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两种分子标识在酵母分子鉴定中的比较

食品工业科技 2011年第2期32卷 175-177页

作者：陈源源沈微石贵阳王正祥江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122 江南大学中国高校工业微生物资源与信息中心江苏无锡214122

rDNA序列同源性分析是一种通用的酵母分子鉴定方法,26S rDNA D1/D2区域和rDNA内部转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)是rDNA序列同源性分析中最为常用的两种分子标识。同时使用这两种分子标识对20株分离自水果表面的酵母菌株... 详细信息

rDNA序列同源性分析是一种通用的酵母分子鉴定方法,26S rDNA D1/D2区域和rDNA内部转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)是rDNA序列同源性分析中最为常用的两种分子标识。同时使用这两种分子标识对20株分离自水果表面的酵母菌株进行分子鉴定,结果显示19株酵母分离物的鉴定结果相一致,两种分子标识序列在认定酵母种内和种间关系时都拥有足够的差异,能将大部分酵母菌株直接鉴定到种一级水平。

关键词：酵母鉴定 26S rDNA D1/D2区域序列 ITS序列分子标识

不同感染状态结核病牛免疫应答差异分析及分子标识筛选

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不同感染状态结核病牛免疫应答差异分析及分子标识筛选

作者：张通明中国农业科学院

学位级别：硕士

不同感染状态的结核病牛对牛群健康的影响不同,结核潜伏感染患牛(LTBI)通常是指患牛体内存在牛分枝杆菌,结核菌素皮内变态反应呈阳性,但无临床症状,也不排菌。在某些情况下,患牛可以一生持续感染而不发病。而活动性结核患牛,又称开放性... 详细信息

不同感染状态的结核病牛对牛群健康的影响不同,结核潜伏感染患牛(LTBI)通常是指患牛体内存在牛分枝杆菌,结核菌素皮内变态反应呈阳性,但无临床症状,也不排菌。在某些情况下,患牛可以一生持续感染而不发病。而活动性结核患牛,又称开放性结核患牛,是指具有明显临诊症状的结核菌素阳性牛,这种病牛可从鼻分泌物、乳汁和粪便不断排出病原菌,因而对周围的健康牛群和人类造成具大威胁,应立即扑杀。目前,牛结核病主要的临床检测方法有结核菌素皮内变态反应、IFN-γ释放试验和血清学检测等。但这些方法无法确定结核病牛所处的感染状态,为了弥补这一缺陷,本研究拟通过对不同感染状态的结核病牛进行基因表达谱芯片分析,从而筛选出差异基因,并进行验证,以探究其作为检测不同感染状态结核病牛的分子标识的潜力。具体开展了以下研究工作:为了对不同感染状态的结核病牛进行基因表达谱芯片分析,本研究通过结核菌素皮内变态反应、IFN-γ释放试验和鼻拭子巢式PCR检测,筛选了3个牛场共368头奶牛,最终选定了5头牛为开放性结核患牛,6头牛为潜伏感染结核患牛,5头健康牛。将以上牛分别设置为开放性结核组、潜伏感染结核组和健康组,采集外周抗凝血,分离外周血淋巴细胞,采用PPD-B进行刺激,6-8 h后收取细胞,提取细胞RNA,采用Bovine(牛)Affymetrix 3IVT基因表达芯片进行表达谱检测。通过对各组表达谱差异分析,筛选出7个可能有作为分子标识的差异基因,基因标志分别为:BOLA、LOC508666、BOLA-DQB、DDX3Y、UTY、LOC781494、LOC786808。根据其基因序列设计实时荧光定量PCR引物,并对6个样品进行验证,同时通过结核菌素皮内变态反应、IFN-γ释放试验和鼻拭子巢式PCR检测对其所处的感染状态进行验证。结果显示有C-C motif chemokine 23、major histocompatibility complex,class II,DQ beta和non-classical MHC class I antigen这3个基因在开放性结核病牛和潜伏感染牛之间的表达量有显著的差异。综上所述,本研究成功地筛选出了3组不同感染状态的结核病牛;并通过分离其外周血淋巴细胞进行刺激后通过表达谱芯片分析差异基因;根据表达谱芯片检测的结果挑选出7个差异及应进行验证;结果显示3个基因在开放性结核牛、潜伏感染结核牛之间差异显著,推测其具有作为新的检测不同感染状态结核病牛的分子标识的潜力。

关键词：牛结核病分子标识表达谱芯片

尿道致病性大肠埃希菌papC基因的PCR检测和分子标识筛选

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中国卫生检验杂志 2008年第11期18卷 2234-2235,2294页

作者：吴庆刚张敬平陈锦英尤凤兴姜永江苏省无锡市疾病预防控制中心江苏无锡214023 天津医科大学天津300070

目的:用PCR方法检测尿道致病性大肠埃希菌(UPEC)的papC基因,探索建立UPEC的鉴定方法和筛选特异分子标识。方法:根据已发表的papC基因序列设计引物,采用PCR方法扩增460 bp左右的papC基因,并与血凝试验相比较,用于尿道致病性大肠埃希菌的... 详细信息

目的:用PCR方法检测尿道致病性大肠埃希菌(UPEC)的papC基因,探索建立UPEC的鉴定方法和筛选特异分子标识。方法:根据已发表的papC基因序列设计引物,采用PCR方法扩增460 bp左右的papC基因,并与血凝试验相比较,用于尿道致病性大肠埃希菌的检测。结果:156株尿源性大肠埃希菌中MRHA阳性菌株的检出率为31.41%,pap CPCR扩增的阳性率为32.05%,两组结果无显著性差异(P>0.05)。结论:papC PCR方法可用于UPEC菌株的快速、灵敏的检测,其扩增片段可作为分子标识用于UPEC的筛选。

关键词：尿道致病性大肠埃希菌 papC基因分子标识

结核病患者外周血和胸水T细胞中CD161表达差异的研究

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中国热带医学 2019年第6期19卷 516-518页

作者：杨倩婷张明霞陈骑邓国防叶涛生陈为鑫韦彩岭深圳市第三人民医院广东省新发传染病诊治重点实验室

目的检测结核病患者外周血(PBMC)和胸水(PFMC)T细胞CD161水平,比较PBMC和PFMC T细胞CD161表达水平的差异,明确结核病人外周及感染部位T细胞CD161表达的差异。方法以流式细胞仪检测51例健康对照者、41例潜伏性结核感染患者、57例肺结核患... 详细信息

目的检测结核病患者外周血(PBMC)和胸水(PFMC)T细胞CD161水平,比较PBMC和PFMC T细胞CD161表达水平的差异,明确结核病人外周及感染部位T细胞CD161表达的差异。方法以流式细胞仪检测51例健康对照者、41例潜伏性结核感染患者、57例肺结核患者PBMC CD3^+CD161^+、CD4^+CD161^+和CD8^+CD161^+细胞的表达水平,比较其在不同人群中的差异;检测21例结核性胸膜炎患者PBMC和PFMC CD3^+CD161^+、CD4^+CD161^+和CD8^+CD161^+细胞的表达水平和差异,比较CD161在外周和感染局部的表达差异。结果利用流式细胞仪检测CD161在PBMC和PFMC中表达,并且分别在T细胞(CD3^+、CD4^+和CD8^+细胞)中表达;结核患者PBMC CD3^+CD161^+、CD4^+CD161^+和CD8^+CD161^+细胞表达均低于健康对照和潜伏感染者;结核性胸膜炎患者PFMC中CD3^+CD161^+和CD4^+CD161^+细胞表达均高于PBMC(P分子标识。

关键词：结核病 CD161 分子标识

海水养殖优良品种选育和引进的现状与发展战略(二)

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中国水产 2003年第3期 66-67页

作者：王清印李健中国水产科学研究院黄海水产研究所 266007

二、海水养殖育种和引种的发展战略对海水养殖业可持续发展至关重要的'种子工程'已经引起政府主管部门和研究机构的广泛重视.为加速我国海水养殖优良品种培育工作的进度,建议今后工作重点:

关键词：海水养殖中国育种引种种群筛选家系标志分子标识 DNA芯片基因定点突变

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黄花菜不同品种的RAPD分析

湖南农业大学学报（自然科学版） 2003年第6期29卷 496-499页

作者：洪亚辉张文彭克勤唐婕湖南农业大学生物技术系湖南长沙410128

利用 RAPD(随机扩增多态性 DNA)技术 ,采用从 18个 10碱基随机引物中筛选出来的 4个引物对 9个不同黄花菜品种的总 DNA进行扩增 ,运用特殊谱带 ,建立了黄花菜的不同品种间的分子标识表 ,并根据结果进行了品种间基因型相似系数分析 ,对... 详细信息

利用 RAPD(随机扩增多态性 DNA)技术 ,采用从 18个 10碱基随机引物中筛选出来的 4个引物对 9个不同黄花菜品种的总 DNA进行扩增 ,运用特殊谱带 ,建立了黄花菜的不同品种间的分子标识表 ,并根据结果进行了品种间基因型相似系数分析 ,对黄花菜的品种遗传改良提供了相应的分子依据 .

关键词： RAPD 黄花菜品种遗传改良随机扩增多态性DNA 分子标识基因型相似系数

福氏志贺菌血清型PCR检测方法及血清型相关噬菌体SfX研究

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福氏志贺菌血清型PCR检测方法及血清型相关噬菌体SfX研究

作者：王艺婷中国疾病预防控制中心

学位级别：硕士

福氏志贺菌是发展中国家细菌性痢疾的主要病原菌。根据O抗原的不同,福氏志贺菌分为X、Y、1a、1b、1c、2a、2b、3a、3b、4a、4b、5a、5b、Xv和6共15个血清型6,7。除血清6型外,其它血清型O抗原都具有相同的四糖骨架,在骨架的不同糖基上进... 详细信息

福氏志贺菌是发展中国家细菌性痢疾的主要病原菌。根据O抗原的不同,福氏志贺菌分为X、Y、1a、1b、1c、2a、2b、3a、3b、4a、4b、5a、5b、Xv和6共15个血清型6,7。除血清6型外,其它血清型O抗原都具有相同的四糖骨架,在骨架的不同糖基上进行糖基或/和乙酰基修饰,导致菌株表面不同的型抗原（如Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ,Ⅴ）和群抗原（如3,4;7,8;6）的出现。这种修饰作用是介导糖基转移和乙酰化的基因gtrA、gtrB、gtr（Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅹ）和/或oac完成的。这些基因位于噬菌体上,称之为血清型转换噬菌体。本研究针对福氏志贺菌O抗原修饰基因,建立了检测福氏志贺菌血清型的PCR方法。我们建立的PCR检测福氏志贺菌血清型方法,能够检测14个福氏志贺菌的血清型,包括1a、1b、2a、2b、3a、3b、4a、4b、5a、Y、X和Xv。本方法与传统的使用诊断血清凝集试验检测的方法相比,较好的避免了交叉反应问题,而且经济简便,具有很好的应用前景。本研究还从福氏志贺菌Xv血清型菌株2002017中成功诱导得到噬菌体SfX。通过和400余个噬菌体的全基因组比较发现,福氏志贺菌血清转换噬菌体SfX和沙门氏菌O抗原修饰噬菌体P22密切相关。进一步比较发现,这些噬菌体可能和福氏志贺菌不同血清型的流行强度有关。

关键词：福氏志贺菌血清型分子标识 PCR 血清型转化噬菌体

高地芽胞杆菌6ww6的生物学特征及基于蛋白质组学和修饰蛋白质组学的耐盐机制

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高地芽胞杆菌6ww6的生物学特征及基于蛋白质组学和修饰蛋白质组学...

作者：李旭健山东农业大学

学位级别：硕士

高地芽胞杆菌(Bacillus altitudinis)隶属于厚壁菌门(Firmicutes)芽胞杆菌属(Bacillus),是常见的植物益生菌。Bacillus altitudinis 6ww6从滨海盐碱地分离而得,在盐碱、非盐碱条件下对小麦、玉米有较好的促生作用。本文研究了菌株6ww6... 详细信息

高地芽胞杆菌(Bacillus altitudinis)隶属于厚壁菌门(Firmicutes)芽胞杆菌属(Bacillus),是常见的植物益生菌。Bacillus altitudinis 6ww6从滨海盐碱地分离而得,在盐碱、非盐碱条件下对小麦、玉米有较好的促生作用。本文研究了菌株6ww6的耐盐特征、运动性和生物膜形成能力。通过比较基因组、TBLASTn检索、NR库检索验证、剔除其它同源的结果序列,最终得到菌株6ww6的孤儿基因并设计引物进行PCR鉴定,筛选出了其特异性分子标识。通过蛋白质组学和蛋白修饰组学解析了菌株6ww6的耐盐机理,为该菌株的开发应用提供了充实的理论依据。主要研究结果如下文所示。(1)对菌株6ww6进行耐盐能力测试,发现其不仅可以在Na Cl浓度为1-11%液体LB中生长,而且在盐环境下仍然有较好的运动性和生物膜形成能力,保证了其在盐碱地中可以向作物根际泳动并定殖以形成生物膜来提高作物对盐碱环境的适应性。(2)基于菌株6ww6可以作为微生物肥料的优选菌种,为了加强菌种知识产权保护,建立菌株快速检测方法,筛选出J939＿13195、J9319＿05960、J9319＿13355、J9319＿05965和J9319＿13350五个特异性基因。引物5960F和5960R可以单一性扩增出菌株6ww6的目的基因J9319＿05960,确定其为菌株6ww6的特异性分子标识。(3)蛋白质组学数据显示,菌株6ww6在11%Na Cl盐胁迫下有457个蛋白表达上调470个蛋白表达下调,分析发现这些差异表达蛋白在核糖体、嘌呤代谢、氨基酸生物合成、双组分系统等途径显著富集;此外,有关胆碱、甜菜碱、海藻糖生物合成与转运的蛋白表达大量上调。将菌株6ww6编码甜菜碱醛脱氢酶的基因J9319＿RS14850在大肠杆菌BL21中异源表达,发现可以显著提高其在Na Cl浓度为3%、5%LB培养基中的生长速率。(4)通过4D-Lable乙酰化修饰蛋白组学分析找出了菌株6ww6在盐环境下的乙酰化修饰差异蛋白,其中776个蛋白的乙酰化修饰水平上调,509个蛋白的乙酰化修饰水平下调。分析发现,菌株6ww6经盐胁迫处理后,在一些功能通路中蛋白的乙酰化修饰水平发生了较大的变化,如核糖体蛋白、糖酵解/糖异生、碳代谢、DNA修复等。此外,通过乙酰化基序分析发现除了与目前在真菌、细菌、小鼠等发现的相似乙酰化基序外,还发现了菌株6ww6特有的乙酰化基序如KacV,KacG,KacW,Kac*Y,HKac,E*KacK,KacP,SKac,Kac**H,HKac,尤其是一些碱性氨基酸在Kac位点-10到+10区大量出现,这些基序与菌株6ww6蛋白的酶促和非酶促乙酰化修饰密切相关。研究表明,盐胁迫下菌株6ww6会通过调节蛋白表达及乙酰化修饰来调控自身的生命活动,如减弱蛋白质翻译、细胞运动性、能量代谢等以降低胁迫环境下细胞的能量损耗;增强嘌呤等核苷酸代谢及脂肪酸降解来为细胞抵御盐胁迫供能;调节氧化还原、DNA修复等相关蛋白的表达及乙酰化修饰水平以降低在盐胁迫下造成的细胞损伤;调节脯氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、甜菜碱、海藻糖等渗透物质的合成来提高胞内的渗透压,以使菌株在适应盐环境后可以恢复胞内正常的生命活动。

关键词：高地芽胞杆菌6ww6 盐胁迫分子标识乙酰化修饰组学蛋白质组学

七鳃鳗(Lampetra japonica)白细胞cDNA文库构建及生物信息学分析

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辽宁师范大学学报（自然科学版） 2010年第2期33卷 237-243页

作者：张宁刘欣孙晶刘岑洁陈操李竞芦静刘慧玲李庆伟辽宁师范大学科研处辽宁大连116029 辽宁师范大学海洋生物功能基因及蛋白质组学研究所辽宁大连116029 辽宁师范大学城市与环境学院辽宁大连116029

以复合免疫日本七鳃鳗(Lampetra japonica)外周血中分离的单个核白细胞为材料,构建库容量为4.5×***-1的cDNA文库,随机挑选单克隆菌落测序共得到10 500条有效ESTs(expressed sequence tags)序列.经PHRAP软件对序列拼接组装后得到3 382... 详细信息

以复合免疫日本七鳃鳗(Lampetra japonica)外周血中分离的单个核白细胞为材料,构建库容量为4.5×***-1的cDNA文库,随机挑选单克隆菌落测序共得到10 500条有效ESTs(expressed sequence tags)序列.经PHRAP软件对序列拼接组装后得到3 382个转录本,其中有1 080个重叠群和2 302个单一序列,有59.08%的转本录在NCBI数据库中搜索到同源序列.运用Blast2GO软件进行Gene Ontology注释,分别有27.47%、25.20%和10.01%的转录本参与细胞生理、代谢和生物调节等生物学途径;分别有48.43%、22.10%和10.69%的转录本起到结合、催化和结构分子活性等分子功能.统计数据显示,与细胞自身基因转录、蛋白质合成及转运等生命过程密切相关的基因如真核转录延长因子、反转录酶、核糖体蛋白、腺苷酸转运体、细胞色素C氧化酶和热休克蛋白等在血液白细胞群中大量表达.另外,与固有免疫密切相关的白细胞衍生趋化因子、抵抗素、颗粒体蛋白等表达量相对较高,说明固有免疫系统在七鳃鳗感染初期的免疫防卫方面起着主要作用.

关键词：日本七鳃鳗类淋巴细胞 EST 分子标识发育分化