检索结果-南通市图书馆

应用FastTree2.1.8快速构建HIV-1 pol区基因的最大似然系统进化树

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中国艾滋病性病 2017年第8期23卷 695-699页

作者：张亚丽韩志刚吴昊夏云广东药科大学广州510315 广州市疾病预防控制中心广州510440

目的以艾滋病病毒1型(HIV-1)的pol区基因片段为例,研究FastTree2.1.8构建最大似然树的优势所在,为HIV-1基因序列的分子系统发生学研究提供参考。方法通过从Los Alamos HIV Database的亚型参考序列中选择全部非重组亚型(A^D、F^H、J和K)... 详细信息

目的以艾滋病病毒1型(HIV-1)的pol区基因片段为例,研究FastTree2.1.8构建最大似然树的优势所在,为HIV-1基因序列的分子系统发生学研究提供参考。方法通过从Los Alamos HIV Database的亚型参考序列中选择全部非重组亚型(A^D、F^H、J和K)、CRF01_AE、BC重组、01B重组、CRF65_cpx和作为外群的SIVcpz共100条HIV-1 pol区基因序列作为研究样本,分别应用FastTree2.1.8的最大似然法(ML)和MEGA6.06的ML以及邻接法(NJ)构建系统进化树,然后比较三个系统进化树的构建时间、准确性以及分支支持度之间的差别。结果 FastTree2.1.8的建树时间最快(10.8秒),明显优于MEGA 6.06的ML法(70 767秒)和NJ法(82秒);FastTree2.1.8 ML树的准确率为94.0%,MEGA 6.06 ML树和NJ树均为90.0%,三者差异无统计学意义(χ~2=1.401,P=0.540);三棵系统进化树上具有两个以上序列的亚型的最近共同祖先节点(MRCA)的分支支持度差异无统计学意义(χ~2=1.057,P=0.590)。结论 FastTree作为快速构建系统进化树的软件,在建树时间上明显优于常用的MEGA 6.06,使在个人电脑上构建基于大数据集的ML树成为可能,是HIV-1基因序列分子系统发生分析研究领域的一个有力工具。

关键词：艾滋病病毒1型 FastTree2.1.8 MEGA 6.06 最大似然法系统进化树

野生乌苏里貉18S rDNA全序列的克隆测序及系统进化树分析

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中国畜牧兽医 2012年第2期39卷 117-120页

作者：刘诚刚杜智恒白秀娟东北农业大学动物科学技术学院黑龙江哈尔滨150030

试验采用聚合酶链式反应方法,从野生乌苏里貉耳部肉中提取DNA,扩增出18SrDNA的全序列,并对其进行克隆测序,获得长度为1831bp的序列,并将序列提交到GenBank上,经BLAST分析结果表明,测序得到的乌苏里貉18SrDNA与其他物种同源性均在90%以上... 详细信息

试验采用聚合酶链式反应方法,从野生乌苏里貉耳部肉中提取DNA,扩增出18SrDNA的全序列,并对其进行克隆测序,获得长度为1831bp的序列,并将序列提交到GenBank上,经BLAST分析结果表明,测序得到的乌苏里貉18SrDNA与其他物种同源性均在90%以上,说明18SrDNA基因具有较高的保守性,可以作为分类学当中系统进化分析的重要参考依据。

关键词：野生乌苏里貉克隆测序 18SrDNA 系统进化树

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一株牛副流感病毒3型的分离鉴定及系统进化树分析

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中国生物制品学杂志 2019年第1期32卷 25-28页

作者：崔一龙杨达汉石芸尹有勤薛江东马德慧内蒙古民族大学动物科学技术学院内蒙古通辽028000 内蒙古自治区肉牛疾病防控工程技术研究中心内蒙古通辽028000

目的分离鉴定一株疑似为牛副流感病毒3型(bovine parainfluenza virus type 3,BPIV3)的毒株,并分析系统进化树。方法从内蒙古某牛场患有呼吸道疾病的病牛鼻液中分离一株疑似为BPIV3的毒株,将分离毒株在MDBK细胞上进行增殖,并通过血凝试... 详细信息

目的分离鉴定一株疑似为牛副流感病毒3型(bovine parainfluenza virus type 3,BPIV3)的毒株,并分析系统进化树。方法从内蒙古某牛场患有呼吸道疾病的病牛鼻液中分离一株疑似为BPIV3的毒株,将分离毒株在MDBK细胞上进行增殖,并通过血凝试验及RT-PCR鉴定,同时对其N基因序列进行测定及分析,建立亲缘关系进化树。结果该分离病毒可在MDBK细胞上增殖,且可产生特异性细胞病变,第6代细胞的毒力为10^(7.1) TCID_(50)/100μL,与GenBank中已发表的BPIV3毒株N基因片段的同源性为99. 9%,与序列号为D84095. 1的BPIV3等亲缘性最近。结论本研究获得的分离株为BPIV3,与日本分离株(D84095. 1)同源性较高。

关键词：牛副流感病毒3型病毒分离血凝试验 RT-PCR 系统进化树

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昆虫AQPs系统进化树构建及分析

西南农业学报 2013年第6期26卷 2642-2647页

作者：滕飞翔崔玉宝盐城卫生职业技术学院医学检验学院江苏盐城224005

应用CLUSTALX 2.1、Mega 5.05、DNAMAN 6.0等软件,构建昆虫纲AQPs的系统进化树,以明确不同昆虫AQPs在进化中的亲缘关系,并找出进化树中聚类在一起的AQPs特异性序列。结果表明,进化树中的55个AQPs聚类成4大簇,聚类情况与昆虫分类基本一致... 详细信息

应用CLUSTALX 2.1、Mega 5.05、DNAMAN 6.0等软件,构建昆虫纲AQPs的系统进化树,以明确不同昆虫AQPs在进化中的亲缘关系,并找出进化树中聚类在一起的AQPs特异性序列。结果表明,进化树中的55个AQPs聚类成4大簇,聚类情况与昆虫分类基本一致。4簇AQPs共有8段特异性序列,每1段特异性序列中都含有保守的NPA序列,但NPA两侧的氨基酸种类不同,可能影响AQPs的结构、功能及分类。此研究为昆虫AQPs序列进一步比对、AQPs结构和功能预测等问题提供了一定的基础依据。

关键词：昆虫 AQPs 系统进化树 NPA

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基于线粒体基因组构建生物系统进化树

基于线粒体基因组构建生物系统进化树

作者：李玲内蒙古工业大学

学位级别：硕士

基因是遗传信息的载体，描述了变化万千的生命形态。随着人类基因组计划的顺利完成和信息技术的飞速发展，越来越多的生物完全基因组序列可供人们来研究，这为我们从基因的角度来解读生物的奥秘提供了便利。但是要读懂这部仅由四个字母... 详细信息

基因是遗传信息的载体，描述了变化万千的生命形态。随着人类基因组计划的顺利完成和信息技术的飞速发展，越来越多的生物完全基因组序列可供人们来研究，这为我们从基因的角度来解读生物的奥秘提供了便利。但是要读懂这部仅由四个字母组成的生命“天书”，传统的实验观察手段就显得力不从心了，只能借助数学原理和计算机数据处理方法来高效、精确的进行生物序列分析。本文基于传统的序列特征参数——组分向量，提出了描述序列特征的新参数——组合多联体，分别用信息熵和离散增量作为距离函数对26种胎盘类哺乳动物和64种脊椎动物构建了系统进化树。全文共分四个部分：第一部分介绍了利用线粒体基因组构建生物进化树的研究现状和意义、信息熵的应用和发展历程及本文的主要工作。第二部分是本文的理论和方法。基于传统的序列特征参数——组分向量，本文提出了新的生物序列特征参数——组合多联体，并通过碱基关联分析，说明了组合多联体的意义;本文使用R软件，基于新对称相对熵和离散增量这两种距离函数,通过距离矩阵法构建生物系统进化树。第三部分，通过距离矩阵法对26种胎盘类哺乳动物和64种脊椎动物线粒体DNA数据进行分析，构建了生物的系统进化树。计算中，选用了三种特征参数来描述序列，分别是：6联体、组合6联体、6联体和组合6联体。在用新对称相对熵作为距离函数时，分别基于三种特征参数构造距离矩阵，并通过R软件对两组数据构建了生物系统进化树。结果显示，以组合6联体，特别是组合间距为57的组合6联体为序列特征参数时，得到的系统进化树要比以6联体为序列特征参数时分类更清晰、准确;在用离散增量作为距离函数时，分别通过三种特征参数构建了生物系统进化树，同样验证了组合多联体在进化树构建中的有效性。另外，通过两组结果的对比，发现用新对称相对熵作为距离函数，比相对熵和离散增量作为距离函数,构建的进化树更为合理、更接近物种的生物学分类。

关键词：组合多联体新对称相对熵离散增量线粒体DNA 系统进化树

浙江省SARS冠状病毒分离与系统进化树分析

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中国病毒学 2004年第1期19卷 14-17页

作者：李兰娟卢亦愚翁景清严菊英吴南屏沃健儿史雯龚黎明朱函坪葛琼李敏红陆群英程苏云张严峻姚苹苹梅玲玲王志刚冯燕茅海燕浙江大学医学院浙江杭州310009 浙江省疾病预防控制中心浙江杭州310009

从浙江省3例SARS患者中收集含漱液标本,经处理后接种Vero、RD、VeroE6和Hep-2细胞进行病毒分离,培养3d后在Vero和RD细胞中可观察到细胞病变。从细胞培养上清中提取病毒核酸,用SARS冠状病毒特异性引物进行RT-PCR,并经测序证实从3份临床... 详细信息

从浙江省3例SARS患者中收集含漱液标本,经处理后接种Vero、RD、VeroE6和Hep-2细胞进行病毒分离,培养3d后在Vero和RD细胞中可观察到细胞病变。从细胞培养上清中提取病毒核酸,用SARS冠状病毒特异性引物进行RT-PCR,并经测序证实从3份临床样本中分离到2株SARS冠状病毒株。对其中1株病毒的基因组进行了全序列测定并作系统进化树分析显示浙江省SARS冠状病毒株与新加坡2774株和台湾TW1株最为接近。

关键词： SARS冠状病毒分离系统进化树序列传染性非典型肺炎

应用肿瘤配对样本间Poly-G基因型差异构建结直肠癌系统进化树的研究

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应用肿瘤配对样本间Poly-G基因型差异构建结直肠癌系统进化树的研...

作者：高鑫天津医科大学

学位级别：硕士

目的:应用原发灶和区域淋巴结间聚鸟嘌呤(Poly-G)基因型差异构建结直肠癌系统进化树,分析结直肠癌配对样本间进化关系,明确淋巴结肿瘤内异质性的预后评估价值。方法:本课题收集2017年12月～2018年12月期间在天津医科大学总医院普通外科... 详细信息

目的:应用原发灶和区域淋巴结间聚鸟嘌呤(Poly-G)基因型差异构建结直肠癌系统进化树,分析结直肠癌配对样本间进化关系,明确淋巴结肿瘤内异质性的预后评估价值。方法:本课题收集2017年12月～2018年12月期间在天津医科大学总医院普通外科接受三期原发性结直肠癌切除并伴有区域淋巴结转移患者的HE切片,由病理科医师显微镜下评估肿瘤含量,并依据空间分布和病理形态将肿瘤进行多区域划分,要求每个病例包含空间异质或病理形态异质的原发肿瘤至少5处、区域淋巴结转移至少2枚,最终选取肿瘤组织样本量充足者纳入实验研究。收集患者临床信息并将HE切片(原发肿瘤、切缘、淋巴结转移)对应的石蜡标本连续切数张10μm的切片,经Histogene染色后于显微镜下完成多区域搔刮。将搔刮所得组织充分消化后按照酚氯仿-乙醇沉淀方案进行DNA抽提,质检后进行Poly-G片段多重PCR扩增及毛细管电泳,统计每个样本的Poly-G基因型,利用R绘制热图并计算各肿瘤样品间与正常组织的Poly-G遗传距离,构建系统进化树并进行解读。将Poly-G突变频率和淋巴结内肿瘤异质性评分(RDS)分别与临床参数、预后进行统计学分析。结果:本课题成功应用配对样本间Poly-G基因型差异构建20例结直肠癌患者的系统进化树,展现出原发灶和淋巴结转移中的异质性分布及进化关系。初步统计分析结果显示,Poly-G突变频率与肿瘤级别、N分期正相关(P系统进化树,从而追溯结直肠肿瘤的进化过程。(2)三期结直肠癌患者的淋巴结转移RDS值大于0.25时,患者复发风险越高,这提示淋巴结内肿瘤内异质性可作为新的临床预后指标。

关键词：结直肠癌肿瘤内异质性多区域取样 Poly-G 系统进化树

系统进化树构建在临床病原微生物分析中应用的研究进展

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现代医学 2024年第3期52卷 510-514页

作者：王晶刘峰南京医科大学附属儿童医院呼吸科江苏南京210008

各类病原体在全世界范围内影响人类健康。对病原体准确识别并获取其进化、传播等信息,有助于尽早采取适宜的防治措施。DNA测序技术的发展突破了传统病原体检测方法的局限性,可获取更多的病原体信息,有助于深入了解病原体的性质。基因序... 详细信息

各类病原体在全世界范围内影响人类健康。对病原体准确识别并获取其进化、传播等信息,有助于尽早采取适宜的防治措施。DNA测序技术的发展突破了传统病原体检测方法的局限性,可获取更多的病原体信息,有助于深入了解病原体的性质。基因序列构建的系统进化树凭借高效而准确的进化关系呈现,已成为病原学研究的重要方法。本文介绍了基于距离矩阵、序列、多位点序列分型和单核苷酸多态性算法的进化树分析和构建方法,以及在细菌、病毒、真菌和非典型病原体研究中的应用。系统进化树作为一种直观反映微生物相互关系的工具,可在物种鉴定和分型、耐药性分析、流行病学研究、微生物起源和进化、疫苗研制、病原学体监测和预警等方面为临床病原学研究提供新思路,促进对病原微生物更深层次的认知。

关键词：系统进化树临床病原微生物进化分析综述

系统进化树分析慢性丙型肝炎患者HCV基因分型

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医学研究杂志 2012年第4期41卷 76-78页

作者：王美霞徐斌段瑾金铭首都医科大学附属北京佑安医院 100069

目的了解浙江省慢性丙型肝炎患者HCV基因型分布情况。方法参考Ohno的分型方法,采用巢式RT-PCR法扩增抗HCV抗体阳性患者的血清样品HCV核心(core)基因部分区段(-12nt～+343nt),克隆并测序[1];以Clustalw软件对所克隆片段进行系统进化树分... 详细信息

目的了解浙江省慢性丙型肝炎患者HCV基因型分布情况。方法参考Ohno的分型方法,采用巢式RT-PCR法扩增抗HCV抗体阳性患者的血清样品HCV核心(core)基因部分区段(-12nt～+343nt),克隆并测序[1];以Clustalw软件对所克隆片段进行系统进化树分析并分型。结果在60份HCV抗体阳性血清中,HCV检出率为55%(33例);系统进化树分析提示共有1b、2a、3a、3b、6a 5个不同的基因型,以1b、3b和2a基因型为主,其中1b阳性率为52%(17例)。结论浙江省慢性HCV感染者中HCV基因型呈现出以1b、3b和2a为主、多基因型存在的特点。

关键词：肝炎病毒丙型基因型系统进化树