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COL1A1基因新突变的鉴定,成骨不全Ⅳ型的基因诊断和三例成骨不全Ⅱ型高危胎儿的产前基因诊断

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第十二次全国医学遗传学学术会议

作者：郭奕斌李荣艾阳蒋玮莹唐佳吴晓昀方群中山大学中山医学院医学遗传室中山大学附一院妇产科胎儿医学中心

目的(1)对一疑似成骨不全IV型或其他类型的患儿实施基因诊断,以揭示患儿发病及频繁骨折的内在原因,为今后实施对症治疗和产前基因诊断创造必要的前提条件。(2)对三例经产前超声检查疑似致死性侏儒症或成骨不全Ⅱ型的高危胎儿(均有多次... 详细信息

目的(1)对一疑似成骨不全IV型或其他类型的患儿实施基因诊断,以揭示患儿发病及频繁骨折的内在原因,为今后实施对症治疗和产前基因诊断创造必要的前提条件。(2)对三例经产前超声检查疑似致死性侏儒症或成骨不全Ⅱ型的高危胎儿(均有多次不良生育史)实施产前基因诊断,以阐明胎儿骨发育异常的真实病因,及时预防患胎出生。方法(1)对经症状、体征观察和X线检查初诊为成骨不全IV型或其他类型的患儿,在抽取外周血制备DNA模板后,采用PCR、DNA直接测序法,对患儿的COL1A1基因进行突变检测,然后对所发现的突变进行分析和鉴定。(2)对经超声检查初诊为致死性侏儒症或成骨不全、已孕25周(单胎)、27周(单胎)和24周(双胎)的三例短肢窄胸高危胎儿,在抽取脐血制备DNA模板后,采用PCR-DNA直接测序法,分别对胎儿的FGFR3基因和COL1A1基因进行突变检测,然后对所发现的突变进行分析和鉴定。(3)新突变的致病性鉴定:突变频率的统计和SNP的排除;生物信息学鉴定;突变部位氨基酸在跨物种中的保守性分析;突变蛋白二级、三级结构预测;基因转录表达所在组织包括皮肤和软骨组织的RT-PCR及cDNA测序。结果(1)病例1:在疑似OI-Ⅳ型患儿的COL1A1基因E 12内发现一杂合错义突变(p.G275R),经查HGMD数据库证实为成骨不全Ⅳ型的致病性突变。(2)病例2:FGFR3基因未发现病理性突变,而COL1A1基因E42内发现一杂合错义突变(p.G1022V),经查HGMD数据库证实为成骨不全II型的致病性突变。(3)病例3:发现COL1A1基因E12内存在杂合错义突变(p.A280D)(父源性)。此外,还发现E34内存在另一杂合错义突变(p.G788V)(母源性),为两种错义突变的复合杂合子。(4)病例4:发现COL1A1基因E21的第一个密码子处存在p.G452R杂合新错义突变。经一系列致病性鉴定:排除了SNP的可能性;突变部位氨基酸具有高度保守性;蛋白二级、三级结构预测显示突变蛋白的构象发生明显改变;cDNA测序证实在RNA水平存在该突变。结论(1)病例1先证者为一罕见的成骨不全IV型患儿,所发现的p.G275R突变是其发病的根本原因;(2)病例2-4的高危胎儿均为成骨不全II型患胎,建议尽早终止妊娠。(3)来自病例4的p.G452R为一新的病理性突变;(4)在超声初诊基础上,采用产前基因诊断可快速、有效对高危胎儿作出确诊,为出生缺陷的预防提供了技术保障。

关键词：成骨不全Ⅱ型成骨不全Ⅳ型 COL1A1基因新突变产前基因诊断

线粒体基因突变糖尿病:一个新突变点的检测和确认

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国际内分泌代谢杂志 1999年第5期19卷 231-232页

作者：孙明姝

IDS基因剪切位点新突变的cDNA克隆鉴定

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IDS基因剪切位点新突变的cDNA克隆鉴定

第十二次全国医学遗传学学术会议

作者：吴晓昀唐佳郭奕斌中山大学中山医学院医学遗传室

目的对曾做过骨髓移植、疑似MPSII型的患儿及其父、母、姐进行IDS基因突变分析,对所发现的新剪切位点突变进行cDNA克隆测序等诸多鉴定,以揭示其突变性质和患儿发病内在原因,为今后的产前基因诊断创造必要的前提条件。方法采用PCR-DNA直... 详细信息

目的对曾做过骨髓移植、疑似MPSII型的患儿及其父、母、姐进行IDS基因突变分析,对所发现的新剪切位点突变进行cDNA克隆测序等诸多鉴定,以揭示其突变性质和患儿发病内在原因,为今后的产前基因诊断创造必要的前提条件。方法采用PCR-DNA直接测序法对患儿及其母亲的IDS基因进行全面的序列分析。在发现新突变后,提取患儿外周血总RNA并逆转录为cDNA,PCR扩增其突变所在的cDNA序列,并克隆至PMD18-T载体。挑取经PCR验证的阳性克隆做测序鉴定。结果先证者gDNA测序检出IDS基因存在c.1006+1 G>A剪切位点突变,为杂合突变(分析为骨髓移植所致),其母、其姐也均为杂合突变,其父无此突变。经检索HGMD数据库及最新文献,证实该位点未见报道。先证者cDNA测序结果显示:患儿IDS基因表达的mRNA中第7外显子与第8外显子之间存在22bp的插入片段。但由于插入突变序列在测序图中显示峰图较低,故将PCR扩增的此段序列克隆至PMD1 8-T载体中测序,从而得到纯合的插入突变序列。结论1、SNP数据库检索排除此变异为单核苷酸多态性变异。2、此位点的突变造成患儿第7内含子供体端的剪切位点识别错误,并导致第7内含子22bp的序列插入到其cDNA序列中,造成IDS基因移码突变及翻译的提前终止。3、所发现的IDS基因c.1006+1 G>A剪切位点突变是一新的病理性突变,它是该MPSII型患儿发病的根本原因。4、cDNA克隆测序对于做过骨髓移植的IDS基因的杂合突变的鉴定具有良好的效果。

关键词：粘多糖贮积症Ⅱ型 IDS基因新突变 cDNA克隆鉴定

粘多糖贮积症Ⅱ型IDS基因新突变体外真核表达系统的建立

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粘多糖贮积症Ⅱ型IDS基因新突变体外真核表达系统的建立

第十二次全国医学遗传学学术会议

作者：吴晓昀郭奕斌艾阳蒋玮莹黄永兰赵小媛李荣中山大学中山医学院医学遗传室广州妇女儿童医疗中心实验室

目的对一疑似MPSII型家系行IDS基因突变分析,以阐明患者发病的分子遗传学机制。对所发现的新突变,通过建立体外真核表达系统,以探讨其转录和表达的情况,从而在功能学方面对其致病性进行深入鉴定。方法首先采用尿GAGs定性检测对先证者进... 详细信息

目的对一疑似MPSII型家系行IDS基因突变分析,以阐明患者发病的分子遗传学机制。对所发现的新突变,通过建立体外真核表达系统,以探讨其转录和表达的情况,从而在功能学方面对其致病性进行深入鉴定。方法首先采用尿GAGs定性检测对先证者进行快速初诊,然后依次对其IDS基因突变热区和其他外显子进行直接测序。在发现新突变后,RT-PCR扩增正常野生型及患者突变型IDS基因cDNA全长序列,克隆至pcDNA3.1(+)表达载体,分别构建IDS-pcDNA3.1,IDS-p.L381P-pcDNA3.1重组质粒。以IDS-pcDNA3.1为正常对照,空质粒pcDNA3.1为基础对照,IDS-p.L381P-pc DNA3.1为实验组,分别用脂质体2000瞬时转染293T细胞,建立体外真核表达系统。转染后3天收取细胞胞体,胞体用超声破碎并用BCA蛋白定量。然后用荧光分析法检测各组细胞中艾杜糖-2-硫酸酯酶活性。结果1、先证者尿检呈阳性(+)。2、在其IDS基因编码区内检出c.1142 T>C错义突变,其母为该位点的杂合突变。3、检索HGMD数据库和NCBI dbSNP数据库均未发现该变异位点,说明是一新突变并且不是SNP位点。4、IDS基因cDNA全长野生型及突变型序列克隆至载体,经测序验证无误。5、胞体IDS酶活性(取3次重复实验平均值,单位:nmol/4h/m1):IDS-pcDNA3.1转染表达为315.26,pcDNA3.1空质粒为18.1,IDS-p.L381P-pcDNA3.1为15.91。提示该突变造成转染细胞IDS酶活性显著降低,其值甚至低于基础对照。结论IDS基因c.1142T>C错义突变为一新的病理性突变。此突变是该MPSII型患儿发病的根本原因。

关键词：粘多糖贮积症Ⅱ型 IDS基因艾杜糖-2-硫酸酯酶新突变真核表达系统

一个中国汉族家庭中的PRRT2功能缺失新突变导致阵发性诱发性引动障碍

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一个中国汉族家庭中的PRRT2功能缺失新突变导致阵发性诱发性引动...

广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会

作者：吉志松苏全喜胡玲玲阳奇刘翠娴熊君熊符南方医科大学广东省云浮市人民医院神经科

富含脯氨酸的跨膜蛋白2(PRRT2)上的突变可引起的阵发性诱发性运动障碍(PKD)。在这项调查中,我们研究了一个患有PKD的中国汉族家庭的PRRT2突变基因以及该突变基因的发病机理。获取该家庭成员的外周静脉血。sanger测序筛选出新突变。使用... 详细信息

富含脯氨酸的跨膜蛋白2(PRRT2)上的突变可引起的阵发性诱发性运动障碍(PKD)。在这项调查中,我们研究了一个患有PKD的中国汉族家庭的PRRT2突变基因以及该突变基因的发病机理。获取该家庭成员的外周静脉血。sanger测序筛选出新突变。使用生物信息学分析,荧光实时PCR,亚细胞定位和Western印迹等方法分析该新突变的发病机制。Sanger测序显示有一个新突变,c.186-187delGC.这个缺失突变位于PRRT2基因二号外显子,因移码突变产生的截短蛋白在人类胚胎肾细胞(HEK293)中稳定表达。亚细胞定位分析显示,在COS-7细胞中GFP标记的突变蛋白在细胞核表达,而野生型蛋白在细胞膜表达。共转染野生型和突变型质粒至HEK293细胞并不影响野生mRNA或蛋白质的表达。我们的研究结果表明PRRT2上c.186-187delGC的缺失突变导致产生的截断蛋白因单倍剂量不足与PKD的发病机理有关。这个结果扩展了PRRT2基因的突变谱,并为研究PRRT2突变基因的发病机理提供参考。

关键词：阵发性诱发性运动障碍(PKD) 新突变亚细胞定位

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1例α_2珠蛋白新突变型分析

国际检验医学杂志 2019年第9期40卷 1148-1150页

作者：郭薇霞唐健何建萍罗胜军黄铠林克勤褚嘉祐杨昭庆中国医学科学院&北京协和医学院医学生物学研究所遗传室云南昆明650118 昆明市妇幼保健院遗传室云南昆明650031

异常血红蛋白是由于珠蛋白基因突变导致珠蛋白分子结构和功能异常的一类血红蛋白,当产生临床表现时称为异常血红蛋白病[1]。异常血红蛋白的种类和分布频率存在地域和人种差异[2],根据人类血红蛋白变异体数据库HbVar(http://***/hbvar/*... 详细信息

异常血红蛋白是由于珠蛋白基因突变导致珠蛋白分子结构和功能异常的一类血红蛋白,当产生临床表现时称为异常血红蛋白病[1]。异常血红蛋白的种类和分布频率存在地域和人种差异[2],根据人类血红蛋白变异体数据库HbVar(http://***/hbvar/***)结果显示,目前全世界报道的发生在α珠蛋白肽链上的异常血红蛋白超过490种,我国报道的有38种。大多数异常血红蛋白是由于珠蛋白链上单个碱基替换引起的,不产生临床症状,因此需要借助血红蛋白电泳和基因检测才能确诊[3]。本研究通过对血红蛋白电泳结果异常的1例样本进行了基因诊断,检出了1例α珠蛋白基因新突变型,现报道如下。

关键词：异常血红蛋白 α2珠蛋白基因新突变血红蛋白电泳

目标序列捕获测序发现一个视网膜色素变性家系RPGR基因新突变

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目标序列捕获测序发现一个视网膜色素变性家系RPGR基因新突变

第十四次全国医学遗传学学术会议

作者：李晓丽林宇翔王志红南京军区福州总医院临床遗传与实验医学科

目的:对一个视网膜色素变性(Retinitis pigmentosa)的家系进行相关基因突变检测,以明确该家系病因及家系成员基因型。方法:采集先证者外周血,通过目标序列芯片捕获高通量测序技术,对RP1、RP2、RPGR、RHO、PRPH2等视网膜色素变性相关基... 详细信息

目的:对一个视网膜色素变性(Retinitis pigmentosa)的家系进行相关基因突变检测,以明确该家系病因及家系成员基因型。方法:采集先证者外周血,通过目标序列芯片捕获高通量测序技术,对RP1、RP2、RPGR、RHO、PRPH2等视网膜色素变性相关基因进行突变筛查。对发现的可疑致病性突变进行Sanger测序验证。结果:高通量测序发现先证者X染色体的RPGR基因存在1个错义突变:c.494G>A,***165Asp,为半合子突变。查阅相关数据库及文献,尚无该位点致病性的相关报道,但有该位点不同错义突变***165Val在患者中检出。该位点在人群中发生频率极低,经生物信息学软件SIFT和Polyphen对其进行蛋白质功能预测,结果均为有害,故提示该突变位点致病性可能性大。未发现先证者其他相关基因存在已知或可疑致病性突变。先证者弟弟临床表现与先证者相同,为视网膜色素变性患者,对先证者及其弟弟该突变位点进行Sanger法测序验证,发现先证者及其患病弟弟存在相同突变。结论:发现视网膜色素变性RPGR基因一个新的错义突变,该突变的致病性有待功能学研究进一步验证。目标序列捕获高通量测序技术是筛查视网膜色素变性相关基因突变的有效方法。

关键词：视网膜色素变性高通量测序 RPGR基因新突变

最大规模全基因组测序发现致癌新突变 002

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最大规模全基因组测序发现致癌新突变

肢带型肌营养不良1B型LMNA基因新剪接突变致病性研究

中国科学报

作者：辛雨

本报讯 4月22日，《科学》发表的一项大规模研究分析了12000多个肿瘤基因组中隐藏的数亿个突变，筛选确定了几十个新的DNA突变特征，可能为研究癌症的遗传和环境原因提供线索。在某些情况下，这也可能帮助临床医生为病人选择最佳的个人... 详细信息

本报讯 4月22日，《科学》发表的一项大规模研究分析了12000多个肿瘤基因组中隐藏的数亿个突变，筛选确定了几十个新的DNA突变特征，可能为研究癌症的遗传和环境原因提供线索。在某些情况下，这也可能帮助临床医生为病人选择最佳的个人治疗方法。西班牙巴塞罗那生物医学研究?

关键词：突变特征突变模式全基因组测序新突变基因组

来源： cnki报纸评论

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肢带型肌营养不良1B型LMNA基因新剪接突变致病性研究

作者：余欣秀广西医科大学

学位级别：硕士

目的本研究通过对一个疑诊肢带型肌营养不良1B型患者的临床表现、病理活检、致病基因检测等研究,检索数据库判断其致病性,运用生物信息学软件预测新突变对mRNA剪接的影响,最后通过实验方法从mRNA水平和蛋白水平证实其新突变的致病性并... 详细信息

目的本研究通过对一个疑诊肢带型肌营养不良1B型患者的临床表现、病理活检、致病基因检测等研究,检索数据库判断其致病性,运用生物信息学软件预测新突变对mRNA剪接的影响,最后通过实验方法从mRNA水平和蛋白水平证实其新突变的致病性并初步探索了发病机制,为肢带型肌营养不良的临床诊断和遗传咨询提供帮助。方法1.收集一个疑诊肢带型肌营养不良1B型患者临床病史资料、心肌酶谱等血生化检查、肌电图、心脏彩超结果。2.结合临床特点进行肌病包(myopathy panel,MP)二代测序(next-generation sequencing,NGS)。3.应用Sanger测序对可疑致病性突变位点进行验证,分析是否存在家系共分离,绘制遗传家系图谱;检索NCBI dbSNP数据库、Genome l000数据库过滤掉多态性位点;检索致病突变数据库The Human Gene Mutation Database(HGMD)和NHLBI Exome Sequencing Project(ESP)明确突变是否为新突变;应用生物信息学软件预测突变对mRNA剪接的影响,以及可能的致病机理。4.患儿行肌肉活检,取腓肠肌组织行苏木素—伊红(hematoxylin eosin,HE)及免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)染色,了解肌肉病理及相关蛋白质表达情况。5.设计实验验证生物信息学的理论推测,提取患儿腓肠肌总RNA行转录组测序,了解突变对mRNA剪接的影响。活检取患儿皮肤组织行原代成纤维细胞培养,Lamin A蛋白免疫组织化学(IHC)染色,了解患儿皮肤成纤维细胞Lamin A蛋白的表达情况。患儿及正常对照皮肤成纤维细胞cDNA行RT-PCR,观察患儿与正常对照LMNA基因mRNA表达量的差异。结果1.患儿行走乏力2年,呈进行性加重,步态呈鸭步,爬楼、起蹲困难,上肢肌力4级,下肢肌力4-级,Gower征(+),肌酸激酶(creatine kinase,CK)轻度升高为779 U/L;肌电图未提示肌源性损害;心脏彩超未见异常。2.肌病panel二代测序发现该患儿LMNA基因存在c.810+2T>C剪接杂合突变。***测序验证检测结果并证实其父母未携带该突变。NCBI dbSNP数据库、Genome l000数据库均显示该突变在正常人群中发生频率极低,不属于多态性改变。HGMD和ESP致病突变数据库均无该突变致病性报道,为新突变。GERP++RS预测该突变位点具有高度保守性,Human Splicer Finder和NetGene2预测该突变发生mRNA剪接改变。***染色示肌纤维大小不等,肌细胞核数量明显增加,伴结缔组织增生,轻度肌营养不良表现;腓肠肌免疫组化结果示Lamin A蛋白表达正常。5.转录组测序结果示患儿肌肉mRNA存在两种序列,一种为正常序列,占92.2%;另一种为部分4号内含子保留,占7.8%。皮肤原代成纤维细胞呈梭形,胞体狭长,胞浆丰富。免疫组化结果示Lamin A蛋白在患儿皮肤成纤维细胞中表达缺失。皮肤成纤维细胞cDNA行RT-PCR结果示患儿LMNA基因中mRNA表达量较正常对照明显减少。结论1.首次报道LMNA基因c.810+2T>C剪接杂合突变为LGMD1B的致病性突变。***基因c.810+2T>C剪接杂合突变的致病机理为突变导致替代性的剪接供体位点激活,形成异常剪接变体,进而形成截短蛋白。3.在研究剪接位点突变对mRNA剪接的影响时,转录组测序简单、有效,同时能确定异常剪接变体的比例。

关键词：肢带型肌营养不良1B型 LMNA基因剪接突变新突变致病性