应用FastTree2.1.8快速构建HIV-1 pol区基因的最大似然系统进化树

作     者：张亚丽 韩志刚 吴昊 夏云 Zhang Yali;Han Zhigang;Wu Hao;Xia Yun

作者机构：广东药科大学广州510315 广州市疾病预防控制中心广州510440 

出 版 物：《中国艾滋病性病》 (Chinese Journal of Aids & STD)

年 卷 期：2017年第23卷第8期

页      面：695-699页

学科分类：1007[医学-药学(可授医学、理学学位)] 100705[医学-微生物与生化药学] 1004[医学-公共卫生与预防医学(可授医学、理学学位)] 1001[医学-基础医学(可授医学、理学学位)] 100103[医学-病原生物学] 100401[医学-流行病与卫生统计学] 10[医学] 

主　　题：艾滋病病毒1型 FastTree2.1.8 MEGA 6.06 最大似然法 系统进化树 

摘      要：目的以艾滋病病毒1型(HIV-1)的pol区基因片段为例,研究FastTree2.1.8构建最大似然树的优势所在,为HIV-1基因序列的分子系统发生学研究提供参考。方法通过从Los Alamos HIV Database的亚型参考序列中选择全部非重组亚型(A^D、F^H、J和K)、CRF01_AE、BC重组、01B重组、CRF65_cpx和作为外群的SIVcpz共100条HIV-1 pol区基因序列作为研究样本,分别应用FastTree2.1.8的最大似然法(ML)和MEGA6.06的ML以及邻接法(NJ)构建系统进化树,然后比较三个系统进化树的构建时间、准确性以及分支支持度之间的差别。结果 FastTree2.1.8的建树时间最快(10.8秒),明显优于MEGA 6.06的ML法(70 767秒)和NJ法(82秒);FastTree2.1.8 ML树的准确率为94.0%,MEGA 6.06 ML树和NJ树均为90.0%,三者差异无统计学意义(χ~2=1.401,P=0.540);三棵系统进化树上具有两个以上序列的亚型的最近共同祖先节点(MRCA)的分支支持度差异无统计学意义(χ~2=1.057,P=0.590)。结论 FastTree作为快速构建系统进化树的软件,在建树时间上明显优于常用的MEGA 6.06,使在个人电脑上构建基于大数据集的ML树成为可能,是HIV-1基因序列分子系统发生分析研究领域的一个有力工具。