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荧光原位杂交技术在前列腺癌诊断中应用研究

荧光原位杂交技术在前列腺癌诊断中应用研究

作者：何亮广西医科大学

学位级别：硕士

目的：本研究通过荧光原位杂交技术（FISH）对前列腺癌组织的TMPRSS2（21q22.2）与ERG（21q22.3）、ETV1（7p21.2）、ETV4（17q21）基因融合情况进行检测,评估其诊断价值,探讨TMPRSS2/ERG融合基因作为种前列腺癌新的诊断指标是否具有可... 详细信息

目的：本研究通过荧光原位杂交技术（FISH）对前列腺癌组织的TMPRSS2（21q22.2）与ERG（21q22.3）、ETV1（7p21.2）、ETV4（17q21）基因融合情况进行检测,评估其诊断价值,探讨TMPRSS2/ERG融合基因作为种前列腺癌新的诊断指标是否具有可行性,以期提高前列腺癌诊断率。方法：收集44例前列腺癌及20例良性前列腺增生组织标本,应用三组FISH探针分别检测TMPRSS2/ERG、TMPRSS2/ETV1及TMPRSS2/ETV4融合基因。与病理诊断结果相比较,评估FISH诊断的特异度和敏感度,并分析PSA与TMPRSS2/ERG融合基因的相关性。结果：FISH诊断前列腺癌敏感度为70.5%（31/44）,其中TMPRSS2/ERG为59.1%（26/44）, TMPRSS2/ETV1为9.1%（4/44）, TMPRSS2/ETV4为2.3%（1/44）,总体特异度为100%（20/20）。PSA与TMPRSS2/ERG融合基因之间无相关。结论：FISH检测TMPRSS2/ETS（ERG、ETV1、ETV4）融合基因诊断前列腺癌中敏感性和特异性均较高,有广阔的临床应用前景,目前可作为一种新的前列腺癌辅助诊断方法。TMPRSS2/ERG融合基因可作为一种前列腺癌新的诊断指标。

关键词：原位荧光杂交 TMPRSS2-ERG融合基因前列腺癌诊断

尿路肿瘤细胞多重荧光PCR微卫星不稳定和荧光原位杂交的联合诊断

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海南医学 2011年第8期22卷 133-136页

作者：吴晓斌赖仁胜贺亚敏杜益群郑燕影孙怡南京中医药大学附属医院病理科国家中管局三级分子生物实验室江苏南京210029

目的研究泌尿系统脱落细胞的微卫星、荧光原位杂交联合分子病理诊断。方法使用ABI试剂和ABI3100仪器应用多重荧光PCR(TGFbRII、IFNA、D9S171、D9S283、D4S243、D9S162、D17S695)和FISH法(CSP3/CSP7DNA探针,GLP P16/CSP17DNA探针)分别检测患者尿路脱落细胞的微卫星不稳定和缺失,结合HE染色进行联合诊断。结果 35例尿液样本:泌尿系肿瘤组15例,发现6例高频度微卫星不稳定(MSI-H),8例低频度微卫星不稳定(MSI-L),1例微卫星稳定(MSS),诊断阳性敏感度达93%;另外膀胱癌术后复查组6例,血尿及尿路上皮轻度异型组7例,正常体检组7例中,在血尿及轻度异型组发现1例MSI-L,其余均为MSS,阴性诊断特异率达95%。在6例联合检测组中,发现2例FISH阳性,1例MSI-L。结论尿路肿瘤细胞的微卫星和FISH联合检测可作为膀胱肿瘤诊断和监测复发的有效非侵袭性检测方法,但还需扩大样本进一步研究。

关键词：尿路肿瘤细胞微卫星不稳定多重荧光PCR 原位荧光杂交

苯并[a]芘对人支气管上皮细胞H19与SAHH表达的影响

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环境与职业医学 2018年第4期35卷 316-322页

作者：傅晔杨瑾王武斌张红杰刘艳丽牛莹莹山西医科大学公共卫生学院劳动卫生学教研室山西太原030001

[目的]探讨苯并[a]芘(BaP)对人支气管上皮细胞(16HBE)长链非编码RNA(lncRNA)H19和S-腺苷高半胱氨酸水解酶(SAHH)表达的影响,并初步探究H19和SAHH的关系。[方法]用不同浓度(1、2、4、8、16、32μmol/L)BaP染毒16HBE细胞24 h,设置未处理组... 详细信息

[目的]探讨苯并[a]芘(BaP)对人支气管上皮细胞(16HBE)长链非编码RNA(lncRNA)H19和S-腺苷高半胱氨酸水解酶(SAHH)表达的影响,并初步探究H19和SAHH的关系。[方法]用不同浓度(1、2、4、8、16、32μmol/L)BaP染毒16HBE细胞24 h,设置未处理组(仅加培养液)和溶剂对照组;以16μmol/L BaP染毒16HBE细胞不同时间(1、2、4、8、12、24 h),以0 h为对照组。用实时荧光定量逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测H19的表达水平;通过免疫印迹试验(Western blot)检测SAHH的蛋白表达水平;采用lncRNA原位荧光杂交(FISH)技术结合激光共聚焦显微镜观察H19和SAHH的定位。[结果]RT-PCR结果显示,溶剂对照组与未处理组相比,H19表达差异无统计学意义。随着染毒浓度和时间的增加,16HBE细胞H19表达呈现逐渐升高的趋势。8、16、32μmol/L BaP染毒24 h及16μmol/L BaP染毒4、8、12、24 h时,H19表达量分别高于溶剂对照组和0 h组(均P荧光结果显示,H19和SAHH均在细胞质及细胞核中表达,表达主要分布在核周质及核膜;与0 h组相比,16μmol/L BaP染毒细胞24 h后H19在核周质处的荧光加强,而SAHH的荧光明显减弱,两者在胞质、胞核中共定位的荧光强度增加。[结论]BaP染毒可引起16HBE细胞H19表达升高而SAHH表达降低;H19与SAHH在细胞内的共定位表达提示两者可能存在相互作用。

关键词：苯并[a]芘长链非编码RNA H19 逆转录-聚合酶链式反应 S-腺苷高半胱氨酸水解酶原位荧光杂交

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淀粉结构对肠道微生物菌群分布状态的影响

粮食与饲料工业 2013年第5期 18-21,26页

作者：周中凯陈晓姗张岩郑排云杨艳天津科技大学食品工程与生物技术学院天津300457

为研究不同淀粉结构对肠道微生物菌群分布的影响,将两种直链淀粉含量不同的淀粉进行处理得到不同结构的淀粉底物,然后采用模拟人体肠道发酵模型进行体外发酵,利用原位荧光杂交技术测定发酵液中的主要菌群及产丁酸菌的分布状态,发现以快... 详细信息

为研究不同淀粉结构对肠道微生物菌群分布的影响,将两种直链淀粉含量不同的淀粉进行处理得到不同结构的淀粉底物,然后采用模拟人体肠道发酵模型进行体外发酵,利用原位荧光杂交技术测定发酵液中的主要菌群及产丁酸菌的分布状态,发现以快速发酵型淀粉为底物的发酵模型更有利于有益菌的增殖,而缓速发酵型的淀粉底物对产丁酸菌的增殖效果更为显著。

关键词：淀粉结构微生物发酵产丁酸菌原位荧光杂交

miR-3682在肝细胞癌中的表达及临床意义

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miR-3682在肝细胞癌中的表达及临床意义

作者：程晓英湖南师范大学

学位级别：硕士

目的:明确mi R-3682在肝细胞癌组织中的表达及其与临床预后之间的关系,为肝细胞癌患者诊断及预后评估提供理论依据。方法:本研究收集湖南省人民医院2017年1月1日至2018年12月1日原发性肝细胞癌患者手术切除标本(术前未行放化疗及免疫治... 详细信息

目的:明确mi R-3682在肝细胞癌组织中的表达及其与临床预后之间的关系,为肝细胞癌患者诊断及预后评估提供理论依据。方法:本研究收集湖南省人民医院2017年1月1日至2018年12月1日原发性肝细胞癌患者手术切除标本(术前未行放化疗及免疫治疗等辅助治疗措施)和相应的距癌缘2cm外的癌旁非浸润组织。通过原位荧光杂交技术检测mi R-3682在肝细胞癌及癌旁组织中的表达,并分析mi R-3682与临床特征的关系。对肝细胞癌患者术后生存时间进行随访,采用对数秩检验(Log-rank)单因素分析筛选可能影响肝细胞癌患者预后的危险因素,其后使用Cox多因素生存分析进行验证。结果:1.根据原位荧光杂交结果发现mi R-3682在肝细胞癌组织及相对应的癌旁组织均有高表达,但mi R-3682在肝细胞癌组织中的高表达率达52%,而癌旁组织中的高表达率为30%,经统计学分析结果提示,两组间差异表达具有统计学意义。2.按照不同临床参数分组,对不同分组之间mi R-3682的表达差异进行统计学分析,结果显示mi R-3682的表达和肿瘤细胞的分化程度、门静脉侵犯、TNM分期、复发相关(P0.05)。3.本研究随访结束时仍有5例患者存活,被归为删失数据,删失率为10%。对数秩检验单因素分析提示肝细胞癌术后患者预后与mi R-3682的高表达、分化程度、门静脉侵犯、TNM分期、复发相关(P<0.05)。COX多因素回归分析提示mi R-3682的高表达、分化程度、门静脉侵犯、TNM分期、复发是判断肝细胞癌患者预后的独立影响因素,即mi R-3682低表达、分化程度高、无门静脉侵犯、TNM分期早,无复发的患者预后比mi R-3682高表达、分化程度低、有门静脉侵犯、TNM分期晚、有复发的患者好(P<0.05)。结论:*** R-3682在肝细胞癌组织中的高表达,在相应的癌旁组织低表达,其表达与分化程度、门静脉侵犯、TNM分期、复发有关。*** R-3682的高表达、分化程度、门静脉侵犯、TNM分期、复发是肝细胞癌患者预后的独立危险因素,mi R-3682低表达、分化程度高、无门静脉侵犯、TNM分期早,无复发的患者预后比mi R-3682高表达、分化程度低、有门静脉侵犯、TNM分期晚、有复发的患者好。

关键词：肝细胞癌 miR-3682 原位荧光杂交预后

LncRNA出核关键蛋白的筛选及其促进出核机制探讨

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LncRNA出核关键蛋白的筛选及其促进出核机制探讨

作者：赵思旗大连医科大学

学位级别：硕士

背景克里克提出的中心法则概念,将遗传物质的传递解释为从DNA到RNA,再从RNA传递至蛋白质,即实现遗传信息的转录以及翻译的过程。特定的DNA片断作为生物遗传信息模板,以依赖于DNA的RNA聚合酶作为催化剂,通过碱基互补的原则来合成m RNA前... 详细信息

背景克里克提出的中心法则概念,将遗传物质的传递解释为从DNA到RNA,再从RNA传递至蛋白质,即实现遗传信息的转录以及翻译的过程。特定的DNA片断作为生物遗传信息模板,以依赖于DNA的RNA聚合酶作为催化剂,通过碱基互补的原则来合成m RNA前体。m RNA前体在细胞核内经过一系列的加工形成成熟m RNA,经过核孔复合体进入到细胞质中通过翻译产生蛋白质从而发挥生物功能。在这个过程中,成熟的m RNA能否顺利的转运出核对于蛋白质表达及功能发挥至关重要。已有研究发现,细胞中m RNA的转运出核是通过转录出核复合体(transcription-export,TREX)介导完成的,m RNA前体经过5’端加帽、去除内含子保留外显子的剪接,以及3’端加尾等过程形成成熟的m RNA,TREX复合体通过其组分Aly/REF与帽端结合蛋白CBP80相互作用从而富集到m RNA的5’端,之后与位于核膜附近的TAP/p15识别,在TAP/p15的介导下m RNA通过核孔复合体(nuclear pore complexes,NPCs)转运到细胞质中,完成出核过程。出核后的m RNA在细胞质中进入核糖体实现蛋白质的合成。除了能编码成蛋白发挥功能的m RNA,细胞中还存在大量不具备蛋白质编码能力的非编码RNA。人类基因组大约由30亿个碱基对所组成,但是仅有2%的基因序列被用于编码蛋白质,其余98%的基因序列都不能编码蛋白质。在这98%的非编码RNA大家族中,有一类长度大于200个核苷酸非编码RNA—长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)。Lnc RNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,是不具有生物学功能的。但是随着对lnc RNA研究不断深入,越来越多的发现表明lnc RNA在众多细胞过程中发挥重要作用,并与多种疾病尤其是肿瘤的发生发展密切关联。作为RNA的一种,lnc RNA和m RNA在多个方面具有相似性。在加工方面,lnc RNA和m RNA都是由RNA聚合酶Ⅱ转录形成的;二者都具有5’端加帽和剪接事件;在细胞定位方面,m RNA分布在细胞质中,而不同的lnc RNA具有不同的核质分布,绝大多数的lnc RNA分布于细胞质中或者同时分布在细胞核和细胞质中,这表明它们是需要在转录完成以后从细胞核进入细胞质中发挥生物学功能的。目前对于lnc RNA的研究中岀核过程了解较少,其出核作用机制尚不明确。Lnc RNA与m RNA出核机制是否具有相似之处,又是否存在特异性在lnc RNA出核中发挥作用的蛋白?基于以上问题,本课题选取lnc RNA为研究对象,对其出核机制进行了深入研究及探讨,进一步完善lnc RNA出核机制。方法为了探究lnc RNA出核机制,本实验室前期工作中纯化了三种lnc RNA:ANCR、LINC00998以及GAS5在He La细胞核中结合蛋白,并对其进行质谱分析。本课题将在此基础上进一步研究:1)首先将已得到的lnc RNA结合蛋白进行丰度排序,挑选在质谱结果中相对富集的结合蛋白,运用Gene Ontology分析技术预测结合蛋白中的出核相关蛋白。2)利用RNA荧光原位杂交技术(RNA-fluorescence in situ hybridization,RNA-FISH)检测敲低预测蛋白后lnc RNA在报告基因水平的出核效果,确定lnc RNA出核关键蛋白。3)在内源水平通过RNA纯化结合RT-PCR技术对出核关键蛋白敲低后lnc RNA核质分布进行检测。结果本课题研究中,我们首先分析前期工作得到的lnc RNA结合蛋白质谱结果,运用生物信息学方法Gene Ontology分析技术进行蛋白功能预测得到29个出核相关蛋白,结合RNA-FISH实验筛选,找到了决定lnc RNA出核的关键反式作用因子外显子接合处结合蛋白复合体(exon junction complex,EJC)组份蛋白e IF4A3,并且发现e IF4A3对lnc RNA出核具有特异性促进作用。进一步将EJC的其他组份蛋白敲低筛选,发现在敲低Y14以及同时敲低MAGOH,MAGOB时,lnc RNA有明显出核抑制现象。得出EJC是lnc RNA出核关键复合体的初步结论,同时将这一结论在内源水平的实验中得到了验证。结论敲低EJC组份蛋白e IF4A3可以特异性抑制lnc RNA报告基因转录产物出核,但对两种m RNA报告基因转录产物的转运出核无明显影响。敲低其他EJC组份可同样导致lnc RNA报告基因转录产物出核阻滞。在内源性水平,EJC组份的敲低导致多种内源lnc RNA出现出核阻滞现象。这些结果表明EJC是lnc RNA转运出核关键蛋白复合体。

关键词： lncRNA 转运出核 exon junction complex(EJC) 原位荧光杂交

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硫自养反硝化处理模拟地下水硝酸盐研究

硫自养反硝化处理模拟地下水硝酸盐研究

作者：杜海峰河北科技大学

学位级别：硕士

近年来，地下水硝酸盐污染越来越严重，生物反硝化是去除氮污染的有效方法之一。其中利用硫自养反硝化技术进行地下水脱硝逐渐成为研究热点。但硫自养反硝化过程中存在出水硫酸盐浓度过高、启动较慢以及对温度适应性差等问题制约了该技... 详细信息

近年来，地下水硝酸盐污染越来越严重，生物反硝化是去除氮污染的有效方法之一。其中利用硫自养反硝化技术进行地下水脱硝逐渐成为研究热点。但硫自养反硝化过程中存在出水硫酸盐浓度过高、启动较慢以及对温度适应性差等问题制约了该技术在地下水脱硝中的应用。故本课题采用硫-石英砂固定床反应器，以模拟硝酸盐废水为进水，研究进水硝酸盐浓度、水力停留时间、温度、进水pH值等因素对反硝化效率的影响，探讨了自养反硝化技术应用地下水脱硝的可能性，并分析了反应过程中菌群结构变化与氧化还原电位的变化。首先研究了以硫-石英砂3:1为填料的固定床反应器的启动过程。实验结果表明，经过异养反硝化菌挂膜后的反应器驯化时间较短，约为15d;反硝化速率可达到20.51mgN/(L·h);驯化后反应器出水硫酸盐浓度跟理论值基本相符，出水pH在6.5之间，ORP在50mV左右;同时硫-石英砂反应器孔隙率高，通透性良好有效防止了反硝化过程中气泡的堵塞;反应器驯化成功后通过荧光原位杂交技术(FISH)测得反应器底部、中部及上部的脱氮硫杆菌相对丰度分别为0.165%、0.210%、0.280%，利用扫描电镜可以发现底部污泥中微生物种类较上部更为丰富;影响因素优化结果表明：当HRT保持在8.6h时反应器的进水硝酸盐氮浓度应小于300mg/L，硝酸盐氮浓度在70mg/L时最高HRT为2.5h，最适温度为30℃，最适pH为7。实验在10℃恒温环境中启动运行反应器以测试硫自养反硝化反应器对低温环境的适应性，并采用联合异养和自养反硝化手段降低反应器出水硫酸盐浓度。结果表明：反应器在低温环境中可以成功的启动，驯化时间为30d，启动后反硝化速率平均为17mgN/(L·h);通过联合培养异养反硝化菌和自养反硝化菌，调整两者的比例，可以有效控制反应器内硫酸盐生成的量，使硫酸盐出水控制在250mg/L以下。通过对反应体系中氧化还原电位(ORP)的检测可以看出，反应器内自养反硝化阶段ORP在00mV之间，异养反硝化ORP在-350mV左右。在不同初始硝酸盐氮浓度和不同温度的硫自养反硝化批次实验中，都可以利用ORP曲线的膝点反映出反硝化的结束的时间点。综上，本课题研究更加完善了硫自养反硝化理论，为解决硫自养反硝化技术用于地下水脱硝存在的问题提供了有效的解决途径，对硫自养反硝化技术处理地下水硝酸盐的实际应用提供了一定的理论与技术的支持。

关键词：硫自养反硝化地下水脱硝生物处理技术原位荧光杂交氧化还原电位

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不同分子探针对赤潮样品检测效果的比较研究

湖北民族学院学报（自然科学版） 2008年第3期26卷 249-255页

作者：侯建军赖红艳武模戈刘绍平湖北省生物资源保护与利用重点实验室华中农业大学水产学院湖北武汉430070 农业部淡水鱼类种质资源与生物技术重点开放实验室(中国水产科学研究院长江水产研究所) 湖北荆州43400 濮阳职业技术学院生物系

采用荧光标记的DNA和lectin探针对来自赤潮现场样品中的目标赤潮原因种进行了检测.结果表明这些探针能从比较复杂的现场样品背景中把目标赤潮生物识别出来.从检测效果上看,各种DNA探针对塔玛亚历山大藻、微小原甲藻和***标记识别的荧光... 详细信息

采用荧光标记的DNA和lectin探针对来自赤潮现场样品中的目标赤潮原因种进行了检测.结果表明这些探针能从比较复杂的现场样品背景中把目标赤潮生物识别出来.从检测效果上看,各种DNA探针对塔玛亚历山大藻、微小原甲藻和***标记识别的荧光信号强度相对于lectin探针要弱.Lectin探针与明视野下的显微镜计数结果呈现出很好的相关性,但lectin探针对目标藻的绝对检出数量比明视野下的计数结果要低.lectin探针(ConA)和DNA探针(PM18S02、PM28S02)对现场样品中微小原甲藻的检测计数结果也有较好的相关性,表明在这些检测条件下,不同的探针对特定目标藻的检测结果具有可比性、相关性和可操作性.

关键词：赤潮生物 DNA探针细胞凝集素探针原位荧光杂交现场样品

宫颈脱落细胞hTERC基因扩增在宫颈病变筛查中的应用与意义

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中国医药指南 2012年第7期10卷 99-103页

作者：李招云张黎明王攀朱杰范广明沈景丰浙江省台州市中心医院浙江台州318000

目的探讨FISH(原位荧光杂交)技术在宫颈病变筛查中的意义。方法应用FISH技术检测正常女性45名,宫颈异常病变患者208例宫颈脱落细胞hTERC(人端粒酶)基因的扩增,并通过与病理检查结果和液基薄层形态结果的对比分析FISH技术在宫颈病变筛查... 详细信息

目的探讨FISH(原位荧光杂交)技术在宫颈病变筛查中的意义。方法应用FISH技术检测正常女性45名,宫颈异常病变患者208例宫颈脱落细胞hTERC(人端粒酶)基因的扩增,并通过与病理检查结果和液基薄层形态结果的对比分析FISH技术在宫颈病变筛查中的应用与意义。结果在生理盐水涂片、直接涂片标本和TCT(液基薄层)三种可选标本中,以TCT低渗制片操作方法简单快速,玻片背景最为清晰,杂交成功率最高。以TCT分组的受试者中,正常组、ASC组、LSIL组、HSIL组、SCC组分别为2.2%(1/45)、4.8%(2/41)、73.0%(84/115)、95.2%(20/21)、100%(31/31);以病理活检分组的受试者中,正常者组、炎症者组、CINⅠ组、CINⅡ期组、CINⅢ期组、SCC组分别为2.2%(1/45)、4.8%(2/41)、70.5%(31/44)、82.5%(33/40)、100%(21/21)、100%(31/31);在CINⅠ期、CINⅡ期、CINⅢ期、SCC组中hTERC基因扩增杂交信号≥3∶3型的异常细胞数占总异常细胞数的百分比分别为26.0%、52.1%、65.9%、90.7%,呈渐进上升趋势。结论 FISH检测宫颈脱落细胞hTERC基因扩增,以TCT低渗制片法最简便实用;宫颈脱落细胞中hTERC基因的异常扩增随着宫颈病变程度的加深呈现趋势性上升,FISH检测hTERC基因扩增可望成为宫颈病变筛查新的措施。

关键词：原位荧光杂交 hTERC基因宫颈病变