结构预测精度,提出一种新的网络模型和编码方法。首先利用基因表达式编程(GEP)的全局搜索能力同时进化设计神经网络的结构和连接权;其次,对神经网络输入层编码进行了改进,添加了氨基酸残基所处的疏水环境。用PDB-Selec... 详细信息

为提高蛋白质二级结构预测精度,提出一种新的网络模型和编码方法。首先利用基因表达式编程(GEP)的全局搜索能力同时进化设计神经网络的结构和连接权;其次,对神经网络输入层编码进行了改进,添加了氨基酸残基所处的疏水环境。用PDB-Select25中的36条蛋白质共6122个残基进行测试,结果表明提出的网络模型和编码方法能有效提高蛋白质二级结构预测的精度。

关键词：蛋白质二级结构预测基因表达式编程神经网络

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基于级联神经网络的蛋白质二级结构预测

计算机工程 2010年第4期36卷 22-24页

作者：王艳春何东健王守志西北农林科技大学机械与电子工程学院杨陵712100 青岛农业大学信息科学与工程学院青岛266109 西北农林科技大学信息工程学院杨陵712100 威海职业学院机电工程系威海264210

为提高蛋白质二级结构预测的精度,提出一种由两层网络构成的级联神经网络模型。第1层网络采用具有差异度的5个子网构成的网络模型,对第2层网络的输入编码进行改进。对PDBSelect25中的36条蛋白质共6122个残基进行测试,结果表明,该模型能... 详细信息

为提高蛋白质二级结构预测的精度,提出一种由两层网络构成的级联神经网络模型。第1层网络采用具有差异度的5个子网构成的网络模型,对第2层网络的输入编码进行改进。对PDBSelect25中的36条蛋白质共6122个残基进行测试,结果表明,该模型能有效预测蛋白质二级结构,其预测精度分别比SNN,DSC,PREDSATOR方法提高5.31%,1.21%和0.92%,平均预测精度提高到69.61%。

关键词：神经网络蛋白质二级结构预测

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基于条件随机场进行蛋白质二级结构预测

计算机应用研究 2009年第3期26卷 832-833,839页

作者：罗亮邵泽辉华中科技大学控制科学与工程系武汉430074

使用一种新的概率图模型——条件随机场对蛋白质二级结构进行预测,并给出了模型的构建、训练以及解码的算法。应用这一模型对一个典型的蛋白质数据集CB513的二级结构进行了预测,并将预测结果与其他方法进行比较,预测准确度有明显的提高。

关键词：二级结构预测条件随机场概率图模型

改进信息离散性度量方法的蛋白质二级结构预测

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应用科学学报 2008年第2期26卷 150-154页

作者：李哲谦刘书朋严壮志辛艳飞上海大学通信与信息工程学院浙江省医学科学院浙江杭州310013

采用一种信息离散性度量方法对CB396数据集中的蛋白质数据进行二级结构预测,预测准确率达到72.1%.为了提高预测准确率,将FDOD算法结合PSI-BLAST进行多重序列比对,使预测准确率提高到75.6%,证明了该方法的有效性.在此基础上,利用20种疏... 详细信息

采用一种信息离散性度量方法对CB396数据集中的蛋白质数据进行二级结构预测,预测准确率达到72.1%.为了提高预测准确率,将FDOD算法结合PSI-BLAST进行多重序列比对,使预测准确率提高到75.6%,证明了该方法的有效性.在此基础上,利用20种疏水标度改进FDOD方法,以减小计算量.最后,结合长程作用,对预测准确性的影响因素进行了讨论.

关键词：二级结构预测信息离散性疏水特性长程作用

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利用双树复小波特征进行蛋白质二级结构预测

计算机工程与应用 2022年第3期58卷 230-234页

作者：陈璐高翠芳鲁海燕江南大学理学院江苏无锡214122

识别蛋白质二级结构对于蛋白质的特征和性质研究具有很重要的作用。用Cα原子三维空间坐标把蛋白质序列映射为距离矩阵,针对距离矩阵中隐含的纹理信息,用双树复小波变换对矩阵进行4级分解,提取不同方向的子带能量和标准偏差,得到48维特... 详细信息

识别蛋白质二级结构对于蛋白质的特征和性质研究具有很重要的作用。用Cα原子三维空间坐标把蛋白质序列映射为距离矩阵,针对距离矩阵中隐含的纹理信息,用双树复小波变换对矩阵进行4级分解,提取不同方向的子带能量和标准偏差,得到48维特征向量来表示蛋白质的二级结构特征,再将提取的特征输入KNN和SVM分类器分类,通过实验验证,双树复小波特征能改善传统特征提取方法的纹理粒度和方向局限问题,提高蛋白质二级结构的预测准确率。

关键词：蛋白质二级结构预测双树复小波变换纹理特征支持向量机