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基于生物信息学和机器学习算法鉴定PDR铁死亡关键基因

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中华眼视光学与视觉科学杂志 2024年第3期26卷 204-212页

作者：徐径舟黄晋李智豪张赟陈鼎温州医科大学附属眼视光医院，温州325027

目的:联合生物信息学分析方法和机器学习算法筛选增殖性糖尿病视网膜病变(PDR)中铁死亡关键基因和治疗靶点。方法:从GEO数据库和FerrDb数据库中下载PDR转录组测序数据集、基因芯片数据集和铁死亡相关基因列表;筛选出铁死亡相关差异基因... 详细信息

目的:联合生物信息学分析方法和机器学习算法筛选增殖性糖尿病视网膜病变(PDR)中铁死亡关键基因和治疗靶点。方法:从GEO数据库和FerrDb数据库中下载PDR转录组测序数据集、基因芯片数据集和铁死亡相关基因列表;筛选出铁死亡相关差异基因并行功能富集分析;通过WGCNA分析方法筛选PDR中铁死亡相关疾病特征基因;综合LASSO算法与SVM-RFE算法筛选出铁死亡关键基因并通过受试者工作特征曲线评估诊断能力;对铁死亡关键基因行GSEA分析;通过DGIdb数据库构建铁死亡关键基因的药物调控网络;应用CIBERSORT算法分析PDR中免疫细胞浸润分布特征。组间比较采用独立样本t检验或Mann-Whitney U检验。Pearson相关分析用于不同基因模块与临床性状之间的相关性分析。结果:从3678个差异基因中筛选出83个铁死亡相关差异基因。功能富集分析结果显示,这些基因参与铁死亡、长寿调节、自噬等信号通路。通过WGCNA分析方法从中筛选出17个铁死亡相关疾病特征基因。联合LASSO算法与SVM-RFE算法从17个疾病特征基因中筛选出3个铁死亡关键基因为PPARA、ABCC5、TSC1,并证明这些基因有很高的诊断效能。单基因GSEA分别展示了3个关键基因高低表达组中富集到的信号通路。从DGIdb数据库中筛选出20个相关药物并构建3个关键基因的药物调控网络。CIBERSORT结果显示,M1巨噬细胞、中性粒细胞等在PDR样本中浸润程度较高。结论:本研究分析鉴定出PDR中3个铁死亡关键基因,为进一步研究PDR的病理分子机制和诊断治疗靶点提供了新的思路与参考。

关键词：生物信息学机器学习糖尿病视网膜病变铁死亡

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优势眼的特征及转换在眼部疾病治疗中的意义

中华实验眼科杂志 2024年第4期42卷 372-375页

作者：严唯佳(综述) 徐雯严宏(审校) 浙江大学医学院附属第二医院眼科中心、浙江大学眼科医院杭州310009 西安市人民医院(西安市第四医院)、陕西省眼科医院、西北大学附属人民医院西安710004

优势眼是指两眼在视物时起主导作用的眼,在双眼视功能和融合功能中发挥重要作用,其形成机制较为复杂。根据优势眼检查方法的原理不同,可分为注视性、运动性和知觉性优势眼3种类型,每一类优势眼的检查方法有所不同。由于双眼疾病进展不... 详细信息

优势眼是指两眼在视物时起主导作用的眼,在双眼视功能和融合功能中发挥重要作用,其形成机制较为复杂。根据优势眼检查方法的原理不同,可分为注视性、运动性和知觉性优势眼3种类型,每一类优势眼的检查方法有所不同。由于双眼疾病进展不平衡引起的视力或视功能的改变,可能会导致优势眼的转换,进而影响双眼视觉平衡及治疗效果。因此,忽视优势眼的定位或错误判断会改变双眼间长期建立的视觉平衡,对视觉质量和生活质量带来不同程度影响。这种现象主要体现在屈光不正配镜矫正、屈光手术、斜视矫正手术、弱视训练方法和白内障人工晶状体度数的测定等过程中。基于优势眼的眼别进行医疗方案的制定,对患者良好双眼视觉的重建和生活质量的改善尤其重要。然而,优势眼在双眼视功能中的作用目前尚未完全明确,临床医生也缺乏对其重要性的足够认知。本文就优势眼的形成机制、检查方法和优势眼转换的临床意义等相关的最新研究进展进行综述。

关键词：优势眼屈光不正白内障斜视弱视优势眼的转换

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日本研究型大学的有组织科研模式研究

苏州大学学报（教育科学版） 2024年第2期12卷 20-29页

作者：王思遥黄亚婷南京农业大学公共管理学院江苏南京210095 浙江大学教育学院浙江杭州310058

“世界顶级国际研究基地计划”(WPI计划)是日本研究型大学以有组织科研形式响应“科技创新立国”发展战略的重要行动。加入该计划的研究型大学项目凭借其卓越的有组织科研模式为日本科技创新做出了重要贡献。其中,“强矩阵式”的组织结... 详细信息

“世界顶级国际研究基地计划”(WPI计划)是日本研究型大学以有组织科研形式响应“科技创新立国”发展战略的重要行动。加入该计划的研究型大学项目凭借其卓越的有组织科研模式为日本科技创新做出了重要贡献。其中,“强矩阵式”的组织结构和领军人才的权威管理为有组织科研的开展提供了结构保障。规范化的协同愿景、多元化的经费支持、交叉化的人事聘用以及周期性的考核评估为日本研究型大学有组织科研提供了系统性与全方位的组织支持。与此同时,多元主体依托特殊信任区削弱学科壁垒,基于知识共享建立互惠关系,并在深度合作过程中推动阶段性的成果产出,在此基础上形成了一种良性的创新生态系统。以此为鉴,我国研究型大学推进有组织科研应加强顶层设计,形成战略合力;优化组织结构,发挥领军人才的示范效应;完善制度设计,保障制度供给;促进学科交叉,增强内生动力;构建创新生态系统,夯实现实支撑。

关键词：有组织科研日本研究型大学 WPI计划协同治理

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基于SNP分子标记的湖羊群体遗传结构分析

畜牧与兽医 2024年第6期56卷 1-8页

作者：马敏彪武利恒丁琳金慧佳赵丽莉曹丁壬王争光浙江省畜牧技术推广与种畜禽监测总站浙江杭州310021 浙江华欣牧业有限公司浙江江山324100 浙江大学动物科学学院浙江杭州310058 衢州市畜牧业发展中心浙江衢州324000

旨在运用现代生物信息学技术,评估湖羊群体的遗传结构,构建详细的系谱记录。通过对40只湖羊种公羊进行单核苷酸多态性(SNP)位点检测,基于检测结果进行遗传结构分析、主成分分析和进化树构建。结果:在40只种公羊中,共检测得到952214个SN... 详细信息

旨在运用现代生物信息学技术,评估湖羊群体的遗传结构,构建详细的系谱记录。通过对40只湖羊种公羊进行单核苷酸多态性(SNP)位点检测,基于检测结果进行遗传结构分析、主成分分析和进化树构建。结果:在40只种公羊中,共检测得到952214个SNPs;平均核苷酸多样性在0.2129~0.2425之间,平均观测杂合度大于平均期望杂合度,遗传分化程度值在0.3702~0.4524之间;状态同源(IBS)遗传距离在0.1739~0.2280之间,平均为0.2209;主成分分析和系统进化树的结果一致,最终可以将40只种公羊分为14个家系,湖羊群体中大部分个体间的亲缘关系较远,具有较高的遗传多样性和选择潜力。本研究在全基因组水平上,分析了湖羊种公羊的遗传结构和亲缘关系,完善了系谱记录,为湖羊场后续育种、配种等提供了科学依据。

关键词：湖羊单核苷酸多态性遗传多样性遗传结构亲缘关系

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基于近中红外光谱技术鉴别4种大黄鱼产地

食品安全质量检测学报 2024年第5期15卷 121-129页

作者：杨梦琼杨盈悦梅光明张小军黄丽英浙江海洋大学食品与药学学院舟山316022 浙江省海洋水产研究所舟山316021

目的基于近中红外光谱技术准确快速区分4种产地来源的大黄鱼(福建养殖大黄鱼、温州养殖大黄鱼、舟山养殖大黄鱼和舟山野生大黄鱼)。方法本研究应用傅里叶变换红外光谱仪对4种大黄鱼样本在4000~650 cm^(-1)的红外吸收指纹图谱进行测定,... 详细信息

目的基于近中红外光谱技术准确快速区分4种产地来源的大黄鱼(福建养殖大黄鱼、温州养殖大黄鱼、舟山养殖大黄鱼和舟山野生大黄鱼)。方法本研究应用傅里叶变换红外光谱仪对4种大黄鱼样本在4000~650 cm^(-1)的红外吸收指纹图谱进行测定,基于特征波段下的光谱吸收差异并结合主成分分析(principal component analysis,PCA)、聚类分析(cluster analysis,CA)和线性判别分析(linear discriminant analysis,LDA)、支持向量机(support vector machine,SVM)模型对大黄鱼样品进行产地区分。结果采用测定波段4000~650 cm^(-1)的全光谱采集信息经过Savitzky-Golay算法平滑预处理后建立的SVM模型效果最优,对4种大黄鱼样本的测试集准确率为83.3%。进一步对福建养殖大黄鱼和野生大黄鱼的产地区分方法优化后,选取特征波段3690~2800 cm^(-1)+1800~650 cm^(-1)的光谱信息经过一阶导数(first derivative,1stDer)、二阶导数(second derivative,2ndDer)和标准正态变换(standard normal variate transformation,SNV)3种方式预处理后建立LDA判别模型,光谱训练集与预测集的准确率均达到100%;3690~2800 cm^(-1)+1800~650 cm^(-1)的光谱信息经SNV、多元散射校正(multiplicative scatter correction,MSC)预处理后的PCA效果最佳,2种大黄鱼样本间彼此间距远、无重叠,且前两个主成分累计贡献率均在90%以上;经SNV预处理后的CA分析中,除21号野生大黄鱼外,其余产地相同的大黄鱼样本均各自聚为一类。结论基于近中红外光谱测定并结合化学计量学处理的方法能够对大黄鱼产地进行较准确地快速区分,从而为大黄鱼溯源鉴别提供技术支撑。

关键词：红外光谱大黄鱼产地鉴别主成分分析聚类分析

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信息基础设施对地区就业及产业结构的影响

经济地理 2024年第8期44卷 48-56页

作者：冯履冰张家滋刘琼浙大城市学院商学院中国浙江杭州310015 浙江大学公共政策研究院中国浙江杭州310058 浙大宁波理工学院商学院中国浙江宁波315199 浙江农林大学经济管理学院中国浙江杭州311300

文章基于中国180个地级及以上城市2010—2019年的市域面板数据,利用“宽带中国”政策这一准自然实验和“城市离国家级互联网骨干直联点的最短距离”等工具变量,从宏观上探讨了信息基础设施如何影响地区劳动力的就业率、就业结构和产业... 详细信息

文章基于中国180个地级及以上城市2010—2019年的市域面板数据,利用“宽带中国”政策这一准自然实验和“城市离国家级互联网骨干直联点的最短距离”等工具变量,从宏观上探讨了信息基础设施如何影响地区劳动力的就业率、就业结构和产业结构。结果表明:①信息基础设施建设能够提升地区就业。②互联网接入能够促进地区就业结构升级,显著促进了地区第三产业就业人员占比的提升;同时对地区新注册企业密度有显著的正向影响,且这一影响存在区域差异。整体而言,信息基础设施建设有助于地区产业结构的转型升级。据此,提出应根据地区间互联网普及率的现实差距,进一步加强东北和中西部地区的信息基础设施建设和推广,以促进地区就业和产业结构转型升级,为当地居民提供更多的就业机会和更高质量的就业岗位。

关键词：宽带中国信息基础设施互联网接入率就业产业结构升级新注册企业

体外冲击波疗法对肩袖修复术后关节僵硬的疗效研究

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中国康复 2024年第8期39卷 475-478页

作者：范登煌鲍王筱毛琳许志生王梦琦王大明浙江中医药大学杭州310000 浙江大学医学院附属第一医院康复医学科杭州310000

目的:研究在常规康复治疗基础上联合使用体外冲击波治疗关节镜下肩袖修复术后功能恢复阶段活动受限患者的疗效。方法:选取肩袖修复术后继发肩关节僵硬患者97例,分为常规康复组49例和冲击波组48例,常规康复组接受常规康复治疗,冲击波组... 详细信息

目的:研究在常规康复治疗基础上联合使用体外冲击波治疗关节镜下肩袖修复术后功能恢复阶段活动受限患者的疗效。方法:选取肩袖修复术后继发肩关节僵硬患者97例,分为常规康复组49例和冲击波组48例,常规康复组接受常规康复治疗,冲击波组接受常规康复及体外冲击波治疗。2组分别于治疗前、治疗4周、8周后采用Constant-Murley肩关节功能评分量表(CMS)、视觉模拟评定表(VAS)和被动关节活动范围(PROM)测量评估肩关节功能。结果:治疗4周、8周后,2组CMS评分及PROM均高于治疗前(P<0.01),2组VAS评分均低于治疗前(P<0.01),冲击波组CMS评分及PROM高于常规康复组(P<0.01),VAS评分低于常规康复组(P<0.01)。治疗8周后,2组CMS评分及PROM均高于治疗4周后(P<0.01),2组VAS评分均低于治疗4周后(P<0.01)。结论:对于关节镜下肩袖修复术后继发肩关节僵硬患者,在常规康复治疗基础上联合使用体外冲击波治疗能够改善患者的肩关节功能,并在减轻疼痛方面疗效显著。

关键词：肩袖损伤关节僵硬冲击波治疗康复

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危还是机:异质性贸易壁垒与企业海外并购

产业经济研究 2024年第4期 129-142页

作者：孙浛情程仲鸣华东理工大学商学院上海年200237 温州大学金融研究院浙江温州325035 温州大学温州人经济研究中心浙江温州325035

自中美贸易摩擦以来,贸易壁垒如何影响中国企业海外并购,进而影响“双循环”战略?鲜有文献从贸易壁垒异质性角度进行研究。为此,将美对华实施的贸易壁垒分为关税壁垒和技术封锁两类,以2011-2021年A股制造业公司为样本进行考察。研究结... 详细信息

自中美贸易摩擦以来,贸易壁垒如何影响中国企业海外并购,进而影响“双循环”战略?鲜有文献从贸易壁垒异质性角度进行研究。为此,将美对华实施的贸易壁垒分为关税壁垒和技术封锁两类,以2011-2021年A股制造业公司为样本进行考察。研究结果表明,美对华实施的关税壁垒“挤出”了中国企业海外并购,而美对华实施的技术封锁却“倒逼”了中国企业的海外并购,即企业海外并购危和机并存。在排除干扰性因素和控制内生性后,结论仍然稳健。机制检验发现,关税壁垒的“挤出效应”主要体现为成本约束和机会主义的渠道,而技术封锁的“倒逼效应”主要体现为压力驱动和转移优势的渠道。并且,在面临异质性贸易壁垒时,民营企业更为主动地通过国际化资源配置来应对外部贸易政策引致的挑战;区域贸易协定不仅能缓解关税壁垒的“挤出效应”,同时还能促进技术封锁的“倒逼效应”,化危为机。因此,从微观企业海外并购视角发现了不同性质贸易壁垒引致的截然相反的效应,为逆全球化背景下构建国内国际双循环新发展格局提供经验证据。

关键词：贸易壁垒关税壁垒技术封锁海外并购倒逼效应区域贸易协定

基于体外肠道微生物消化预测不同工艺大叶茶的健康作用

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食品与发酵工业 2024年

作者：李颂王泽宇向沙沙安泰肖杰魏珍珍涂青应剑朱炫郝彬秀陈林波纪传来牛兴和浙江工商大学食品与生物工程学院中粮营养健康研究院有限公司中茶科技(北京)有限公司云南省农业科学院茶叶研究所营养健康与食品安全北京市重点实验室河南工业大学粮油食品学院中国茶叶股份有限公司云南中茶茶业有限公司南京财经大学食品科学与工程学院/江苏省现代粮食流通与安全协同创新中心

大叶茶是我国重要的茶树品种，茶叶成分组成的差异影响调节肠道微生态、糖脂代谢的作用。该研究比较经不同工艺制备而成的大叶种白茶、普洱生茶、普洱熟茶及酸茶对不同人群肠道微生态的影响。利用正常及肠杆菌型便秘人群的粪便样本构建... 详细信息

大叶茶是我国重要的茶树品种，茶叶成分组成的差异影响调节肠道微生态、糖脂代谢的作用。该研究比较经不同工艺制备而成的大叶种白茶、普洱生茶、普洱熟茶及酸茶对不同人群肠道微生态的影响。利用正常及肠杆菌型便秘人群的粪便样本构建体外肠道微生物消化模型，与茶汤共培养1 d后，测定发酵液的微生物组成及短链脂肪酸含量，并进行PICRUSt2代谢通路预测。在2种模型中，大叶茶均降低厚壁菌门/拟杆菌门比值，促进瘤胃球菌、毛螺菌、真细菌、丁酸球菌等产丁酸菌、嗜黏蛋白阿克曼菌丰度增加，抑制链球菌、葡萄球菌等致病菌，提高短链脂肪酸含量。在普通模型中，消化、能量及脂质代谢、外源化合物生物降解、肠道炎症保护等代谢途径被显著干预，而在便秘模型中，仅心血管健康和循环系统相关的两条代谢途径被普洱熟茶显著干预。与其他大叶茶相比，普洱熟茶组较为显著地提高了肠道菌群多样性，酸茶最为显著地增加了便秘模型的短链脂肪酸含量。

关键词：肠道菌群大叶茶普洱茶酸茶短链脂肪酸代谢通路