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Topological reorganization and functional alteration of distinct genomic components in gallbladder cancer

Frontiers of Medicine 2024年第1期18卷 109-127页

作者： Guoqiang Li Peng Pu Mengqiao Pan Xiaoling Weng Shimei Qiu Yiming Li Sk Jahir Abbas Lu Zou Ke Liu Zheng Wang Ziyu Shao Lin Jiang Wenguang wu Yun Liu Rong Shao Fatao Liu Yingbin Liu Department of Biliary-Pancreatic Surgery Renji HospitalSchool of MedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghai200127China State Key Laboratory of Oncogenes and Related Genes Shanghai Cancer InstituteShanghai200127China Shanghai Key Laboratory of Biliary Tract Disease Shanghai200082China Department of Health Science and Engineering University of Shanghai for Science and TechnologyShanghai200082China Shanghai Tenth People’s Hospital of Tongji University Shanghai200072China Department of General Surgery Xinhua HospitalSchool of MedicineShanghai Jiao Tong UniversityShanghai200082China Department of Pharmacology Shanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghai200025China

Altered three-dimensional architecture of chromatin influences various genomic regulators and subsequent gene expression in human ***,knowledge of the topological rearrangement of genomic hierarchical layers in cancer is largely ***,by taking advantage of in situ Hi-C,RNA-sequencing,and chromatin immunoprecipitation sequencing(ChIP-seq),we investigated structural reorganization and functional changes in chromosomal compartments,topologically associated domains(TADs),and CCCTC binding factor(CTCF)-mediated loops in gallbladder cancer(GBC)tissues and cell *** observed that the chromosomal compartment A/B switch was correlated with CTCF binding levels and gene expression *** inter-TAD interactions with weaker TAD boundaries were identified in cancer cell lines relative to normal ***,the chromatin short loops and cancer unique loops associated with chromatin remodeling and epithelial–mesenchymal transition activation were enriched in cancer compared with their control ***-specific enhancer–promoter loops,which contain multiple transcription factor binding motifs,acted as a central element to regulate aberrant gene *** of individual enhancers in each loop anchor that connects with promoters led to the inhibition of their corresponding gene ***,our data offer the landscape of hierarchical layers of cancer genome and functional alterations that contribute to the development of GBC.

关键词： 3D genome cancer TADs loop gene regulation

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中国省域经济效率与经济韧性耦合特征及驱动因素

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地理与地理信息科学 2024年第2期40卷 116-125页

作者：吴小妮管卫华张惠吴连霞南京师范大学地理科学学院江苏南京210023 江苏省地理信息资源开发与利用协同创新中心江苏南京210023 华东师范大学人口研究所上海200241

通过构建经济效率评价指标体系与经济韧性指数分析1991—2020年中国29个省域经济效率和经济韧性发展水平的时空分布特征,并利用耦合度和Tobit面板模型揭示二者的耦合特征及驱动因素。结果表明:研究期内中国省域经济效率呈波动上升态势,... 详细信息

通过构建经济效率评价指标体系与经济韧性指数分析1991—2020年中国29个省域经济效率和经济韧性发展水平的时空分布特征,并利用耦合度和Tobit面板模型揭示二者的耦合特征及驱动因素。结果表明:研究期内中国省域经济效率呈波动上升态势,经济韧性指数在2008年出现极低值,其余年份在0值上下小幅波动,二者的空间格局变化显著,中高值区均为先扩大后缩小,二者的协同发展状态有所减弱;经济效率与经济韧性的耦合度始终处于拮抗时期且呈小幅下降趋势,表现为东部地区>全国>中、西部地区,东西差异特征逐渐明晰;社会经济发展水平、经济开放水平、经济结构、信息化水平、政府干预程度和劳动技能水平对经济效率和经济韧性的耦合度具有不同程度的作用效应,各因素作用方向和结果与地区经济发展所处阶段有关联,存在显著的区域差异。

关键词：经济效率经济韧性耦合度 Tobit模型协同演化

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SP-141 targets Trs85 to inhibit rice blast fungus infection and functions as a potential broadspectrum antifungal agent

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Plant Communications 2024年第2期5卷 169-184页

作者： Xi-Yu wu Bo Dong Xue-Ming Zhu Ying-Ying Cai Lin Li Jian-Ping Lu Bin Yu Jing-Li Cheng Fei Xu Jian-Dong Bao Ying Wang Xiao-Hong Liu Fu-Cheng Lin State Key Laboratory for Managing Biotic and Chemical Threats to the Quality and Safety of Agro-products Institute of BiotechnologyZhejiang UniversityHangzhou 310058Zhejiang ProvinceChina State Key Laboratory for Managing Biotic and Chemical Threats to the Quality and Safety of Agro-products Institute of Plant Protection and MicrobiologyZhejiang Academy of Agricultural SciencesHangzhou 310058Zhejiang ProvinceChina Department of Pharmacology and Nutritional Science College of MedicineThe University of KentuckyLexingtonKY 40506USA Markey Cancer Center College of MedicineThe University of KentuckyLexingtonKY 40506USA College of Life Sciences Zhejiang UniversityHangzhou 310058Zhejiang ProvinceChina Institute of Pesticide and Environmental Toxicology Ministry of Agriculture Key Lab of Molecular Biology of Crop Pathogens and InsectsZhejiang UniversityHangzhou 310058Zhejiang ProvinceChina Institute of Edible Fungi Shanghai Academy of Agricultural SciencesShanghai 201106ShanghaiChina

Rice blast is a devastating disease worldwide,threatening rice production and food *** blast fun-gus Magnaporthe oryzae invades the host via the appressorium,a specialized pressure-generating struc-ture that generates enormous turgor pressure to penetrate the host ***,owing to ongoing evolution of fungicide resistance,it is vitally important to identify new targets and ***,we show that Trs85,a subunit of the transport protein particle III complex,is essential for appressorium-mediated infection in *** explain how Trs85 regulates autophagy through Ypt1(a small guano-sine triphosphatase protein)in *** then identify a key conserved amphipathic a helix within Trs85 that is associated with pathogenicity of *** computer-aided screening,we identify a lead compound,SP-141,that affects autophagy and the Trs85–Ypt1 ***-141 demonstrates a substantial capacity to effectively inhibit infection caused by the rice blast fungus while also exhibiting wide-ranging potential as an antifungal agent with broad-spectrum *** together,our data show that Trs85 is a potential new target and that SP-141 has potential for the control of rice *** thus provide a novel strategy that may help in thefight against rice blast.

关键词： Magnaporthe oryzae rice blast TRAPPIII complex trs85 fungicide

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我国省级政府数据开放平台服务的优化策略研究

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现代情报 2024年第1期44卷 109-115,142页

作者：吴迪袁勤俭南京大学信息管理学院江苏南京210046

[目的/意义]对我国省级政府数据开放平台服务的影响因素进行研究,旨在促进政府开放数据的价值实现,完善政府开放平台建设。[方法/过程]构建我国省级政府数据开放平台服务的评估框架,引入DEMATEL方法建立基于我国省级政府数据开放平台的... 详细信息

[目的/意义]对我国省级政府数据开放平台服务的影响因素进行研究,旨在促进政府开放数据的价值实现,完善政府开放平台建设。[方法/过程]构建我国省级政府数据开放平台服务的评估框架,引入DEMATEL方法建立基于我国省级政府数据开放平台的影响因素模型,从法规标准、数据质量、平台功能和用户参与4个维度探讨我国省级政府数据开放平台当前问题,提出相应的优化策略。[结果/结论]目前我国省级政府数据开放平台存在共享程度不足、用户反馈机制不完善和对促进数据利用支持有限等问题。因此,提升政府数据开放平台服务质量需要制定统一法规标准,保障数据的及时性和多样性,提供便捷智能在线功能,注重用户参与和反馈,以发挥政府数据效用和用户积极创造性。

关键词：省级政府数据开放平台平台服务 DEMATEL

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基于改进UperNet的结球甘蓝叶球识别方法

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智慧农业（中英文） 2024年第3期6卷 128-137页

作者：朱轶萍吴华瑞郭旺吴小燕江苏大学计算机科学与通信工程学院江苏镇江212013 国家农业信息化工程技术研究中心北京100097 北京市农林科学院信息技术研究中心北京100097 农业农村部数字乡村技术重点实验室北京100097

[目的/意义]叶球是结球甘蓝的重要部分,其生长发育对田间管理至关重要。针对叶球分割识别存在大田背景复杂、光照不均匀和叶片纹理相似等问题,提出一种语义分割算法UperNet-ESA,旨在能快速、准确地分割田间场景中结球甘蓝的外叶和叶球,... 详细信息

[目的/意义]叶球是结球甘蓝的重要部分,其生长发育对田间管理至关重要。针对叶球分割识别存在大田背景复杂、光照不均匀和叶片纹理相似等问题,提出一种语义分割算法UperNet-ESA,旨在能快速、准确地分割田间场景中结球甘蓝的外叶和叶球,以实现田间结球甘蓝的智能化管理。[方法]首先,采用统一感知解析网络(Unified Perceptual Parsing Network,UperNet)作为高效语义分割框架,将主干网络改为先进的ConvNeXt,使得模型在提升分割精度的同时也能具有较低的模型复杂度;其次,利用高效通道注意力机制(Efficient Channel Attention,ECA)融入特征提取网络的各阶段,进一步捕捉图像的细节信息;最后,通过将特征选择模块(Feature Selection Model,FSM)和特征对齐模块(Feature Alignment Model,FAM)集成到特征金字塔框架中,得到更为精确的目标边界预测结果。[结果和讨论]在自制结球甘蓝图像数据集上进行实验,与目前主流的UNet、PSPNet和DeeplabV3+语义分割模型相比,改进UperNet方法的平均交并比为92.45%,平均像素准确率为94.32%,推理速度为16.6 f/s,能够达到最佳精度-速度平衡效果。[结论]研究成果可为结球甘蓝生长智能化监测提供理论参考,对甘蓝产业发展具有重要的应用前景。

关键词：结球甘蓝语义分割叶球识别注意力机制特征选择特征对齐

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巨噬细胞负载Fe_(3)O_(4)@PLGA纳米颗粒触发智能催化功能杀死多重耐药大肠杆菌

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Engineering 2024年第3期34卷 174-186页

作者： Jieni Fu Xiangmei Liu Zhaoyang Li Yufeng Zheng Yu Zhang Hui Jiang Yanqin Liang Shengli Zhu Zhenduo Cui Shuilin wu Key Laboratory of Advanced Ceramics and Machining Technology of the Ministry of Education School of Materials Science and EngineeringTianjin UniversityTianjin 300401China School of Materials Science and Engineering Peking UniversityBeijing 100871China School of Health Sciences and Biomedical Engineering Hebei University of TechnologyTianjin 300401China Department of Orthopedics Guangdong Provincial People’s HospitalGuangdong Academy of Medical SciencesGuangzhou 510080China

Infections with multidrug-resistant(MDR)Gram-negative bacteria,such as MDR Escherichia coli(***),remain a challenge due to the lack of safe antibiotics and high fatality rates under anti-infection *** work presents a form of biomimetic intelligent catalysis inspired by the selective biocatalytic property of macrophages(MΦs),consisting of an intelligent controlling center(a living MΦ)and a Fenton reaction catalyst(Fe_(3)O_(4)@poly(lactic-co-glycolic acid)(PLGA)nanoparticles)for killing MDR *** without harming normal *** MΦ-Fe_(3)O_(4)@PLGA particles(i.e.,the intelligent catalysis particles)exhibit selective biocatalysis activity toward MDR *** by producing H_(2)O_(2) and lipid droplets(LDs).This process activates the lipid metabolism and glycan biosynthesis and metabolism pathways based on the result of RNA sequencing data *** H_(2)O_(2) further reacts with Fe_(3)O_(4)@PLGA to form highly toxic hydroxyl radicals(·OH),while the LDs contain antimicrobial peptides and can target MDR *** highly toxicOH and antimicrobial peptides are shown to combat with MDR ***,such that the antibacterial efficiency of the MΦ-Fe_(3)O_(4)@PLGA particles against MDR *** is 99.29%±0.31%in *** importantly,after several passages,the intelligent catalysis function of the MΦ-Fe_(3)O_(4)@PLGA particles is well ***,the concept of biomimetic intelligent catalysts displays potential for treating diseases other than infections.

关键词： Multidrug-resistant Escherichia coli Macrophage-Fe_(3)O_(4)@PLGA particles Biomimetic intelligent catalysis

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Human immunodeficiency virus-associated dementia complex with positive 14-3-3 protein in cerebrospinal fluid:A case report

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World Journal of Clinical Cases 2024年第12期12卷 2065-2073页

作者： Yun-Sen He Xiao-Hong Qin Min Feng Qin-Jiang Huang Meng-Jun Zhang Li-Li Guo Ming-Bin Bao Ye Tao Hong-Yuan Dai Bo wu Department of Neurosurgery Sichuan Lansheng Brain Hospital&Shanghai Lansheng Brain Hospital Investment Co.Ltd.Chengdu 610036Sichuan ProvinceChina Department of Psychiatry Sichuan Provincial Center for Mental HealthChengdu 610072Sichuan ProvinceChina Department of Geriatrics Municipal People’s Hospital in LuzhouLuzhou 646000Sichuan ProvinceChina Department of Neurosurgery Wenjiang District People’s Hospital of ChengduChengdu 611100Sichuan ProvinceChina Department of Neurosurgery Sichuan Provincial People's HospitalUniversity of Electronic Science and Technology of China ChengduChengdu 610072Sichuan ProvinceChina Department of Neurology Sichuan Provincial People’s HospitalUniversity of Electronic Science and Technology of ChinaChengdu 610072Sichuan ProvinceChina

BACKGROUND Human immunodeficiency virus(HIV)-associated dementia(HAD)is a subcortical form of dementia characterized by memory deficits and psychomotor ***,HAD often presents with symptoms similar to those of Creutzfeldt-Jakob disease(CJD),particularly in patients with acquired immune deficiency syndrome(AIDS).CASE SUMMARY We report the case of a 54-year-old male who exhibited cognitive dysfunction and secondary behavioral changes following HIV infection and suspected prion *** patient was diagnosed with HIV during hospitalization and his cerebrospinal fluid tested positive for 14-3-3 *** electroencephalogram showed a borderline-abnormal periodic triphasic wave ***-enhanced magnetic resonance imaging revealed moderate encephalatrophy and ***,symptomatic treatment and administration of amantadine were pursued for presumed CJD,but the patient’s condition continued to *** contrast,the patient’s condition improved following anti-HIV *** individual is also the only patient with this prognosis to have survived over 4 ***,the diagnosis was revised to *** In the diagnostic process of rapidly progressive dementia,it is crucial to rule out as many potential causes as possible and to consider an autopsy to diminish diagnostic *** 14-3-3 protein should not be regarded as the definitive marker for *** laboratory screening for infectious diseases is essential to enhance diagnostic precision,especially in AIDS patients with potential ***,a trial of diagnostic treatment may be considered when additional testing is not feasible.

关键词： HIV-associated dementia Cognitive dysfunction Creutzfeld-Jakob disease Rapidly progressive dementia Case report

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基于自监督与蒸馏约束的正则化类增量学习方法

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计算机辅助设计与图形学学报 2024年第5期36卷 775-785页

作者：徐岸吴永明郑洋贵州大学公共大数据国家重点实验室贵阳550025 贵州大学现代制造教育部重点实验室贵阳550025

针对神经网络模型在增量学习中存在灾难性遗忘问题,提出一种基于自监督与隐层蒸馏约束的正则化类增量学习方法,包括自监督伪标签预测、隐层蒸馏约束和参数正则化.首先基于贝叶斯和信息论提出一种对模型参数重要性评价的正则化策略;然后... 详细信息

针对神经网络模型在增量学习中存在灾难性遗忘问题,提出一种基于自监督与隐层蒸馏约束的正则化类增量学习方法,包括自监督伪标签预测、隐层蒸馏约束和参数正则化.首先基于贝叶斯和信息论提出一种对模型参数重要性评价的正则化策略;然后利用自监督伪标签预测增强模型的表征能力,并保留隐层特征,通过加入高斯噪声提高隐层特征的泛化能力;最后使用蒸馏约束方法与交叉熵分类损失对历史任务的隐层特征与输出层特征进行训练.在CIFAR-10和CIFAR-100数据集上的实验结果表明,所提方法取得较好的效果,其中,在CIFAR-100数据集上的平均准确率和遗忘率分别达到64.16%和15.95%;该方法能够有效地减少灾难性遗忘的影响.

关键词：增量学习正则化知识蒸馏自监督伪标签预测

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Attention-GRU神经网络辅助的SINS/DVL组合导航算法

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中国惯性技术学报 2024年第6期32卷 565-571页

作者：王立辉刘恩东吴璠胡桥郝程鹏吴敏东南大学仪器科学与工程学院微惯性仪表与先进导航技术教育部重点实验室南京210096 西安交通大学机械工程学院西安710049 中国科学院声学研究所北京100190

针对多普勒测速仪(DVL)短时失效导致定位精度下降的问题,提出了一种注意力机制门控循环单元(Attention-GRU)辅助的捷联惯导(SINS)/DVL组合导航算法。当DVL测速有效时,使用SINS/DVL组合导航信息对Attention-GRU神经网络进行训练。当DVL... 详细信息

针对多普勒测速仪(DVL)短时失效导致定位精度下降的问题,提出了一种注意力机制门控循环单元(Attention-GRU)辅助的捷联惯导(SINS)/DVL组合导航算法。当DVL测速有效时,使用SINS/DVL组合导航信息对Attention-GRU神经网络进行训练。当DVL故障时,使用训练完毕的Attention-GRU神经网络预测DVL速度辅助校正SINS。仿真结果表明:当DVL故障时,Attention-GRU相对纯惯性导航系统和GRU在匀速运动状态的平均速度误差分别减小了71.35%和3.48%,平均位置误差分别减小了34.76%和1.74%;在运动状态变化时平均速度误差分别减小了58.45%和14.67%,平均位置误差分别减小了9.82%和2.27%。

关键词：组合导航自适应卡尔曼滤波 DVL故障门控循环单元注意力机制

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多功能氧化酶莨菪碱6β-羟化酶的研究进展

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生物工程学报 2024年第9期40卷 2786-2796页

作者：陈曦吴洽庆朱敦明中国科学院天津工业生物技术研究所天津300308 国家合成生物技术创新中心天津300308

2-酮戊二酸/Fe2+依赖的双加氧酶能够实现复杂结构化合物sp3杂化C-H键的官能化反应,并且反应条件温和,对底物具有高度的区域和立体选择性。莨菪碱6β-羟化酶(hyoscyamine 6β-hydroxylase,H6H)属于此类双加氧酶,是催化合成东莨菪碱的最... 详细信息

2-酮戊二酸/Fe2+依赖的双加氧酶能够实现复杂结构化合物sp3杂化C-H键的官能化反应,并且反应条件温和,对底物具有高度的区域和立体选择性。莨菪碱6β-羟化酶(hyoscyamine 6β-hydroxylase,H6H)属于此类双加氧酶,是催化合成东莨菪碱的最后两步的关键酶,能够依次实现莨菪碱的6β-羟化和6,7位的环氧化反应。本文介绍了莨菪碱6β-羟化酶催化机制、底物谱和应用进展,对该酶转化不同结构特点底物的羟化、环氧化等反应的潜在能力进行了评估,为后续对酶的设计改造和应用研究提供理论基础。

关键词： 2-酮戊二酸/Fe2+依赖的双加氧酶莨菪碱6β-羟化酶催化机制底物谱

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