检索结果-南通市图书馆

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

梨属植物收录序列中简单重复序列的分析

西南农业学报 2004年第1期17卷 65-70页

作者：易芍文胡忠荣陈伟高正清李坤明云南省农业科学院园艺作物研究所云南昆明650205

植物基因组计划使模式植物和许多重要农作物的基因组序列、表达序列数据迅速增加。利用基因库中果树表达序列标签(EST)既可用于结构、功能的分析,又可用于简单重复序列(SSR)标记的开发。本文根据目前基因库中梨的DNA收录序列,共挖掘出30... 详细信息

植物基因组计划使模式植物和许多重要农作物的基因组序列、表达序列数据迅速增加。利用基因库中果树表达序列标签(EST)既可用于结构、功能的分析,又可用于简单重复序列(SSR)标记的开发。本文根据目前基因库中梨的DNA收录序列,共挖掘出300个简单重复序列。其中231个是从以EST为主的收录序列中挖掘的。这些分析为梨属资源的遗传变异、品种鉴别、基因标记及进化研究提供了重要的信息依据。

关键词：梨简单重复序列基因库收录序列

基于简单重复序列标记的药用梅品种的身份证构建

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

安徽中医药大学学报 2020年第6期39卷 62-67页

作者：王瑞欧金梅李昕李肖莉张伟方成武安徽中医药大学安徽合肥230012 中药饮片制造新技术安徽省重点实验室安徽合肥230012 中药研究与开发安徽省重点实验室安徽合肥230012

目的筛选一套适合中国药用梅品种鉴定标准的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),用于构建药用梅品种DNA指纹身份证。方法以30份药用梅农家种为材料,从180对SSR引物中,最终选取16对多态性较高、条带清晰且重复性好的SSR引物对30... 详细信息

目的筛选一套适合中国药用梅品种鉴定标准的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR),用于构建药用梅品种DNA指纹身份证。方法以30份药用梅农家种为材料,从180对SSR引物中,最终选取16对多态性较高、条带清晰且重复性好的SSR引物对30份药用梅农家种进行扩增。结果30份药用梅共扩增出114个等位基因,平均等位基因数和多态信息含量分别为7.12和0.69,且在16个位点上识别两个具有相同基因型的随机个体的概率估计为5.24×10-17。最终筛选出4对扩增稳定、多态性强的核心引物,可将30个药用梅农家种进行有效区分,建立药用梅种质资源DNA指纹身份证。结论SSR标记技术可以作为药用梅分子身份证构建的有效技术手段。

关键词：药用梅指纹身份证简单重复序列

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

柑橘衰退病毒基因组的简单重复序列分布分析

生物信息学 2013年第3期11卷 237-242页

作者：赵哲谭钟扬李世访王红清中国农业大学农学与生物技术学院果树系北京100193 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193 湖南大学湖南长沙410082

柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)属于长线性病毒科(Closteroviridae),是目前已知植物病毒中基因组最大的病毒,其引起的柑橘衰退病对全世界的柑橘产业造成着严重影响。本文以在GenBank登录的32条全长CTV基因组序列为材料,分析... 详细信息

柑橘衰退病毒(Citrus tristeza virus,CTV)属于长线性病毒科(Closteroviridae),是目前已知植物病毒中基因组最大的病毒,其引起的柑橘衰退病对全世界的柑橘产业造成着严重影响。本文以在GenBank登录的32条全长CTV基因组序列为材料,分析简单重复序列(Simple Sequence Repeats,SSRs)在其基因组序列中的分布情况。研究结果显示,在所有的CTV基因组中均有SSRs的分布,SSRs重复次数较少,二型SSRs占主导地位,未在CTV基因组序列中发现五型和六型SSRs。在32条基因组全长序列中仅在5条序列中发现四型SSRs。这是首次以柑橘病毒为材料进行的SSRs分析研究。

关键词：柑橘衰退病毒简单重复序列植物病毒

甲型流感病毒HA基因的简单重复序列分布分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物信息学 2011年第1期9卷 54-59页

作者：彭军谭钟扬蔡立军易丽萍赵相艳湖南大学湖南长沙410082

以GenBank公开的甲型流感病毒亚型的血凝素(hemagglutinin,HA)核苷酸序列为材料,从简单重复序列(simple se-quence repeat,SSR)分布的分析角度出发,分析了来自于亚洲、非洲、北美洲、南美洲、欧洲、大洋洲的49个地区的76株甲流病毒的HA... 详细信息

以GenBank公开的甲型流感病毒亚型的血凝素(hemagglutinin,HA)核苷酸序列为材料,从简单重复序列(simple se-quence repeat,SSR)分布的分析角度出发,分析了来自于亚洲、非洲、北美洲、南美洲、欧洲、大洋洲的49个地区的76株甲流病毒的HA片段。分析表明:所分析序列的SSRs的分布都很相似,其中单碱基重复的相对丰度值和相对密度值均高于其它五种碱基重复的相对丰度值和相对密度值;甲流病毒HA片段的SSRs与HIV-1[16]基因中的SSRs相比,前者的相对丰度值和相对密度值高于后者。这些结果表明甲流病毒基因中的SSRs可能与甲流病毒的快速变异相关。

关键词：甲型流感简单重复序列血凝素

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

天麻简单重复序列与天麻素相关性初探

世界科学技术-中医药现代化 2009年第6期11卷 880-884页

作者：王晓丽宋聚先李宝忠何国栋郑伟耀贵阳医学院药用植物与生药学教研室贵阳550004 贵州家诚药业遵义563000

目的:探讨天麻遗传变异与其品质的关系、为天麻优良种质的选育提供科学途径。方法:采用简单重复序列标记技术和高效液相检测不同种质的天麻,进行相关性分析。结果:本研究特异引物产生的特异带型与天麻素含量具有一定的关系,扩增最大片段... 详细信息

目的:探讨天麻遗传变异与其品质的关系、为天麻优良种质的选育提供科学途径。方法:采用简单重复序列标记技术和高效液相检测不同种质的天麻,进行相关性分析。结果:本研究特异引物产生的特异带型与天麻素含量具有一定的关系,扩增最大片段为520bp最小片段为320bp,出现单上带及双带的样品天麻素含量≥0.20%,出现单下带的样品天麻素含量约为0.20%或<0.20%。结论:本研究初步显示出现高分子量条带类型的样品天麻素含量较高,天麻SSR特异带型与天麻素含量的相关性具有进一步探讨的价值。

关键词：天麻苷含量简单重复序列

人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物信息学 2013年第1期11卷 39-43页

作者：田优谭钟扬赵相艳牛一乐冯海平欧阳清检湖南大学湖南长沙410082

本文以人腺病毒B亚种31条基因组序列及D亚种39条基因组序列为研究材料,利用ImperfectMicrosatelliteExtractor和DNAMAN软件对这些基因组序列中简单重复序列(SSR)的分布情况进行了系统性分析和比较。分析结果显示:人腺病毒B、D亚种基因... 详细信息

本文以人腺病毒B亚种31条基因组序列及D亚种39条基因组序列为研究材料,利用ImperfectMicrosatelliteExtractor和DNAMAN软件对这些基因组序列中简单重复序列(SSR)的分布情况进行了系统性分析和比较。分析结果显示:人腺病毒B、D亚种基因组中简单重复序列的平均相对密度是十分接近的,但在不同类型SSR中分布情况又有所不同。D亚种中二型SSR明显高于B亚种,在两亚种一型SSR中(A)n、(T)n都是比较多的,而在两亚种二型SSR中的(CG/GC)n表现出了较高的偏好性。在同亚种多序列比对分析中,D亚种表现出了更高的稳定性。B、D亚种中SSR的这种特异性分布可能与它们的进化机制和致病性有关。

关键词：人腺病毒亚种简单重复序列

基于表达序列标签的简单重复序列标记开发策略

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物技术通讯 2011年第1期22卷 118-121页

作者：闫学兵阙友雄许莉萍李国印福建农林大学农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室福建福州350002

作为一种新型分子标记,表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)来自表达基因,因此除具备来源于传统基因组的SSR标记的所有优势外,还与基因功能表达具有直接或间接的关系,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。我们简要介绍了EST-SSR标记... 详细信息

作为一种新型分子标记,表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)来自表达基因,因此除具备来源于传统基因组的SSR标记的所有优势外,还与基因功能表达具有直接或间接的关系,从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。我们简要介绍了EST-SSR标记的开发策略、方法及其应用进展,总结了其中存在的一些问题,目的是为今后该领域的研究提供一定的参考。

关键词：表达序列标签简单重复序列标记开发策略

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

药用模式真菌赤芝全基因组简单重复序列分析

药用模式真菌赤芝全基因组简单重复序列分析

中药与天然药高峰论坛暨第十二届全国中药和天然药物学术研讨会

作者：钱俊徐海滨宋经元徐江朱英杰陈士林中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所

简单重复序列(SSRs)或微卫星序列是遗传标记最丰富的来源之一,其在基因功能和基因组组织方面具有重要作用。赤芝是一种全世界广泛使用的药用模式真菌,属于多孔菌目,伞菌纲,担子菌门。本文分析赤芝基因组中SSR的数目及其分布情况,并与Cop... 详细信息

简单重复序列(SSRs)或微卫星序列是遗传标记最丰富的来源之一,其在基因功能和基因组组织方面具有重要作用。赤芝是一种全世界广泛使用的药用模式真菌,属于多孔菌目,伞菌纲,担子菌门。本文分析赤芝基因组中SSR的数目及其分布情况,并与Coprinopsis cinerea,Laccaria bicolor,Phanerochaete chrysosporium,Postia placenta,Schizophyllum commune和Serpula lacrymans共六个伞菌纲的真菌基因组比较。基于我们的搜索规则,在上述七个真菌中,获得的SSR总数范围为1206～6104,SSR长度占基因组的0.04%～0.15%。在所有分析的真菌中,SSR总数和相对丰度与基因组大小不成比例,单碱基至三碱基重复占绝大多数。在赤芝中,共发现2674个SSR位点,相对丰度为62 SSRs/Mb,单碱基重复是其最丰富的类型。SSRs分布于所有基因组区域,非编码区比编码区更丰富。除三碱基和六碱基重复外,超过50%的其余种类的SSRs均分布于基因间区。SSR相对丰度最高的是内含子区(108 SSRs/Mb),其次为基因间区(84 SSRs/Mb)。684个SSRs分布于588个蛋白编码基因中,其中81.4%为三碱基或六碱基重复。随后我们对这些基因进行功能注释。280个基因可注释于InterPro,其中215个基因又可注释于GO。SSRs也存在于28个生物活性化合物合成相关基因中,包括一个3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因,三个多糖合成相关基因及24个细胞色素P450基因。最后我们对每个SSR位点进行了引物设计,为开发赤芝SSR标记提供基本材料。

关键词：简单重复序列伞菌纲多孔菌目

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

巴西橡胶树简单重复序列的鉴定及分离

世界热带农业信息 2011年第3期 1-5页

作者： C.Bindu Roy 田郎印度橡胶研究所基因组分析实验室中国热带农业科学院橡胶研究所

本研究利用巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)这一重要产胶植物的基因组文库进行了简单重复序列(SSRs),也即微卫星序列的分离鉴定。对来自无性系GT1的小插入基因组文库进行SSRs(AC/TG及CT/GA基序)筛选鉴定共获得154个克隆。采用载体通用... 详细信息

本研究利用巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)这一重要产胶植物的基因组文库进行了简单重复序列(SSRs),也即微卫星序列的分离鉴定。对来自无性系GT1的小插入基因组文库进行SSRs(AC/TG及CT/GA基序)筛选鉴定共获得154个克隆。采用载体通用引物及重复序列进行PCR扩增发现,其中114个为阳性克隆。限制性酶切分析结果显示,这些阳性克隆中有6个为重复拷贝,故予以剔除。之后,对剩余108个克隆中的50个进行了序列分析。此外,试验中对来自优良无性系RRII105的大插入基因组文库也进行了筛选。所获24个阳性克隆的测序结果也证实了橡胶基因组中微卫星序列的存在。经过最终的序列分析,本研究共鉴定出67个具有不同特点的简单及复合型微卫星序列,其中59个来自GT1,其余8个来自RRII105。所检测到的重复基序包括二核苷酸(TG/AC,AG/TC,TA/AT),三核苷酸(AAG,AGG,ATT),四核苷酸(GAAA,AAGG,ATCC,TAAA,AAAT),以及一个五核苷酸(GAAAT)。与其它作物的报道结果类似,在橡胶基因组中也观察到大量的CT/GA重复。

关键词：巴西橡胶树简单重复序列鉴定