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中国动物检疫 2022年第6期39卷 125-131页

作者：林本夫任欣悦袁晓琪梁梦诗丘穗萍潘婧淇原丽红广州市花都区动物卫生监督所广东广州510800 广东药科大学生命科学与生物制药学院广东广州510006

为探讨细菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和耐药基因分析,将... 详细信息

为探讨细菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和耐药基因分析,将全基因组测序结果与传统血清分型和耐药性分析结果进行对比。结果显示:基于全基因组测序数据的血清分型结果与传统血清分型结果符合率为100%,两种方法对9株沙门氏菌血清分型结果完全一致;两种方法分析出的β-内酰胺类、氯霉素类、喹诺酮类和氨基糖苷类药物的耐药基因与耐药表型符合率为100%,即耐药菌株中均含有4大类抗菌药物的耐药基因;用全基因组测序检测到利福平、磺胺类和四环素3大类抗菌药物的7个耐药基因,表明9株沙门氏菌可能对这3大类抗菌药物耐药。结果表明:全基因组测序结果与传统实验室诊断结果完全一致,且具有快速、低成本、操作简单等优势,并且随着测序技术的发展,其检测成本和周期将进一步缩减,因此基于细菌全基因组测序开发沙门氏菌快速分型和耐药性分析方法有一定的应用价值和可行性。

关键词：沙门氏菌基因分型耐药基因细菌全基因组测序

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土壤环境中四环素抗性基因向病原菌的转移研究

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生态环境学报 2023年第11期32卷 1978-1987页

作者：彭双宋丹王一明林先贵江苏开放大学环境生态学院江苏南京210017 中国科学院南京土壤研究所/土壤与农业可持续发展国家重点实验室江苏南京210008

抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)已被公认为环境中的新型污染物,水平基因转移是ARGs传播与扩散的主要途径,纯培养体系下ARGs的水平基因转移(Horizontal gene transfer,HGT)已经多有报道,HGT的分子机制也已被充分挖掘... 详细信息

抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)已被公认为环境中的新型污染物,水平基因转移是ARGs传播与扩散的主要途径,纯培养体系下ARGs的水平基因转移(Horizontal gene transfer,HGT)已经多有报道,HGT的分子机制也已被充分挖掘。然而,环境中的ARGs在自然条件下是否能够转移到人类致病菌中目前仍然未知。为了探究沙门氏菌是否能够在自然条件下从施肥土壤中获得ARGs并在土壤中长期存活,将含有大量四环素敏感型沙门氏菌的粪肥施入3种土壤,并对土壤进行淹水或不淹水处理,90 d后分离四环素抗性沙门氏菌。结果表明,沙门氏菌未通过HGT获得四环素抗性基因并在土壤中长期存活。从红壤中分离到3株具有四环素抗性的疑似沙门氏菌,经过生理生化和16S测序鉴定确定它们均为产H2S的大肠杆菌,经HT-q PCR检测,它们均携带多种ARGs。对其中携带ARGs种类最多的T2菌株进行全基因组测序与分析,结果表明T2携带了两个长度分别为40.48 kb的IncX1型和93.31kb的IncY型质粒,15个基因岛,与COG数据库比对得到了3807个注释基因,包含前噬菌体和转座子共197个;经ARDB注释获得34个ARGs,其中包括了2种四环素抗性基因均位于IncY型质粒上。将T2菌体与四环素敏感型*** O157:H7菌株共培养,在施加不同浓度梯度四环素的条件下,T2携带的四环素抗性基因没有向O157菌株转移。综上所述,在自然环境中沙门氏菌难以从施肥土壤中获得ARGs并在土壤中长期存活,从土壤环境中分离的抗性大肠杆菌T2所携带的四环素抗性基因也难以在纯培养体系下转移到*** O157:H7中。研究结果可为科学评估ARGs在土壤环境中的转移风险提供参考。

关键词：抗生素抗性基因沙门氏菌细菌全基因组测序基因转移

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海南黑山羊六种疫病的血清学调查及两种病原菌的分离鉴定

海南黑山羊六种疫病的血清学调查及两种病原菌的分离鉴定

引用

作者：曹瑞勇海南大学

学位级别：硕士

多种山羊流行病的发生一直困扰着海南黑山羊产业的发展。本研究首先对海南黑山羊6种疫病进行血清学调查,包括:副结核、羊口疮、布鲁氏菌病、魏氏梭菌病、传染性胸膜肺炎和巴氏杆菌病。研究方法主要应用ELISA检测。结果表明,在海南黑山... 详细信息

多种山羊流行病的发生一直困扰着海南黑山羊产业的发展。本研究首先对海南黑山羊6种疫病进行血清学调查,包括:副结核、羊口疮、布鲁氏菌病、魏氏梭菌病、传染性胸膜肺炎和巴氏杆菌病。研究方法主要应用ELISA检测。结果表明,在海南黑山羊中存在副结核、羊口疮、魏氏梭菌病、传染性胸膜肺炎和巴氏杆菌病,但未检测出布鲁氏菌病存在。本研究根据临床症状,利用分离培养、生化鉴定和分子生物学方法,成功分离并鉴定出D型多杀性巴氏杆菌和类鼻疽伯克霍尔德氏菌海南株。本研究对多杀性巴氏杆菌菌株进行药敏实验,发现其对甲氧苄啶一磺胺甲恶唑、左氧氟沙星、四环素、庆大霉素和阿莫西林敏感,对头孢他啶、红霉素中度敏感,对氟苯尼考耐药。最后,基于类鼻疽伯克霍尔德氏菌的致病性强及对大多数抗菌药物耐药特点,本研究提取了该菌的全基因组,利用Illumina Hiseq 4000平台结合Pacbio RSII平台的测序手段,成功获得羊源类鼻疽伯克霍尔德氏菌海南株的细菌全基因组,并对基因组进行功能注释、抗性基因分析及毒力基因分析,这为国内类鼻疽伯克霍尔德氏菌标准菌株的建立、早日研发有效的疫苗提供基因组信息支持。

关键词：海南黑山羊 ELISA 多杀性巴氏杆菌类鼻疽伯克霍尔德氏菌细菌全基因组测序

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