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FP-Zernike:An Open-source Structural Database Construction Toolkit for Fast Structure Retrieval

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2024年第1期22卷 111-119页

作者： Junhai Qi Chenjie Feng Yulin Shi Jianyi Yang Fa Zhang Guojun Li renmin han Research Center for Mathematics and Interdisciplinary Sciences Shandong UniversityQingdao 266237China BioMap Research Menlo ParkCA 94025USA College of Medical Information and Engineering Ningxia Medical UniversityYinchuan 750004China Institute of Engineering Medicine Beijing Institute of TechnologyBeijing 100081China

The release of AlphaFold2 has sparked a rapid expansion in protein model *** protein structure retrieval is crucial for the analysis of structure models,while measuring the similarity between structures is the key challenge in structural *** existing structure alignment algorithms can address this challenge,they are often ***,the state-of-the-art approach involves converting protein structures into three-dimensional(3D)Zernike descriptors and assessing similarity using Euclidean ***,the methods for computing 3D Zernike descriptors mainly rely on structural surfaces and are predominantly web-based,thus limiting their application in studying custom *** overcome this limitation,we developed FP-Zernike,a user-friendly toolkit for computing different types of Zernike descriptors based on feature *** simply need to enter a single line of command to calculate the Zernike descriptors of all structures in customized ***-Zernike outperforms the leading method in terms of retrieval accuracy and binary classification accuracy across diverse benchmark *** addition,we showed the application of FP-Zernike in the construction of the descriptor database and the protocol used for the Protein Data Bank(PDB)dataset to facilitate the local deployment of this tool for interested *** demonstration contained 590,685 structures,and at this scale,our system required only 4-9 s to complete a *** experiments confirmed that it achieved the state-of-the-art accuracy ***-Zernike is an open-source toolkit,with the source code and related data accessible at https://***/biocode/tools/BT007365/releases/0.1,as well as through a webserver at http://***/.

关键词： Zernike descriptor Structure alignment PDB dataset Open-source Retrieval system

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Generating barcodes for nanopore sequencing data with PRO

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Fundamental Research 2024年第4期4卷 785-794页

作者： Ting Yu Zitong Ren Xin Gao Guojun Li renmin han Research Center for Mathematics and Interdisciplinary Sciences Frontiers Science Center for Nonlinear Expectations(Ministry of Education)Shandong UniversityShandong 266000China Computer Electrical and Mathematical Sciences and Engineering Division&Computational Bioscience Research CenterKing Abdullah University of Science and TechnologyThuwal 23955Saudi Arabia

DNA barcodes,short and unique DNA sequences,play a crucial role in sample identification when processing many samples simultaneously,which helps reduce experimental ***,the low quality of long-read sequencing makes it difficult to identify barcodes accurately,which poses significant challenges for the design of barcodes for large numbers of samples in a single sequencing ***,we present a comprehensive study of the generation of barcodes and develop a tool,PRO,that can be used for selecting optimal barcode sets and *** formulate the barcode design problem as a combinatorial problem and prove that finding the optimal largest barcode set in a given DNA sequence space in which all sequences have the same length is theoretically *** practical applications,we developed the novel method PRO by introducing the probability divergence between two DNA sequences to expand the capacity of barcode kits while ensuring demultiplexing ***,the maximum size of the barcode kits designed by PRO is 2,292,which keeps the length of barcodes the same as that of the official ones used by Oxford Nanopore Technologies(ONT).We validated the performance of PRO on a simulated nanopore dataset with high error *** demultiplexing accuracy of PRO reached 98.29%for a barcode kit of size 2,922,4.31%higher than that of Guppy,the official demultiplexing *** the size of the barcode kit generated by PRO is the same as the official size provided by ONT,both tools show superior and comparable demultiplexing accuracy.

关键词： Third-generation sequencing Nanopore sequencing DNA barcode Farthest point sampling algorithm High throughput

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Noise-Transfer2Clean: Denoising cryo-EM images based on noise modeling and transfer

Noise-Transfer2Clean: Denoising cryo-EM images based on nois...

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第七届全国冷冻电子显微学与结构生物学专题研讨会

作者：李鸿佳 Hui Zhang Xiaohua Wan Zhidong Yang Chengmin Li Jintao Li renmin han Ping Zhu Fa Zhang High Performance Computer Research Center Institute of Computing Technology Chinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences National Laboratory of Biomacromolecules CAS Center for Excellence in BiomacromoleculesInstitute of BiophysicsChinese Academy of Sciences Research Center for Mathematics and Interdisciplinary Sciences Shandong University

＜正＞Cryo-electron microscopy （cryo-EM） has become a widely-used tool for determining threedimensional （3D） structures of protein and macromolecular complexes from two-dimensional （2D） ***,limited by the electron beam dose,the micrographs in cryo-EM generally suffer from extremely low signal-to-noise ratio （SNR）,which reduces the confidence and the efficiency of downstream ***,the noise in cryo-EM is not simple additive or multiplicative noise whose statistical characteristics are quite different from the ones in natural image,extremely shackling the performance of conventional denoising methods.

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声反射的高频敏化作用

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听力学及言语疾病杂志 2003年第2期11卷 99-100页

作者：华清泉王勤瑛郭红梅武汉大学人民医院耳鼻咽喉-头颈外科武汉430060 深圳市中心医院耳鼻咽喉科

目的　探讨正常人和感音性聋患者声反射敏化作用特点及其作用机制。方法　选用 30名 ( 6 0耳 )正常人和 15耳早期梅尼埃病患者、34耳老年性聋、2 7耳突发性聋患者作为测试对象 ,以单耳双声高频敏化低频方法测试声反射敏化反应。结果　... 详细信息

目的　探讨正常人和感音性聋患者声反射敏化作用特点及其作用机制。方法　选用 30名 ( 6 0耳 )正常人和 15耳早期梅尼埃病患者、34耳老年性聋、2 7耳突发性聋患者作为测试对象 ,以单耳双声高频敏化低频方法测试声反射敏化反应。结果　正常人 6 0耳均能引出声反射敏化作用 ,单耳双声敏化法敏化值为 11.4 8± 7.6 9dB ,双耳双声敏化值为 6 .2 7± 6 .32dB ;15耳早期梅尼埃病敏化值为 6 .5 3± 5 .77dB ;34耳老年性聋敏化值为 5 .35± 5 .77dB ;2 7耳突发性聋敏化值为 5 .6 3± 5 .0 8dB。病变组与正常听力组间比较P 0 .0 5。结论　正常人均可引出声反射敏化作用 ,感音性聋敏化值较正常人为小。

关键词：高频敏化作用声反射感音性聋临床资料

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Bending-Induced Conductance Increase in Individual Semiconductor Nanowires and Nanobelts

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Nano Research 2009年第7期2卷 553-557页

作者： Xiaobing han Guangyin Jing Xinzheng Zhang renmin Ma Xuefeng Song Jun Xu Zhimin Liao NingWang Dapeng Yu State Key Laboratory for Mesoscopic Physics and Electron Microscopy LaboratoryDepartment of PhysicsPeking UniversityBeijing 100871China Physics Department Hong Kong University of Science and TechnologyHong KongChina

Reliable ohmic contacts were established in order to study the strain sensitivity of nanowires and *** conductance increases of up to 113%were observed on bending individual ZnO nanowires or CdS *** bending strain-induced conductance enhancement was confirmed by a variety of bending measurements,such as using different manipulating tips(silicon,glass or tungsten)to bend the nanowires or nanobelts,and is explained by bending-induced effective tensile strain based on the principle of the piezoresistance effect.

关键词： ZnO nanowires bending strain piezoresistance conductance enhancement

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Interleukin-12 was not involved in promotion of T helper cell differentiation induced by theophylline

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Acta Pharmacologica Sinica 2004年第12期25卷 100-104页

作者： Jiong YANG1, Wei GUO, han-xiang NIE, Su-ping HU Departmentof Respiratory Disease, renmin Hospital, Wuhan University, Wuhan 430060, China Department of Respiratory Disease Renmin Hospital Wuhan University Wuhan 430060

AIM: To investigate the effect of theophylline on the naive T cell differentiation and the probable role of interleukin- 12 (IL-12). METHODS: Naive cord blood T cells were treated with theophylline 10 mg/L for 3 d after stimulation with PHA 100 mg/L. Differentiation of Tcells was analyzed by flow cytometry. Theophylline 10 mg/L and IL-12- mAb 0.025 mg/L were added in cord blood mononuclear cell (CBMC) cultures primed with LPS 1 mg/L to detect the levels of IL-12 and IL-12P40. The whole blood cultures were obtained from twelve health volunteers with or without administration of theophylline (200 mg). Cytokines were measured by enzyme linked immuno-sorbent assay. RESULTS: Theophylline promoted T helper 1 (Th1) cells differentiation from naive T cells (21.9 %±10.3 % vs 9.4 %±5.6 %, P<0.05), but had no significant effect on Th2 deviation. But theophylline inhibited the production of IL-12 and IL-12P40 by CBMC in vitro (28±6 ng/L vs 57±14 ng/L and 88±34 ng/L vs 214±82 ng/L, P<0.01) and reduced IL-12 and IL-12P40 levels in whole blood cultures from healthy subjects (19±11 ng/L vs 31±15 ng/L and 92±13 ng/L vs 196±49 ng/L, P<0.01). CONCLUSION: Theophylline promoted the differentiation of Th1 cells. IL- 12 seemed not to be involved in this process.

关键词： asthma theophylline helper inducer T lymphocytes Th1 cells Th2 cells interleukin-12

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清代壮族文人的精神特质及其文学选择--以桂南作家群为中心

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广西民族研究 2012年第1期 91-97页

作者：谢仁敏广西大学文学院泰国华侨崇圣大学

以桂南作家群为中心考察发现,清代壮族文人的思想观念具有明显的矛盾性和复杂性:既强调忠义观念又有不屈的反抗意识;既显出积极的入世姿态又追求内心的淡然;既有较为顽固的守成思想又具纳新心态。此种思想特质的形成既跟文化语境相关,... 详细信息

以桂南作家群为中心考察发现,清代壮族文人的思想观念具有明显的矛盾性和复杂性:既强调忠义观念又有不屈的反抗意识;既显出积极的入世姿态又追求内心的淡然;既有较为顽固的守成思想又具纳新心态。此种思想特质的形成既跟文化语境相关,亦与民族性格有关,并直接体现于诗文之中:一是学杜,二是崇尚"性灵"。但壮族文人创作无论追步老杜还是崇尚"性灵",并非跟风流行或膜拜诗坛偶像那么简单,而是经过无数探索、甚至付出失败代价后的必然选择,他们走的是一条最适合自身发展的道路——在汉文化与壮文化之间努力寻找到一个最佳的平衡点。

关键词：壮族文人精神特质诗文品格文化选择

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“新公共管理”与完善我国税务机构的内部管理

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税务与经济 2004年第1期 55-57页

作者：韩文欣中国人民大学财政金融学院北京100872

"新公共管理"给西方税务机构改革带来的变化为我国加强税务机构内部管理提供了经验。借鉴发达和新兴工业化国家改善税务机构的内部管理的经验,完善我国税务机构的内部管理可从组织机构、人力资源管理机制和绩效评估机制三方面着手。

关键词：新公共管理理论中国税务机构内部管理经济全球化信息技术革命美国国税局新加坡国家收入局扁平化组织绩效评估机制

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论欧盟宪法危机认知之理论方法

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法制与社会发展 2006年第4期12卷 24-40页

作者：韩秀义中国人民大学国际关系学院北京100872

如何看待所谓的欧盟宪法危机,在很大程度上是一种理论分析形态选择的问题。分析欧盟这一政治体系或者政治体的各种理论,其共同之处在于解释欧盟现象因何而生又如何发展的问题。欧盟宪政的发展过程实际上就是欧盟法律人格丰富与健全的过... 详细信息

如何看待所谓的欧盟宪法危机,在很大程度上是一种理论分析形态选择的问题。分析欧盟这一政治体系或者政治体的各种理论,其共同之处在于解释欧盟现象因何而生又如何发展的问题。欧盟宪政的发展过程实际上就是欧盟法律人格丰富与健全的过程。分析欧盟法律人格的构成因素以及各个因素之间的逻辑联系,既能解释欧盟宪政的历史演进,又能分析目前欧盟宪法危机的症结所在。欧盟法律人格构成因素的丰富与强健,既是欧盟宪政发展的动力之一,同时也给欧盟宪政发展带来了挑战,无论是保持欧盟发展的动力还是避免欧盟宪政发展所遇到的挑战,都依赖于欧盟法律人格构成的三个因素———规制性支柱、规范性支柱与认知性支柱———之间的平衡。

关键词：欧盟法律人格欧盟宪政规制性支柱规范性支柱认知性支柱

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大学图书馆虚拟馆藏资源建设的现状及发展

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图书情报工作 2000年第8期44卷 24-27页

作者：马文峰韩芸中国人民大学图书馆北京100872

探讨大学图书馆虚拟馆藏的资源结构,对92所大学图书馆虚拟馆藏资源建设情况进行调查与分析,并对其发展提出若干参考性建议。

关键词：大学图书馆虚拟馆藏资源建设学术性全面性

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