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Development of a High-throughput Sequencing Platform for Detection of Viral Encephalitis Pathogens Based on Amplicon Sequencing

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Biomedical and Environmental Sciences 2024年第3期37卷 294-302页

作者： ZHANG Ya Li SU Wen Zhe WANG Rui Chen LI Yan ZHANG Jun Feng LIU Sheng Hui HU Dan He XU Chong Xiao YIN Jia Yu YIN Qi Kai HE Ying LI Fan FU Shi Hong NIE Kai LIANG Guo dong TAO Yong XU Song Tao MA Chao Feng WANG Huan Yu Shaanxi University of Chinese Medicine Xianyang 712000ShaanxiChina National Key Laboratory of Intelligent Tracking and Forecasting for Infectious Diseases National Institute for Viral Disease Control and PreventionChinese Center for Disease Control and PreventionBeijing 102206China Guangzhou Center for Disease Control and Prevention Guangzhou 510000GuangdongChina Shandong Center for Disease Control and Prevention Jinan 250000ShandongChina Department of Ophthalmology Beijing Chaoyang HospitalCapital Medical UniversityBeijing 100020China Xi'an Center for Disease Control and Prevention Xi’an 710054ShaanxiChina

Objective Viral encephalitis is an infectious disease severely affecting human *** is caused by a wide variety of viral pathogens,including herpes viruses,flaviviruses,enteroviruses,and other *** laboratory diagnosis of viral encephalitis is a worldwide ***,high-throughput sequencing technology has provided new tools for diagnosing central nervous system ***,In this study,we established a multipathogen detection platform for viral encephalitis based on amplicon *** We designed nine pairs of specific polymerase chain reaction(PCR)primers for the 12 viruses by reviewing the relevant *** detection ability of the primers was verified by software simulation and the detection of known positive *** sequencing was used to validate the samples,and consistency was compared with Sanger *** The results showed that the target sequences of various pathogens were obtained at a coverage depth level greater than 20×,and the sequence lengths were consistent with the sizes of the predicted *** sequences were verified using the National Center for Biotechnology Information BLAST,and all results were consistent with the results of Sanger *** Amplicon-based high-throughput sequencing technology is feasible as a supplementary method for the pathogenic detection of viral *** is also a useful tool for the high-volume screening of clinical samples.

关键词： Viral encephalitis Amplicon sequencing High-throughput sequencing Multipathogen detection

1990—2020年贵州百里杜鹃风景名胜区景观格局动态变化

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现代农业科技 2024年第5期 119-125页

作者：董奎董平陈红燕毕节市天然林资源保护中心贵州毕节551700 四川山海图农林科技有限公司四川成都610081

为研究自然保护地生态要素景观格局动态变化规律,以贵州百里杜鹃风景名胜区为研究对象,选取1990年、2000年、2010年及2020年4期土地利用类型数据,运用景观格局面积动态分析、景观格局指数等方法分析了1990—2020年百里杜鹃风景名胜区景... 详细信息

为研究自然保护地生态要素景观格局动态变化规律,以贵州百里杜鹃风景名胜区为研究对象,选取1990年、2000年、2010年及2020年4期土地利用类型数据,运用景观格局面积动态分析、景观格局指数等方法分析了1990—2020年百里杜鹃风景名胜区景观格局演变特征。结果表明:1990—2020年,百里杜鹃风景名胜区土地利用类型以林地和耕地为主,林地、水域及建设用地面积增加,耕地、草地面积减少;30年来,有9.3 km^(2)土地发生转移,其中耕地净减少4.23 km^(2),林地净增加4.20 km^(2)。在景观水平上,研究区景观总体上破碎度减小,景观异质性减弱,景观结构趋向简单,景观团聚程度增加。在类型景观格局水平上,研究区以林地为优势景观,林地、耕地及草地斑块破碎程度降低,水域及建设用地变化不明显。总的来说,百里杜鹃风景名胜区生态环境持续向好,但景观格局趋向单一。

关键词：景观格局动态变化百里杜鹃风景名胜区贵州省 1990—2020年

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益生菌对幼鱼生长发育的影响及调控机制

水产学报 2024年第1期48卷 19-27页

作者：张美玲董温昕杜震宇华东师范大学生命科学学院

近年来，高密度、集约化的水产养殖模式导致养殖鱼类疾病频发，其中幼鱼发病率和死亡率的上升严重影响水产养殖业的健康快速发展。如何保障幼鱼的健康是当前水产养殖业亟需解决的问题。益生菌能够通过多种方式提高幼鱼的抗病力、增强幼... 详细信息

近年来，高密度、集约化的水产养殖模式导致养殖鱼类疾病频发，其中幼鱼发病率和死亡率的上升严重影响水产养殖业的健康快速发展。如何保障幼鱼的健康是当前水产养殖业亟需解决的问题。益生菌能够通过多种方式提高幼鱼的抗病力、增强幼鱼对营养素的摄取、促进幼鱼的生长发育。已有大量的研究阐述了益生菌在幼鱼生长发育及免疫调节中的作用，但相关机制还需深入探究。本文综述了近年来益生菌在幼鱼生长发育及抗病方面发挥的有益作用及其可能的机制，讨论了益生菌在幼鱼养殖应用时可能存在的问题以及发展方向，为益生菌在水产动物幼体养殖中的应用提供了理论参考。

关键词：幼鱼益生菌水产养殖发育肠道菌群

颅内-颅内血管搭桥侧侧吻合术治疗复杂颅内动脉瘤长期疗效观察

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中国现代神经疾病杂志 2024年第8期24卷 632-643页

作者：刘源佟志勇余冠东赵旭东初金刚中国医科大学附属第一医院神经外科沈阳110001 中国医科大学附属第一医院放射科沈阳110001 广州医科大学附属第二医院神经外科 510260

目的探讨颅内-颅内血管搭桥侧侧吻合术治疗复杂颅内动脉瘤的长期疗效。方法纳入2015年1月至2023年12月由中国医科大学附属第一医院神经外科同一术者实施颅内-颅内血管搭桥侧侧吻合术的5例复杂颅内动脉瘤患者,2例累及大脑前动脉A2段,3... 详细信息

目的探讨颅内-颅内血管搭桥侧侧吻合术治疗复杂颅内动脉瘤的长期疗效。方法纳入2015年1月至2023年12月由中国医科大学附属第一医院神经外科同一术者实施颅内-颅内血管搭桥侧侧吻合术的5例复杂颅内动脉瘤患者,2例累及大脑前动脉A2段,3例累及大脑中动脉M2段。术中采用吲哚菁绿荧光血管造影术(ICGA)、术后采用CTA或DSA评估动脉瘤闭塞和血流重建情况;术后1周、3个月和末次随访时采用改良Rankin量表(mRS)评估神经功能预后;术后第1天、1周和3个月行头部CT和(或)MRI检查,评估是否发生出血性或缺血性并发症。结果本组5例复杂颅内动脉瘤均孤立确切,2例行A3-A3侧侧吻合术;3例行M2-M2侧侧吻合术,其中1例在M2-M2侧侧吻合术基础上获取桡动脉(RA)作为桥血管,联合M1-RA-M2嵌入桥接式血管搭桥术。术中经ICGA证实,5例侧侧吻合口和1例M1-RA-M2桥血管均通畅。术后随访时间为23(14,71)个月,5例术后1周和术后3个月CTA或DSA检查、3例术后9~12个月DSA检查均未见动脉瘤显影,5例侧侧吻合口和1例M1-RA-M2桥血管均通畅。术后1周mRS评分较术前升高0~3分(1例手术前后均为4分、1例增加2分、1例增加3分),2例未破裂患者术后1周mRS评分无变化(均为1分);术后3个月mRS评分均下降(0分2例、2分1例、3分2例);末次随访时1例失访,余4例mRS评分进一步下降(0分2例、1分1例、2分1例)。术后无脑出血或脑缺血事件发生。结论颅内-颅内血管搭桥侧侧吻合术的短期和长期通畅性良好,长期疗效稳定,是复杂颅内动脉瘤手术治疗的可靠技术。

关键词：颅内动脉瘤大脑前动脉大脑中动脉脑血管重建术颅内-颅内(非MeSH词) 侧侧吻合(非MeSH词)

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双心室辅助装置发展的思考

中华胸心血管外科杂志 2024年第8期40卷 449-450页

作者：董念国余顺周华中科技大学同济医学院附属协和医院心脏大血管外科武汉430022 深圳核心医疗科技股份有限公司深圳518000

终末期心力衰竭患者中约30%为双心衰竭,左心室辅助装置置人术后并发严重右心室衰竭的患者比例为10%~30%。心室辅助装置主要用于治疗左心室衰竭,双心室辅助可用于应对双心衰竭或置入左心室辅助装置后的右心室衰竭。随着第三代全磁悬浮技... 详细信息

终末期心力衰竭患者中约30%为双心衰竭,左心室辅助装置置人术后并发严重右心室衰竭的患者比例为10%~30%。心室辅助装置主要用于治疗左心室衰竭,双心室辅助可用于应对双心衰竭或置入左心室辅助装置后的右心室衰竭。随着第三代全磁悬浮技术的突破,置入式双心室辅助装置(BiVAD)带来了比早期搏动式BiVAD及全人工心脏更好的治疗效果。本文旨在对BiVAD发展趋势进行分析与展望,并提出具有自主知识产权的新一代BiVAD产品D-uoCor的设计理念,阐述其技术特点及临床价值。

关键词：终末期心力衰竭双心室辅助装置

Renin-angiotensin system inhibitors prescriptions in Chinese hospitalized chronic kidney disease patients

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World Journal of Clinical Cases 2024年第17期12卷 3061-3075页

作者： Chun Zhang Zhi-Yu Duan Sa-Sa Nie Zhou Zhang Xin-Ru Guo Chao-Yang Zhang Jing dong Guang-Yan Cai Department of Nephrology The First Medical CentreChinese PLA General HospitalBeijing 100853China School of Medicine Nankai UniversityTianjin 300071China National Engineering Laboratory for Medical Big Data Application Technology Chinese PLA General HospitalBeijing 100853China

BACKGROUND Many guidelines have recommended renin-angiotensin system inhibitors(RASI)as the first-line treatment for patients with chronic kidney disease(CKD).We studied RASI prescription trends from 2010 to 2019,and analyzed the characteristics associated with RASI prescription in Chinese hospitalized CKD *** To study the prescription of renin angiotensin system inhibitors in hospitalized patients with CKD in *** It was retrospectively,cross-sectional reviewed RASI prescriptions in hospitalized CKD patients in China from 2010 to *** prescribing trends were analyzed from 2010 to 2019,and bivariate and multivariate logistic regression analyses were conducted to identify characteristics associated with RASI *** A total of 35090 CKD patients were included,with 10043(28.6%)RASI *** these patients,18919(53.9%)met the criteria for RASI treatments based on the 2012 kidney disease:Improving global outcomes *** these,7246(38.3%)patients received RASI *** prescriptions showed an initial rapid increase from 2011 to 2012,reached its peak around 2015 and 2016,and then exhibited a subsequent slight decreasing *** bivariate and multivariate analyses showed that several characteristics,including the male gender,age less than 60-year-old,nephrology department admission,lower CKD stage,history of hypertension or diabetes,proteinuria,glomerulonephritis as the CKD etiology,and non-acute kidney injury were associated with RASI *** The frequency of RASI prescriptions showed an initial increase but a slight decreasing trend in more recent *** patients with certain characteristics such as elderly age,advanced disease stage,surgery department admission,or acute kidney injury were less likely to receive RASI *** the application of RASI in hospitalized CKD patients is *** actual clinical practice needs to be *** development of related research

关键词： Chronic kidney disease Renin-angiotensin system inhibitors Prescriptions Adherence

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一种自适应调整权重向量的多目标进化算法

应用科技 2024年第4期51卷 51-61页

作者：董奥哲董红斌哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院黑龙江哈尔滨150001

基于分解的多目标进化算法(multi-objective evolutionary algorithm based on decomposition,MOEA/D)作为一种重要的多目标优化方法,已经成功地应用于解决各种多目标优化问题。然而,MOEA/D算法在解决具有高维目标和复杂帕累托前沿(Pare... 详细信息

基于分解的多目标进化算法(multi-objective evolutionary algorithm based on decomposition,MOEA/D)作为一种重要的多目标优化方法,已经成功地应用于解决各种多目标优化问题。然而,MOEA/D算法在解决具有高维目标和复杂帕累托前沿(Pareto frontier,PF)的问题时,容易陷入局部最优并难以获得可行解。本文提出一种改进的MOEA/D算法,包括3个优化策略:首先,使用拉丁超立方抽样方法代替随机方法初始化种群,得到分布均匀的初始种群,同时对权重向量关联解的策略进行优化;其次,提出一种稀疏度函数,用于计算种群中个体的稀疏度并维护外部种群;最后,提出了自适应调整权向量的方法,用于引导种群收敛到帕累托前沿,并且有效平衡种群的多样性和收敛性。将提出算法和4种对比算法在DTLZ和WFG系列问题以及多目标旅行商问题(multi-objective travel salesman problem,MOTSP)上进行对比实验,实验结果表明本文提出自适应调整权重向量的多目标进化(MOEA/D with cosine similarity adaptive weight adjustment,MOEA/D-CSAW)算法在处理具有复杂帕累托前沿和高维多目标的问题时,算法的综合性能要优于对比算法。

关键词：多目标优化多目标进化算法自适应调整权重向量帕累托前沿稀疏度函数多样性收敛性

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脑卒中患者虚拟现实康复体验质性研究的Meta整合

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中华护理杂志 2024年第9期59卷 1130-1137页

作者：董蕾刘佳赵琴赵洪圉朱肖中南大学湘雅护理学院长沙市410013 中南大学湘雅三医院护理部中南大学湘雅三医院移植科

目的系统评价脑卒中患者虚拟现实康复体验,为临床脑卒中患者康复实践提供参考。方法检索PubMed、Web of Science、Scopus、Embase、Cochrane Library、CINAHL、中国知网、万方数据库、中国生物医学文献数据库、维普数据库中相关质性研究... 详细信息

目的系统评价脑卒中患者虚拟现实康复体验,为临床脑卒中患者康复实践提供参考。方法检索PubMed、Web of Science、Scopus、Embase、Cochrane Library、CINAHL、中国知网、万方数据库、中国生物医学文献数据库、维普数据库中相关质性研究,检索时限为建库至2023年4月,采用澳大利亚乔安娜布里格斯研究所(Joanna Briggs Institute,JBI)循证卫生保健中心质性研究质量评价标准(2020版)进行文献质量评价,运用汇集性整合法整合结果,并采用JBI循证卫生保健中心构建的质性研究整合证据评估工具(confidence in the qualitative evidence,ConQual)对整合结果进行质量评级。结果共纳入14篇文献,提炼45个主题,归纳出10个类别,最终形成3个整合结果,即感知虚拟现实康复益处、感知虚拟现实康复障碍、对虚拟现实康复的期望和需求。ConQual评分显示,整合证据体为中等水平。结论脑卒中患者对虚拟现实康复态度积极,但未来应优化脑卒中虚拟现实康复支持系统,完善虚拟现实康复技术反馈机制和个性化内容,创新虚拟现实多功能康复模式,并推动虚拟现实康复延伸至社区和居家,促进脑卒中患者虚拟现实康复实践。

关键词：脑卒中虚拟现实体验质性研究 Meta整合循证护理学

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多孔介质传热模型在多孔壁湍流中的适用性

空气动力学学报 2024年第1期42卷 45-54,I0001页

作者：赵泽灏张金龙董宇红上海大学力学与工程科学学院上海市应用数学和力学研究所上海200072 上海市能源工程力学重点实验室上海飞行器力学与控制研究院上海200072

为了考查不同的多孔介质传热模型在不同工况下的适用性,对带有高孔隙率多孔介质壁面槽道湍流及其传热进行了直接数值模拟研究。在多孔介质层外流体区域,通过有限差分方法求解不可压缩Navier-Stokes方程和温度对流扩散方程;在多孔介质层... 详细信息

为了考查不同的多孔介质传热模型在不同工况下的适用性,对带有高孔隙率多孔介质壁面槽道湍流及其传热进行了直接数值模拟研究。在多孔介质层外流体区域,通过有限差分方法求解不可压缩Navier-Stokes方程和温度对流扩散方程;在多孔介质层内,使用修正的Darcy-Brinkman-Forchheimer模型描述高孔隙率多孔介质阻力,以及分别采用局部热平衡(local thermal equilibrium,LTE)模型、局部非热平衡(local thermal non-equilibrium,LTNE)模型、理想金属(ideal metal foams,IMF)模型计算温度分布。通过对所得热场的统计特性的分析比较,探究了不同Biot数下水和空气两类流体介质的多孔介质传热模型的有效性。研究表明:LTE模型不足以准确预测金属泡沫多孔介质内传热问题,其等效导热系数因仅考虑孔隙率因素而低估了多孔介质层的传热能力;IMF模型在小比热容流体介质的算例中表现良好,可以代替LTNE描述多孔介质层内的传热,而在大比热容流体介质的算例中表现不佳,需要考虑比热容以及流固两相间的传热能力对预估的固体相温度分布进行修正。

关键词：传热多孔介质壁面槽道湍流直接数值模拟局部热平衡模型