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基于连接酶检测反应的并行分型系统检测鸡肉风味相关候选基因多态性

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畜牧兽医学报 2010年第3期41卷 262-267页

作者：李慧芳束婧婷张莹邝智祥朱文奇韩威陈宽维中国农业科学院家禽研究所扬州225003 广东天农食品有限公司清远511827

旨在建立一个基于聚合酶链反应—连接酶检测反应(LDR)的基因多态性并行检测系统,检测鸡肉风味相关候选基因脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因、细胞外脂肪酸结合蛋白(Ex-FABP)基因和腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的多态性,并分析其在优良... 详细信息

旨在建立一个基于聚合酶链反应—连接酶检测反应(LDR)的基因多态性并行检测系统,检测鸡肉风味相关候选基因脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因、细胞外脂肪酸结合蛋白(Ex-FABP)基因和腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因的多态性,并分析其在优良地方鸡种——清远麻鸡和快大型隐性白羽鸡中的分布差异。采集165只隐性白羽鸡和185只清远麻鸡母鸡的血液并提取DNA,应用PCR-LDR方法检测A-FABP51C/T、Ex-FABP1011T/C和ADSL3484C/T的基因型。结果,所得分型结果同直接测序分型结果一致。3个多态位点在2个品种鸡中均表现为中度多态,并且在不同品种中的分布均存在差异,在A-FABP51C/T位点上达到显著水平。结果表明,建立的基于连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统是一种准确、灵敏的SNP检测方案,为鸡肉风味性状相关基因的多态性研究提供了基础。

关键词：连接酶检测反应 A-FABP基因 Ex-FABP基因 ADSL基因基因多态性

基于连接酶检测反应的PRL基因多态与清远麻鸡繁殖性能的相关性研究

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畜牧兽医学报 2011年第8期42卷 1095-1100页

作者：束婧婷李慧芳邹剑敏张莹陈宽维尹平安韩威宋卫涛中国农业科学院家禽研究所扬州225125 广东天农食品有限公司清远511827

旨在建立一个基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡催乳素(PRL)基因的多态性,并分析其对优良地方鸡种——清远麻鸡繁殖性能的遗传效应。本研究应用PCR-LDR方法检测PRL8052T/C和PRL8113G/C基因型,并使用SAS... 详细信息

旨在建立一个基于聚合酶链反应-连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,探讨鸡催乳素(PRL)基因的多态性,并分析其对优良地方鸡种——清远麻鸡繁殖性能的遗传效应。本研究应用PCR-LDR方法检测PRL8052T/C和PRL8113G/C基因型,并使用SAS软件进行最小二乘分析。结果,在8052T/C位点上,CT基因型个体的52周产蛋数显著高于TT型个体;在8113G/C位点上,CG基因型个体的开产日龄显著低于GG型个体,而其52周龄产蛋数却显著高于GG型个体。2个位点的单倍型对开产日龄和52周产蛋数也存在显著的效应,CTCG型个体具有较早的开产日龄和最高的52周龄产蛋数。结果表明,PRL基因多态性与清远麻鸡繁殖性状有相关关系,PRL 8052T/C和PRL 8113G/C杂合基因型可能是提高鸡繁殖性能的分子标记,利用单倍型进行标记辅助选择可能会获得更大的遗传进展。

关键词：连接酶检测反应 PRL基因繁殖性状基因多态性清远麻鸡

基于连接酶检测反应的NPY基因多态与清远麻鸡繁殖性状的相关性研究

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中国农学通报 2010年第17期26卷 9-12页

作者：张莹束婧婷韩威宋卫涛陈宽维李慧芳广东天农食品有限公司广东清远511827 中国农业科学院家禽研究所江苏扬州225003

为建立一个基于聚合酶链反应—连接酶检测反应的基因多态性检测系统,探讨清远麻鸡神经肽Y基因(NPY)的多态性,并分析其对清远麻鸡开产日龄、开产蛋重、开产体重、40周平均蛋重、50周平均蛋重以及52周产蛋数的遗传效应。应用PCR-LDR方法对... 详细信息

为建立一个基于聚合酶链反应—连接酶检测反应的基因多态性检测系统,探讨清远麻鸡神经肽Y基因(NPY)的多态性,并分析其对清远麻鸡开产日龄、开产蛋重、开产体重、40周平均蛋重、50周平均蛋重以及52周产蛋数的遗传效应。应用PCR-LDR方法对NPY基因转录起始区4bp的缺失突变进行基因型分型。结果表明:基因型分型结果同直接测序分型结果一致。不同基因型个体间仅在开产体重上存在显著差异,BB型个体的开产体重显著低于AA和AB型个体。说明NPY基因多态影响清远麻鸡的开产体重。

关键词：连接酶检测反应 NPY基因繁殖性状基因多态性清远麻鸡

利用连接酶检测反应检测碎片化新冠病毒S基因D614G突变

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生物学杂志 2022年第3期39卷 107-110页

作者：张新亚张建卢辰薛勇罗志丹江苏海洋大学江苏省海洋药物活性分子筛选重点实验室连云港222005 江苏省海洋资源开发研究院(连云港) 连云港222005

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S基因D614突变导致病毒感染能力显著增强,也是德尔塔变异毒株的主要来源。如何在病毒核酸检测时对此类高危SNP进行快速分型是研究者非常关注的技术问题。但新冠病毒属于单链RNA病毒,基因组易降解,现有的点突变... 详细信息

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S基因D614突变导致病毒感染能力显著增强,也是德尔塔变异毒株的主要来源。如何在病毒核酸检测时对此类高危SNP进行快速分型是研究者非常关注的技术问题。但新冠病毒属于单链RNA病毒,基因组易降解,现有的点突变鉴定技术并不适用高度降解的碎片化病毒核酸。研究利用连接酶检测反应(LDR)技术结合荧光定量PCR,建立一种检测碎片化新冠病毒S基因D614G的方法。结果表明:方法对5 pmol/L的病毒RNA模板具有良好的区分度,最低可检测出长度仅为40 nt的病毒RNA所携带的点突变。

关键词：连接酶检测反应新冠病毒碎片化 D614G突变

连接酶检测反应法检测乙型肝炎病毒核苷(酸)类似物耐药突变的可行性

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检验医学与临床 2012年第21期9卷 2737-2739页

作者：孙艺艳吴月平毛丽萍陆建荣陈琳陆仁飞江苏省南通市第三人民医院 226006

目的探讨依据寡核苷酸等位基因特异性聚合酶链反应(PCR)扩增及连接酶检测反应(LDR)方法检测乙型肝炎病毒(HBV)4种核苷(酸)类似物耐药突变的可行性。方法以基因库公布的981条HBV基因序列为基础,针对拉米夫啶、替比夫啶、阿德福韦和恩替卡... 详细信息

目的探讨依据寡核苷酸等位基因特异性聚合酶链反应(PCR)扩增及连接酶检测反应(LDR)方法检测乙型肝炎病毒(HBV)4种核苷(酸)类似物耐药突变的可行性。方法以基因库公布的981条HBV基因序列为基础,针对拉米夫啶、替比夫啶、阿德福韦和恩替卡韦8个耐药位点上的氨基酸替换形式,设计15对特异性引物,采用多重PCR扩增HBV P基因区野生型和突变型目的片段,然后进行多重LDR,最后在ABI3130测序仪上电泳,根据内参标记、LDR产物的长度进行结果判读。应用此方法对12例慢性HBV感染患者血清进行检测,同时采用荧光PCR、焦磷酸测序技术对其验证,判断其特异性和准确性。结果 LDR法能有效区分包括rtL180M、YMDD、YIDD、YVDD、rtA181V/T、rtN236T、rtT184G、rtS202I、rtM250V野生株和部分突变株;4例HBV DNA>106copy/mL患者检测出野生株和突变株,结果与焦磷酸测序一致;LDR法与荧光PCR法检测结果一致率达83.3%(10/12)。结论血清HBV DNA>106 copy/mL时结合多重PCR的复合LDR可通过一次扩增检测产物中的多个单突变或野生型位点,有助于核苷(酸)类似物耐药的诊断和治疗。

关键词：乙型肝炎病毒连接酶检测反应突变

利用连接酶检测反应快速鉴定新冠病毒主要突变株特征点突变

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利用连接酶检测反应快速鉴定新冠病毒主要突变株特征点突变

作者：张新亚江苏海洋大学

学位级别：硕士

2019年末爆发的新型冠状病毒被国际病毒委员会(ICTV)命名为SARS-Co V-2。本次爆发的新型冠状病毒(SARS-Co V-2)较以往的冠状病毒,如严重急性呼吸综合征(SARS)和中东呼吸综合征(MERS)表现出更高的感染性和隐蔽性。由新型冠状病毒感染所... 详细信息

2019年末爆发的新型冠状病毒被国际病毒委员会(ICTV)命名为SARS-Co V-2。本次爆发的新型冠状病毒(SARS-Co V-2)较以往的冠状病毒,如严重急性呼吸综合征(SARS)和中东呼吸综合征(MERS)表现出更高的感染性和隐蔽性。由新型冠状病毒感染所致疾病被世界卫生组织(WHO)宣布为全球大流行疾病。新型冠状病毒是单链RNA病毒,在复制传代的过程中容易积累自然突变,这些自然突变随着时间的推移和在人类寄主中的适应性选择,导致各种突变株不断涌现。其中一些突变株与野生型相比表现出更强的传染性和致病性。含D614位点突变的Delta突变株是截至目前传染性和毒性最强的突变株之一。开发快速有效的核酸检测对新冠病毒高危突变株及其特征性点突变位点进行鉴定是阻断疾病流行的重要手段。本研究拟利用连接酶检测反应(LDR)技术为核心,建立一种能在恒温条件下快速鉴定新冠病毒主要突变株特异突变位点的核酸检测体系。我们首先建立了LDR的基本反应体系,结果表明,该方法对5 pmol/L以上且长度大于40nt的病毒RNA模板所携带的点突变具有良好的区分度。为了进一步提高该方法灵敏度,我们将原有的连接探针优化为锁式探针,经过最适反应条件筛选,使连接酶检测体系的灵敏度提高103倍;为进一步缩短检测时间及检测灵敏度,我们将锁式探针连接酶检测体系与CRISPR-Cas12b系统联用,利用荧光信号实现结果读出,最终检测时间缩短至45分钟,且灵敏度最终提升至0.5 fmol/L。综上所述,本研究建立了一种基于连接酶的核酸检测体系,经过一系列条件优化,初步形成了一个不依赖变温仪器快速鉴定新冠病毒突变株特征点突变的核酸检测体系,并且该体系可检测碎片化的RNA模板,最短模板长度可低至50 nt,在RNA模板质量不佳及其他重要SNP检测领域同样具有一定的应用潜质。该论文有图21幅,表20个,参考文献85篇。

关键词：连接酶检测反应新冠病毒点突变

基于连接酶检测反应的CGRP和IL-1A基因多态与重度慢性牙周炎的相关性研究

同方学位论文库评论

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牙体牙髓牙周病学杂志 2008年第5期18卷 241-246页

作者：李灵敏曹志中沈霖德第二军医大学长海医院口腔科上海200433 上海市口腔病防治院上海200433

目的:建立一个基于连接酶检测反应(LDR)的基因多态性检测系统,探讨降钙素基因相关肽(calcitoningene-relatedpeptide,CGRP)和白介素-1A(Interleukin-1A,IL-1A)基因多态性与中国汉族人群重度慢性牙周炎遗传易感性的关系。方法:收集100例... 详细信息

目的:建立一个基于连接酶检测反应(LDR)的基因多态性检测系统,探讨降钙素基因相关肽(calcitoningene-relatedpeptide,CGRP)和白介素-1A(Interleukin-1A,IL-1A)基因多态性与中国汉族人群重度慢性牙周炎遗传易感性的关系。方法:收集100例重度慢性牙周炎病人和118例健康对照组的颊黏膜拭子并抽提DNA,应用PCR-LDR方法检测CGRP1210、CGRP4218、CGRP+5247以及IL-1A-889基因型,并使用软件SHEsis进行单体型分析,进行各组间基因型分布和等位基因频率的χ2检验。结果:重度慢性牙周炎病人组CGRP1210、CGRP+5247以及IL-1A-889阳性基因型均显著高于健康对照组(P0.05)。结论:建立了一个基于连接酶检测反应的基因多态性并行检测系统,IL-1、CGRP基因多态性与重度慢性牙周炎有相关关系,IL-1A-889、CGRP1210和CGRP+5247阳性基因型可能是重度慢性牙周炎易感性的遗传标志,同时提示IL-1、CGRP基因型在不同地域、不同人种中的分布可能是不相同的。

关键词：连接酶检测反应降钙素基因相关肽白细胞介素-1 基因多态性重度慢性牙周炎

基于连接酶检测反应的基因芯片分型技术的建立

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国际遗传学杂志 2006年第3期29卷 178-182页

作者：肇旭秦胜营冯国鄞贺林上海交通大学上海市精神卫生中心中科院上海生命科学研究所营养学院

目的建立基于连接检测反应的基因芯片分型技术。方法将连接检测反应,通用芯片技术及片基异硫氰基化从头活化方法相结合。结果应用测序技术验证,该方法分型准确性达到100%。另外也不会产生非模板依赖性信号,对未纯化模板的分型效果也较... 详细信息

目的建立基于连接检测反应的基因芯片分型技术。方法将连接检测反应,通用芯片技术及片基异硫氰基化从头活化方法相结合。结果应用测序技术验证,该方法分型准确性达到100%。另外也不会产生非模板依赖性信号,对未纯化模板的分型效果也较好。结论连接检测反应能够在高温下进行,显著减少了探针非特异性连接;其通用性使得研究者可基于一张芯片自由选择所研究的位点,无需针对每一组探针进行操作条件的单独优化,并且保证了杂交的特异性;片基从头活化技术更使其摆脱了对商品化片基的依赖。这些特点都极大地提高了该技术的分型准确性,并且降低了费用,使其应用于高通量SNP分型成为可能。

关键词：基因芯片连接酶检测反应分型

基于连接酶检测反应的并行分型系统检测鸡肉嫩度候选基因CAPN1的多态性

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基于连接酶检测反应的并行分型系统检测鸡肉嫩度候选基因CAPN1的...