检索结果-南通市图书馆

同义密码子通过精微翻译选择机制实现对基因的表达调控

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

微生物学报 2022年第10期62卷 3681-3695页

作者：冯茜莉王慧慧汪梦竹赵泽阳周建华西北民族大学生物医学研究中心甘肃兰州730030 西北民族大学生命科学与工程学院甘肃兰州730010 中国农业科学院兰州兽医研究所甘肃兰州730046

自然界中,同义密码子的存在使得众多氨基酸能够同时被多种密码子编码合成。随着研究的深入,同义密码子使用偏嗜性发挥出的生物学功能已经渗透到了基因复制、转录、翻译以及化学修饰等生命活动过程中。基于同义密码子使用偏嗜性的生物学... 详细信息

自然界中,同义密码子的存在使得众多氨基酸能够同时被多种密码子编码合成。随着研究的深入,同义密码子使用偏嗜性发挥出的生物学功能已经渗透到了基因复制、转录、翻译以及化学修饰等生命活动过程中。基于同义密码子使用偏嗜性的生物学特性,陆续发现密码子对(codon pair)和密码子共现(codon co-occurrence)同样在使用模式上存在明显的偏嗜性。在基因表达的过程中,针对编码序列的密码子优化能够显著提升基因的表达水平,这在生物工程领域对于蛋白表达有着重要的生物学意义。此外,同义密码子使用模式在调控基因转录、化学修饰以及翻译过程中间接控制着细胞内生命活动的有序性。而这些与同义密码子使用模式有着千丝万缕联系的生命过程主要是受精微翻译选择压力来调控运行的。本文中,我们结合当前同义密码子使用模式介导的精微翻译选择压力,简述密码子使用模式如何从转录、化学修饰以及翻译等方面来影响基因表达及蛋白产物生物学功能。这将为今后生物工程学领域如何优化蛋白高效表达以及深入研究重要生物学活动中基因表达调控提供可参考的思路与理念。

关键词：同义密码子精微翻译选择压力调控基因表达生物工程

基于拟氨基酸编码方法的同义密码子的偏好性与结合强度的相关性研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

物理学报 2009年第6期58卷 4295-4300页

作者：朱平高雷徐振源江南大学理学院无锡214122 江南大学信息工程学院无锡214122

计算了基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的相对使用度,分析了78个人类基因(19967个密码子)中基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的偏好使用情况.石秀凡等的研究结果显示了人类基因中基于基因组基因编码方法下,对同义密码子的选择在... 详细信息

计算了基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的相对使用度,分析了78个人类基因(19967个密码子)中基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的偏好使用情况.石秀凡等的研究结果显示了人类基因中基于基因组基因编码方法下,对同义密码子的选择在所有密码子家族中仍都呈现明显一致的偏好.即偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子,恰好是以c结尾的密码子;且避免使用结合作用中度的密码子.依据结果和数据分析,推测人类基因对密码子的选择除了受基因组结构中isochore和基因签名的影响外,还和密码子-反密码子结合强度密切相关.这些因素共同作用于人类基因,从而在所有密码子家族中都呈现出对同义密码子明显一致的偏好现象.文中则是展示了上述性质在拟氨基酸编码方法下,这些特征不但存在,而且更为明显.

关键词：拟氨基酸编码方法同义密码子偏好人类基因

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

同义密码子携带多少蛋白质二级结构信息

生物物理学报 2003年第1期19卷 41-46页

作者：李炜疆宋江宁江南大学工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214036

应用信息论方法考察了大肠杆菌和人两种生物的同义密码子用语和蛋白质二级结构的关联情况。研究结果表明:大肠杆菌和人的基因组中都存在着一些同义密码子明显携带有蛋白质二级结构信息,尽管这些信息量都很小;同义密码子与蛋白质二级结... 详细信息

应用信息论方法考察了大肠杆菌和人两种生物的同义密码子用语和蛋白质二级结构的关联情况。研究结果表明:大肠杆菌和人的基因组中都存在着一些同义密码子明显携带有蛋白质二级结构信息,尽管这些信息量都很小;同义密码子与蛋白质二级结构的关联是种属特异的。

关键词：同义密码子蛋白质二级结构信息论统计关联

同义密码子的使用偏好性对蛋白质折叠速率的影响

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物物理学报 2013年第8期29卷 603-613页

作者：于志芬李瑞芳内蒙古师范大学物理与电子信息学院呼和浩特010022

在现有蛋白质折叠速率数据库和相关文献的数据基础上,建立了一个较大的蛋白质折叠速率库,并在其中收集了相关的核酸序列的信息,然后计算了每一条蛋白对应的核酸序列的同义密码子使用度。在此基础上,对每类蛋白质分析了它们相应核酸序列... 详细信息

在现有蛋白质折叠速率数据库和相关文献的数据基础上,建立了一个较大的蛋白质折叠速率库,并在其中收集了相关的核酸序列的信息,然后计算了每一条蛋白对应的核酸序列的同义密码子使用度。在此基础上,对每类蛋白质分析了它们相应核酸序列同义密码子的使用度与蛋白质折叠速率之间的关系。结果表明,对于不同二级结构以及不同折叠类的每类蛋白质,都有一些密码子的使用偏好性与相应折叠速率显著相关。结果证实,在蛋白质折叠过程中,同义密码子的使用偏好性可能起着重要的作用。

关键词：同义密码子使用偏好性蛋白质折叠速率相关性

同义密码子使用模式控制核糖体扫描节律的分子机制

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

农业生物技术学报 2024年第5期32卷 1178-1187页

作者：高明阳吴玉湖杨宣叶王进千胡欣妍周建华西北民族大学生物医学研究中心生物工程与技术国家民委重点实验室甘肃省动物细胞技术创新中心西北民族大学生命科学与工程学院中国农业科学院兰州兽医研究所

翻译过程中新生多肽链的正确折叠是蛋白质具备生物学活性的基石，但往往新生多肽链正确形成空间构象需通过共翻译折叠机制才能实现。在核糖体翻译mRNA序列时同义密码子使用模式的生物遗传学效应至关重要。越来越多的研究表明，虽然同义... 详细信息

翻译过程中新生多肽链的正确折叠是蛋白质具备生物学活性的基石，但往往新生多肽链正确形成空间构象需通过共翻译折叠机制才能实现。在核糖体翻译mRNA序列时同义密码子使用模式的生物遗传学效应至关重要。越来越多的研究表明，虽然同义密码子使用模式的改变不能影响多肽的氨基酸组成，但其使用模式的偏嗜性对相同多肽链空间构象的影响深远，特别是在调控核糖体翻译过程中的运动节律方面。本综述旨在说明同义密码子使用模式在翻译过程中的重要作用及其对翻译动力学的影响机制，同时明确其在蛋白质能否正确折叠成天然构象过程中的重要作用。同义密码子也与许多疾病有重要联系，本文为蛋白质合成以及核糖体运动节律失调所致疾病的相关研究提供思路。

关键词：多肽链共翻译折叠核糖体同义密码子停滞

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

同义密码子使用偏嗜性的统计分析

数学杂志 2011年第5期31卷 962-966页

作者：赵则春武汉大学生命科学学院湖北武汉430072

本文利用已知序列的四种物种:人、鸭、鸡、猪的A型流感病毒基因序列.利用生物统计的方法:相关分析(Correlation Analysis)和对应分析(Correspondence Analysis)、SAS程序、MATLAB程序以及CodonW软件对四种常见物种基因的主要密码子的12... 详细信息

本文利用已知序列的四种物种:人、鸭、鸡、猪的A型流感病毒基因序列.利用生物统计的方法:相关分析(Correlation Analysis)和对应分析(Correspondence Analysis)、SAS程序、MATLAB程序以及CodonW软件对四种常见物种基因的主要密码子的12个重要的亚型进行了密码子偏好性的分析,并将分析结果进行偏嗜性比较.结果表明基因表达程度并不会影响密码子使用偏嗜性.

关键词：同义密码子偏嗜性基因对应分析相关分析 SAS MATLAB

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

同义密码子的反常蛋白质二级结构偏好性

中国生物化学与分子生物学报 2003年第4期19卷 441-444页

作者：李晓琴罗辽复刘次全内蒙古大学理工学院和浩特010021 中国科学院昆明动物所昆明650223

统计分析了 119种人蛋白质和 92种大肠杆菌蛋白质的mRNA序列和蛋白质二级结构的关系 .从二肽频数出发 ,研究了同义密码子使用对蛋白质二级结构的影响 ,证明其影响在 10 %到 2 0 %的量级 .对于人和大肠杆菌 ,在 90 %置信水平上 ,4 0 0对... 详细信息

统计分析了 119种人蛋白质和 92种大肠杆菌蛋白质的mRNA序列和蛋白质二级结构的关系 .从二肽频数出发 ,研究了同义密码子使用对蛋白质二级结构的影响 ,证明其影响在 10 %到 2 0 %的量级 .对于人和大肠杆菌 ,在 90 %置信水平上 ,4 0 0对二肽中分别有 79对和 6 0对 ,在 95 %置信水平上 ,分别有 4 5对和 36对二肽的相应密码子二联体具有不同于氨基酸的反常二级结构偏好性。

关键词：同义密码子反常蛋白质二级结构偏好性 mRNA序列

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

华中科技大学学报（自然科学版） 2003年第12期31卷 111-113页

作者：胡秀珍肖奕内蒙古工业大学物理系华中科技大学物理系

对人体 1 1 7个蛋白质和大肠杆菌的 1 85个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析 ,发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信... 详细信息

对人体 1 1 7个蛋白质和大肠杆菌的 1 85个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析 ,发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大 ,而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多 .同时 ,证明了在相对信息剩余大于等于 3 0 %的情况下 ,Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息 ;此外A ,N ,D ,R ,H ,C ,Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息 .

关键词：蛋白质二级结构同义密码子密码-氨基酸关联熵氨基酸-氨基酸关联熵

BVDV-2d毒株的分离鉴定及同义密码子使用模式分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

江苏农业学报 2024年第11期40卷 2111-2121页

作者：杨宣叶高明阳胡欣妍王进千王慧慧丁玉林曹小安马晓霞西北民族大学生物医学研究中心/生物工程与技术国家民委重点实验室甘肃兰州730030 西北民族大学生命科学与工程学院甘肃兰州730010 中国农业科学院兰州兽医研究所动物疫病防控全国重点实验室甘肃兰州730046 内蒙古农业大学兽医学院动物疾病临床诊疗技术重点实验室内蒙古呼和浩特010018

本研究通过对腹泻犊牛肠道内容物中分离到的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)毒株进行分析,首次确认该毒株为BVDV-2d亚型,命名为22-Gansu-F3。通过病毒分离、鉴定及全基因组测序,本研究不仅探讨了腹泻犊牛肠道的病理变化,还分析了其同义密码子使... 详细信息

本研究通过对腹泻犊牛肠道内容物中分离到的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)毒株进行分析,首次确认该毒株为BVDV-2d亚型,命名为22-Gansu-F3。通过病毒分离、鉴定及全基因组测序,本研究不仅探讨了腹泻犊牛肠道的病理变化,还分析了其同义密码子使用模式的遗传特征。结果表明,在开放阅读框中,CpG二核苷酸的使用频率显著降低,并且在选择同义密码子的过程中,精氨酸对含CpG同义密码子的使用具有显著抑制作用。为了进一步明确不同功能性蛋白质编码序列的同义密码子使用模式的遗传学特征,本研究比较了不同编码序列的同义密码子使用差异,发现N^(pro)和NS4A的编码区在同义密码子使用上与其他蛋白质显著不同。此外,BVDV-2d型22-Gansu-F3毒株的不同蛋白质编码区在适应猪、羊和骆驼的同义密码子使用模式上表现出良好的适应性,为这些动物体内病毒蛋白的翻译提供了潜在的物质基础。本研究结果为中国BVDV-2型的进化动态提供了新的理论依据,并为预防该亚型成为中国主要流行亚型提供了早期预警。

关键词：牛病毒性腹泻病毒 BVDV-2d 病理变化同义密码子遗传

维普期刊数据库博看期刊