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骨质疏松症与甲状腺功能亢进的关系

中国骨质疏松杂志 2022年第3期28卷 380-385,439页

作者：马腾陈德强王卫国山东中医药大学第一临床医学院山东济南250355 山东中医药大学附属医院骨科山东济南250355

目的基于临床试验结合生物信息学分析骨质疏松症与甲亢的相互关系。方法①选取40例甲亢女性患者(观察组)及40例甲功正常女性(对照组)为研究对象,比较其T值及骨密度;②分别以骨质疏松及甲亢在相关人类疾病数据库中筛选靶基因,整合后映射... 详细信息

目的基于临床试验结合生物信息学分析骨质疏松症与甲亢的相互关系。方法①选取40例甲亢女性患者(观察组)及40例甲功正常女性(对照组)为研究对象,比较其T值及骨密度;②分别以骨质疏松及甲亢在相关人类疾病数据库中筛选靶基因,整合后映射得出交集靶点,通过STRING v11.0平台得出PPI网络并筛选出核心靶点,通过Metascape数据库进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果观察组的T值及骨密度均低于对照组(P相互作用、Jak-STAT通路、I型糖尿病、HIF-1通路、PI3K-Akt通路、脂肪细胞因子通路等。结论骨质疏松症与甲亢在复杂基因网络背景下存在一些高度重合的基因表达,所涉及的信号通路能够同时对两种疾病产生干预作用,这提示两种疾病的分子机制存在密切联系,可能为药物同时调控两种疾病提示潜在靶点。在临床试验的基础上应用生物信息学具有较高的置信度和参考价值,为探索疾病间关系提供了新方向与新思路。

关键词：骨质疏松症甲亢生物信息学疾病相互关系

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基于生物信息学探讨骨质疏松与肥胖的关系

中国骨质疏松杂志 2021年第4期27卷 563-568页

作者：于洪杰陈德强山东中医药大学第一临床医学院山东济南250014 山东中医药大学附属医院脊柱骨科山东济南250014

目的通过生物信息学技术方法探讨骨质疏松症与肥胖的相互关系。方法分别以骨质疏松及肥胖为关键词在相关疾病数据库(Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、KEGG)中筛选相关基因,去重整合后将两组预测靶点进行映射得到关键靶点,通过STRING网... 详细信息

目的通过生物信息学技术方法探讨骨质疏松症与肥胖的相互关系。方法分别以骨质疏松及肥胖为关键词在相关疾病数据库(Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、KEGG)中筛选相关基因,去重整合后将两组预测靶点进行映射得到关键靶点,通过STRING网站获得靶点PPI互相作用网络,根据degree值筛选出核心靶点并通过DAVID数据库进行GO富集分析以及KEGG通路分析。结果通过相关疾病数据库搜索筛选与骨质疏松症和肥胖相关靶点分别为336个和398个,映射出关键靶点56个,以degree≥13筛选出核心靶点15个并导入DAVID数据库获得31项GO富集结果(P疾病虽然各自包含众多作用靶点,但仍在分子机制上有着密切联系。应用生物信息学具有较高的置信度和参考价值,为探索疾病间关系提供了新方向与新思路。

关键词：骨质疏松肥胖生物信息学疾病相互关系

基于生物信息学探讨骨质疏松症与2型糖尿病的关系

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中国骨质疏松杂志 2020年第4期26卷 469-473页

作者：冯蓬陈德强山东中医药大学山东济南250355

目的基于生物信息学探讨骨质疏松症与2型糖尿病的关系。方法通过五大疾病数据库(Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、KEGG数据库)和分析平台(DAVID数据库)对骨质疏松症和2型糖尿病的相关基因进行分析筛选,并对筛选结果进行基因富集分析以及... 详细信息

目的基于生物信息学探讨骨质疏松症与2型糖尿病的关系。方法通过五大疾病数据库(Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、KEGG数据库)和分析平台(DAVID数据库)对骨质疏松症和2型糖尿病的相关基因进行分析筛选,并对筛选结果进行基因富集分析以及KEGG通路分析。结果通过五大疾病数据库及相关文献筛选分别选出与骨质疏松症和2型糖尿病相关基因336个和316个,并将数据导入DAVID数据库进行基因富集分析以及KEGG通路分析,结果骨质疏松症与2型糖尿病相关通路集中在PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、AMPK信号通路、Rap1信号通路、Jak-STAT信号通路、Ras信号通路、NF-kappa B信号通路、T细胞信号通路、TNF信号通路、VEGF信号通路、脂肪细胞因子信号通路、fc-εri信号通路。结论骨质疏松症与2型糖尿病均是涵盖众多差异表达基因的复杂代谢性疾病,两种疾病均存在庞大的基因表达网络,涉及众多信号通路。从通路分析结果中可以看出,两种疾病复杂基因网络背景下依然存在一些高度重合的差异基因表达,所涉及的信号通路能够同时对两种疾病产生调控作用,这提示两种疾病分子机制存在密切关联,并可能是药物同时干预两种疾病的靶点所在。

关键词：生物信息学骨质疏松症 2型糖尿病分子机制疾病相互关系

基于孟德尔随机化及生物信息学分析宫颈癌和类风湿性关节炎的关系及关键基因、通路和潜在药物

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中国优生与遗传杂志 2024年第1期32卷 33-40页

作者：韦乐川庞文文杨航张建军潍坊医学院临床医学院山东潍坊261053 潍坊医学院附属医院产科/潍坊市产后盆底肌电康复重点实验室山东潍坊261000

目的利用孟德尔随机化法寻找宫颈癌和类风湿性关节炎间的因果关联性,利用生物信息学方法,寻找两疾病间的基因关联性,获取潜在的治疗靶点。通过此两种方法阐明类风湿性关节炎(RA)可能影响宫颈癌(CC),并发现两疾病之间相互影响的基因靶点... 详细信息

目的利用孟德尔随机化法寻找宫颈癌和类风湿性关节炎间的因果关联性,利用生物信息学方法,寻找两疾病间的基因关联性,获取潜在的治疗靶点。通过此两种方法阐明类风湿性关节炎(RA)可能影响宫颈癌(CC),并发现两疾病之间相互影响的基因靶点,为疾病的治疗和新药物的研发提供思路。方法分别以类风湿性关节炎(ukb-b-11874)和宫颈癌(ukb-b-8777)为暴露因素和结局变量,选择与类风湿性关节炎具有显著相关性的单核苷酸多态性(SNPs)为工具变量,采用IVW法、WME法、Simple Mode法、Weighted Mode法和MR-Egger回归法进行孟德尔随机化(MR)分析,运用CochranQ检验进行异质性分析。从GEO数据库下载了宫颈癌和类风湿性关节炎各1个数据集并筛选差异表达基因(DEGs)。对两种疾病共有的DEGs进行了蛋白功能注释(GO)、富集通路(KEGG)分析。构建蛋白质互作分析(PPI)网络,识别两种疾病的中枢基因。使用药物特征数据库(DSigDB)来寻找潜在的治疗药物。结果共筛选出3个SNPs作为工具变量,IVW结果显示,类风湿性关节炎是宫颈癌发病风险的危险因素(OR=1.575>1,P疾病相关的8个中枢基因,并根据潜在治疗靶点,找到治疗宫颈癌和类风湿性关节炎潜在治疗药物。结论本研究通过孟德尔随机化研究方法证明类风湿性关节炎与宫颈癌风险之间存在因果关系,生物信息学方法进一步证明两种疾病之间存在显著的基因关联。鉴定出的基因、通路和药物,给临床工作中两种疾病的诊断及治疗提供新思路。

关键词：宫颈癌类风湿性关节炎孟德尔随机化研究生物信息学疾病相互关系

基于生物信息学探讨骨质疏松症与2型糖尿病的关系

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湖南中医杂志 2024年第1期40卷 157-165页

作者：葛殊玮孙绍裘彭广金晖湖南中医药大学湖南长沙410208 湖南中医药大学第二附属医院湖南长沙410005

目的:基于生物信息学探讨骨质疏松症与2型糖尿病的关系。方法:通过基因表达汇编(GEO)数据库检索骨质疏松症和2型糖尿病的相关数据集,并筛选骨质疏松症-2型糖尿病共同差异表达基因,将数据导入STRING数据库找寻关键基因,以一个单细胞测序... 详细信息

目的:基于生物信息学探讨骨质疏松症与2型糖尿病的关系。方法:通过基因表达汇编(GEO)数据库检索骨质疏松症和2型糖尿病的相关数据集,并筛选骨质疏松症-2型糖尿病共同差异表达基因,将数据导入STRING数据库找寻关键基因,以一个单细胞测序数据集作为检验集验证关键基因细胞层面的表达水平,对筛选结果进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并对关键靶点、相关中药进行频数统计及功效分类。结果:骨质疏松症与2型糖尿病相关通路集中在ErbB信号通路、丝活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、神经营养素信号通路、NOD样受体信号通路。频数统计结果显示,与骨质疏松症-2型糖尿病关键基因相关的中药有51味,以功效分类,可分为清热解毒药、止痛药、祛风药、补虚药、止呕药。结论:骨质疏松症和2型糖尿病都是复杂的代谢性疾病,涉及众多基因表达网络和信号通路。尽管两种疾病存在复杂的基因网络背景,但是分析结果表明两种疾病之间仍存在高度重合的差异基因表达和信号通路。这表明两种疾病的分子机制密切相关,可能存在共同调控的靶点,因此这些靶点可能成为药物同时干预两种疾病的治疗靶点。

关键词：骨质疏松症 2型糖尿病生物信息学单细胞测序疾病相互关系