检索结果-南通市图书馆

BioMGE——一个用于采集和分析生物医用材料和多组学数据的数据库

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

工程科学学报 2024年第2期46卷 279-289页

作者：龚海燕张晓彤张司臣李铭鸿赵赫王婧宇王秀梅陈阳北京科技大学计算机与通信工程学院北京市高精尖中心北京100083 北京科技大学新材料技术研究院北京100083 北京科技大学顺德创新学院佛山528399 北京中医药大学东直门医院骨科三科北京100700 北京中医药大学中医学院北京100029 清华大学材料科学与工程学院新型陶瓷及其精细加工国家重点实验室先进材料教育部重点实验室北京100084 中国医学科学院基础医学研究所生物化学与分子生物学系重大疾病共性机制研究全国重点实验室北京100005

随着机器学习技术的发展,生物医用材料的科学研究也逐渐走向数据驱动,利用生物测序技术来测试生物医用材料的生物功能,需要对生物医用材料进行进一步优化.因此,一个开放、共享的基础设施来存储来自不同研究领域的异构科学数据是多学科... 详细信息

随着机器学习技术的发展,生物医用材料的科学研究也逐渐走向数据驱动,利用生物测序技术来测试生物医用材料的生物功能,需要对生物医用材料进行进一步优化.因此,一个开放、共享的基础设施来存储来自不同研究领域的异构科学数据是多学科交叉联合分析的基石.本文介绍了BioMGE,一个基于灵活的自定义平台NMDMS(国家材料数据管理与服务平台)实现的数据库建设案例,用于收集生物医用材料和多组学测序数据.NMDMS的动态容器框架允许用户定义个性化的数据提交模式,存储来自生物医用材料和多组学研究领域的数据.自2019年以来,BioMGE已收集了1547100个生物医用材料和多组学数据集.BioMGE提供了数据导出接口,方便用户直接导出数据以进行数据分析.以组学数据可视化为例,提供BioMGE-viewer模块以实现对生物染色质结构数据从一维到三维的数据可视化.该数据库可为其他跨领域研究的数据共享提供了新的思路和平台.

关键词：生物医用材料多组学动态容器数据库异构数据存储可视化

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

多组学大数据与医学发展

科技导报 2024年第12期42卷 51-74页

作者：刘斯洋林星辰程丝王超龙李昊中山大学公共卫生学院(深圳) 深圳518107 首都医科大学附属北京天坛医院国家神经系统疾病临床医学研究中心北京100070 华中科技大学公共卫生学院武汉430030

多组学技术、队列研究设计、数据科学和机器学习的进步已经开始改变循证医学,为下一代“深度”医学的未来提供了诱人的前景。总结了基因组与基因组修饰测序、转录组与单细胞转录组、蛋白组、代谢组、微生物组、影像组与生物传感器等多... 详细信息

多组学技术、队列研究设计、数据科学和机器学习的进步已经开始改变循证医学,为下一代“深度”医学的未来提供了诱人的前景。总结了基因组与基因组修饰测序、转录组与单细胞转录组、蛋白组、代谢组、微生物组、影像组与生物传感器等多组学实验技术和全基因组关联分析、全基因组关联信号解读、多基因风险评分、孟德尔随机化与人工智能算法等大数据分析技术的发展趋势,探讨了这些技术在疾病分型、诊断与预测、药物研发和临床试验设计等方面的临床应用。针对多组学大数据与医学发展面临的挑战,展望了未来队列设计、数据管理与共享、国际合作等发展方向。

关键词：多组学大数据医学研究临床应用

放射多组学协同学习预测鼻咽癌自适应放疗触发机制

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

智能系统学报 2024年第1期19卷 58-66页

作者：邱成羽李兵林世杰盛嘉宝滕信智张将程煜婷张馨匀周塔葛红张远鹏蔡璟香港理工大学健康科技与资讯学系中国香港999077 南通大学医学信息学系江苏南通226019 郑州大学附属肿瘤医院河南郑州450008 香港理工大学深圳研究院广东深圳518057 香港理工大学生物医学工程学系中国香港999077

针对传统的放射多组学(影像组学、剂量组学和轮廓组学)模型往往采用特征拼接的方式,容易忽略不同组学特定统计属性、产生过拟合的问题,提出了以一致性约束和自适应权重为核心构建的多组学协同学习算法(multi-omics collaborative learni... 详细信息

针对传统的放射多组学(影像组学、剂量组学和轮廓组学)模型往往采用特征拼接的方式,容易忽略不同组学特定统计属性、产生过拟合的问题,提出了以一致性约束和自适应权重为核心构建的多组学协同学习算法(multi-omics collaborative learning,MOCL)。该算法采用一致性约束挖掘不同组学特征之间的互补模式,再通过香农熵自适应学习不同组学特征的权重,最后引入紧致度图来避免过拟合现象。通过将MOCL在311名鼻咽癌患者组成的临床影像数据上得到的实验结果与3种传统的机器学习算法以及2种多视角算法进行比较,结果表明MOCL在多组学协同学习上,具有一定的优势,能为鼻咽癌自适应放疗资格预测提供有价值的决策依据。

关键词：数据融合机器学习特征提取特征选择预测图像分析自适应算法鼻咽癌多组学

多组学遗传关联研究揭示跨人群急性病毒性呼吸道传染病遗传易感风险及潜在中药筛选

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国中药杂志 2024年

作者：唐心浩储博文丁晨雨李梓墨丁昊宇褚蓉张毅苗田心语岳曾雅冉汪小丫郑晓红南京中医药大学江苏省老龄事业发展研究会皖南医学院中国医学科学院北京协和医学院北京未来基因诊断高精尖创新中心江汉大学医学部江苏省中西医结合医院中国科学技术大学附属第一医院

寻求预防急性病毒性呼吸道传染病（acute viral respiratory infection，ARI）的新策略是减轻全球疾病负担的重要环节。遗传关联研究有利于识别疾病易感风险因素，遗传证据有利于加速药物获得上市批准。当前尚未见通过多组学遗传关联分... 详细信息

寻求预防急性病毒性呼吸道传染病（acute viral respiratory infection，ARI）的新策略是减轻全球疾病负担的重要环节。遗传关联研究有利于识别疾病易感风险因素，遗传证据有利于加速药物获得上市批准。当前尚未见通过多组学遗传关联分析揭示ARI易感风险、识别新型药物靶点的研究。该研究旨在揭示跨人群新型ARI易感风险位点，筛选靶向ARI易感风险位点的潜在中药，助力中医药深度融入ARI的预防。首先，以流行性感冒及新型冠状病毒感染（COVID-19）为例，整合蛋白质组、基因组、转录组、DNA甲基化组、RNA可变剪切组数据，通过蛋白质组范围的孟德尔随机化、基于基因的关联分析、全转录组关联分析、SMR & HEIDI方法筛选欧洲人群、东亚人群、南亚人群的ARI易感风险靶点。然后，通过SNPnexus对关键ARI易感风险靶点进行保守性与生物学功能分析。最后，通过可药性分析、全表型组关联分析等探索关键易感风险靶点的可药性，筛选靶向可药性关键易感风险位点的潜在中药。该研究识别出COL15A1为欧洲人群罹患流行性感冒的关键易感风险位点，MAN1A2、RAB1A为东亚人群罹患COVID-19的关键易感风险位点，PPIE、MFGE8、VWA2、FCER2、TREML2、BMP8B、U2AF1L4、IGFLR1为南亚人群罹患COVID-19的关键易感风险位点，ABO为欧洲人群罹患COVID-19的关键易感风险位点。关键易感风险位点的突变有害程度较高，具有较高致病性。关键易感风险位点主要具有调控免疫系统中的信号因子转导、白细胞介素家族信号传导的生物学功能，部分位点亦具有调控凝血级联反应、血小板活化及信号传导和聚集的功能。COL15A1、MAN1A2、RAB1A、PPIE、MFGE8、VWA2、FCER2、TREML2、BMP8B、ABO可作为ARI的预防用药靶点。益气填精药是靶向关键易感风险位点的主要潜在药物。该研究为ARI易感风险位点的识别提供了新的研究思路与新型中医药预防策略。

关键词：急性病毒性呼吸道传染病易感特征多组学遗传关联虚拟药物筛选

单效应汇总回归模型在多组学数据共定位分析中的应用

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中华疾病控制杂志 2024年第1期28卷 117-121页

作者：黄婷刘晋成李会琳吴怡雯郁尔季锴唐少文赵杨戴俊程易洪刚南京医科大学公共卫生学院生物统计学系南京211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系南京211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨单效应汇总(sum of single effects,SuSiE)回归模型在多组学数据共定位分析中的应用。方法以多组学模拟数据为例,介绍单效应汇总回归模型的基本原理和R软件分析。结果SuSiE回归模型通过利用单核苷酸多态性(single nucleotide po... 详细信息

目的探讨单效应汇总(sum of single effects,SuSiE)回归模型在多组学数据共定位分析中的应用。方法以多组学模拟数据为例,介绍单效应汇总回归模型的基本原理和R软件分析。结果SuSiE回归模型通过利用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)位点之间因连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)产生的相关性,允许在有多个因果变异的情况下,正确识别两个组学数据与表型相关的共定位点。结论相对于传统方法,SuSiE回归模型拓展了单一因果变异假设这一适用条件,且计算效率较高,从而有助于利用多组学数据检测多个潜在与疾病相关联位点。

关键词：多组学共定位近似贝叶斯因子因果变异

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

柑橘多组学研究进展与展望

基因组学与应用生物学 2024年第5期43卷 729-737页

作者：刘思诗陈春丽张建伟华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室武汉430070 华中农业大学果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室武汉430070

多组学已成为柑橘植物基础研究领域的主要手段之一。系统化高通量组学技术与生物信息学分析有助于深入回答柑橘的遗传机制、基因调控、代谢途径、生长发育和应对逆境等生物学问题,从而为柑橘分子育种和品质改良提供信息支撑。本文介绍... 详细信息

多组学已成为柑橘植物基础研究领域的主要手段之一。系统化高通量组学技术与生物信息学分析有助于深入回答柑橘的遗传机制、基因调控、代谢途径、生长发育和应对逆境等生物学问题,从而为柑橘分子育种和品质改良提供信息支撑。本文介绍柑橘植物在基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、表观基因组、表型组和微生物组的研究进展及应用,并讨论相关研究的发展前景。

关键词：柑橘多组学基因家族

基于多组学解析布鲁氏菌BvfA对睾丸支持细胞线粒体NADH-泛醌氧化还原酶复合体的影响

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国畜牧兽医 2024年第4期51卷 1400-1409页

作者：宋青山杨江流刘军贾芳河套学院巴彦淖尔015000 内蒙古医科大学基础医学院内蒙古自治区分子生物学重点实验室呼和浩特010110 宁夏大学生命科学学院西部特色生物资源保护与利用教育部重点实验室银川750021 中国农业科学院长春兽医研究所长春130122

【目的】明确布鲁氏菌BvfA对宿主睾丸支持细胞(TM4细胞)的损伤作用,以揭示布鲁氏菌对宿主的致病机制。【方法】利用RNA-Seq双端测序、Label-free蛋白组学技术和LC-MS非靶代谢组学技术分析感染布鲁氏菌S19△bvfA与S19菌株的TM4细胞的组... 详细信息

【目的】明确布鲁氏菌BvfA对宿主睾丸支持细胞(TM4细胞)的损伤作用,以揭示布鲁氏菌对宿主的致病机制。【方法】利用RNA-Seq双端测序、Label-free蛋白组学技术和LC-MS非靶代谢组学技术分析感染布鲁氏菌S19△bvfA与S19菌株的TM4细胞的组学差异,采用KEGG数据库对差异表达蛋白及差异代谢物通路进行分析,并利用平行反应监测(PRM)对蛋白表达量进行验证。【结果】感染S19△bvfA和S19菌株的TM4细胞差异表达基因共400个,差异表达蛋白共422个,差异代谢产物共271种。多组学联合分析发现,S19△bvfA和S19菌株感染TM4细胞差异表达基因、差异表达蛋白和差异代谢产物共同富集的KEGG通路为内源性大麻素信号通路,在该通路中发现S19△bvfA菌株感染TM4细胞的线粒体NADH-泛醌氧化还原酶复合体(ComplexⅠ)中有20个蛋白表达量下调。PRM验证结果显示,ComplexⅠ中Ndufb11、Ndufa9、Ndufv1、Ndufv2、Ndufs8和Ndufs2蛋白的表达趋势与Label-free蛋白组学技术测定结果一致。【结论】BvfA在布鲁氏菌感染TM4细胞时能引起转录、蛋白质和代谢水平的变化,布鲁氏菌BvfA使睾丸支持细胞线粒体NADH-泛醌氧化还原酶复合体蛋白表达下调。

关键词：布鲁氏菌多组学 BvfA 睾丸支持细胞

西北农林科技大学小麦多组学数据库的构建与应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

西北农业学报 2024年第6期33卷 1019-1028页

作者：路田刘子辉赵鹏邱四春王晓明郑炜君韩德俊毛虎德宋卫宁陈新宏奚亚军王中华吉万全康振生许盛宝西北农林科技大学农学院陕西杨凌712100 西北农林科技大学旱区作物逆境生物学国家重点实验室陕西杨凌712100 西北农林科技大学植保学院陕西杨凌712100

本研究在大规模根系转录组分析的基础上,获得406份全球遗传多样性丰富的小麦种质的基因型数据,并通过对18个农艺性状在10个种植环境中的系统调查,获得对应的表型数据。实验室前期评估证实表型与基因型数据可靠,可应用于小麦研究。同时,... 详细信息

本研究在大规模根系转录组分析的基础上,获得406份全球遗传多样性丰富的小麦种质的基因型数据,并通过对18个农艺性状在10个种植环境中的系统调查,获得对应的表型数据。实验室前期评估证实表型与基因型数据可靠,可应用于小麦研究。同时,整合基因型、转录组、表型与栽培环境的气象数据,建立了一个可在网站(https://***/resource)自由下载与利用的小麦多组学数据库,为小麦功能基因的挖掘与机理研究提供支持。

关键词：小麦多组学数据库基因型表现型

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

药用野生稻种质资源和多组学研究进展

作物杂志 2024年

作者：江慧钟巧芳殷富有李金璐刘丽张云王波蒋聪程在全张慧肖素勤云南农业大学农学与生物技术学院云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所

药用野生稻具有丰富的遗传多样性并含有大量的优异基因，是稻类遗传资源的重要组成部分。与其他野生稻相比，药用野生稻种质资源和多组学的研究相对滞后。为了给药用野生稻资源保护和育种研究提供参考依据，本文从种质资源研究、基因组... 详细信息

药用野生稻具有丰富的遗传多样性并含有大量的优异基因，是稻类遗传资源的重要组成部分。与其他野生稻相比，药用野生稻种质资源和多组学的研究相对滞后。为了给药用野生稻资源保护和育种研究提供参考依据，本文从种质资源研究、基因组研究、转录组研究和蛋白组研究这4个方面对药用野生稻遗传学研究现状及其进展进行评述，并对其研究前景进行展望。

关键词：药用野生稻种质资源多组学