检索结果-南通市图书馆

同方期刊数据库

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

2010年深圳地区诺如病毒的基因分型

病毒学报 2012年第3期28卷 219-223页

作者：吴微张宏斌张海龙杨洪陈惠玲舒柏华何雅青华中科技大学同济医学院公共卫生学院武汉430030 深圳市太太基因工程有限公司深圳518000 深圳市疾病预防控制中心深圳518020

了解2010年深圳地区诺如病毒的基因型别及分子流行病学特点。方法用诺如病毒特异性引物(GI-SKF/GI-SKR、COG2F/G2-SKR),通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA4.0生物软... 详细信息

了解2010年深圳地区诺如病毒的基因型别及分子流行病学特点。方法用诺如病毒特异性引物(GI-SKF/GI-SKR、COG2F/G2-SKR),通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析。85份阳性标本中有79株诺如GⅡ型和6株诺如GⅠ型,其中55株为GⅡ/4(2006b)型,16株为GⅡ/4(2008variant)型,2株为GⅡ/1型,4株为GⅡ/5型,2株为GⅡ/11型,1株为GI/4型,2株为GI/5型,3株为GI/6型。2010年深圳地区诺如病毒的主要型别是GI和GⅡ,并且以GⅡ/4型为主,流行优势株为GⅡ/4(2006b)。

关键词：诺如病毒流行病学序列分析系统进化树

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

不同地域阴道毛滴虫品系的同工酶电泳分析

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2003年第2期21卷 102-105页

作者：袁丽杰高兴政华北煤炭医学院生物科学系河北063000 北京大学基础医学院寄生虫学教研室北京100083

目的研究中国大陆不同地域(北京、河北唐山、河北承德、江西九江)阴道毛滴虫7个分离株的生物学类型。方法用聚丙烯酸胺凝胶电泳(PAGE)、同工酶染色、聚类分析方法进行分析。结果检测MDH、LDH、G-6-PD、PGI、PGM等5种酶的同工酶。在G-... 详细信息

目的研究中国大陆不同地域(北京、河北唐山、河北承德、江西九江)阴道毛滴虫7个分离株的生物学类型。方法用聚丙烯酸胺凝胶电泳(PAGE)、同工酶染色、聚类分析方法进行分析。结果检测MDH、LDH、G-6-PD、PGI、PGM等5种酶的同工酶。在G-6-PD、PGI酶谱中,7株完全相同。在MDH、LDH酶谱中,北京1株、北京2株、九江3株完全相同,而与承德株、唐山株、九江1株、九江2株不同。在PGM酶谱中,北京1株、北京2株完全相同,而与承德株、唐山株、九江1株、九江2株、九江3株不同。并依酶谱绘制系统进化树。承德株、唐山株、九江1株、九江2株与北京1株、北京2株、九江3株大多数同工酶谱存在显著差异,九江3株与北京1株、北京2株在5个同工酶谱中存在微小差异。结论我国阴道毛滴虫虫株可能至少存在3种不同的生物学类型。

关键词：阴道毛滴虫生物学类型同工酶电泳分析系统进化树矩阵图

深圳市3例人感染猪链球菌病原学和基因组学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国热带医学 2024年第3期24卷 309-314页

作者：陈清凉赵凌国王银秋余光清黄光润马志锋陈震茌静杨亮雷蕾深圳市宝安区疾病预防控中心广东深圳518101 广东医科大学广东东莞523830 南方科技大学广东深圳518055

目的对深圳市3例人感染猪链球菌(Streptococcus suis,Ss)分离株进行病原学及基因组学分析,为预防与控制Ss感染疫情提供依据。方法对3家医院共3名重症患者的3份血平板培养可疑菌株进行生化鉴定、基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱和实... 详细信息

目的对深圳市3例人感染猪链球菌(Streptococcus suis,Ss)分离株进行病原学及基因组学分析,为预防与控制Ss感染疫情提供依据。方法对3家医院共3名重症患者的3份血平板培养可疑菌株进行生化鉴定、基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱和实时荧光PCR鉴定,获得3株猪链球菌血清2型(Streptococcus suis serotype 2,SS2)阳性菌株。取阳性纯培养物进行药敏试验、提取核酸用于全基因组测序及分析。全基因组序列分析包括物种鉴定、耐药基因比对、多位点序列分型、毒力基因比对和基于coregene的系统进化树分析。结果3例患者的血平板分离株均鉴定为Ss,VITEK 2生化结果鉴定为SS2,基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱鉴定结果为Ss。Ss通用基因gdh及血清型2型cps2基因实时荧光PCR结果均为阳性。药敏试验结果显示,3株菌均对红霉素、克林霉素耐药,对四环素药敏试验表现出差异。全基因组测序结果发现3株菌物种鉴定均为Ss,包括1株ST7型和2株ST1型。基于VFDB数据库毒力基因预测结果显示,3株菌均为mrp、sly和cps阳性,显示出高毒力株基因特征。基于coregene的系统进化树分析显示,3株菌处于不同进化分支,且ST1型的2株菌进化距离较近。结论从3名重症患者中均检出SS2,3株菌均对红霉素和克林霉素耐药。在基因组学上均携带有高毒力株所具有的毒力基因,同时在多位点序列分型和系统进化树上表现出差异,表明在深圳地区存在不同基因型的高致病性SS2输入且已引起散发病例,需要引起高度关注。

关键词：猪链球菌耐药分析基因组学分析系统进化树

副粘病毒Tianjin株F基因克隆及序列分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华微生物学和免疫学杂志 2007年第8期27卷 751-757页

作者：石立莹李晓眠李梅何健民袁立军天津医科大学基础医学院微生物学教研室 300070

目的探索副粘病毒Tianjin株的来源和种系进化地位。方法以副粘病毒Tianjin株基因组RNA为模板,通过RT-PCR方法获得包括F基因全长的两个质粒克隆,分别进行序列测定。将拼接得到的F基因核苷酸序列及推导出的氨基酸序列与GenBank中公布的15... 详细信息

目的探索副粘病毒Tianjin株的来源和种系进化地位。方法以副粘病毒Tianjin株基因组RNA为模板,通过RT-PCR方法获得包括F基因全长的两个质粒克隆,分别进行序列测定。将拼接得到的F基因核苷酸序列及推导出的氨基酸序列与GenBank中公布的15株仙台病毒相应序列进行同源性比较,并构建系统进化树。结果副粘病毒Tianjin株与15株仙台病毒F基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别在85.3%～94.5%和90.4%～95.4%之间。进化树分析表明,Tianjin株与仙台病毒BB1株亲缘关系较近,但仍有一定差距,与其他仙台病毒株关系较远。结论副粘病毒Tianjin株很可能不属于仙台病毒现有的Ohita株、Z株及BB1株所代表的3个进化分支,而是独立于这3个分支之外。

关键词：副粘病毒仙台病毒 F基因系统进化树

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国国内首次发现Nam Dinh病毒

病毒学报 2013年第1期29卷 1-6页

作者：刘渠林琳周健明陈应坚张起文王德全李静媚金玉娟广东省深圳市龙岗区疾病预防控制中心深圳518172 广东药学院广州510310

2009～2011年,课题组在深圳市龙岗区的致倦库蚊标本中检测到我国首株Nam Dinh病毒(Nam DinhVirus,NDiV)。本研究通过细胞培养、SYBR Green I实时定量荧光RT-PCR和RT-PCR方法对深圳NDiV的细胞易感性和分子进化特征进行分析。结果发现4批... 详细信息

2009～2011年,课题组在深圳市龙岗区的致倦库蚊标本中检测到我国首株Nam Dinh病毒(Nam DinhVirus,NDiV)。本研究通过细胞培养、SYBR Green I实时定量荧光RT-PCR和RT-PCR方法对深圳NDiV的细胞易感性和分子进化特征进行分析。结果发现4批致倦库蚊标本可以引起C6/36细胞病变。4株深圳分离株的SYBR Green I实时定量荧光RT-PCR检测结果均出现"S"型扩增曲线与特异性的熔解曲线。对分离株的RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)基因与部分ZmHel1(Zn module+Superfamily 1 Helicase)基因进行扩增均可以在2%琼脂糖电泳显示到目的条带。4株深圳分离毒株的RdRp基因核苷酸和氨基酸序列与越南代表株NDiV(02VN178)的同源性均达99%以上。系统进化树分析表明,4株深圳NDiV株与越南NDiV代表株的亲缘性最近,属于同一个进化分支上。据文献检索表明,本文发现的NDiV为国内首次报道。

关键词： Nam Dinh病毒 RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp) 系统进化树

DNA条形码在鰤属鱼类物种鉴定和系统进化分析中的适用性

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国水产科学 2022年第2期29卷 171-183页

作者：王开杰徐永江柳学周崔爱君姜燕王滨方璐中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心

为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,... 详细信息

为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。

关键词：鰤属鱼类 DNA条形码遗传距离系统进化树

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

毛竹细胞色素P450的基因组学分析

植物生理学报 2014年第9期50卷 1387-1400页

作者：林翩翩白有煌周明兵浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地浙江临安311300 浙江大学生命科学学院生物信息学系杭州310000

细胞色素P450单加氧酶(P450s)是一类在450 nm处有特征吸收峰的血红素硫蛋白基因超家族,在许多物质代谢中至关重要,还与解毒代谢密切相关。在毛竹基因组中鉴定出41个P450家族,共197个成员,涉及10个基因簇(clan)。通过基因结构与进化树的... 详细信息

细胞色素P450单加氧酶(P450s)是一类在450 nm处有特征吸收峰的血红素硫蛋白基因超家族,在许多物质代谢中至关重要,还与解毒代谢密切相关。在毛竹基因组中鉴定出41个P450家族,共197个成员,涉及10个基因簇(clan)。通过基因结构与进化树的比较,进一步了解结构与进化之间的联系。通过与水稻和拟南芥一起构建的进化树,分析了毛竹P450基因家族的差异性。二级结构分析表明,毛竹P450蛋白序列同样具备有P450蛋白特征性结构域。在毛竹中,共有104个P450基因能够在不同生长发育时期有不同程度的表达。

关键词：毛竹细胞色素P450 基因结构系统进化树进化

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

藏鸡线粒体全基因组序列的测定和分析

遗传 2006年第7期28卷 769-777页

作者：童晓梅梁羽王威徐树青郑晓光汪建于军中国科学院昆明动物研究所昆明650223 青藏高原人与环境联合研究中心拉萨850000 中国科学院北京基因组研究所北京101300

通过PCR扩增,测序,拼接,获得藏鸡(Tibetan Chicken)线粒体全基因组序列并进行数据分析处理。藏鸡线粒体全基因组序列全长16 783 bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-loop区。模拟电子酶切结果显示,藏鸡DraⅠ... 详细信息

通过PCR扩增,测序,拼接,获得藏鸡(Tibetan Chicken)线粒体全基因组序列并进行数据分析处理。藏鸡线粒体全基因组序列全长16 783 bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-loop区。模拟电子酶切结果显示,藏鸡DraⅠ酶的酶切结果和先前报道的原鸡,茶花鸡,尼西鸡和大理漾濞黄鸡的酶切结果都不相同,为藏鸡特有。基于D-loop区全序列和13个蛋白质编码基因序列,采用N-J算法与原鸡属4个种,3个亚种和3个家鸡品系构建系统进化树:初步确定藏鸡起源于红原鸡,与家鸡中的来航鸡、白洛克鸡亲缘关系最近,但是藏鸡的进化与来航鸡、白洛克鸡这两个家鸡品系又显得相对独立。推测可能原因是藏鸡的祖先在进入高原以后处于相对封闭的环境,从而形成了独特群体遗传特性。

关键词：线粒体基因组藏鸡基因结构系统进化树

山西省绵羊捻转血矛线虫的感染现状及遗传变异分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2023年第6期41卷 733-738页

作者：马志雅谢世臣贺渊惠高文伟刘卿朱兴全郑文斌山西农业大学动物医学学院太谷030801 云南农业大学动物医学院云南省高校兽医公共卫生重点实验室昆明650201

目的了解山西省绵羊捻转血矛线虫的感染现状及遗传变异情况。方法采集山西省晋北的山阴县、晋中的祁县和晋南的稷山县绵羊粪样,并提取粪样基因组DNA。利用捻转血矛线虫种特异性引物,扩增样品的核糖体内转录间隔区-2(ITS-2)部分序列,经... 详细信息

目的了解山西省绵羊捻转血矛线虫的感染现状及遗传变异情况。方法采集山西省晋北的山阴县、晋中的祁县和晋南的稷山县绵羊粪样,并提取粪样基因组DNA。利用捻转血矛线虫种特异性引物,扩增样品的核糖体内转录间隔区-2(ITS-2)部分序列,经凝胶电泳观察和DNA测序分析鉴定其种属,评估不同地区绵羊捻转血矛线虫的感染现状。取PCR阳性样品,采用扩增捻转血矛线虫ITS全长序列的保守引物,PCR扩增ITS全长序列并测序,在DNAMAN 9.0中与GenBank中已公开的捻转血矛线虫ITS-2和ITS全长序列进行比对,查找碱基变异位点。使用DNAstar 7.1软件计算捻转血矛线虫ITS序列的碱基含量,并对GenBank中已报道的不同地区、不同宿主来源的18条捻转血矛线虫ITS全长序列及本研究获得的2条ITS全长序列进行序列相似性分析,用最大似然法构建基于ITS全长序列的系统进化树,分析捻转血矛线虫的遗传变异情况。结果共采集401份绵羊粪样,其中69份粪样扩增出ITS-2片段(占17.2%);序列分析结果显示,获得的ITS-2部分序列与捻转血矛线虫(GenBank登录号OQ674251)的序列相似性为100%,故鉴定为捻转血矛线虫。其中山阴县、稷山县和祁县的绵羊捻转血矛线虫阳性率分别为47.4%(64/135)、3.0%(5/169)和0(0/97)。69份ITS-2阳性的粪样中,4份样品成功扩增出ITS全长序列,其存在两种基因型,且这两种基因型之间仅在ITS-1序列中226 bp处存在1个碱基差异。基于捻转血矛线虫ITS全长序列的序列相似性分析发现,两种基因型之间的变异率仅为0.1%;18条不同地区和不同宿主来源的捻转血矛线虫的序列间变异率为0~2.6%。系统进化树分析结果显示,本研究中鉴定的序列(GenBank登录号OP518297和OP518298)与来自美国(GenBank登录号EU086378)、老挝(GenBank登录号AB908961)和中国其他地区(GenBank登录号HQ844231)的序列处于同一分支上;捻转血矛线虫的群体遗传结构无明显的地理和宿主相关性。结论山西省调查地区的绵羊捻转血矛线虫感染率较高,捻转血矛线虫的遗传变异率较低,与其他地区、不同宿主来源的捻转血矛线虫之间无明显差异。

关键词：捻转血矛线虫内转录间隔区 PCR 系统进化树绵羊山西