细菌全基因组测序技术用于沙门氏菌流行病学调查的可行性分析

作     者：林本夫 任欣悦 袁晓琪 梁梦诗 丘穗萍 潘婧淇 原丽红 Lin Benfu;Ren Xinyue;Yuan Xiaoqi;Liang Mengshi;Qiu Suiping;Pan Jingqi;Yuan Lihong

作者机构：广州市花都区动物卫生监督所广东广州510800 广东药科大学生命科学与生物制药学院广东广州510006 

出 版 物：《中国动物检疫》 (China Animal Health Inspection)

年 卷 期：2022年第39卷第6期

页      面：125-131页

学科分类：090601[农学-基础兽医学] 09[农学] 0906[农学-兽医学] 

基　　金：国家自然科学基金面上项目(31872499) 国家重点研发计划项目(2018YFD0500500) 

主　　题：沙门氏菌 基因分型 耐药基因 细菌全基因组测序 

摘      要：为探讨细菌全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)技术在基层沙门氏菌防控中的优势与可行性,对前期分离的9株沙门氏菌进行细菌全基因组测序,并进行血清型预测、多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和耐药基因分析,将全基因组测序结果与传统血清分型和耐药性分析结果进行对比。结果显示:基于全基因组测序数据的血清分型结果与传统血清分型结果符合率为100%,两种方法对9株沙门氏菌血清分型结果完全一致;两种方法分析出的β-内酰胺类、氯霉素类、喹诺酮类和氨基糖苷类药物的耐药基因与耐药表型符合率为100%,即耐药菌株中均含有4大类抗菌药物的耐药基因;用全基因组测序检测到利福平、磺胺类和四环素3大类抗菌药物的7个耐药基因,表明9株沙门氏菌可能对这3大类抗菌药物耐药。结果表明:全基因组测序结果与传统实验室诊断结果完全一致,且具有快速、低成本、操作简单等优势,并且随着测序技术的发展,其检测成本和周期将进一步缩减,因此基于细菌全基因组测序开发沙门氏菌快速分型和耐药性分析方法有一定的应用价值和可行性。