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同义密码子的使用偏好性对蛋白质折叠速率的影响

The Influence of Synonymous Codon Bias on Protein Folding Rates

作     者:于志芬 李瑞芳 

作者机构:内蒙古师范大学物理与电子信息学院呼和浩特010022 

出 版 物:《生物物理学报》 (Acta Biophysica Sinica)

年 卷 期:2013年第29卷第8期

页      面:603-613页

学科分类:071011[理学-生物物理学] 0710[理学-生物学] 07[理学] 

基  金:内蒙古自治区自然科学基金项目(2012MS0115)~~ 

主  题:同义密码子 使用偏好性 蛋白质折叠速率 相关性 

摘      要:在现有蛋白质折叠速率数据库和相关文献的数据基础上,建立了一个较大的蛋白质折叠速率库,并在其中收集了相关的核酸序列的信息,然后计算了每一条蛋白对应的核酸序列的同义密码子使用度。在此基础上,对每类蛋白质分析了它们相应核酸序列同义密码子的使用度与蛋白质折叠速率之间的关系。结果表明,对于不同二级结构以及不同折叠类的每类蛋白质,都有一些密码子的使用偏好性与相应折叠速率显著相关。结果证实,在蛋白质折叠过程中,同义密码子的使用偏好性可能起着重要的作用。

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