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香叶基香叶基焦磷酸合成酶在肺鳞状细胞癌中的表达及临床意义

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上海交通大学学报（医学版） 2024年第3期44卷 312-324页

作者：王鑫王晓霞李彦庆郑永鑫乌杰任猛贾向东许天祥内蒙古科技大学包头医学院研究生院包头014060 内蒙古自治区人民医院腹部肿瘤外科呼和浩特010017 内蒙古自治区人民医院重症医学科呼和浩特010017 内蒙古医科大学研究生院呼和浩特010000

目的·利用生物信息学和免疫组织化学法探究在肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)组织中香叶基香叶基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate synthase 1,GGPS1)的表达及其临床意义。方法·首先从UCSC Xena平台下载LUS... 详细信息

目的·利用生物信息学和免疫组织化学法探究在肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)组织中香叶基香叶基焦磷酸合成酶(geranylgeranyl diphosphate synthase 1,GGPS1)的表达及其临床意义。方法·首先从UCSC Xena平台下载LUSC组织与配对正常组织的转录组数据,使用R语言进行数据标准化和差异表达分析,并利用UALCAN数据库进行验证;采用UALCAN和LinkedOmics数据库分析LUSC患者中GGPS1表达与临床病理特征关系;利用Kaplan-Meier Plotter数据库探究LUSC患者GGPS1表达对预后的影响。应用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归分析筛选基因相关系数及风险评分。通过列线图和校正曲线评价GGPS1对LUSC的诊断价值。采用STRING、GeneMANIA数据库构建GGPS1蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。运用R语言挑选与GGPS1相关差异基因,并进行基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。采用免疫组织化学法检测LUSC患者GGPS1表达情况,并分析其与临床病理特征和预后的相关性。结果·通过TIMER2.0数据库检索到GGPS1在多数肿瘤中表达均升高,且在LUSC中呈高表达。UCSC Xena、UALCAN数据库中GGPS1在LUSC的表达高于癌旁组织(均P细胞质中,且LUSC组织中表达高于癌旁组织(P肺组织,GGPS1在LUSC中表达显著升高,尤其在肿瘤体积较大、淋巴结转移阳性及晚期的患者中表达升高更明显;且GGPS1过表达是LUSC患者预后差的独立预测因子。GGPS1有望成为新的LUSC诊治和预防的分子靶点。

关键词：香叶基香叶基焦磷酸合成酶肺鳞状细胞癌生物信息学免疫组织化学临床意义

cT1N0M0期肺鳞状细胞癌隐匿性淋巴结转移的危险因素及预测模型

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中国胸心血管外科临床杂志 2024年

作者：焦振华喻钧华中科技大学同济医学院附属同济医院胸外科

目的探讨cT1N0M0期肺鳞状细胞癌淋巴结转移的危险因素，并构建logistic回归模型预测淋巴结的转移。方法回顾性研究纳入2017年8月—2022年10月期间华中科技大学同济医学院附属同济医院胸外科cT1N0M0期肺鳞状细胞癌患者，分析临床基础... 详细信息

目的探讨cT1N0M0期肺鳞状细胞癌淋巴结转移的危险因素，并构建logistic回归模型预测淋巴结的转移。方法回顾性研究纳入2017年8月—2022年10月期间华中科技大学同济医学院附属同济医院胸外科cT1N0M0期肺鳞状细胞癌患者，分析临床基础资料、影像资料和病理资料与淋巴结转移的相关性。采用单因素和多因素logistic回归分析进行危险因素分析，采用受试者工作特征曲线和Hosmer-Lemeshow检验对模型性能进行评价，采用Bootstrap(n=1 000)法进行模型的内部验证。结果纳入192例患者。中央型肿瘤、低分化肿瘤、细胞角蛋白片段19(cytokeratin 19 fragment,CYFRA21-1)水平和肿瘤大小是cT1N0M0期肺鳞癌淋巴结转移的独立危险因素。肿瘤大小和CYFRA21-1水平的最佳临界值分别为2.05 cm和4.20 ng/mL。联合肿瘤位置、CYFRA21-1水平和肿瘤大小的预测模型相比任何单一因素都有更优的预测能力。结论中央型肿瘤、低分化肿瘤、CYFRA21-1水平和肿瘤大小是cT1N0M0期肺鳞状细胞癌淋巴结转移的危险因素，联合预测模型对cT1N0M0期肺鳞癌的术中淋巴结切除策略有一定的指导意义。

关键词：肺鳞状细胞癌淋巴结转移危险因素 logistic模型

单细胞和bulk RNA测序的综合分析预测肺鳞状细胞癌治疗反应和预后

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中华肺部疾病杂志（电子版） 2024年第4期17卷 535-542页

作者：姜露周菊毛杨代黔陆军(第三)军医大学第二附属医院临床医学研究中心重庆400037

目的通过整合单细胞RNA测序(sing-cell RNA sequencing,scRNA-seq)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据,探索肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)中差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)和预后相关基因,并构建基于这些基因的预后模型。为了更好地了解LUSC中的免疫微环境(tumor microenvironment,TME),进一步分析了免疫细胞的浸润特征,揭示其与LUSC患者预后的潜在关联。方法从基因表达综合数据库GEO(GSE118245)中获取LUSC单细胞RNA测序数据,并通过质量控制和数据标准化,鉴定出不同的细胞群体。使用Seurat软件包进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和统一流形近似投影(uniform manifold approximation and projection,UMAP)进行降维聚类。基于TCGA数据库中的LUSC患者样本,使用TCGAbiolinks包获取批量RNA测序数据,并对肿瘤样本和正常样本之间的DEGs进行筛选,采用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)构建基因共表达网络。使用Cox回归和最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归构建基于DEGs的预后模型,Kaplan-Meier生存曲线评估患者总生存期(overall survival,OS)。使用CIBERSORT算法评估不同风险组中的免疫细胞浸润比例,比较22种免疫细胞在高风险和低风险组中的差异。结果从LUSC单细胞数据中质控得到出5360个细胞,注释为13个不同的细胞群,并通过SingleR注释为8种细胞类型。与对照组相比,LUSC组中的中性粒细胞、CD4^(+)T细胞和骨骼肌细胞比例显著上升。差异表达基因分析共筛选出3396个DEGs,其中1851个基因上调,1545个基因下调。GO和KEGG富集分析表明,DEGs主要参与细胞周期、感染和补体级联反应等重要生物过程。在TCGA-LUSC数据中,使用WGCNA识别出与LUSC发展显著相关的蓝色模块,在此基础上筛选出61个交集基因进行进一步分析。单因素Cox回归和LASSO回归分析共识别出4个独立的预后相关基因(ITIH3、MME、PLAAT1和ATP13A5),构建了风险评分模型。Kaplan-Meier生存曲线显示高风险组患者的总生存期显著低于低风险组。免疫浸润分析结果表明,高风险组患者肿瘤中的CD8^(+)T细胞、活化的记忆CD4^(+)T细胞和滤泡辅助性T细胞比例显著高于低风险组,进一步支持了免疫微环境对LUSC进展的关键作用。结论通过整合单细胞和TCGA数据,成功鉴定了LUSC中的关键差异表达基因,构建了有效的预后模型。模型在多个验证队列中表现出预后预测,揭示的免疫细胞浸润特征为LUSC的免疫微环境提供了新的见解。免疫细胞在LUSC的发生和进展中发挥重要作用。

关键词：单细胞RNA测序肺鳞状细胞癌预测预后

基于生物信息学方法分析L1CAM在肺鳞状细胞癌中的表达及意义

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长治医学院学报 2024年第4期38卷 243-248页

作者：宋如昕庞鑫霍振宇任飞任晨霞长治医学院中心实验室山西长治046000

目的:分析细胞黏附分子Ll基因(L1CAM)在肺鳞状细胞癌中的表达,并探讨其潜在的生物学意义。方法:利用Ualcan数据库分析肺鳞状细胞癌(LUSC)肿瘤组织及正常组织L1CAM表达,并在正常细胞系和肿瘤细胞系中进行实时荧光定量PCR(qPCR)验证;采用S... 详细信息

目的:分析细胞黏附分子Ll基因(L1CAM)在肺鳞状细胞癌中的表达,并探讨其潜在的生物学意义。方法:利用Ualcan数据库分析肺鳞状细胞癌(LUSC)肿瘤组织及正常组织L1CAM表达,并在正常细胞系和肿瘤细胞系中进行实时荧光定量PCR(qPCR)验证;采用Sangerbox3.0分析L1CAM表达与LUSC患者预后的关系;通过LinkedOmics检索L1CAM共表达基因,将获取的基因集进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络。结果:与正常肺组织比较,LUSC组织中L1CAM表达水平明显升高;经qPCR实验验证,与正常肺上皮细胞相比,LUSC细胞系中的L1CAM表达量显著升高;L1CAM共表达基因主要富集的生物学过程包括细胞发育、细胞或亚细胞成分的运动、细胞内信号转导等;主要富集的细胞组分包括细胞外基质、内质网腔、线粒体膜等;主要参与的生物学功能包括信号受体结合、钙离子结合、细胞外基质结构成分等;KEGG信号通路主要与黏着斑、ECM受体互作、顺铂耐药性等相关;L1CAM高表达患者的总生存期(OS)、疾病特异性生存期(DSS)、无病间期(DFI)、无进展间期(PFI)明显低于低表达患者,预示高表达L1CAM的不良预后;PPI网络显示L1CAM蛋白与EGFR、NCAM1、ANK1-3等存在互作关系。结论:L1CAM在LUSC组织中高表达,可作为预后指标;该基因的表达参与多种生物学功能,因此有望成为肺鳞癌潜在的生物标志物。

关键词：肺鳞状细胞癌细胞黏附分子Ll 生物信息学分析

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区分肺腺癌和肺鳞状细胞癌的潜在基因分析

河南医学研究 2024年第8期33卷 1353-1358页

作者：朱德奇卢建国李宾张劲草王忠民董成来新乡医学院第一附属医院胸外科一病区河南新乡453100

目的对非小细胞肺癌(NSCLC)潜在基因进行分析,寻找区分肺腺癌(LUAD)和肺鳞状细胞癌(LUSC)的相关基因,探索NSCLC诊断与治疗的更有效方法。方法利用3个基因表达综合(GEO)数据库(GSE4882、GSE7339和GSE40275)分析LUAD和LUSC组织样本中的差... 详细信息

目的对非小细胞肺癌(NSCLC)潜在基因进行分析,寻找区分肺腺癌(LUAD)和肺鳞状细胞癌(LUSC)的相关基因,探索NSCLC诊断与治疗的更有效方法。方法利用3个基因表达综合(GEO)数据库(GSE4882、GSE7339和GSE40275)分析LUAD和LUSC组织样本中的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)富集分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络来寻找关键枢纽基因。最后在临床样本中验证关键枢纽基因的差异表达。结果在GSE4882、GSE7339和GSE40275数据集中发现22个LUAD和LUSC的DEGs,通过构建PPI网络发现了6个关键枢纽基因(KRT18、RAN、NME1、NME2、MIF和CFB),进一步在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中分析枢纽基因表达与生存之间的关系,发现KRT18可能是区分LUAD和LUSC的潜在基因,同时构建了KRT18基因突变与LUAD和LUSC患者预后的风险预测模型。最后采用新乡医学院第一附属医院临床组织样本对KRT18表达进行验证。结论KRT18可能是区分LUAD和LUSC潜在基因。

关键词：肺腺癌肺鳞状细胞癌 KRT18 生物信息分析

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阿来替尼对化疗失败的多靶点突变的肺鳞状细胞癌显著有效：1例报告

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南昌大学学报(医学版) 2024年第05期 99-102+106页

作者：徐欣孙龙华南昌大学第一附属医院呼吸科江西省呼吸系统疾病临床研究中心中日友好医院江西医院呼吸科

目的总结间变淋巴瘤激酶（ALK）基因融合、表皮生长因子受体（EGFR）基因突变、人表皮生长因子受体2(HER2)基因突变共存肺鳞状细胞癌（鳞癌）的有效治疗方法。方法对1例ALK基因、EGFR基因、HER2基因多基因突变的肺鳞癌患者（女，51岁... 详细信息

目的总结间变淋巴瘤激酶（ALK）基因融合、表皮生长因子受体（EGFR）基因突变、人表皮生长因子受体2(HER2)基因突变共存肺鳞状细胞癌（鳞癌）的有效治疗方法。方法对1例ALK基因、EGFR基因、HER2基因多基因突变的肺鳞癌患者（女，51岁，无吸烟史）的治疗过程作回顾性分析。结果患者因“咳嗽咳痰伴痰中带血2 d”就诊，影像检查、气管镜并病理活检提示为鳞癌。明确诊断为左肺鳞癌（cT3N2M0ⅢB期），左侧肺门及纵隔内淋巴结转移。患者最初接受化疗+免疫（白蛋白紫杉醇200 mg+卡铂380 mg+替雷利珠单抗200 mg）抗肿瘤治疗，因无法耐受药物毒副作用，后予以阿来替尼600 mg bid靶向治疗。靶向治疗1月后肿块明显缩小，使用阿来替尼5个周期后行胸腔镜下肺叶切除术，术后病理达到完全病理缓解；继续口服阿来替尼靶向治疗，未诉其他特殊不适。结论对于化疗失败的无吸烟史的女性鳞癌患者，有必要完善基因检测寻找靶向治疗的机会，并且以ALK融合突变为主的多基因突变的肺鳞癌患者可以从ALK抑制剂治疗中获得临床受益，也提示肺鳞癌的靶向新辅助治疗的安全性及可能性。

关键词：基因突变表皮生长因子受体基因间变淋巴瘤激酶基因肺鳞状细胞癌阿来替尼新辅助治疗

基于快速康复理论的55A模式干预在老年肺鳞状细胞癌手术患者中的应用效果

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癌症进展 2024年第16期22卷 1770-1773,1797页

作者：段兰兰韩培培申月月刘帅郑州大学第一附属医院呼吸内科郑州450000

目的探讨基于快速康复理论的5A模式干预在老年肺鳞状细胞癌患者中的应用效果。方法根据干预方法的不同将98例老年肺鳞状细胞癌手术患者分为对照组(n=46)和观察组(n=52),对照组患者采取常规干预,观察组患者在对照组的基础上采取基于快速... 详细信息

目的探讨基于快速康复理论的5A模式干预在老年肺鳞状细胞癌患者中的应用效果。方法根据干预方法的不同将98例老年肺鳞状细胞癌手术患者分为对照组(n=46)和观察组(n=52),对照组患者采取常规干预,观察组患者在对照组的基础上采取基于快速康复理论的5A模式干预。比较两组患者的术后恢复指标、疲乏程度[Piper疲乏量表(PFS)]、自我护理能力[自我护理能力测定量表(ESCA)]、肺功能指标[用力肺活量(FVC)、通气时间、第1秒用力呼气容积(FEV_(1))]及术后并发症发生情况。结果观察组患者肛门排气时间、引流管留置时间、首次下床时间及住院时间均明显短于对照组,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。干预后,两组患者PFS评分均低于本组干预前,ESCA评分均高于本组干预前,观察组患者PFS评分低于对照组,ESCA评分高于对照组,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。干预后,两组患者FVC、FEV_(1)均高于本组干预前,通气时间均短于本组干预前,观察组患者FVC、FEV_(1)均高于对照组,通气时间短于对照组,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。观察组患者的术后并发症总发生率低于对照组(P﹤0.05)。结论基于快速康复理论的5A模式干预应用于老年肺鳞状细胞癌手术患者,可促进患者术后康复,降低疲乏程度和术后并发症发生率,提高自我护理能力,改善肺功能。

关键词：快速康复理论 5A模式干预肺鳞状细胞癌术后康复疲乏程度自我护理能力

基于DNA甲基化和长链非编码RNA鉴定肺鳞状细胞癌的预后生物标志物

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中华实验外科杂志 2024年第8期41卷 1687-1690页

作者：刘士磊姚许盼陈培楠孙海波邢文群王子兵郑州大学附属肿瘤医院(河南省肿瘤医院)胸外科郑州450008 郑州大学附属肿瘤医院(河南省肿瘤医院)免疫治疗科郑州450008

目的寻找与肺鳞状细胞癌(LUSC)预后相关的受甲基化调控的长链非编码RNA(lncRNA)。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载502例LUSC患者的基因表达、甲基化和临床数据,进行甲基化和lncRNA表达的差异分析。筛选出位于差异甲基化区域(DMRs)... 详细信息

目的寻找与肺鳞状细胞癌(LUSC)预后相关的受甲基化调控的长链非编码RNA(lncRNA)。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载502例LUSC患者的基因表达、甲基化和临床数据,进行甲基化和lncRNA表达的差异分析。筛选出位于差异甲基化区域(DMRs)的lncRNA,并进行生存分析和临床相关性分析。构建竞争性内源性RNA网络并对网络中的靶基因进行通路富集分析。用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)在14例LUSC术后组织样本中验证lncRNA的表达。结果共鉴定出40680个差异甲基化位点(dm-CpGs)和14418个DMRs。dm-CpGs大多数位于基因体,转录起始位点上游200、1500 bp和5’非翻译区(UTR)。37个差异表达的lncRNAs(DElncRNAs)位于DMRs中。其中14个DElncRNAs与DNA甲基化水平呈负相关。生存分析显示,3个DElncRNAs(TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3)低表达组的总生存率(OS)均高于高表达组[5年OS(TBX5-AS1):50.8%比45.3%,风险比(HR)=1.39,P60岁患者中表达高于≤60岁患者[0.720(0.411,1.034)比0.596(0.298,0.907),W=22152,P<0.05],在女性患者中表达高于男性[0.746(0.453,1.078)比0.637(0.370,1.002),W=19635,P<0.05],在Ⅳ期患者中表达高于Ⅰ+Ⅱ+Ⅲ期患者[0.964(0.909,1.216)比0.672(0.393,1.014),W=740,P<0.05]。通路富集分析显示MAGI2-AS3的靶基因主要富集PI3K-Akt、MAPK和Rap1等信号通路。qPCR结果显示,临床LUSC样本中TBX5-AS1、SFTA3、MAGI2-AS3在肿瘤中表达均低于正常组织[TBX5-AS1:0.006(0.001,0.013)比0.019(0.012,0.044),W=154,P<0.01;SFTA3:0.003(0.001,0.004)比0.022(0.015,0.030),W=187,P<0.01;MAGI2-AS3:0.030(0.009,0.052)比0.148(0.094,0.217),W=162,P<0.01]。结论lncRNA(SFTA3、MAGI2-AS3和TBX5-AS1)的表达与LUSC预后密切相关,在LUSC中表达下调且受DNA甲基化调控。

关键词：肺鳞状细胞癌 DNA甲基化长链非编码RNA 预后

肺鳞状细胞癌癌症发展模式识别分类模型及特征基因识别

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生物化学与生物物理进展 2016年第1期43卷 63-74页

作者：张飞王世祥王玲宋凯天津大学化工学院天津300072 大连医科大学附属第一医院肿瘤科大连116011 University of Texas Southwestern Medical Center DallasTexas75235USA

本文利用先进的生物信息学方法，首次从全基因组水平综合基因表达、甲基化水平和拷贝数变异三类数据，寻找与肺鳞状细胞癌（LUSC）发生和发展密切相关的特征基因，为进一步解释其内在机理、开发新的靶向药物和治疗手段提供更加深入的理... 详细信息

本文利用先进的生物信息学方法，首次从全基因组水平综合基因表达、甲基化水平和拷贝数变异三类数据，寻找与肺鳞状细胞癌（LUSC）发生和发展密切相关的特征基因，为进一步解释其内在机理、开发新的靶向药物和治疗手段提供更加深入的理论依据．为克服全基因组数据超高维高噪声小样本特性对机器学习算法性能的影响，防止信息饱和现象的干扰，本文创新性地组合应用4种特征基因筛选方法，分别从特异性、相关性、生物学功能和对肿瘤分类模型的贡献等多个方面，通过迭代降维技术递归筛选真正的特征基因．研究中，我们以TCGA（The Cancer Genome Atlas projecO数据库中的LUSCI～Ⅲ期病人样本为例，对其基因表达数据（GE）、基因甲基化数据（ME）以及拷贝数变异数据（CNV）进行分析．结果筛选出67个GE特征基因，对3类样本分类的平均准确率达到86．29％，70个ME特征基因，相应的分类准确率为90．92％，31个CNV特征基因，相应的分类准确率为69．16％．KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes）和IPA（Ingenuity Pathway Analysis）对上述3类特征基因集在代谢通路水平和基因调控网络水平上的分析，证明了其在调控水平上的密切关系．同时也表明，识别的特征基因与LUSC肿瘤进展之间有着重要的直接关系，这对了解肿瘤机理以及新靶向治疗的发展非常重要．

关键词：肺鳞状细胞癌基因表达基因甲基化拷贝数变异肿瘤进展模式识别