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Development of a High-throughput Sequencing Platform for Detection of Viral Encephalitis Pathogens Based on Amplicon Sequencing

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Biomedical and Environmental Sciences 2024年第3期37卷 294-302页

作者： zhang ya li SU Wen Zhe WANG Rui Chen li yan zhang Jun Feng liU Sheng Hui HU Dan He XU Chong Xiao YIN Jia Yu YIN Qi Kai HE Ying li Fan FU Shi Hong NIE Kai liANG Guo Dong TAO Yong XU Song Tao MA Chao Feng WANG Huan Yu Shaanxi University of Chinese Medicine Xianyang 712000ShaanxiChina National Key Laboratory of Intelligent Tracking and Forecasting for Infectious Diseases National Institute for Viral Disease Control and PreventionChinese Center for Disease Control and PreventionBeijing 102206China Guangzhou Center for Disease Control and Prevention Guangzhou 510000GuangdongChina Shandong Center for Disease Control and Prevention Jinan 250000ShandongChina Department of Ophthalmology Beijing Chaoyang HospitalCapital Medical UniversityBeijing 100020China Xi'an Center for Disease Control and Prevention Xi’an 710054ShaanxiChina

Objective Viral encephalitis is an infectious disease severely affecting human *** is caused by a wide variety of viral pathogens,including herpes viruses,flaviviruses,enteroviruses,and other *** laboratory diagnosis of viral encephalitis is a worldwide ***,high-throughput sequencing technology has provided new tools for diagnosing central nervous system ***,In this study,we established a multipathogen detection platform for viral encephalitis based on amplicon *** We designed nine pairs of specific polymerase chain reaction(PCR)primers for the 12 viruses by reviewing the relevant *** detection ability of the primers was verified by software simulation and the detection of known positive *** sequencing was used to validate the samples,and consistency was compared with Sanger *** The results showed that the target sequences of various pathogens were obtained at a coverage depth level greater than 20×,and the sequence lengths were consistent with the sizes of the predicted *** sequences were verified using the National Center for Biotechnology Information BLAST,and all results were consistent with the results of Sanger *** Amplicon-based high-throughput sequencing technology is feasible as a supplementary method for the pathogenic detection of viral *** is also a useful tool for the high-volume screening of clinical samples.

关键词： Viral encephalitis Amplicon sequencing High-throughput sequencing Multipathogen detection

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基于头发蛋白质组学区分个人特质的方法学探究

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生物化学与生物物理进展 2024年第1期51卷 230-240页

作者：吴晓淋张涛徐平张亚莉张振鹏贵州大学医学院贵阳550025 军事科学院军事医学研究院生命组学研究所蛋白质组学国家重点实验室国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心北京102206 中国医学科学院蛋白组学与新药研发创新单元北京102206

目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的... 详细信息

目的头发是一类重要的皮肤附属物,主要由角蛋白和角蛋白相关蛋白等组成。不同种族及性别样本的头发蛋白质组成和占比存在差异,且目前缺乏高效率提取头发蛋白的方法。本文探究基于定量头发蛋白质组学方法,旨在探索该方法区分不同个体的可能性。方法以3例头发样本,对样品处理方法和裂解缓冲液进行探究,发展一种名为PLEE(PTM lab for protein extraction from hair with high efficiency)的稳定、高效的头发蛋白质提取方法,对7例人发样本,以PLEE法进行提取,结合胶内消化方法进行蛋白质组学实验,产出蛋白质组学数据,分析个体间的头发蛋白质组成及占比。结果共鉴定274种蛋白质,共有的蛋白质107种,非共有蛋白质种类在57~119,部分样本存在独特鉴定蛋白。使用共鉴定107种蛋白质进行定量蛋白质组分析,通过聚类和主成分分析,可将各样本进行区分,且技术重复样本可聚在一起,表明流程的稳定性。另外,筛选出10个关键蛋白(KRT33A、KRTAP9-6、KRT83、KRTAP7-1、KRT32、BLMH、KRT38、KRTAP11-1、NPAS1、KRTAP4-3)在不同个体之间差异比较大且在同个体中蛋白质鉴定稳定。结论不同个体的头发蛋白质组成存在差异,筛选出的10个蛋白质有望作为区分个体特质的关键蛋白,在个体识别、刑侦方面具有重大的应用潜力。

关键词：头发蛋白质组学个人特质 PLEE

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车削加工随机切削力建模与预测研究

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机械设计与制造 2024年第9期403卷 85-91页

作者：刘涛张亚利新乡职业技术学院河南新乡453000 广东工业大学机电工程学院广东广州510006

针对车削材料的非均匀性和多模态加工系统等实际加工条件,提出了一种预测随机切削力的模型。将确定性模型中的常数切削系数转化为平稳的高斯过程,采用随机模型对刀具振动和未切削切屑厚度进行了建模。通过实验估计了随机切削系数,并在... 详细信息

针对车削材料的非均匀性和多模态加工系统等实际加工条件,提出了一种预测随机切削力的模型。将确定性模型中的常数切削系数转化为平稳的高斯过程,采用随机模型对刀具振动和未切削切屑厚度进行了建模。通过实验估计了随机切削系数,并在任意时间尺度下利用随机微分方程进行有效模拟。结合随机模型与多模态动力学方程,对随机切削力进行了数值预测。为此建立了三模态加工系统,并对不同金属合金的工件进行了测试。结果表明估计的随机切削系数对切削参数不敏感,预测结果与实验结果在时域和统计域上具有较好的吻合性。在切削力无法在线测量的情况下,该模型可为刀具状态监测提供参考。

关键词：随机切削力平稳高斯过程切削系数车削加工

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交叉融合特征的夜间车辆异常检测算法

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科学技术与工程 2024年第27期24卷 11869-11877页

作者：张奕博张雅丽帅勃宇中国人民公安大学信息网络安全学院北京100038

针对在夜间场景下对车辆的一些异常检测效果不佳、模型参数量大等问题,制作了夜间车辆异常数据集,并对YOLOv5进行改进,将夜间中车辆异常图像放入其中训练,最终检测效果有所提升。其中改进有:在YOLOv5网络模型中Backbone层引入深度超参... 详细信息

针对在夜间场景下对车辆的一些异常检测效果不佳、模型参数量大等问题,制作了夜间车辆异常数据集,并对YOLOv5进行改进,将夜间中车辆异常图像放入其中训练,最终检测效果有所提升。其中改进有:在YOLOv5网络模型中Backbone层引入深度超参数卷积DO-DConv,可以加快收敛速度、提高网络性能、有效降低参数量和浮点计算量并提高检测精度;根据轻量化卷积GSConv可以在检测的准确性和速度之间实现平衡,设计了新的VOV_SimAM模块以及C3_SimAM模块,以提高对重要异常特征的提取能力;提出流对齐交叉融合特征金字塔网络(flow alignment feature pyramid networks,FaFPN)和FaConcat拼接方式,减少参数量与浮点运算量;引入理智交并比(wise-intersection over union,Wise-IoU)损失函数以解决质量较好与质量较差的样本平衡问题,实现对车辆碰撞、车辆起火和车辆翻车的检测。该模型相较原YOLOv5网络模型,参数量和浮点计算量分别减少了8.5%和28.8%,对车辆碰撞、车辆起火和车辆翻车的检测平均精度(average precision,AP)值分别提升了11.3%、5.9%、29.1%,均值平均精度(mean average precision,mAP)值提升了15.4%,为智能视频警务应用提供了一个较好的借鉴。

关键词：异常检测 YOLOv5 特征融合注意力机制损失函数

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新疆早熟棉花不同水分下临界氮稀释曲线的构建与验证

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植物营养与肥料学报 2024年第4期30卷 731-744页

作者：张雨鑫吕宁高志建李全胜张亚黎王国栋石河子大学农学院/新疆生产建设兵团绿洲生态农业重点实验室新疆石河子832003 新疆农垦科学院农业农村部西北绿洲节水农业重点实验室/水肥资源高效利用兵团重点实验室新疆石河子832000

[目的]基于临界氮浓度(Nc),构建不同水分条件下早熟棉花氮营养指数(NNI)、氮吸收量(N_(upt))和累积氮亏缺量(N_(and))模型,为棉花氮素营养诊断提供快捷准确的方法,以提高水肥利用效率。[方法]田间试验于2021和2022年在新疆石河子市进行... 详细信息

[目的]基于临界氮浓度(Nc),构建不同水分条件下早熟棉花氮营养指数(NNI)、氮吸收量(N_(upt))和累积氮亏缺量(N_(and))模型,为棉花氮素营养诊断提供快捷准确的方法,以提高水肥利用效率。[方法]田间试验于2021和2022年在新疆石河子市进行,供试棉花品种为当地主栽早熟品种‘新石K-18’。试验采用完全区组设计,设置4个灌溉水量(W):中度亏缺(W1,3000 m^(3)/hm^(2))、轻度亏缺(W2,3750 m^(3)/hm^(2))、正常水分(W3,4500 m^(3)/hm^(2))、水分盈余(W4,5250 m^(3)/hm^(2));5个氮素(N)水平:0、225、262.5、300、337.5 kg/hm^(2),记为N0、N1、N2、N3和N4,共20个处理。出苗后第60、75、90、105、120天,取棉株样品,分为茎、叶和铃,吐絮后棉铃又分为铃壳、棉籽、皮棉,测定干物质量和氮浓度。在吐絮期调查棉花株数、单株结铃数、单铃重,以及皮棉产量和衣分。以植株干重与含氮量构建不同水分条件下的临界氮浓度稀释曲线(Nc),采用均方根误差(root mean square error,RMSE)和标准化均方根误差(n-RMSE)对临界氮浓度稀释曲线的可靠性进行验证。基于Nc,建立棉株氮营养指数、氮吸收量、累积氮亏缺量模型,用于不同水分条件下的棉花氮素最佳用量推荐。[结果]棉花各生育期地上部干物质、棉花产量、氮含量均随灌水与施氮量的增加而增加,籽棉与皮棉产量均以W3N3处理最高,分别为5892与2747 kg/hm^(2)。W1~W4各水分条件下临界氮浓度稀释曲线R~2分别为0.999、0.912、0.952、0.974,RMSE分别为0.284、0.280、0.243和0.269,说明模型具有较高的精度。基于Nc的氮营养指数、氮吸收量与累积氮亏缺量模型,对不同水分条件滴灌棉花氮营养状况的诊断结果均表明N3 (300 kg/hm^(2))为最适施氮水平。综合棉花产量与氮含量,中度水分亏缺条件(W1)下的最佳施氮量为262.5 kg/hm^(2),轻度亏缺、正常水分和水分盈余(W2、W3和W4)条件下均为300 kg/hm^(2)。[结论]建立的滴灌棉花临界氮浓度稀释曲线和基于该模型建立的氮营养指数、氮吸收量和累积氮亏缺量模型,能够精准预测不同水分条件下滴灌棉花的氮素营养状况,为棉花氮营养诊断和高效施氮管理提供支撑。

关键词：棉花滴灌临界氮浓度稀释曲线氮素诊断

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人工智能辅助高校英语专业“英美文学”教学探析

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教育教学论坛 2024年第27期 77-80页

作者：张亚丽山西师范大学外国语学院山西太原030031

针对目前高校英语专业“英美文学”课程教学中存在的一些问题,如未能充分引导学生发挥主观能动性、文本分析及作品选择方面的局限性等,探析人工智能辅助推动“英美文学”课程教学改革的可行性。人工智能的引入将极大地丰富“英美文学”... 详细信息

针对目前高校英语专业“英美文学”课程教学中存在的一些问题,如未能充分引导学生发挥主观能动性、文本分析及作品选择方面的局限性等,探析人工智能辅助推动“英美文学”课程教学改革的可行性。人工智能的引入将极大地丰富“英美文学”课程的教学内容,使得对文学作品的分析达到新的高度,突破作品选择的局限性,为学生提供个性化的学习支持,促进“英美文学”教学的国际交流与合作。因此,高校英语专业的“英美文学”教学若能抓住人工智能带来的新机遇,扬长避短,那么人工智能必将对培养具有国际视野和跨文化交流能力的优秀外语人才起到推动作用。

关键词：人工智能高校英语专业英美文学教学改革

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基于RSEI和MSPA模型的生境质量时空动态演变分析——以安徽金寨霍山两县为例

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西北林学院学报 2024年第2期39卷 123-132页

作者：张亚丽苏子浩王妮王玉亮滁州学院地理信息与旅游学院安徽滁州239000 滁州学院实景地理环境安徽省重点实验室安徽滁州239000 滁州学院计算机与信息工程学院安徽滁州239000

随着城镇化进程的加快,人类社会与自然界联系日益密切的同时,生态环境问题也日趋显著。当前大多数基于遥感的生境研究都是只采用遥感生态指数(remote sensing ecology index,RSEI)评估生境质量,缺少对生境内部结构的评估。为此,提出一... 详细信息

随着城镇化进程的加快,人类社会与自然界联系日益密切的同时,生态环境问题也日趋显著。当前大多数基于遥感的生境研究都是只采用遥感生态指数(remote sensing ecology index,RSEI)评估生境质量,缺少对生境内部结构的评估。为此,提出一套完整的生境质量评估框架,将RSEI和形态学空间格局分析(morphological spatial pattern analysis,MSPA)结合,从功能和结构2个角度综合对研究区进行生态环境监测和评价。以安徽省的金寨、霍山2县为研究对象,选取3期Landsat遥感影像,首先基于随机森林算法(random forest,RF)进行土地利用分类,然后构建RSEI评估研究区生境质量,最后以生境质量最高的森林作为主体,采用MSPA识别不同景观类型评估森林的结构变化。结果表明,1)研究期间,金寨、霍山2县面积占比最大的林地面积其RSEI均值先增加后略微减少,建设用地和耕地的面积及其RSEI均值一直呈上升趋势;2)研究区的生境质量持续稳定以“优”“良”等级为主,“差”等级区域面积呈减少趋势;3)林地内部的核心区面积呈下降趋势,RSEI均值总体却呈上升趋势。此外,孤岛、支线区面积增加的同时RSEI均值也在提高。据此,研究区的森林内部结构出现破碎化现象,但是生境功能总体呈上升趋势,这与合理的土地利用及森林内部结构的改变联系十分密切。研究结果可为与类似金寨县和霍山县的生态环境建设提供科学的参考价值。

关键词： RSEI MSPA 生境质量 Landsat

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骨髓增生异常综合征患者基因突变与临床特征相关性及预后

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中国实验血液学杂志 2024年第1期32卷 176-183页

作者：张婉婉张雅丽任崇崇吴庭恺刘蓓甘肃省兰州大学第一临床医学院兰州大学第一医院血液内科甘肃兰州730000

目的:探索骨髓增生异常综合征(MDS)基因突变与临床特征的相关性及预后分析。方法:收集兰州大学第一医院2015年6月至2023年2月期间131例MDS患者的临床资料,随访期间其中19例进展为继发性急性髓系白血病(sAML)。利用二代测序技术检测MDS... 详细信息

目的:探索骨髓增生异常综合征(MDS)基因突变与临床特征的相关性及预后分析。方法:收集兰州大学第一医院2015年6月至2023年2月期间131例MDS患者的临床资料,随访期间其中19例进展为继发性急性髓系白血病(sAML)。利用二代测序技术检测MDS疾病相关基因突变类型并绘制突变谱,结合患者临床资料分析其之间相关性及预后。结果:131例MDS患者中位年龄58(17-86)岁,男女比例约为1.3∶1。131例中共检测出148个基因突变、25种突变类型,其中U2AF1、ASXL1常与其它基因发生共突变,且分别与20q-和正常核型伴随出现。SETBP1和SRSF2多见于60岁以上患者,NPM1和WT1常见于60岁以下患者,老年患者的基因突变数目多于年轻患者。男性SF3B1和RUNX1基因突变发生率高于女性,女性DNMT3A基因突变发生率高于男性。MDS进展为sAML患者组的基因突变数目高于MDS组(1.8 vs 1.0个,P=0.006)。单因素、多因素分析结果显示,IPSS-R预后评分≥3.5分和TP53是MDS患者预后不良的危险因素。单等位基因TP53突变和野生型TP53患者OS优于双等位基因突变型(P=0.003);未转白患者OS优于sAML患者(P=0.01);移植患者OS明显优于未移植患者(P=0.036)。结论:基因突变与细胞遗传学指标和临床特征(外周血细胞数、性别、年龄)密切相关。IPSS-R预后评分、TP53是影响MDS患者OS的危险因素。

关键词：骨髓增生异常综合征共突变细胞遗传学临床表型预后

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父母手机冷落与青少年网络游戏成瘾:越轨同伴交往的中介作用

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沧州师范学院学报 2024年第1期40卷 59-64页

作者：靳康悦李昳张亚利河北师范大学教育学院河北石家庄050024 唐山学院土木工程学院河北唐山063000

目的:探究父母手机冷落与青少年网络游戏成瘾的关系,以及越轨同伴交往在两者间的中介作用.方法:采用父母手机冷落量表、越轨同伴交往量表和网络游戏成瘾量表对808名青少年进行调查,采用AMOS 26.0检验中介效应.结果:父母手机冷落与网络... 详细信息

目的:探究父母手机冷落与青少年网络游戏成瘾的关系,以及越轨同伴交往在两者间的中介作用.方法:采用父母手机冷落量表、越轨同伴交往量表和网络游戏成瘾量表对808名青少年进行调查,采用AMOS 26.0检验中介效应.结果:父母手机冷落与网络游戏成瘾(r=0.23,p<0.01)和越轨同伴交往(r=0.19,p<0.01)呈显著正相关,越轨同伴交往与网络游戏成瘾呈显著正相关(r=0.23,p<0.01);越轨同伴交往在父母手机冷落与网络游戏成瘾间起部分中介作用.结论:父母手机冷落既能直接诱发青少年网络游戏成瘾,也能通过助长越轨同伴交往间接增加网络游戏成瘾风险.

关键词：父母手机冷落网络游戏成瘾越轨同伴交往

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土壤磷素地表径流提取系数研究进展

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植物营养与肥料学报 2024年第8期30卷 1595-1605页

作者：张亚丽党文辉尹甜梦张银杰张登晓穆博刘世亮张兴昌河南农业大学资源与环境学院河南郑州450002 西北农林科技大学水土保持科学与工程学院陕西杨凌712100 中国科学院水利部水土保持研究所陕西杨凌712100

土壤磷素地表径流提取系数(phosphorus extraction coefficient,ECp)是模拟表层土壤可溶性磷随地表径流迁移,估算农业磷非点源污染负荷模型中的一个重要参数。当前ECp的相关研究存在内涵模糊,确定方法各异,变异范围和影响机制也不够清... 详细信息

土壤磷素地表径流提取系数(phosphorus extraction coefficient,ECp)是模拟表层土壤可溶性磷随地表径流迁移,估算农业磷非点源污染负荷模型中的一个重要参数。当前ECp的相关研究存在内涵模糊,确定方法各异,变异范围和影响机制也不够清晰等问题。本文梳理了国内外相关研究中ECp的提取方法、影响因素,为提高农业磷非点源污染评估的精度提供理论依据。ECp定义为地表径流溶解态磷(dissolved phosphorus,DP)浓度与表层土壤可溶性磷含量的比率。该系数通常基于降雨试验,通过建立地表径流DP和表层土壤磷含量的线性回归方程,用回归线的斜率表示ECp,因此其概念本质主要体现在统计学意义上。ECp受降雨、土壤、植被覆盖和农田管理措施等多种因素影响,变异范围较大。ECp通常与土壤黏粒含量、吸附性、植被覆盖度等因素呈反比,而与土壤初始含水量呈正比。非石灰性土壤ECp值一般大于石灰性土壤。为简化计算,ECp在NPS污染模型中通常被设为一个定值。例如,在化学物质、径流和土壤侵蚀(chemicals,runoff,and erosion from agriculture management,CREAMS)及农业非点源(agricultural nonpoint source,AGNPS)模型中,ECp值设为7.5,而在土壤侵蚀和作物生产力评价(erosion/productivity impact calculator,EPIC)和水土评估工具(soil and water assessment tools,SWAT)模型中,ECp值则设为5.7。因此,未来研究仍需重视ECp的物理内涵,精准测算多次降雨平均和动态ECp,阐明土壤磷素地表径流提取的动力机制;加强地表径流和表层土壤中可溶性磷素含量间的非线性关系的研究,提高ECp值确定方法的适用性;深入分析不同区域ECp的变异特征和影响因素,针对施肥频繁且易发生复杂强烈水力侵蚀的坡耕地,尤其需要提出ECp的校正值;用核定后或者监测获得的ECp统计值代替现有NPS污染模型中的常数,以提高土壤磷素流失负荷模拟精度。

关键词：土壤磷素地表径流提取系数农业非点源污染

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