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CpG Island Definition and Methylation Mapping of the T2T-YAO Genome

GENOMICS PROTEOMICS & BIOINFORMATICS 2024年第2期22卷 qzae009页

作者： Xiao, Ming wei, rui Yu, Jun Gao, Chujie Yang, Fengyi Zhang, Le Sichuan Univ Coll Comp Sci Chengdu 610065 Peoples R China Univ Chinese Acad Sci Hangzhou Inst Adv Study Sch Life Sci Key Lab Syst Hlth Sci Zhejiang Prov Hangzhou 310024 Peoples R China Chinese Acad Sci Beijing Inst Genom CAS Key Lab Genome Sci & Informat Beijing 100101 Peoples R China Univ Chinese Acad Sci Beijing 100049 Peoples R China

Precisely defining and mapping all cytosine (C) positions and their clusters, known as CpG islands (CGIs), as well as their methylation status, are pivotal for genome-wide epigenetic studies, especially when population-centric reference genomes are ready for timely application. Here, we first align the two high-quality reference genomes, T2T-YAO and T2T-CHM13, from different ethnic backgrounds in a base-by-base fashion and compute their genome-wide density-defined and position-defined CGIs. Second, by mapping some representative genome-wide methylation data from selected organs onto the two genomes, we find that there are about 4.7%-5.8% sequence divergency of variable categories depending on quality cutoffs. Genes among the divergent sequences are mostly associated with neurological functions. Moreover, CGIs associated with the divergent sequences are significantly different with respect to CpG density and observed CpG/expected CpG (O/E) ratio between the two genomes. Finally, we find that the T2T-YAO genome not only has a greater CpG coverage than that of the T2T-CHM13 genome when whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) data from the European and American populations are mapped to each reference, but also shows more hyper-methylated CpG sites as compared to the T2T-CHM13 genome. Our study suggests that future genome-wide epigenetic studies of the Chinese populations rely on both acquisition of high-quality methylation data and subsequent precision CGI mapping based on the Chinese T2T reference.

关键词： T2T-YAO Position-defined CpG island Density-defined CpG island DNA methylation Genome analysis DNA METHYLATION SURVIVAL DATABASE GENES

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Cytokines-activated nuclear IKKα-FAT10 pathway induces breast cancer tamoxifen-resistance

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Science China(Life Sciences) 2024年第7期67卷 1413-1426页

作者： Xueyan Chen weilin Wu Ji-Hak Jeong Matjaz Rokavec rui wei Shaolong Feng Werner Schroth Hiltrud Brauch Shangwei Zhong Jun-Li Luo Department of Oncology Xiangya HospitalCentral South UniversityChangsha 410008China Department of Molecular Medicine The Scripps Research InstituteJupiter 33458USA Dr.Margarete Fischer-Bosch-Institute of Clinical Pharmacology Stuttgart 70376Germany iFIT Cluster of Excellence University of TübingenTübingen 72074Germany The Cancer Research Institute and the Second Affiliated Hospital Henyang Medical SchoolUniversity of South ChinaHengyang 421001China National Health Commission Key Laboratory of Birth Defect Research and Prevention Hunan Provincial Maternal and Child Health Care HospitalChangsha 410008China

Endocrine therapy that blocks estrogen signaling is the most effective treatment for patients with estrogen receptor positive(ER+)breast ***,the efficacy of agents such as tamoxifen(Tam)is often compromised by the development of *** we report that cytokines-activated nuclear IKKαconfers Tam resistance to ER+breast cancer by inducing the expression of FAT10,and that the expression of FAT10 and nuclear IKKαin primary ER+human breast cancer was correlated with lymphotoxinβ(LTB)expression and significantly associated with relapse and metastasis in patients treated with adjuvant ***αactivation or enforced FAT10 expression promotes Tam-resistance while loss of IKKαor FAT10 augments Tam *** induction of FAT10 by IKKαis mediated by the transcription factor Pax5,and coordinated via an IKKα-p53-miR-23a circuit in which activation of IKKαattenuates p53-directed repression of ***,our findings establish IKKα-to-FAT10 pathway as a new therapeutic target for the treatment of Tam-resistant ER+breast cancer.

关键词： nuclear IKKα breast cancer Tam-resistance FAT10 Pax5 lymphotoxin nuclear IKKα-FAT0 pathway

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会计师事务所数字化转型与审计质量——来自数字化人才招聘的经验证据

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审计研究 2024年第3期 88-101页

作者：高靖宇魏蕊首都经济贸易大学会计学院 100070

在科技革命和产业变革深入发展的大环境下,数字化转型是会计师事务所发展的必由之路。本文以2014-2022年A股上市公司为样本考察会计师事务所数字化转型如何提高审计质量。研究发现,会计师事务所通过招聘数字化人才助推其数字化转型,能... 详细信息

在科技革命和产业变革深入发展的大环境下,数字化转型是会计师事务所发展的必由之路。本文以2014-2022年A股上市公司为样本考察会计师事务所数字化转型如何提高审计质量。研究发现,会计师事务所通过招聘数字化人才助推其数字化转型,能够显著提高审计质量。机制检验显示,会计师事务所数字化人才招聘通过提高审计师个人能力、提高审计团队稳定性、改善被审计单位内部控制环境来提高审计质量。进一步分析显示,当被审计单位媒体关注度较高时,会计师事务所数字化人才招聘对审计质量的促进作用会减弱;数字化人才招聘不仅能够提高关键审计事项披露的充分性,而且也对审计时滞和审计费用有一定影响。

关键词：数字化转型会计师事务所审计质量数字化人才招聘

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添加蔗糖对苜蓿青贮碳循环中功能基因及菌群的影响

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中国草地学报 2024年第6期46卷 144-150页

作者：李荣荣胡明魏睿蔡瑞渭南师范学院环境与生命科学学院陕西渭南714000 华中科技大学环境科学与工程学院湖北武汉430074

本研究采用宏基因组学技术分析不添加蔗糖(CG组)和添加蔗糖(SG组)对苜蓿青贮中碳素转化、功能基因和微生物的影响。结果表明:CG组青贮品质较差,而SG组显著提高了乳酸含量(P<0.05),改善了发酵品质。有机碳氧化和发酵是苜蓿青贮中主要的... 详细信息

本研究采用宏基因组学技术分析不添加蔗糖(CG组)和添加蔗糖(SG组)对苜蓿青贮中碳素转化、功能基因和微生物的影响。结果表明:CG组青贮品质较差,而SG组显著提高了乳酸含量(P<0.05),改善了发酵品质。有机碳氧化和发酵是苜蓿青贮中主要的碳循环步骤,弗氏柠檬杆菌(Citrobacter freundii)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)和大肠杆菌(Escherichia coli)是CG组中参与有机碳氧化和发酵的优势微生物,而植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、阴沟肠杆菌和大肠杆菌是SG组中的优势微生物。fdoG是苜蓿青贮中有机碳氧化步骤中的主要功能基因,弗氏柠檬酸杆菌和大肠杆菌是优势宿主。pflD是发酵步骤中的主要功能基因,阴沟肠杆菌和大肠杆菌是优势宿主。因此,肠杆菌科细菌是苜蓿青贮中参与有机碳氧化和发酵步骤的主要功能微生物,而蔗糖添加剂增强了植物乳杆菌在有机碳氧化和发酵步骤中的作用。

关键词：苜蓿青贮高水分宏基因组碳循环

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一滴水,推动历史长河——京剧《进京》编剧手记

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中国京剧 2024年第7期 28-32,F0002页

作者：魏睿京剧《进京》

南京市京剧团根据著名剧作家邹静之先生电影剧本《进京城》改编的新编京剧《进京》,在汲取原作精华的基础上,对故事情节、戏剧结构、人物性格、思想内涵均做了较大改变,生动演绎了徽班进京、京剧诞生的历史,对国粹京剧进行了追根溯源的... 详细信息

南京市京剧团根据著名剧作家邹静之先生电影剧本《进京城》改编的新编京剧《进京》,在汲取原作精华的基础上,对故事情节、戏剧结构、人物性格、思想内涵均做了较大改变,生动演绎了徽班进京、京剧诞生的历史,对国粹京剧进行了追根溯源的探索。

关键词：国粹京剧京剧团新编京剧邹静之戏剧结构电影剧本人物性格思想内涵

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添加蔗糖对苜蓿青贮中古生菌和甲烷产生菌群的影响

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中国草地学报 2024年第5期46卷 142-148页

作者：李荣荣胡明魏睿渭南师范学院环境与生命科学学院陕西渭南714000

采用宏基因组测序技术研究了不添加蔗糖(对照)和添加2%蔗糖对高水分紫花苜蓿青贮中古生菌和甲烷产生菌群的影响。结果表明:对照发酵品质较差,添加蔗糖显著增加了乳酸含量(P<0.05),改善青贮品质。氨氧化古菌是苜蓿原料上最丰富的古生菌种... 详细信息

采用宏基因组测序技术研究了不添加蔗糖(对照)和添加2%蔗糖对高水分紫花苜蓿青贮中古生菌和甲烷产生菌群的影响。结果表明:对照发酵品质较差,添加蔗糖显著增加了乳酸含量(P<0.05),改善青贮品质。氨氧化古菌是苜蓿原料上最丰富的古生菌种,马氏甲烷八叠球菌和氨氧化古菌分别是对照和蔗糖处理的优势种。基因phnJ是苜蓿青贮中甲烷合成的功能基因。大肠杆菌和肺炎杆菌是对照和蔗糖处理中的优势产甲烷菌,蔗糖添加显著降低肺炎杆菌的相对丰度。马氏甲烷八叠球菌相对丰度与丁酸和氨态氮的含量呈正相关。综上所述,马氏甲烷八叠球菌主导青贮中古生菌群,肠杆菌科细菌是苜蓿青贮中潜在的优势甲烷产生菌,蔗糖处理在一定程度上抑制马氏甲烷八叠球菌和肠杆菌科细菌的繁殖,显著改善高水分苜蓿青贮发酵品质。

关键词：苜蓿青贮蔗糖古生菌群甲烷产生菌宏基因组

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蔗糖添加剂对高水分苜蓿青贮中抗生素抗性基因的影响

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中国草地学报 2024年第7期46卷 144-150页

作者：李荣荣胡明魏睿渭南师范学院环境与生命科学学院陕西渭南714000

抗生素抗性基因(ARGs)是一种新型污染物,对公众健康构成重大威胁。青贮苜蓿是草食家畜的优质高蛋白饲料,也是动物潜在的ARGs来源之一。本研究采用宏基因组测序技术分析了新鲜和青贮苜蓿中ARGs的分布和抗性机制,解析了蔗糖添加剂对苜蓿... 详细信息

抗生素抗性基因(ARGs)是一种新型污染物,对公众健康构成重大威胁。青贮苜蓿是草食家畜的优质高蛋白饲料,也是动物潜在的ARGs来源之一。本研究采用宏基因组测序技术分析了新鲜和青贮苜蓿中ARGs的分布和抗性机制,解析了蔗糖添加剂对苜蓿青贮中ARGs分布和赋存特征的影响,并对青贮中的ARGs与环境因子进行相关性分析。结果表明:青贮过程增加了ARGs总丰度,四环素类抗生素和氟喹诺酮类抗生素是苜蓿青贮中主要的ARGs类型,外排泵是苜蓿青贮中最重要的抗性机制,而蔗糖添加剂显著降低了青贮中ARGs总丰度和四环素类ARGs丰度(P<0.05)。acrD、acrB和mdtC是苜蓿青贮中的优势ARGs,它们的丰度分别与乙酸含量和氨态氮/总氮呈显著正相关(P<0.05)。铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)和嗜麦芽窄食单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)是苜蓿原料上的优势ARGs宿主,而大肠杆菌(Escherichia coli)是青贮中最重要的ARGs携带者。综上所述,蔗糖添加剂能够消减苜蓿青贮中ARGs的富集。

关键词：蔗糖苜蓿青贮抗生素抗性基因

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利用离子阻停对电子俘获致核激发的研究

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物理学报 2024年第13期73卷 101-110页

作者：贾晨旭丁兵滑伟郭松强赟华陈红星韦锐周小红中国科学院近代物理研究所兰州730000 中国科学院大学核科学与技术学院北京100049 中山大学中法核工程与技术学院珠海519082 广西师范大学物理科学与技术学院桂林541004

当特定能量的自由电子被原子核外电子轨道俘获时,有可能导致原子核被共振激发,这就是电子俘获致核激发.该机制的一个应用愿景是通过操纵电子使同核异能态所储存的核能按照人们的需求释放出来.如果能够实现这种技术,有望为核能的储存和... 详细信息

当特定能量的自由电子被原子核外电子轨道俘获时,有可能导致原子核被共振激发,这就是电子俘获致核激发.该机制的一个应用愿景是通过操纵电子使同核异能态所储存的核能按照人们的需求释放出来.如果能够实现这种技术,有望为核能的储存和利用带来巨大变革.本文对比了近年来基于加速器装置,在高电荷态离子阻停过程中测量电子俘获致核激发几率的两次实验研究工作.对于两次测量结果的不一致,从误差水平评估这一个新的角度分析了可能的原因.此外,通过评估四种可能的熔合蒸发反应道,发现94Zr束流和氦气靶可能是利用次级束开展下一步实验工作的理想弹靶组合.

关键词：同核异能态电子俘获致核激发诱发退激次级束伽马谱学

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钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂缓解精母细胞氧化应激改善2型糖尿病小鼠生精功能的研究

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中华糖尿病杂志 2024年第8期16卷 889-897页

作者：夏利张哲金滋润姜雅菲魏蕊北京大学第三医院内分泌科女性生育力促进全国重点实验室北京100191 北京大学第三医院泌尿外科北京100191

目的探讨钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂(SGLT2i)对2型糖尿病(T2DM)小鼠睾丸生精功能的影响。方法将21只8周龄雄性db/db小鼠按随机数表法随机分为3组(每组7只),分别为db/db组[溶媒(水)干预]、达格列净(Dapa)组[达格列净(1 mg·kg^(-1)·d^(... 详细信息

目的探讨钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂(SGLT2i)对2型糖尿病(T2DM)小鼠睾丸生精功能的影响。方法将21只8周龄雄性db/db小鼠按随机数表法随机分为3组(每组7只),分别为db/db组[溶媒(水)干预]、达格列净(Dapa)组[达格列净(1 mg·kg^(-1)·d^(-1))]和卡格列净(Cana)组[卡格列净(10 mg·kg^(-1)·d^(-1))],每日灌胃,干预5周,另选5只同窝db/m小鼠作正常对照。监测所有小鼠的体重和血糖,干预结束后使用计算机辅助精子分析系统评价小鼠精液质量、HE染色评估睾丸组织形态学、脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的脱氧尿嘧啶核苷酸缺口末端标记(TUNEL)和免疫组化染色分析睾丸细胞凋亡情况。将小鼠精母细胞GC-2细胞系分为3组,分别为正常对照组(对照溶剂)、PA组(100μmol/L棕榈酸)、PA+Dapa组(100μmol/L棕榈酸联合30μmol/L达格列净),干预48 h,使用免疫印迹法、流式细胞术及试剂盒检测细胞氧化应激及凋亡情况。采用单因素方差分析或Brown-Forsythe/Welch进行组间比较。结果与db/db组相比,Dapa组和Cana组小鼠的空腹血糖、糖负荷后各时间点血糖水平均降低(均P<0.05);精子存活率和前向运动精子率均增加,曲线速度和平均路径速度均提升(均P<0.05);睾丸组织活化Caspase-3表达、TUNEL阳性生精小管比例和TUNEL阳性细胞比例均降低(均P<0.05)。GC-2细胞中,与PA组相比,PA+Dapa组细胞内活性氧水平、丙二醛含量、细胞凋亡率均降低,超氧化物歧化酶活性、B细胞淋巴瘤2(BCL2)表达均增加(均P<0.05)。结论SGLT2i改善T2DM小鼠生精功能障碍和精液质量下降,并通过减少睾丸组织氧化应激和凋亡发挥降糖非依赖的生殖系统直接保护作用。

关键词：糖尿病,2型钠-葡萄糖共转运蛋白2抑制剂精液质量氧化应激

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基于健康效应的城市公共绿地布局优化研究

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工程与建设 2024年第4期38卷 790-791,794页

作者：卫瑞安徽省国土空间规划研究院(安徽省土地开发复垦整理中心) 安徽合肥230601

自2012年党的十八大召开以来,我国的生态文明建设达到了新的高度,人们对环境质量的要求在不断提高,城市公共绿地作为人与自然相处的主要承载物,受到了社会广泛关注。城市绿地是城市环境体系的重要组成部分,对城市的和谐、健康、可持续... 详细信息

自2012年党的十八大召开以来,我国的生态文明建设达到了新的高度,人们对环境质量的要求在不断提高,城市公共绿地作为人与自然相处的主要承载物,受到了社会广泛关注。城市绿地是城市环境体系的重要组成部分,对城市的和谐、健康、可持续发展具有重要意义。然而,随着城市建设的快速发展,居住、商业用地不断地扩大,城市绿地的规模逐渐减少,绿地的系统布局也存在诸多问题。本文针对城市公共绿地建设存在的主要问题,结合实际案例以及由疫情时期带来的思考,从合理规划布局公共绿地,促进城市生态网络构建,促进城市绿地空间供需平衡,提高可达性和可获得性,增量提质,完善城市公共绿地体系,促使公共绿地布局与居民需求紧密结合等几个方面提出解决措施,为城市公共绿地的布局结构逐步优化合理而努力。

关键词：公共绿地绿地系统健康效应布局形态

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