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更新世冰期的全球深海绝灭事件

海洋地质动态 2001年第10期17卷 21-21页

作者： Bruce W Hayward 周立君

据估计，深海有孔虫种的交替速率为 2％ /Ma，比新生代浅水底栖 (5％ /Ma)或者浮游有孔虫 (11％ /Ma)明显偏低。白垩纪—第三纪边界 (65 Ma)或附近的事件引发了陆地和浅水以及部分半远洋生物的灾难性绝灭，但是对深海底栖有孔虫的影响... 详细信息

据估计，深海有孔虫种的交替速率为 2％ /Ma，比新生代浅水底栖 (5％ /Ma)或者浮游有孔虫 (11％ /Ma)明显偏低。白垩纪—第三纪边界 (65 Ma)或附近的事件引发了陆地和浅水以及部分半远洋生物的灾难性绝灭，但是对深海底栖有孔虫的影响很小。大部分深海有孔虫绝灭 (30％～ 50％的种消失了 )出现于晚古新世冰后高温期 (LPTM， 55 Ma)，它起因于贫氧、温暖的侵蚀性底层水以及同时发生的表层生产力的变化。晚始新世至早渐新世 (36～ 30 Ma)和中中新世也发现了深海底栖有孔虫的种类交替增强有全球蔓延的趋势。对中更新世绝灭 (称作“ Stilostomella绝灭” )的研究很少，最早是在大西洋发现了这个事件， 6个属的 10个底栖有孔虫种在 1.0～ 0.6 Ma中绝灭，在大于 3 000 m的水深以及南纬地区，这个事件要早 0.1～ 0.2 Ma。印度洋和太平洋的几个站位也记录了中更新世这些种类的绝灭。

关键词：更新世冰期全球深海绝灭事件深海底栖有孔虫

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栗斑腹鹀和三道眉草鹀物种分化研究

东北师大学报（自然科学版） 2022年第3期54卷 107-114页

作者：张雪张立世尚伟平严蓉飞姜云垒李时吉林农业大学生命科学学院吉林长春130118 吉林农业大学动物科学技术学院吉林长春130118

从形态、鸣声和分子三个方面对栗斑腹鹀(Emberiza jankowskii)和三道眉草鹀(Emberiza cioides)的物种分化进行了研究.结果表明:在形态分析上,栗斑腹鹀和三道眉草鹀的翅长、喙高、体长、头高和尾长具有显著差异,其他形态参数无显著差异;... 详细信息

从形态、鸣声和分子三个方面对栗斑腹鹀(Emberiza jankowskii)和三道眉草鹀(Emberiza cioides)的物种分化进行了研究.结果表明:在形态分析上,栗斑腹鹀和三道眉草鹀的翅长、喙高、体长、头高和尾长具有显著差异,其他形态参数无显著差异;在鸣声分析上,栗斑腹鹀和三道眉草鹀间除持续时间外,均不具有显著性差异;利用线粒体标记对遗传多样性进行分析后发现,栗斑腹鹀的遗传多样性略高于三道眉草鹀.利用ND2基因对两个物种的最近共同祖先进行计算,时间约在136万年前.栗斑腹鹀和三道眉草鹀的形态和鸣声尚未发生完全分化.第四纪冰期-间冰期的气候变化和不同避难所间的隔离可能是导致二者发生物种分化的主要驱动力.

关键词：物种分化栗斑腹鹀分化时间更新世冰期

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生物冰期避难所与冰期后的重新扩散

生态学报 2002年第11期22卷 1983-1990页

作者：沈浪陈小勇李媛媛华东师范大学环境科学系上海200062

冰期 (尤其是更新世冰期 )对当今生物的空间分布格局和遗传结构产生了深远影响 ,研究生物冰期避难所对于了解不同生物区系间的关系、物种形成以及生物多样性保护具有十分重要的意义。生物冰期避难所的确定最初是根据特有种的分布、化石... 详细信息

冰期 (尤其是更新世冰期 )对当今生物的空间分布格局和遗传结构产生了深远影响 ,研究生物冰期避难所对于了解不同生物区系间的关系、物种形成以及生物多样性保护具有十分重要的意义。生物冰期避难所的确定最初是根据特有种的分布、化石、孢粉等证据推测而来 ,分子遗传标记为冰期生物避难所以及冰期后重新扩散路线的研究提供了有力的工具。本文以北美和欧洲为例 ,介绍了分子遗传标记在生物避难所以及冰期后再扩散路线研究中的应用和一些结论。我国存在许多东西走向的大山 ,减缓了冰期时低温对生物的影响 ,为许多生物提供了避难场所 ,但我国有关研究开展得很少。最后 ,对我国该领域提出了应优先开展的研究方向。

关键词：更新世冰期生物避难所冰期后再扩散分子系统地理学研究方向气候物理条件

基于线粒体细胞色素b基因的黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)生物地理学过程分析

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Zoological Research 2013年第5期34卷 437-445页

作者：刘思情唐琼英李小娟刘焕章中国科学院水生生物研究所水生生物多样性与保护重点实验室湖北武汉430072 中国科学院大学北京100049

黑鳍鲸（Sarcocheilichthys nigripinnis）为广泛分布于东亚地区的小型淡水鱼类，是生物地理学研究的良好材料。该研究以线粒体细胞色素b（Cytb）基因序列为分子标记，对中国8个水系20个采样点的黑鳍鲸共142尾个体进行遗传变异及生物地... 详细信息

黑鳍鲸（Sarcocheilichthys nigripinnis）为广泛分布于东亚地区的小型淡水鱼类，是生物地理学研究的良好材料。该研究以线粒体细胞色素b（Cytb）基因序列为分子标记，对中国8个水系20个采样点的黑鳍鲸共142尾个体进行遗传变异及生物地理学过程分析。遗传多样性分析结果表明，142条Cytb基因序列共检测出56个单倍型，总体单倍型多样性较高（h=0．971），而核苷酸多样性较低（a=0．0212），平均遗传距离较小（2．2％）。分子系统发育树结果表明，黑鳍鲸种群分为7个谱系，以秦岭为界可分为南、北两大支系，北方支系分化时间较早（谱系I）而南方支系分化程度较高（谱系II～VII）。该研究结果进一步揭示了克氏鲸（sczerskii）的物种形成过程，估算其祖先在较晚近时期（～1．03Ma）由黄河水系的黑鳍鲸分化而来。谱系生物地理学分析显示，黑鳍鲸的各地理种群表现为由北向南逐渐演化的趋势，地理隔离可能是限制该物种扩散和基因交流的主要原因。分子钟分析显示，分化时间发生于0．95～3．92Ma。种群历史动态结果则推测黑鳍鲸经历过种群扩张，且该过程可能与更新世冰期与间冰期的更迭相关。

关键词：系统谱系生物地理学黑鳍鳈细胞色素b基因更新世冰期地理隔离

梭鱼的分子系统地理学研究——晚更新世西北太平洋边缘海隔离分化及其有限的扩散能力

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2007年第6期37卷 931-938页

作者：刘进贤高天翔吴世芳张亚平中国海洋大学教育部海水养殖重点实验室山东青岛266003 中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化实验室云南昆明650223

西北太平洋具有独特的板块特征和地质历史,几个边缘海将亚洲大陆和太平洋隔开。在更新世冰期的低海平面时期,海洋生物群体可能会被隔离在日本海、东海和南海。伴随冰后期海平面的上升,以往的研究认为被隔离在3个边缘海的群体会因为扩散... 详细信息

西北太平洋具有独特的板块特征和地质历史,几个边缘海将亚洲大陆和太平洋隔开。在更新世冰期的低海平面时期,海洋生物群体可能会被隔离在日本海、东海和南海。伴随冰后期海平面的上升,以往的研究认为被隔离在3个边缘海的群体会因为扩散的作用而重新混匀。为了检验该假说,本研究探讨了梭鱼的系统地理格局。采集梭鱼分布范围内9个地点的272个梭鱼个体,分析其线粒体控制区5’端435 bp的片段。共检测到3个不同的单倍型类群,这3个单倍型类群可能是在更新世冰期被隔离在3个边缘海内而产生的分化。这一研究结果与以往的假设相反,3个单倍型类群在地理上的频率分布存在很大差异。分子方差分析和群体多样性指数都表明3个边缘海内的梭鱼群体间存在显著的遗传差异。这些结果表明:与基于生物学特性预期的梭鱼具有较高的扩散能力相反,梭鱼群体空间上的基因交流是很有限的。东海的梭鱼群体间缺乏系统地理格局,这可能是因为末次冰盛期后梭鱼群体发生了近期的栖息地扩张,群体间没有足够的进化时间在迁移-漂变间取得平衡。

关键词：梭鱼控制区幼体扩散海洋生物地理学更新世冰期

基于cyt b基因的长江中上游大鳞马口鱼遗传多样性及谱系生物地理学过程分析

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四川动物 2021年第4期40卷 361-373页

作者：高嘉昕俞丹刘焕章中国科学院水生生物研究所中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室武汉430072 中国科学院大学北京100049

以线粒体cyt b基因为分子标记,对长江上游干流及汉江等9条支流13个地理种群的大鳞马口鱼Opsariichthys macrolepis Yang et Huang进行遗传多样性及种群历史动态分析,并探讨其谱系生物地理学过程。结果显示,414尾大鳞马口鱼样本中共检测... 详细信息

以线粒体cyt b基因为分子标记,对长江上游干流及汉江等9条支流13个地理种群的大鳞马口鱼Opsariichthys macrolepis Yang et Huang进行遗传多样性及种群历史动态分析,并探讨其谱系生物地理学过程。结果显示,414尾大鳞马口鱼样本中共检测到79个单倍型,整体的单倍型多样性(h=0.9301)和核苷酸多样性(π=0.129421)均较高。基于单倍型构建的最大似然树和贝叶斯树显示,所有单倍型分为2个谱系(A和B),谱系A分布于中游支流汉江、清江,谱系B分布于长江上游干支流及沅江,表现出东-西方向的空间差异。分子钟估算显示,2个谱系于早更新世(~1.34 Ma)分化。不同地理种群间的遗传分化指数为-0.01624~0.99827,除个别种群外,多数地理种群呈现高度分化,说明种群间存在显著的遗传隔离。空间分子方差分析显示,大鳞马口鱼种群具有一定的遗传结构,特别是老鹤河、任河、清江地理种群分化显著。贝叶斯天际线分析显示,大鳞马口鱼各地理种群的扩张和收缩时间为0.01~0.04 Ma,可能与冰期-间冰期旋回有一定关联。推测青藏高原的隆升以及更新世冰期的更迭对长江中上游大鳞马口鱼的遗传分化以及种群动态产生了重大影响。

关键词：大鳞马口鱼遗传多样性谱系生物地理学细胞色素b基因更新世冰期

棘头梅童鱼和黑鳃梅童鱼的形态学、遗传学研究

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棘头梅童鱼和黑鳃梅童鱼的形态学、遗传学研究

作者：马国强中国海洋大学

学位级别：硕士

棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)与黑鳃梅童鱼(C. niveatus)同属于鲈形目(Perciformes)、石首鱼科(Sciaenidae)、梅童鱼属(Collichthys),均为我国重要的小型经济鱼类。本研究对两种梅童鱼开展了传统形态学、耳石形态比较、线粒体DNA全... 详细信息

棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)与黑鳃梅童鱼(C. niveatus)同属于鲈形目(Perciformes)、石首鱼科(Sciaenidae)、梅童鱼属(Collichthys),均为我国重要的小型经济鱼类。本研究对两种梅童鱼开展了传统形态学、耳石形态比较、线粒体DNA全序列研究,分析了两种梅童鱼的系统发育关系,以明确两种梅童鱼的分类地位及其分化程度。此外,还以黑鳃梅童鱼为外群,对棘头梅童鱼5个地理群体进行了传统形态学、耳石形态、控制区序列及Cyt b基因序列研究。1.运用形态学方法研究了两种梅童鱼共59个个体的形态差异。对两种梅童鱼的顶枕部小棘、臀鳍第一鳍棘、鳔侧枝、鳃腔和耳石等部位进行拍照,并开展了两种梅童鱼传统形态学的8个分节特征和14个量度特征的判别分析、主成分分析和单因子方差分析。研究结果显示：两种梅童鱼除鳔侧枝数有明显差异外,其它可数性状均无明显差异;在7个量度特征上存在极显著差异。对两种梅童鱼耳石的17组形态学数据进行判别分析、主成分分析和单因子方差分析,在7个变量上存在极显著差异。研究发现耳石形态可作为梅童鱼两种间鉴别特征之一,且比传统形态学量度特征有较大的优势。2.利用长距离PCR (Long-PCR)技术和常规PCR技术结合的方法,扩增了两种梅童鱼的线粒体基因组全序列,棘头梅童鱼线粒体基因组全序列长度为16451 bp,黑鳃梅童鱼为16450 bp,其基因序列及构成与其他硬骨鱼类类似。13个蛋白质编码基因均以ATG为起始密码子,其中ND1、CO1、ATPase8、ATPase6、ND4L、ND5、ND6和Cyt b基因具有完整的终止密码子,而ND2、COⅡ、COⅢ、ND3和ND4基因具有不完全终止密码子。在L链上,ND6是仅有的一个蛋白质编码基因。分析比较了黄鱼亚科四种鱼类的控制区结构,终止序列区(TAS)、保守序列区(CSB-1,-2,and -3)均在黄鱼亚科四种鱼类控制区中发现,但未发现中央保守区(CSB-D,-E,-F);此外,四种鱼类中均发现了CSB-E典型的标志性片段GTGGG-box(黑鳃梅童鱼在相同位置碱基为GGGGG)。基于13个蛋白质编码基因全序列构建的NJ系统进化树结果支持了将黄鱼亚科分为黄鱼属和梅童鱼属的形态学分类结果。3.棘头梅童鱼是我国沿海常见经济鱼类,本文对采自连云港、上海、舟山、温州和深圳5个地理群体共136尾棘头梅童鱼的传统形态差异和耳石形态差异进行判别分析、主成分分析、聚类分析和单因子方差分析。研究结果均显示中国沿海棘头梅童鱼5个地理群体间存在较大程度的分化,南北群体间有明显差异,该研究结果为棘头梅童鱼群体遗传学研究提供了形态依据。4.为检测更新世冰期气候变迁对西北太平洋海洋生物进化历史的影响以及海洋生物的扩散能力,我们研究了棘头梅童鱼的系统地理格局和扩散模式。利用PCR技术对5个地理群体的棘头梅童鱼380bp的控制区序列进行分析,在109个个体中,总共检测到40个单倍型,3个单倍型类群,这三个单倍型类群间的分化时间发生于100万年前的更新世中期,更新世冰期的海平面下降使西北太平洋边缘海之间产生隔离,可能是三个单倍型之间发生分化的原因。三个单倍型类群在地域上的分布频率具有明显差异。分子方差分析以及群体间分化指数FST值均显示棘头梅童鱼群体内存在明显的群体遗传结构。这些结果提示：尽管具有较强的潜在扩散能力,棘头梅童鱼群体间的基因交流却非常有限。中国东海棘头梅童鱼群体间没有检测到显著的系统地理格局,这可能是因为末次冰期后棘头梅童鱼群体在东海陆架区发生大范围栖息地扩张所引起的,扩散后新建立的群体尚未在迁移与漂变之间取得平衡。

关键词：棘头梅童鱼黑鳃梅童鱼形态学耳石线粒体全序列线粒体DNA控制区 Cyt b 更新世冰期分子系统地理学

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栗斑腹鹀和三道眉草鹀的物种分化研究

栗斑腹鹀和三道眉草鹀的物种分化研究

作者：张雪吉林农业大学

学位级别：硕士

本论文从形态,鸣声和分子三个方面,对栗斑腹鹀（Emberiza jankowskii）和三道眉草鹀（Emberiza cioides）的物种分化进行了研究。结果表明,在形态分析中,栗斑腹鹀和三道眉草鹀的翅长、喙高、体长、头高和尾长具有显著差异,其他形态参数... 详细信息

本论文从形态,鸣声和分子三个方面,对栗斑腹鹀（Emberiza jankowskii）和三道眉草鹀（Emberiza cioides）的物种分化进行了研究。结果表明,在形态分析中,栗斑腹鹀和三道眉草鹀的翅长、喙高、体长、头高和尾长具有显著差异,其他形态参数无显著差异。二者相比,三道眉草鹀体型稍大。在鸣声分析中,栗斑腹鹀和三道眉草鹀间除持续时间外,均不具有显著性差异。其中三道眉草鹀鸣唱语句持续时间更长,这暗示栗斑腹鹀和三道眉草鹀在语句结构上存在差异,仍需进一步研究。在对嘎亥图区域和查干套力皋区域的栗斑腹鹀个体鸣声特征差异进行分析后发现,二者间在语句时间间隔上具有显著差异,这暗示不同区域内的栗斑腹鹀间存在鸣声的微地理变异。在利用线粒体标记对遗传多样性分析后发现,在D-loop基因序列中,栗斑腹鹀的单倍型多样性（h=0.84,SD=0.02）和核苷酸多样性（π=0.0030,SD=0.0002）高于三道眉草鹀（h=0.71,SD=0.01;π=0.0025,SD=0.0002）。在ND2基因序列中,栗斑腹鹀的单倍型多样性（h=0.94,SD=0.01）和核苷酸多样性（π=0.0062,SD=0.001）同样高于三道眉草鹀（h=0.52,SD=0.11;π=0.0008,SD=0.002）。对两个物种的最近共同祖先时间的计算结果表明,栗斑腹鹀和三道眉草鹀的最近共同祖先生活在1.36（95%HPD=1.05–1.70）百万年前。这一时期,中国正处于“鄱阳冰期—鄱阳-大姑间冰期—大姑冰期”这一冰期-间冰期转换时期。其中,栗斑腹鹀所有单倍型的最近共同祖先可以追溯到0.23（95%HPD=0.15–0.31）百万年前,三道眉草鹀所有单倍型最近共同祖先可以追溯到0.15（95%HPD=0.08–0.23）百万年前。本研究表明,栗斑腹鹀和三道眉草鹀的形态和鸣声尚未发生完全分化,暗示生态选择和性选择并非驱动二者发生分化的主要原因,第四纪冰期-间冰期的气候变化和不同避难所间的隔离可能是导致二者发生物种分化的主要驱动力。

关键词：物种分化栗斑腹鹀遗传距离分化时间更新世冰期

New findings concerning the Pleistocene Glaciation of the Leh Basin,Ladakh(34°03'N/77°38'E)

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Journal of Mountain Science 2010年第4期7卷 367-374页

作者： Hermann Achenbach Geographical Institute University of GoettingenDepartment of High Mountain Geomorphology and Geography

Like for most parts of High Asia,researches concerning the Pleistocene landscape evolution of the Leh Basin(34°03' N/77°38' E) have also left *** push this topic,three up to now unexplored Ladakh Range tributaries of the Leh Basin(Stagmo-,Arzu-and Nang-Valley) have been investigated.U-shaped profiles,transfluence passes,moraine mantled and glacially rounded peaks and ridges,roches moutonnées,glacial flank polishings and ground moraines document the former glaciation of the study *** ice fillings of these tributaries reached a minimum thickness up to 540 *** at the valley outlets and on the orographic right side of the Leh Basin,the glaciation was more than 350 m *** on these empirically extracted results,theoretical snow line considerations lead to the conclusion that the whole Leh Basin was filled up by a former Indus-Valley *** ice injection limited to the nourishment areas of the Ladakh Range valleys could not have caused the reconstructed ice cover(down to 3236 m a.s.l.),which is proved by extended ground moraine *** an Indus ice stream network(most likely during the LGP),nourished by inflowing glaciers of the Ladakh-and Stok Range,explains the widespread existence of the glacial sediments at the outlets of the investigated valleys.

关键词：更新世冰期盆地冰川沉积物山谷地形地貌演化最小厚度高亚洲通行证