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乳液单引物pcr构建随机ssDNA文库方法的建立及优化

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临床检验杂志 2016年第11期34卷 823-826页

作者：邵可可史新惠崔蕾蕾马达邵启祥江苏大学医学院江苏镇江212013 盐城市第一人民医院检验科江苏盐城224005

目的建立并优化乳液单引物pcr扩增法,高效构建高质量随机ss DNA文库,以提高从随机文库中筛选适配子的几率。方法构建长90 bp（含52 bp随机序列）寡核苷酸文库,用乳液pcr转换成ds DNA文库,再以ds DNA文库为模板,分别用乳液单引物pcr和常... 详细信息

目的建立并优化乳液单引物pcr扩增法,高效构建高质量随机ss DNA文库,以提高从随机文库中筛选适配子的几率。方法构建长90 bp（含52 bp随机序列）寡核苷酸文库,用乳液pcr转换成ds DNA文库,再以ds DNA文库为模板,分别用乳液单引物pcr和常规单引物pcr扩增制备ss DNA文库,并对二者进行比较。通过改变模板、聚合酶、d NTP和引物浓度优化乳液单引物pcr反应条件。结果乳液pcr能高效扩增出ds DNA文库且无副产物;常规单引物pcr构建ss DNA文库时,15个循环时即有大量副产物产生,且与产物条带混合一起无法分离;而乳液单引物pcr从15～35个循环均无副产物生成,且产物量多于常规单引物pcr。在优化乳液单引物pcr时,模板浓度对产物量影响最大,引物浓度对副产物的量影响最大。结论乳液单引物pcr能显著提高产物量并控制副产物的量,可提高指数富集配体进化（SELEX）技术筛选效率。

关键词：乳液pcr 乳液单引物pcr 适配子指数富集配体进化技术随机ss DNA文库

基于二次打断IPed DNA片段ChIP-Seq的模拟分析

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科学通报 2010年第14期55卷 1347-1357页

作者：王薇施小龙陆祖宏东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室南京210096

ChIP-Seq是在全基因组水平上研究活体细胞中蛋白质和DNA相互作用谱的有效手段.近年来,随着高通量短序列DNA测序技术的快速发展,研究基于新一代DNA测序方法的ChIP-Seq分析算法已经成为热点之一.然而,目前报道的分析方法主要是基于对免疫... 详细信息

ChIP-Seq是在全基因组水平上研究活体细胞中蛋白质和DNA相互作用谱的有效手段.近年来,随着高通量短序列DNA测序技术的快速发展,研究基于新一代DNA测序方法的ChIP-Seq分析算法已经成为热点之一.然而,目前报道的分析方法主要是基于对免疫共沉淀获得的DNA片段进行片段大小选择后的ChIP-Seq数据,也就是主要针对Solexa系统获得的数据进行分析的算法.SOLiD系统是目前测序通量最高的新一代DNA测序系统.在SOLiD系统的DNA测序文库制备过程中,采用对免疫共沉淀获得的DNA片段进行二次超声打断可以满足epcr对序列长度的要求,因此SOLiD测序文库中的DNA测序片段较短.到目前为止,基于SOLiD系统测序特点的ChIP-Seq研究很少报道.本文旨在研究测序文库中DNA片段的长度对ChIP-Seq分析的影响.通过真实的ChIP-seq数据和模拟产生的ChIP-Seq数据,对目前3种主要的ChIP-Seq分析方法(CisGenome,SISSRs以及MACS)的特点进行研究.有报道表明来自Solexa系统的ChIP-Seq数据局部有明显的正负链双峰特征,而通过对真实的来自SOLiD系统的ChIP-Seq数据特征的挖掘,我们发现单个峰局部无明显的正负链双峰特征,并且峰的局部的序列分布大部分符合正态分布.基于这些特征,我们模拟了两个不同测序平台的ChIP-Seq实验.在控制了模拟实验的可比性后,我们发现当前基于Solexa文库制备方案的ChIP-Seq数据发展的算法,并不能有效地捕获来自SOLiD系统的ChIP-Seq数据特征.我们的研究还表明,误用ChIP-seq软件可能是导致部分SOLiD的ChIP-seq实验失败的原因.因此,需要开发一种新的基于二次打断IPedDNA片段的ChIP-Seq分析策略.

关键词：蛋白质与DNA相互作用下一代测序技术序列方向性乳液pcr ChlP-Seq SOLiD

高特异性心肌肌钙蛋白Ⅰ适配体的epcr技术筛选及其表征

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中南医学科学杂志 2021年第4期49卷 379-383页

作者：岑怡王仲萍柯培雄袁中文刘晓敏严鹏科广州医科大学附属第三医院药学部广东省广州市510150 广州同鹏中旭医药科技有限公司广东省广州市510000 广州医科大学药理学系广东省广州市511436

目的筛选出与心肌肌钙蛋白I(cTnI)具有高亲和力和高特异性的核酸适配体,为诊断急性心肌梗死(AMI)提供实验基础。方法采用基于乳液pcr(epcr)的SELEX技术筛选出能与cTnI特异性结合的3个适配体,并对epcr条件进行优化,对适配体进行亲和力(Kd... 详细信息

目的筛选出与心肌肌钙蛋白I(cTnI)具有高亲和力和高特异性的核酸适配体,为诊断急性心肌梗死(AMI)提供实验基础。方法采用基于乳液pcr(epcr)的SELEX技术筛选出能与cTnI特异性结合的3个适配体,并对epcr条件进行优化,对适配体进行亲和力(Kd值)测定并与市售cTnI抗体进行比较,选出Kd值最小的适配体,进行特异性鉴定。结果SELEX过程中通过优化得到epcr最佳条件,筛选得到的3个适配体均对cTnI具有较强的亲和力,其Kd值范围为2.04~16.85 nmol/L,其中适配体Apt-1的亲和力最强[Kd为(2.04±0.11)nmol/L]且优于市售抗体,特异性高,敏感性强,不与其他相关蛋白有非特异性结合。结论筛选出的适配体Apt-1能与cTnI产生高亲和力的特异性结合,可进一步用于临床样本中cTnI的检测。

关键词：适配体 SELEX筛选乳液pcr 急性心肌梗死心肌肌钙蛋白Ⅰ

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在光纤芯片上进行高速个体化全基因组测序

国际生物医学工程杂志 2007年第3期30卷 176-180页

作者：封红青朱平北京大学第一医院 100034

新近发展的在光纤芯片上做高通量测序的技术，可以将人类全基因组序列的测定时间由目前所用的10年时间缩短到100d。光纤芯片上的基因组测序结合了磁珠、乳液pcr和焦磷酸测序法等技术，利用光纤优良的表面性质和有效的加工工艺，将光纤... 详细信息

新近发展的在光纤芯片上做高通量测序的技术，可以将人类全基因组序列的测定时间由目前所用的10年时间缩短到100d。光纤芯片上的基因组测序结合了磁珠、乳液pcr和焦磷酸测序法等技术，利用光纤优良的表面性质和有效的加工工艺，将光纤制作成一种基因芯片。在芯片上用磁珠来耦联DNA、RNA等微量反应物。乳液pcr可以获得大量的不同的基因组DNA片段。乳液pcr和光纤芯片都是由于有了磁珠作为微量反应物的载体，从而可以将反应一再小型化。而这些技术的结合，工作效率是目前常规的测序方法的100多倍。成功实现了基因组测序反应小型化、高通量化的思想，大大降低了成本，减少了完成全基因组测序的时间。

关键词：基因组测序微磁珠乳液pcr 焦磷酸测序光纤芯片