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Enhancing Generic Reaction Yield Prediction through Reaction Condition-Based Contrastive Learning

Research 2024年第3期 685-702页

作者： Xiaodan Yin Chang-Yu Hsieh Xiaorui Wang Zhenxing Wu Qing Ye Honglei Bao Yafeng Deng Hongming Chen pei luo Huanxiang Liu Tingjun Hou Xiaojun Yao Dr.Neher’s Biophysics Laboratory for Innovative Drug Discovery State Key Laboratory of Quality Research in Chinese MedicineMacao Institute for Applied Research in Medicine and HealthMacao University of Science and TechnologyMacao 999078China Innovation Institute for Artificial Intelligence in Medicine of Zhejiang University College of Pharmaceutical SciencesZhejiang UniversityHangzhou 310058China. Faculty of Applied Sciences Macao Polytechnic UniversityMacao 999078China. CarbonSilicon AI Technology Co.Ltd HangzhouZhejiang 310018China Center of Chemistry and Chemical Biology Guangzhou Regenerative Medicine and Health Guangdong LaboratoryGuangzhou 510530China.

Deep learning(DL)-driven efficient synthesis planning may profoundly transform the paradigm for designing novel pharmaceuticals and ***,the progress of many DL-assisted synthesis planning(DASP)algorithms has suffered from the lack of reliable automated pathway evaluation *** a critical metric for evaluating chemical reactions,accurate prediction of reaction yields helps improve the practicality of DASP algorithms in the real-world ***,accurately predicting yields of interesting reactions still faces numerous challenges,mainly including the absence of high-quality generic reaction yield datasets and robust generic yield *** compensate for the limitations of high-throughput yield datasets,we curated a generic reaction yield dataset containing 12 reaction categories and rich reaction condition ***,by utilizing 2 pretraining tasks based on chemical reaction masked language modeling and contrastive learning,we proposed a powerful bidirectional encoder representations from transformers(BERT)-based reaction yield predictor named *** achieved comparable or even superior performance to the best previous models on 4 benchmark datasets and established state-of-the-art performance on the newly curated *** found that reaction-condition-based contrastive learning enhances the model’s sensitivity to reaction conditions,and Egret is capable of capturing subtle differences between reactions involving identical reactants and products but different reaction ***,we proposed a new scoring function that incorporated Egret into the evaluation of multistep synthesis *** results showed that yield-incorporated scoring facilitated the prioritization of literature-supported high-yield reaction pathways for target *** addition,through meta-learning strategy,we further improved the reliability of the model’s prediction for reaction types with limited data and lower data *** r

关键词： synthesis generic holds

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Structural characterization and mechanisms of macrophage immunomodulatory activity of a novel polysaccharide with a galactose backbone from the processed Polygonati Rhizoma

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Journal of Pharmaceutical Analysis 2024年第7期14卷 1076-1090页

作者： Hongna Su Lili He Xina Yu Yue Wang Li Yang Xiaorui Wang Xiaojun Yao pei luo Zhifeng Zhang Faculty of Chinese Medicine State Key Laboratory of Quality Research in Chinese MedicineMacao University of Science and TechnologyMacao999078China Tibetan Plateau Ethnic Medicinal Resources Protection and Utilization Key Laboratory of National Ethnic Affairs Commission of the People's Republic of China Southwest Minzu UniversityChengdu610041China Centre for Artificial Intelligence Driven Drug Discovery Faculty of Applied SciencesMacao Polytechnic UniversityMacao999078China

A purified polysaccharide with a galactose backbone(SPR-1,Mw 3,622 Da)was isolated from processed Polygonati Rhizoma with black beans(PRWB)and characterized its chemical *** backbone of SPR-1 consisted of[(4)-b-D-Galp-(1]9/4,6)-b-D-Galp-(1/4)-a-D-GalpA-(1/4)-a-D-GalpA-(1/4)-aD-Glcp-(1/4,6)-a-D-Glcp-(1/4)-a/b-D-Glcp,with a branch chain of R1:b-D-Galp-(1/3)-b-D-Galp-(1/connected to the/4,6)-b-D-Galp-(1/via O-6,and a branch chain of R2:a-D-Glcp-(1/6)-a-D-Glcp-(1/connected to the/4,6)-a-D-Glcp-(1/via *** assays showed that the SPR-1 significantly activated macrophages,and increased secretion of NO and cytokines(i.e.,IL-1b and TNF-a),as well as promoted the phagocytic activities of ***,isothermal titration calorimetry(ITC)analysis and molecular docking results indicated high-affinity binding between SPR-1 and MD2 with the equilibrium dissociation constant(KD)of 18.8 *** was suggested that SPR-1 activated the immune response through Toll-like receptor 4(TLR4)signaling and downstream *** research demonstrated that the SPR-1 has a promising candidate from PRWB for the TLR4 agonist to induce immune response,and also provided an easily accessible way that can be used for PR deep processing。

关键词： Polygonati Rhizoma Polysaccharide Structural properties Immunoregulatory

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中国国际贸易的隐含能源流动及隐含碳排放——以RCEP为例

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价格月刊 2021年第9期 69-78页

作者：马远骆佩新疆财经大学经济学院新疆乌鲁木齐830012

利用2015年EORA世界投入产出表的数据,基于多区域投入产出模型从生产者视角和消费者视角测算RCEP成员国的隐含能源流动及隐含碳排放,并以中国作为子系统,测算中国与RCEP成员国进出口贸易间的隐含能耗及隐含碳排放,中国26个产业部门进出... 详细信息

利用2015年EORA世界投入产出表的数据,基于多区域投入产出模型从生产者视角和消费者视角测算RCEP成员国的隐含能源流动及隐含碳排放,并以中国作为子系统,测算中国与RCEP成员国进出口贸易间的隐含能耗及隐含碳排放,中国26个产业部门进出口贸易的隐含能源流动及隐含碳排放和自身各产业部门的隐含能耗及隐含碳排放,最后对2015年隐含能耗及隐含碳排放的影响因素进行分解。结果表明:第一,RCEP成员国隐含能耗及隐含碳排放均大于直接能耗及直接碳排放,其中生产侧的隐含能耗及隐含碳排放均大于消费侧隐含能耗及隐含碳排放。第二,中国中间品贸易隐含能耗及隐含碳排放大于最终消费的隐含能耗及隐含碳排放,制造业等大部分高耗能产业部门的隐含能耗及隐含碳排放都是出口大于进口流量,采掘业等产业部门的隐含能耗及隐含碳排放是进口大于出口。第三,中国隐含能耗及隐含碳排放大都集中在制造业、水、气、电、运输业、服务业等高耗能部门,各产业部门的隐含能耗及隐含碳排放会影响其他产业部门的隐含能耗及隐含碳排放。第四,强度效应对中国隐含能耗及隐含碳排放的贡献率最大,其次是结构效应和规模效应。

关键词：隐含能源隐含碳排放 RCEP 投入产出

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Determination of a astragaloside Ⅳ derivative LS-102 in plasma by ultra-performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry in dog plasma and its application in a pharmacokinetic study

Determination of a astragaloside Ⅳ derivative LS-102 in pla...

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首届东方药理论坛暨2018年全国心脑血管药理学术会议、上海市药理学会第十九届学术年会

作者： Wen-Xia Sun Zhi-Feng Zhang Li-Sheng Ding Lin-Sen Qing pei luo Chengdu Institute of Biology Chinese Academy of Sciences Sichuan Industrial Institute of Antibiotics Chengdu University State Key Laboratories for Quality Research in Chinese Medicines Macau University of Science and Technology

Background Astragalosidic acid(LS-102) is a new water-soluble derivative of astragaloside Ⅳ-a major effective component isolated from the Chinese herb Astragali *** previous study showed that LS-102 exhibited potent cardiovascular *** The objective of this study was to investigate the pharmacokinetic properties of LS-102 after single-dose,oral administration in beagle dogs by developing and validating an ultra-performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry(UPLC-MS/MS) *** and result The chromatographic separation was performed on a Acquity HSS C18 column(100 mm×2.1 mm, 1.8 μm) by a gradient elution using a mobile phase consisting of water and acetonitrile at a flow rate of 0.35 mL/*** analytes were detected with a triple quadrupole tandem mass spectrometry(MS) in multiple reaction monitoring(MRM) mode and a positive ion electrospray ionization(ESI) of the transitions at m/z821.5→627.5 for *** validation revealed a wide linearity over the range of 2.0-10000 ng/mL together with satisfactory intra-and inter-day precision,accuracy,and *** testing showed that LS-102 spiked into dog plasma was stable for 4 h at room temperature,for up to 2 weeks at-80℃, and during three freeze-thaw *** method was effectively and successfully applied to the pharmacokinetics of LS-102 after oral administration(5,10 and 20 mg/kg) to beagle *** plasma concentrations are attained within approximately 2 h after oral administration with a half-life ranging from 1.55 h to 4.49 *** plasma concentration-time curve of LS-102 after oral administration presents the phenomenon of a double-peak absorption *** peak concentration and area under the concentration-time curve of LS-102 seemed to increase with the increasing doses proportionally,that suggesting linear pharmacokinetics in ***,the doxorubicin(Dox)-injured H9 c2 cell model was prepared by incubating the cells in 1 μM Dox for 24 *** assay and L

关键词： astragalosidic acid astragaloside Ⅳ derivative pharmacokinetics bioavailability UPLC-MS/MS

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基于MEMS器件的姿态航向参考系统设计及应用

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计算机工程与设计 2007年第3期28卷 631-634页

作者：张谦裴海龙罗沛广东教育学院计算机科学系广东广州510303 华南理工大学自动化科学与工程学院广东广州510640

在小型无人直升机的控制中,需要有高精度的运动测量信息作为导航状态输入,通常这些小型直升机因需要在特定的情况下工作而往往体积较小,因而也对导航设备提出了高精度、低功耗、微型化、低成本等多方面的苛刻要求。介绍一种基于MEMS器... 详细信息

在小型无人直升机的控制中,需要有高精度的运动测量信息作为导航状态输入,通常这些小型直升机因需要在特定的情况下工作而往往体积较小,因而也对导航设备提出了高精度、低功耗、微型化、低成本等多方面的苛刻要求。介绍一种基于MEMS器件的小型姿态航向参考系统的设计及实现,该系统已应用于小型无人直升机的导航控制中。

关键词：姿态航向参考系统微电子机械系统传感器信息融合 Kalman滤波

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基于分片光滑照度估计的Retinex图像处理框架

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国防科技大学学报 2011年第3期33卷 83-88页

作者：吴壮志齐立娜骆沛北京航空航天大学计算机学院北京100191

Retinex理论是一种图像增强技术,其基本原理是将原图像分解为照度图像和反射图像的乘积。传统的Retinex理论假定照度图像是平滑的,在实际场景中,由于目标的反射特征不同及阴影等的影响,照度图像实际上是分片平滑的,导致反射图像边界附... 详细信息

Retinex理论是一种图像增强技术,其基本原理是将原图像分解为照度图像和反射图像的乘积。传统的Retinex理论假定照度图像是平滑的,在实际场景中,由于目标的反射特征不同及阴影等的影响,照度图像实际上是分片平滑的,导致反射图像边界附近模糊,产生光晕现象。针对上述问题,提出了一种改进的Retinex理论图像处理框架:采用分片平滑算子估算照度图像,消除了光晕现象;引入照度校正功能,调节图像的对比度;引入反射校正功能,进行细节增强和去噪。结合图像质量评价指标,对改进后框架的有效性和正确性进行了分析验证,实验结果表明改进后的方法效果良好。

关键词： Retinex 双边滤波 Gamma校正图像质量评价

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平面激光诱导荧光技术用于快速液-液混合过程温度场测量

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过程工程学报 2007年第5期7卷 859-864页

作者：杜闰萍刘喆程易骆培成清华大学化学工程系北京市绿色反应工程与工艺重点实验室北京100084

利用平面激光诱导荧光技术(Planar Laser Induced Fluorescence,PLIF)研究了毫米尺度流道内,两股不同温度液膜的错流混合过程.根据激光诱导作用下荧光强度的温度依赖特性,可视化地揭示了液-液错流混合区的二维温度场分布.采用温度离析度... 详细信息

利用平面激光诱导荧光技术(Planar Laser Induced Fluorescence,PLIF)研究了毫米尺度流道内,两股不同温度液膜的错流混合过程.根据激光诱导作用下荧光强度的温度依赖特性,可视化地揭示了液-液错流混合区的二维温度场分布.采用温度离析度(Intensity of Segregation,IOS)的概念定量描述了液-液混合的发展过程,分析了不同射流动量比对混合过程的影响.计算了该过程混合区水的总传热系数,与纯湍流作用的总传热系数比较发现,两液膜撞击射流对传热有强化作用,射流动量比是影响其总传热系数的重要因素.

关键词：液-液混合平面激光诱导荧光温度场离析度传热

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WDM网状网中的动态流量疏导策略

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北京邮电大学学报 2006年第2期29卷 26-29页

作者：黄善国罗沛薄明霞顾畹仪北京邮电大学光通信中心北京100876

对具有业务流量疏导能力的WDM(波分复用)网状网进行了深入的研究,提出了2种基于固定备选路由的动态流量疏导算法,其可以在路由预计算的过程中考虑疏导业务的均衡,得到较低的阻塞率,而且具有较低的时间复杂度.仿真结果表明,这些算法可以... 详细信息

对具有业务流量疏导能力的WDM(波分复用)网状网进行了深入的研究,提出了2种基于固定备选路由的动态流量疏导算法,其可以在路由预计算的过程中考虑疏导业务的均衡,得到较低的阻塞率,而且具有较低的时间复杂度.仿真结果表明,这些算法可以有效地改善网络性能.

关键词：流量疏导波分复用固定备选路由路由与波长分配

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Effect of hydrogen peroxide on persistent sodium current in guinea pig ventricular myocytes

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Acta Pharmacologica Sinica 2005年第7期26卷 828-834页

作者： Ji-hua MA~2 An-tao luo pei-hua ZHANG Cardio-Electrophysiological Research Laboratory,Medical College,Wuhan University of Science and Technology,Wuhan 430080,China Cardio-Electrophysiological Research Laboratory Medical College Wuhan University of Science and Technology Wuhan 430080 Chin

Aim:To study the effect of hydrogen peroxide(H202)on persistent sodium cur-rent(1Na.p)in guinea pig ventricular ***:The whole-cell,cell-attached,and inside-out patch-clamp techniques were applied on isolated ven-tricular myocytes from guinea ***:H2O2(0.1 mmol/L,0.5 mmol/L and 1.0mmol/L)increased the amplitude of whole-cell *** a concentration-dependentmanner,and glutathione(GSH 1 mmol/L)reversed the increased INa.p.H2O2(1mmol/L)increased persistent sodium channel activity in cell-attached and inside-out *** mean open probability was increased from control values of0.015±0.004 and 0.012±0.003 to 0.106±0.011 and 0.136e0.010,respectively(P<0.01 vs control).They were then decreased to 0.039±0.024 and 0.027±0.006,respectively,after the addition of 1 mmol/L GSH(P<0.01 vs H2O2).The time whenopen probability began to increase and reached a maximum was shorter in inside-out patches than that in cell-attached patches(4.8e 1.0 min vs 11.5+3.9 min,P<0.01;9.6±1.6 min vs 18.7±4.7 min,P<0.01).Conclusion:H2O2increased the *** pig ventricular myocytes in a concentration-dependent manner,possiblyby directly oxidating the cell membrane.

关键词： hydrogen peroxide myocardium patch clamp techniques sodium channels

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具有PCSK9调控作用的天然产物研究进展

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中草药 2019年第9期50卷 2229-2234页

作者：刘艳罗培吴剑波澳门科技大学中医药学院西南医科大学药物与功能性食品研究中心四川泸州646000

前蛋白转化酶枯草溶菌素9(PCSK9)对血浆低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的代谢具有调节作用,使PCSK9抑制剂成为心血管领域调脂治疗的热点和生物制剂的开发热点,但生物制剂不良反应大,价格昂贵。目前文献报道许多天然产物具有调节PCSK9的作用... 详细信息

前蛋白转化酶枯草溶菌素9(PCSK9)对血浆低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的代谢具有调节作用,使PCSK9抑制剂成为心血管领域调脂治疗的热点和生物制剂的开发热点,但生物制剂不良反应大,价格昂贵。目前文献报道许多天然产物具有调节PCSK9的作用,综述天然产物对PCSK9的调节作用及其作用机制,以期为PCSK9的小分子抑制剂开发提供参考。

关键词：前蛋白转化酶枯草溶菌素9 天然产物 PCSK9抑制剂调脂作用作用机制

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