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南极恩克斯堡岛土壤中可培养细菌多样性

微生物学通报 2020年第6期47卷 1709-1720页

作者：张雨欣罗玮俞勇曾胤新赵文玉李会荣大理大学药学与化学学院云南大理671000 自然资源部中国极地研究中心上海200136 长沙理工大学化学与食品工程学院湖南长沙410114

【背景】南极地区环境苛刻植被稀少,无冰区面积约占其总面积的0.4%,但是土壤中存在着丰富的微生物群落,对于极地微生物资源仍需要进一步挖掘。【目的】获得南极恩克斯堡岛土壤中可培养细菌多样性信息。【方法】对来源于南极恩克斯堡岛的... 详细信息

【背景】南极地区环境苛刻植被稀少,无冰区面积约占其总面积的0.4%,但是土壤中存在着丰富的微生物群落,对于极地微生物资源仍需要进一步挖掘。【目的】获得南极恩克斯堡岛土壤中可培养细菌多样性信息。【方法】对来源于南极恩克斯堡岛的5个土壤样品采用直接涂布、微好氧富集和有氧富集后涂布3种方法进行细菌分离培养。【结果】共获得144株可培养细菌,分布于5门30个属。这些菌株来自变形菌门(Proteobacteria,38.9%)、放线菌门(Actinobacteria,34.0%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.2%)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus,3.5%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,1.4%)等。不同土壤样品中可培养细菌多样性存在差异。企鹅粪土中Bacillus是主要属类;Pseudomonas、Streptomyces在植被覆盖区土壤中是优势菌属;Psychrobacter在湖水边土壤中是优势属类,Flavobacterium、Chryseobacterium仅从该样品中分离得到;放线菌门类在干燥土壤样中占优势,Pseudarthrobacter、Rhodococcus、Microbacterium等属仅从这类干燥样品中分离出。经16S rRNA基因序列对比发现,有2株菌为潜在新种。【结论】南极恩克斯堡岛土壤中存在可开发利用的菌种资源,本文为研究该地细菌多样性提供一定的基础数据。

关键词：可培养细菌多样性分离南极

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丛生盔形珊瑚共附生可培养真菌

微生物学通报 2013年第8期40卷 1531-1532页

作者：邱并生 <微生物学通报>编委会北京100101

海洋中蕴藏着目前尚无法估量的微生物未知种群和资源，在众多海洋生态系统中，珊瑚礁生态系统是海洋中物种多样性程度最高的生态类型，其中几乎生活着所有海洋生物的门类。随着海洋天然产物和海洋药物研究的不断深入，海洋共附生微生物... 详细信息

海洋中蕴藏着目前尚无法估量的微生物未知种群和资源，在众多海洋生态系统中，珊瑚礁生态系统是海洋中物种多样性程度最高的生态类型，其中几乎生活着所有海洋生物的门类。随着海洋天然产物和海洋药物研究的不断深入，海洋共附生微生物，特别是热带珊礁无脊椎动物来源的共附生生物，引起了人们的广泛关注。珊瑚共附生真菌的研究可能揭示珊瑚的生存能力和健康状态，同时又是开发利用海洋真菌的重要种质资源。

关键词：丛生盔形珊瑚共附生可培养多样性系统发育分析

印度洋深海热液区可培养细菌的分子鉴定与系统发育分析

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海洋科学进展 2009年第2期27卷 193-200页

作者：刘艳黄晓航何培青彭亚林林学政安利国山东师范大学生命科学学院动物抗性生物学重点实验室山东济南250014 国家海洋局第一海洋研究所山东青岛266061 海洋生物活性物质国家海洋局重点实验室山东青岛266061

采用MMJ HS寡营养培养基从印度洋深海热液区沉积物和热液硫化物中分离获得16株细菌,通过16SrDNA序列比对和生理生化分析,对它们进行了鉴定并构建了系统发育树。结果表明,12株细菌属于γ-变型菌(γ-Gammaproteobacteria),其中6株属于盐... 详细信息

采用MMJ HS寡营养培养基从印度洋深海热液区沉积物和热液硫化物中分离获得16株细菌,通过16SrDNA序列比对和生理生化分析,对它们进行了鉴定并构建了系统发育树。结果表明,12株细菌属于γ-变型菌(γ-Gammaproteobacteria),其中6株属于盐单胞菌属(Halomonas),4株属于嗜冷杆菌属(Psychrobacter),2株属于食碱菌属(Alcanivorax);其余4株属于芽孢杆菌(Bacillus),其中1株为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)。分离获得的16株细菌中,4株为革兰氏阳性细菌,12株为革兰氏阴性细菌;H2S反应、吲哚测定反应、M.R和V-P均呈阴性。本研究为深入认识和开发利用深海热液区微生物资源奠定了基础。

关键词：深海热液区可培养 16S rDNA基因细菌多样性

浙江镇海潮间带沉积物中可培养微生物初步研究

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海洋学研究 2012年第4期30卷 65-71页

作者：郑莹霍颖异中国大洋矿产资源研究开发协会北京100080 国家海洋局第二海洋研究所国家海洋局海洋生态系统与生物地球化学重点实验室浙江杭州310012

针对浙江镇海潮间带沉积物样品,采用纯培养法分离培养海洋微生物,并基于16SrRNA基因序列,开展系统发育学研究,分析沉积物细菌群落结构及多样性。分离获得细菌39株,16SrRNA基因序列分析表明,这些菌株分别属于厚壁菌门Firmicutes(51.3%)... 详细信息

针对浙江镇海潮间带沉积物样品,采用纯培养法分离培养海洋微生物,并基于16SrRNA基因序列,开展系统发育学研究,分析沉积物细菌群落结构及多样性。分离获得细菌39株,16SrRNA基因序列分析表明,这些菌株分别属于厚壁菌门Firmicutes(51.3%)、变形杆菌门Proteobacteria(30.8%)、拟杆菌门Bacteroidetes(15.4%)和放线菌门Actinobacteria(2.6%)4个类群。厚壁菌门和变形杆菌门的菌株主要归属于芽孢杆菌纲Bacilli和α-变形杆菌纲Alphaproteobacteria,它们可能在近海海洋生态系统的元素地球化学循环中发挥了重要作用。此外,部分菌株16SrRNA基因序列与已报道物种的相似性较低,可能代表了新的分类单元。研究丰富了浙江近海微生物种质资源,并拓展了对浙江近海可培养细菌多样性的认识,为今后开发利用海洋微生物资源积累了资料。

关键词：浙江镇海潮间带沉积物细菌可培养系统发育

烟草可培养内生细菌16S rDNA的PCR-RFLP和系统发育分析

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中国烟草学报 2012年第1期18卷 92-100,105页

作者：陈泽斌夏振远雷丽萍陈海如云南农业大学植物保护学院昆明650201 云南省烟草农业科学研究院云南玉溪653100

为了解烟草内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基和稀释平板法从不同生长期的烟草的根、茎、叶中分离得到127株内生细菌。利用细菌16S rDNA特异引物扩增得到16S rDNA的部分片段,长约700 bp,分别用内切酶MspⅠ、HaeⅢ、AfaⅠ、HinfⅠ对... 详细信息

为了解烟草内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基和稀释平板法从不同生长期的烟草的根、茎、叶中分离得到127株内生细菌。利用细菌16S rDNA特异引物扩增得到16S rDNA的部分片段,长约700 bp,分别用内切酶MspⅠ、HaeⅢ、AfaⅠ、HinfⅠ对扩增产物进行限制性酶切。16S rDNA PCR-RFLP分析中,在100%相似性水平处,除了cj23、ty16、cg23、wy6、cj25、wy13、my23、ty7、cj14、cg25、cg2、cj13、my11,my27单独成群外,其余菌株分为15个分类操作单元,其中Otu1、Otu2,Otu27类群最大,分别包括了27、18,26个菌株。对29个代表菌株16S rDNA序列系统发育分析表明,这些菌株主要分布于芽孢杆菌(Bacillus)分支,其余菌株分布于葡萄球菌属(Staphylococcus)、微杆菌属(Microbacterium)、单胞菌属(Sphingomonas)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、土壤杆菌属(Agrobac-terium)、根瘤菌属(Rhizobium)、纳西杆菌属(Naxibacter)、贪铜菌属(Cupriavidus)、寡养食单胞菌属(Stenotrophomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)、泛菌属(Pantoea)、克雷伯菌属(Klebsiella)、Bifissio属系统发育分支。通过Shannon多样性指数对不同生长期分离到的菌株进行多样性分析和比较,结果表明团棵期叶片中分离到的内生细菌多样性最大,随后是旺长期,苗期次之,成熟期最小。

关键词：烟草可培养内生细菌 RFLP

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石林石漠化地区可培养石生真菌多样性研究

西南农业学报 2019年第6期32卷 1397-1403页

作者：陈晓溪熊忠平李选文聂中良张珊凌溪熊智西南林业大学生命科学学院

【目的】为开发利用石林石漠化地区石生真菌资源、探索石生真菌对碳酸盐岩风化及矿化作用提供理论基础。【方法】实验采用PDA和MEA培养基对采集自石林石漠化地区的40份岩石样品进行石生真菌的分离纯化,并观察分离得到的石生真菌的形态... 详细信息

【目的】为开发利用石林石漠化地区石生真菌资源、探索石生真菌对碳酸盐岩风化及矿化作用提供理论基础。【方法】实验采用PDA和MEA培养基对采集自石林石漠化地区的40份岩石样品进行石生真菌的分离纯化,并观察分离得到的石生真菌的形态显微结构、分析rDNA-ITS序列同源性。【结果】从40份岩石样品中共分离获得68株石生真菌,分别隶属于2门5纲7目8科8属12种。其中31株镰刀菌属( Fusarium )、9株毛壳菌属( Chaetomium )、7株曲霉属( Aspergillus )、6株葡萄座腔菌属( Botryosphaeria )、5株青霉属( Penicillium )、4株粪壳菌属( Sordaria )、3株毛霉属( Mucor )、3株被孢霉属( Mortierella Coemans )。镰刀菌属、毛壳菌属、曲霉属具较高相对分离率,分别为45.58 %、13.23 %、10.29 %。【结论】综合两种培养基,石生真菌的Shannon-Weiner多样性指数为2.41922。石林石漠化地区石生真菌多样性丰富。

关键词：石林石漠化石生真菌可培养多样性

食用玫瑰花瓣可培养内生细菌的分离及多样性分析

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西南农业学报 2016年第6期29卷 1408-1413页

作者：陈泽斌陈兴位夏体渊林丽任禛靳松华金珠李健文昆明学院农学院云南昆明650214 云南省都市特色农业工程技术研究中心云南昆明650214 云南省农业科学院农业环境资源研究所云南昆明650205

采用稀释涂布平板法,从食用玫瑰花瓣中分离到219株内生细菌。利用细菌菌落表征性状和16S rDNA序列对这些内生细菌进行了多样性分析。通过数值分析比较了8个菌落形态表征性状,以类平均连锁聚类法的方式进行聚类分析,在3.60的水平上可分成... 详细信息

采用稀释涂布平板法,从食用玫瑰花瓣中分离到219株内生细菌。利用细菌菌落表征性状和16S rDNA序列对这些内生细菌进行了多样性分析。通过数值分析比较了8个菌落形态表征性状,以类平均连锁聚类法的方式进行聚类分析,在3.60的水平上可分成6个表观群。16S rDNA序列分析表明219株内生细菌可分为10个类群。经测序比对分析表明,这219株内生细菌分别与Gen Bank中3类细菌中的10个已知种相似性达到98.51%~100%。其中约氏不动杆菌（Acinetobacter johnsonii）、嗜麦寡养食单胞菌（Stenotrophomonas maltophilia）、Enhydrobacter aerosaccus是食用玫瑰花瓣可培养内生细菌的优势种群。

关键词：食用玫瑰花瓣可培养内生细菌微生物多样性

沙棘植物根际土壤中参与氮素循环的可培养细菌多样性研究

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沙棘植物根际土壤中参与氮素循环的可培养细菌多样性研究

作者：伏笑融西北师范大学

学位级别：硕士

为了探究青藏高原东缘天祝金强河地区与甘南地区沙棘属植物根际土壤中可培养氮循环细菌群落结构的多样性,以甘南地区和天祝金强河地区的沙棘根际土壤为材料,采用菌落计数法计算土壤中各类氮循环细菌的数量,采用十倍稀释法分离可培养的... 详细信息

为了探究青藏高原东缘天祝金强河地区与甘南地区沙棘属植物根际土壤中可培养氮循环细菌群落结构的多样性,以甘南地区和天祝金强河地区的沙棘根际土壤为材料,采用菌落计数法计算土壤中各类氮循环细菌的数量,采用十倍稀释法分离可培养的氮循环的细菌,通过形态学观察和生理生化试验相结合的方法对分离得到的菌株进行鉴定。对沙棘属植物根际土壤氮循环细菌的数量进行分析,可知,天祝金强河地区西藏沙棘根际土壤的硝化细菌在每克干土的数量约为1.67±0.44.81±0.65×10CFU,固氮菌在每克干土的数量约为7.05±0.716.00±0.59×10CFU。甘南地区西藏沙棘根际土壤中的硝化细菌在每克干土中的数量约为0.43±0.06.69±0.81×10CFU,固氮菌在每克干土的数量约为3.01±0.39.23±0.69×10CFU。甘南地区中国沙棘根际土壤中的硝化细菌在每克干土中的数量约为5.54±0.341.19±0.61×10CFU,固氮菌在每克干土的数量约为4.09±0.61.15±0.57×10CFU,反硝化细菌在每克干土的数量约为0.69±0.37×10CFU。本研究共分离得到220株参与氮循环的细菌,从天祝金强河地区分离得到90株氮循环的细菌,从甘南地区共分离得到130株氮循环的细菌。本研究从天祝金强河地区西藏沙棘根际土壤中分离得到51株4属硝化细菌,分别为芽孢杆菌属(Bacillus)、亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、亚硝化胶团菌属(Nirtosogloea)和亚硝化球菌属(Nitrosococcus),分离得到39株3属固氮菌,分别为固氮细菌属(Azotobacter)、氮单胞菌属(Azomonas)和德克斯氏菌属(Derxia)。从甘南地区西藏沙棘根际土壤中分离得到硝化细菌32株4属,分别为芽孢杆菌属(Bacillus)、亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、亚硝化胶团菌属(Nirtosogloea)和亚硝化球菌属(Nitrosococcus),固氮菌21株2属,分别为固氮细菌属(Azotobacter)和氮单胞菌属(Azomonas),未分离到反硝化细菌。从甘南地区中国沙棘根际土壤中分离得到硝化细菌50株5属,分别为芽孢杆菌属(Bacillus)、亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、亚硝化胶团菌属(Nirtosogloea),亚硝化球菌属(Nitrosococcus)和亚硝化囊菌属(Nitrosocystis),固氮菌26株3属,分别为固氮细菌属(Azotobacter)、氮单胞菌属(Azomonas)和德克斯氏菌属(Derxia),1株反硝化细菌,属于芽孢杆菌属(Bacillus)。研究结果表明,天祝金强河地区秋季样品中硝化细菌数量最丰富,冬季样品中硝化细菌的群落多样性最丰富。固氮菌在冬季样品中数量和多样性最丰富。甘南地区西藏沙棘根际土壤样品中合作市尕海乡的硝化细菌数量和群落多样性最为丰富。合作市尕秀乡固氮菌的数量和群落多样性最为丰富。采自甘南地区中国沙棘根际土壤的样品中,硝化细菌的数量和群落多样性最为丰富的是和政县药水峡太子山保护区。固氮菌的数量和群落多样性最为丰富的是合作市博拉乡。仅从合作市博拉乡分离得到1株反硝化细菌,属于芽孢杆菌属。

关键词：天祝金强河地区甘南地区沙棘根际土壤可培养氮循环细菌多样性

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油藏厌氧微生物多样性与可培养研究

油藏厌氧微生物多样性与可培养研究

作者：陈月中国农业科学院

学位级别：硕士

石油等化石燃料是当前城市化社会的主要能源。随着能源需求量急剧增加,可开采的石油储量减少;同时,采用传统的采油技术油田,仍有一半以上的原油难以开采。微生物采油技术可通过微生物作用,将油藏中残余的原油转化为气体进行开采,从而提... 详细信息

石油等化石燃料是当前城市化社会的主要能源。随着能源需求量急剧增加,可开采的石油储量减少;同时,采用传统的采油技术油田,仍有一半以上的原油难以开采。微生物采油技术可通过微生物作用,将油藏中残余的原油转化为气体进行开采,从而提高原油回收率。油藏是一类富含有机物和无机化合物、高温、高压、高盐的独特缺氧环境,在长期的净化和自然选择过程中形成了特殊的微生物种群结构,蕴藏着丰富的厌氧微生物“暗物质”,具有特殊的遗传代谢特征和环境适应机制。因此,开展油藏厌氧微生物分离培养可为认识生命起源、发掘新型代谢机制、推动油藏生物气化技术提供重要的物质资源。本研究以高温油藏样品为分离源,利用多重培养条件,开展了古菌等未培养厌氧微生物的富集,通过多孔板高通量分离技术、涂布平板技术等技术对油藏厌氧微生物进行分离和鉴定。取得的主要研究成果如下:(1)富集得到了古菌Thermoplasmata,Bathyarchaeia和Thermococci。Thermoplasmata的相对丰度增加了7%左右,Bathyarchaeia的相对丰度增加了21%左右,Thermococci的相对丰度增加了65%左右。(2)分离获得厌氧微生物102株,其中56株纯培养菌株和已知物种的16s r RNA基因序列相似度大于等于98.65%,46株纯培养菌株和已知物种的16s r RNA基因序列相似度小于98.65%。和已知物种的16s r RNA相似度小于98.65%的46株培养物,代表了46个新物种,分类地位处于新属或者新种水平。分离获得的102株纯培养物中,有20株纯培养物属于古菌,分布于Methanobacteriaceae、Methanomicrobiaceae这两个科中。有82株纯培养物属于细菌,分布于Synergistaceae、Shewanellaceae、Deferribacteraceae、Petrotogaceae、Bifidobacteriaceae、Mycobacteriaceae这6个科中。(3)鉴定了一株细菌M3-1。菌株M3-1是一株厌氧,不产芽孢,没有鞭毛,直杆状或微微弯曲,大小约为0.4-0.7 um×2.3-4.5 um,革兰氏阴性细菌。它的温度生长范围为30-60℃,最适温度为45℃。它的p H生长范围为5.5-8.5,最适p H为7.0。它的盐耐受性范围为0-110 g/l,最适盐浓度为20 g/l。它可以利用NaSO、NaSO、单质硫作为电子受体。其主要细胞脂肪酸为iso-C(41.53%)、C(26.18%)和iso-C(5.66%),GC含量为53.04 mol%。(4)菌株M3-1与氢营养型(H/CO型)产甲烷菌Methanoculleus receptaculi ZC-2共培养时可以利用氨基酸,并且产生了甲烷和乙酸,且体系内的氢分压处于较低状态,由此推测菌株M3-1可能具有代谢氨基酸的能力。

关键词：油藏厌氧微生物多样性可培养 Synergistaceae