DNA条形码在鰤属鱼类物种鉴定和系统进化分析中的适用性

作     者：王开杰 徐永江 柳学周 崔爱君 姜燕 王滨 方璐 WANG Kaijie;XU Yongjiang;LIU Xuezhou;CUI Aijun;JIANG Yan;WANG Bin;FANG Lu

作者机构：中国水产科学研究院黄海水产研究所青岛海洋科学与技术试点国家实验室深蓝渔业工程联合实验室 浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心 

出 版 物：《中国水产科学》 (Journal of Fishery Sciences of China)

年 卷 期：2022年第29卷第2期

页      面：171-183页

核心收录：

学科分类：0908[农学-水产] 09[农学] 

基　　金：国家重点研发计划项目(2019YFD0900901,2018YFD0901204) 山东省支持青岛海洋科学与技术试点国家实验室重大科技专项(2018SDKJ0303-1) 中国水产科学研究院基本科研业务费项目(TD47,2021GH05) 中国水产科学研究院黄海水产研究所基本科研业务费项目(20603022021011) 国家海洋水产种质资源库项目 财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系项目(CARS-47) 

主　　题：鰤属鱼类 DNA条形码 遗传距离 系统进化树 

摘      要：为了探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ (CO Ⅰ、CO Ⅱ)和16S rRNA基因在鰤属鱼类物种鉴定和群体划分中的适用性,在黄条鰤(Seriola lalandi)、髙体鰤(Seriola dumerili)、五条鰤(Seriola quinqueradiata)等鰤属鱼类中克隆了3种基因,并进行序列比对与系统进化分析。结果显示, CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA的基因序列均表现出明显的A+T偏倚性; 16S rRNA序列最为保守,变异率仅为5.06%; CO Ⅰ序列的平均核苷酸差异数(k)和核酸多样性指数(Pi)高于CO Ⅱ和16S rRNA, CO Ⅱ的单倍型多样性指数最高, CO Ⅰ序列分化程度更高。比较了鰤属鱼类3种基因的扩增序列,发现CO Ⅰ、CO Ⅱ和16S rRNA均能对我国分布的3种鰤属鱼类进行有效鉴别。另外, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为不同地理群体黄条鰤的鉴别DNA条形码,而16S rRNA对于不同地理群体的黄条鰤辨识能力不足。在鰤属鱼类中,基于CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因计算的种间遗传距离都大于种内遗传距离的10倍以上,系统进化分析显示每个物种都形成单系,表明CO Ⅰ、CO Ⅱ、16S rRNA基因不仅可作为鰤属鱼类物种鉴定和多样性保护的有效DNA条形码, CO Ⅰ、CO Ⅱ还可作为黄条鰤不同地理种群划分和国际资源判别的依据。